pembahasan-sismik

8/17/2019 pembahasan-sismik

1/10

BAB II

TIPE DAN KUALITAS INFORMASI KIMIAWI (KLASIFIKASI KIMIAWI)

KHEMOTAKSONOMI

A. Klasifikasi dan Idenifikasi

Dalam semua cabang biologi diperluan pencirian, klasifikasi dan identifikasi. Klasifikasi

merupakan proses untuk mengenali dan mengelompokkan organisme hidup. Klasifikasi

merupakan bagian dari bidang ilmu sistematik.Tujuan klasifikasi ialah mengatur kedudukan dari

berbagai organisme di alam.Jika diketahui ciri-ciri suatu mikroorganisme, maka dapat dilakukan

perbandingan sehingga terlihat persamaan dan juga perbedaan dnegan organisme lainnya.Hal ini

dapat disamakan dengan membuat tabel periodik bagi unsur kimia sehingga terlihat keterkaitan

antara unsur kimia tersebut. (anto!ati, "#$#%

Klasifikasi dan identifikasi mikroorganisme haruslah diketahui terlebih dahulu karakteristik atau

ciri-ciri mikroorganisme.&leh karena ukurannya yang sangat kecil, tidaklah mungkin bagi kita

untuk mempelajari $ mikroorganisme saja, sehingga yang dipelajari adalah karakkteristik suatu

biakan yang merupakan populasi dari suatu mikroorganisme.

Ciri-ciri utama dari suatu mikroorganisme dikelompokan sebagai berukut :.

$. 'orfologi

'ikroba pada umumnya sangat kecil ukurannya dinyatakan dalam mikrometer ( m% .

$ m ) #,##$ mm


2/10

&leh karena ukurannya yang kecil diperlukan mikroskop untuk melihat mikroba.'ikroskop yang

digunakan tergantung pada kecermatan yang diinginkan oleh peneliti.

". *ifat Kimia!i

*el terdiri dari berbagai bahan kimia.+ila sel mikroba diberi perlauan kimia!i, maka sel ini

memperlihatkan susunan kimia!i yang spesifik.*ebagai contoh, bakteri ram negatif memiliki

lipopolisakarida dalam dinding selnya, *edangkan bakteri ram positif tidak.*ebaliknya pada

banyak bakteri ram positif terdapat asam teikoat.+ahan kimia ini tidak ditemukan pada gram

negatif.Dinding sel fungsi dan algae berbeda dari bakteri. ada kelompok irus, pembagian

dilakukan berdasaran asam inti yang dikandung, apakah merupakan D/ atau 0/

1. *ifat +iakan

2at hara yang diperlukan oleh setiap mikroorganisme berbeda ada mikroorganisme yang hanya

dapat hidup dan tumbuh bila diberikan 3at hara yang kompleks (serum, darah%.*ebaliknya ada

pula yang hanya memerlukan bahan inorganik saja atau bahan organik (asam amino, karbohidrat,

purin, pirimidin, itamin, koen3im% selain itu beberapa mikroorganisme hanya dapat tumbuh

pada sel hidup, berupa inang, telur, bertunas, biakan jaringan.

4. *ifat 'etabilisme

roses kehidupan dalam sel merupakan suatu rentetan reaksi kimia!i yang disebut metabolisme.

+erbagai macam reaksi yang terjadi dalam metabolisme dapat digunakan untuk mencirikan

mikroorganisme

5. *ifat /ntigenik

+ila mikroorganisme masuk kedalam tubuh, akan terbentu antibodi yang mengikat antigen./ntigen merupakan bahan kimia tertentu dari sel mikroba./ntibodi ini bersifat sangat spesifik

terhadap antigen yang menginduksinya.&leh karena mikroorganisme memiliki antigen yang

berbeda, maka antibodi dapat digunakan untuk mencirikan (rapid indentification% terhadap

mikroorganisme.0eaksi ini sangat sepesifik sehingga dapat disebut sebagai lock and key system.


3/10

6. *ifat enetik

D/ kromosomal mikroorganisme memiliki bagian yang konstan dan spesifik bagi

mikroorganisme tersebut sehingga dapat digunakan untuk pencirian mikroorganisme.

*usunan basa D/

7ntuk perbandingan di gunakan mol 8 9:

;. atogenitas

'ikroba dapat menimbulkan penyakit, kemampuannya untuk menimbulkan penyakit merupakan

ciri khas mikroorganisme tersebut selain itu terdapat pula bakteri yang memakan bakteri lainnya

( Bdellovibrio% dan irus (bakteriofag%yang menginfesi dan menghancurkan bakteri.

