uji kualitatif dna gajah sumatera (elephas …digilib.unila.ac.id/26970/20/skripsi tanpa bab...

i

UJI KUALITATIF DNA GAJAH SUMATERA (Elephas maximussumatranus) DI PUSAT LATIHAN GAJAH TAMAN NASIONAL

WAY KAMBAS

(Skripsi)

Oleh

Siti Asiyah

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAMUNIVERSITAS LAMPUNG

BANDAR LAMPUNG2017

ii

ABSTRAK


WAY KAMBAS

Oleh

SITI ASIYAH

Uji kualitatif DNA merupakan analisis pendahuluan kekerabatan gajah sumateradi Pusat Latihan Gajah (PLG), Taman Nasional Way Kambas (TNWK).Penelitian ini sebagai salah satu bahan pertimbangan dalam upaya pencegahaninbreeding dalam pengelolaan konservasi gajah sumatera, bekerja sama denganRumah Sakit Gajah (RSG) Prof. Dr. Ir. H. Rubini Atmawidjaja PLG TNWK danLaboratorium Bioteknologi Balai Veteriner Lampung. Tujuan dari penelitian iniadalah untuk melihat kualitas DNA gajah sumatera berdasarkan perbedaan umurdan jenis kelamin, serta mengetahui volume Phospat Buffer Salin (PBS) yangtepat untuk menghasilkan isolat DNA terbaik. Sebanyak 24 sampel DNA dari 8ekor gajah sumatera telah disolasi dari sampel darah mengacu pada protokolisolasi DNeasy Blood and Tissue Kit dari QIAGEN dengan modifikasi variasivolume PBS: 100 µl (a), 50 µl (b), dan 0 µl (c). Hasil isolasi diuji secara kualitatifdengan elektroforesis gel agarosa 1%. Hasil elektroforesis menunjukkan tingkatkecerahan yang berbeda pada DNA yang terisolasi. Dua sampel memiliki tingkatkecerahan tertinggi pada variasi PBS C, tiga sampel pada variasi B, dan tigasampel pada variasi A. Kualitas DNA gajah yang terisolasi cukup baik tanpa adakontaminan, dan tidak ada perbedaan kualitas DNA baik berdasarkan perbedaanumur maupun jenis kelamin. Berdasarkan uji kualitatif, volume PBS yangmenghasilkan isolat DNA terbaik berkisar antara 50µl – 100 µl.

Kata kunci : Elephas maximus sumatranus,Taman Nasional Way Kambas, IsolasiDNA, Phospat Buffer Salin

iii


WAY KAMBAS

Oleh

Siti Asiyah

Skripsi

Sebagai Salah Satu Syarat untuk Mencapai GelarSARJANA SAINS

Pada

Jurusan BiologiFakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

JURUSAN BIOLOGIFAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS LAMPUNGBANDAR LAMPUNG

2017

iv

HALAMAN PENGESAHAN

Judul Skripsi : Uji Kualitatif DNA Gajah Sumatera(Elephas maximus sumatranus) di PusatLatihan Gajah Taman Nasional WayKambas

Nama Mahasiswa : Siti Asiyah

Nomor Pokok Mahasiswa : 1317021074

Program Studi : Biologi

Fakultas : Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

MENYETUJUI

1. Komisi Pembimbing

Dra. Elly L. Rustiati, M.Sc. drh. Dedi Candra, M.Si.NIP.196310141989022001 NIP. 197407122014071002

2. Ketua Jurusan Biologi FMIPA Universitas Lampung

Dra. Nuning Nurcahyani, M.Sc.NIP. 196603051991032001

v

Pengesahan

vi

RIWAYAT HIDUP

Siti Asiyah dilahirkan pada 6 Mei 1995 di

Labuhan Ratu IV, Lampung Timur sebagai anak

bungsu dari enam bersaudara, dengan 4 orang kakak

laki-laki yaitu M. Anshori, M. Nassaikhuddin, M.

Sholeh, dan M. As’adi serta seorang kakak

perempuan bernama Siti Masruroh yang lahir dari

pasangan Bapak M. Sulkah Akbar dan Ibu Siti

Hartini.