/gustin, $??1%

B. Inf!"#asi Taks!n!#i Dala# K!#$!nen Ki#ia%i Pen&'s'n Sel

Komponen Kmia!i penyusun sel dapat digunakan sebagai sumber informasi dalam

mengklasifikasi dan mengidentifikasi mikrobia karena kemiripan komponen kimia!i merupakan

gambaran adanya kemiripan antara strain mikrobia. Di antara komponen kimia!i yang la3im

digunakan adalah

(i% Komponen dinding sel

(ii% 'embran sitoplasma


4/10

(iii% rotein terlarut dalam sitoplasma

(i% igmen @otosintesis

(% rotein =n3im

(i% roduk akhir 'etabolisme

(*embiring, "#$1%

. Akiias Bi!ki#ia Mik"!!"*anis#e

'ikroorganisme dapat dipisahkan dan diidentifikasi karena berbagai alasan

yaitu

$% Determinasi patogen yang bertanggung ja!ab terhadap penyakit menular

"% *eleksi dan isolasi strain mikroorganisme fermetatif penting untuk industry penghasil

alkohol, pelarut, itamin, asam organik, antibiotik, dan industrien3im.

1% Asolasi dan perkembangan strain mikroorganisme yang cocok untuk pabrik

dan peningkatan kualitas dan rasa dalam bahan-bahan makanan tertentu

seperti yogurt, keju, produk susu.

4% 'embandingkan aktifitas biokimia untuk kepentingan taBonomi. 7ntuk melakukan

kegiatan identifikasi tersebut, para ahli mikrobiologi dibantu oleh data tersebut, seperti

halnya manusia memiliki suatu karakteristik dan seperangkat sidik jari yang

khas.'ikroorganisme memiliki sifat tersebut untuk mengidentifikasi karakteristik

biokimianya.Hal tersebut dinamakan Csidikjaribiokimia yang dikendalikan oleh aktiitas

en3imatis sel, dan kemampuan untuk menanggapi bioenergetik, biosintesis, dan

biodegradasi. Jumlah total semua reaksi kimia tersebut ditetapkan sebagai metabolisme

sel, dan transformasi biokimia yang terjadi diluar dan dalam sel serta dibangun oleh

katalis biologi yang disebut en3im. Hampir semua aktiitas biokimia dalam sel

mikroorganisme melibatkan peran katalis biologi en3im, terutama dalam reaksireaksi


5/10

reduksi dan oksidasi, hidrolisis, transfer energi dll. *alah satu jenis en3im yang berperan

dalam metabolisme sel adalah eksoen3im.(elc3ar > :han, $?


6/10

D. Kee"kaian Sifa ,eneik

'etode klasifikasi yang paling cermat adalah keterkaitan sifat genetika anta organisme.'etode

ini paling obyektif dan didasarkan pada D/.ada tahun $?6#, cabang ilmu yang disebut biologi

molekuler menggunakan teknik untuk melihat kesamaan D/ antar organisme.ada mulanya

kesamaan yang dibadingkan hanyalah 8 mol 9 : saja. &rganisme yang berkaitan erat

memiliki 8 9: yang sama, sebaliknya organisme yang jauh berbeda memiliki nilai 8 9 :

yang berbeda pula. amun demikian, organisme yang tidak berkaitan mungkin saja memiliki 8

9 : yang sama. &leh karena itu dicari metode perbandingan yang lebih cermat dengan cara

membandingkan urutan dari nukleotida. 7rutan nukleotida inilah yang merupakan ciri dasar

suatu organisme.

'etode yang sering digunakan untuk melihat keterkaitan genetik adalah

$. Homologi D/

D/ dipanaskan sehingga terurai menjari untaian tunggal.7ntaian tunggal ini kemudian

dicampur dengan organisme lainnya dan didinginkan kembali. +ila dua organisme ini berkaitan

erat maka akan terbentuk Heterodupleks. Ani berarti untaian dari satu organisme akan

berpasangan dengan untaian dari organisme lainnya. +ila tidak ada keterkaitan tidak akan terlihat

heterodupleks. 'etode ini paling berguna dalam tingkat klasifikasi species.

$. Homologi 0/ ribosom dan ribosomal 0/ oligonukleotida

Dua organisme dapat saja tidak erat kaitannya, tetapi masih memperlihatkan homologi

D/.r0/ yang disandi oleh sebagian D/ yang disebut sebagai 0/ sistron. ada bakteri

ternyata r0/ cistron ini Chighlyy consered lestari. Ani berarti bah!a selama eolusi cistron

ini memperlihatkan perubahan yang lebih sedikit di badingkan dengan bagian D/ yang lain

(*tobel > Daysi, "##1%

DI BAWAH INI TAMBAHAN SA-A KAK ENAKN/A DI,ABUN,IN EN,,AK0


7/10

K"ie"ia 'n'k Klasifikasi Bake"i

Kriteria sesuai untuk tujuan klasifikasi bakteri termasuk sifat-sifatnya telah diterangkan dalam bab terdahulu, informasi yang penting dapat diketahui secara mikroskopis dengan melihat

lapisan sel dan ada atau tidaknya struktur khusus misalnya spora atau flagella. rosedur

pe!arnaan seperti pe!arnaan gram dapat memberikan perkiraan bakteri memiliki kekerabatan

yang dekat.Hal ini merupakan petunjuk a!al bah!a keragaman kimia!i D/ dari organisme

yang berbeda dapat menjadi indikasi adanya kekerabata genetik. *tudi fisik membuktian bah!a

kekerabatan D/ dari organisme yang sama dapat dikenal dengan tingkat kemampuan

kromosom D/ untuk dika!in silangkan.

Tabel . Tingkat Taksonomi

Tingkatan 0esmi :ontoh

Kingdom rokaryotae

Diisi racilicutes

Klas *cotobacteria

&rdo =ubacteriales

@amili =ntobacteriaceae

enus =scherichia

spesies :oli


8/10

enyusunan urutan D/ telah menjadi prosedur rutin di laboratorium dan perbandingan susunan

D/ diantara beragam gen dapat menggambarkan hubungan mereka perbedaan susunan D/

diantara gen-gen yang tersebar secara cepat dapat digunakan untuk menentukan jarak genetik

dari gen-gen yang berhubungan dekat, dan perbedaan susunan di antara gen-gen yang tersebar

secara lambat dapat digunakan untuk mengukur hubungan dalam kelompok bakteri yang

hubungannya jauh.

0ibosom memiliki pesan penting dalam sintesa protein. en penanda 0/ ribosom dan protein

ribosom telah diturunkan melalui eolusi dan telah disebarkan lebih lambat daripada gen

kromosom lainnya. erbandingan susunan dari $65* 0/ ribosom dari berbagai sumber

biologis menunjukkan adanya hubungan eolusi diantara organisme yang sangat beragam dan

menunjukkan adanya kingdom baru, yaitu /recbaebacteria.

enemuan terbaru, hibridisasi D/ dengan rangkaian oligonukleotida padat telah digunakan

untuk mengidentifikasi spesies.

ambar +entuk *el Tunggal +akteri($%coccus,("%batang,(1%spiral.

Klasifikasi 1i"'s

a. Girus +akterial

+akterifage (fage% adalah irus yang menginfeksi bakteri dan hanya dapat bereproduksi di dalam

sel bakteri. Kemudahan relatif dalam penangannya dan kesederhanaan infeksi fage bakteri

membuatnya menjadi suatu sistem model bagi penelaahan patogenesitas irus maupun banyak

masalah dasar di dalam biologi, termasuk biologi seluler dan molekular serta imunologi

@age pada hakekatnya terdiri dari sebuah inti asam nukleat yang terkemas di dalam selubung

protein pelindung. 0eproduksi irus bakterial yang irulen mencakup urutan umum sebagai

berikut adsorbsi partikel fage, penetrasi asam nukleat, replikasi asam nukleat irus, perakitan

partikel-partikel fage baru, dan pembebasan partikel-partikel fage ini di dalam suatu ledakan

bersamaan dengan terjadinya lisis sel inang, fage-fage irulen telah digunakan untuk mendeteksi

dan mengidentifikasi bakteri patogenik.


9/10

b. Girus He!an dan Tumbuhan

Girus he!an dan irus tumbuhan adalah parasit intraseluler obligat yang sangat kecil.*etiap irus

mempunyai sebuah inti pusat asam nukleat dikelilingi oleh kapsid.*ecara morfologis, irus

he!an dan irus tumbuhan dapat ikosashedral, halikal bersampul atau kompleks.

roses replikasi irus dimulai dengan melekatnya irion pada sel inang. eristi!a ini disusul

dengan penetrasi dan pelepasan selubung, biosintesis komponen-omponen irus dan perakitan

serta pematangan irion. roses ini diakhiri dengan pembebasan irus dari sel inang.

*istem yang secara paling luas digunakan untuk klasifikasi irus terlihat pada sistem ini, yang

diperkenalkan oleh /. Eoff dan ka!an-ka!an dalam tahun $?6", irus dikelompokkan menurut

sifat irionnya yaitu semacam asam nukleat, bentuk susunan kapsid, ada tidaknya selubung dan

ukuran kapsid. embagian lebih lanjut didasarkan atas sifat-sifat lain irion itu, seperti sejumlah

untaian asam nukleat (satu atau dua, sifat pertumbuhan irus, seperti sejumlah untaian asam

nukleat (satu atau dua, sifat pertumbuhan irus, seperti kedudukan tempat sintesis irus di dalam

sel dan hubungan timbal balik antara inang dan irus, seperti digambarkan oleh kisaran

inang.*istem ini dimaksudkan untuk menggambarkan klasifikasi alami atau filogenik, berarti

sistem ini bukannya mencoba menggambarkan hubungan eolisoner atara irus-irus. Hubungan

yang sama sekali tidak jelas melainkan sistem ini menggolongkan irus berdasarkan susunan biasa sifat-sifat kimia!i dan strukturnya yang merupakan sifat tetap yang dapat ditentukan

dengan cermat.

elc3ar, '.J.0eid, 0.D. dan =.:.*. :han $? Hall

*tobel, > +. daisy, "##1.Bi!$"!$$e5in* f!" Mi5"!+ial End!$4&es and T4ei" Na'"al P"!d'5. 'icobiologyand 'olecular +iology 0eie!, 6; p.4?$-5#"

anto!ati, .*. "#$#. Asolasi, Karakterisasi dan Adentifikasi +akteri yang 'empunyai otensi 'endegradasi @enol

dan Eimbah :air 0umah sakit *kripsi. 7A *7K/


10/10

Handout ak *embiring

pembahasan-sismik

Documents