Penulis menyelesaikan pendidikan dasar di Madrasah Ibtidaiyah Miftahul Huda

Labuhan Ratu IV pada tahun 2007, selanjutnya penulis menyelesaikan pendidikan

menengah pertama di Madrasah Tsanawiyah Miftahul Huda Labuhan Ratu IV

pada tahun 2010 dan menyelesaikan pendidikan menengah atas di Madrasah

Aliyah Negeri 1 Metro Lampung Timur pada tahun 2013. Pada tahun 2013,

penulis diterima di perguruan tinggi Universitas Lampung, dan terdaftar sebagai

mahasiwa Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam.

Selama menjadi mahasiswa, penulis pernah menjadi asisten praktikum mata

kuliah Ekologi Umum, Ekologi Hewan, Perilaku Hewan, Mamalogi, dan

Mikroteknik. Penulis terdaftar sebagai anggota muda HIMBIO pada tahun

2013/2014 dan terdaftar sebagai anggota bidang Sains dan Teknologi di tahun

berikutnya. Penulis juga aktif di lembaga kemahasiswaan Badan Eksekutif

Mahasiswa (BEM), pada tahun 2014/2015 penulis mengemban amanah sebagai

sekretaris Departemen Kebijakan Publik (KP) dan menjadi sekretaris Departemen

Hubungan Luar dan Pengabdian kepada Masyarakat (HLPM) pada tahun

2015/2016. Penulis juga berpartisipasi pada kegiatan Karya Wisata Ilmiah (KWI)

tahun 2015 sebagai sekretaris pelaksana. Selain kegiatan kemahasiswaan, penulis

vii

juga ikut serta dalam kegiatan Focus Group Discussion Global Tiger Day 2016

yang diselenggarakan oleh WCS- Indonesia Program dan Universitas Lampung,

International Wildlife Symposium (IWS), dan international workshop:

Technological Innovations For Wildlife Conservation 2016 yang diselenggarakan

oleh Universitas Lampung dan WWF sebagai organizer. Penulis juga ikut serta

sebagai panitia mahasiswa dalam kegiatan Penandatanganan Kerja Sama oleh

Fakultas MIPA dengan Desa Penyangga Taman Nasional Way Kambas: Desa

Braja Harjosari, sebagai desa binaan unggulan FMIPA Unila pada tahun 2017,

dan pembinaan Rumah Konservasi di Desa Labuhan Ratu VII.

Penulis melaksanakan Kuliah Kerja Nyata (KKN) tematik di Desa Gunung Tapa,

Kecamatan Gedung Meneng, Kabupaten Tulang Bawang dan melaksanakan kerja

praktik di Pusat Latihan Gajah Taman Nasional Way Kambas dengan judul “

Teknik Pengambilan Sampel Darah Gajah Sumatera (Elephas maximus

sumatranus) di Pusat Latihan Gajah Taman Nasional Way Kambas” dan

telah disampaikan secara oral dalam International Wildlife Symposium 2016 di

Universitas Lampung dengan judul “Blood Sampling Technique on Captive

Elephant in Way Kambas National Park”, penulis juga tergabung sebagai co-

author dalam publikasi presentasi oral Semirata 2017 di Universitas Jambi dengan

judul publikasi “ Pemahaman Perilaku dalam Pemeriksaan dan Pengambilan

Sampel Darah Gajah Sumatera di Penangkaran, Pusat Latihan Gajah

Taman Nasional Way Kambas”(Rustiati, E.L., Priyambodo, Siti Asiyah, Firda

Nur Islami, Elisabeth Devi K., Dedi Candra, dan Diah Esti A.“Pembuatan Bank

DNA Gajah (Elephas maximus sumatrensis) di Pusat Latihan Gajah Taman

Nasional Way Kambas”(Priyambodo, Elly L. Rustiati, N. Nurcahyani, Dedi

Candra, dan Siti Asiyah).

viii

MOTTO

Man Jadda, Wa JadaMan Yasro’, YahshudMan Shobaro, Zhofiro

Tidak ada mimpi yang terlalu tinggiTidak ada masalah tanpa solusi

Dan tidak ada kesulitan, kecuali diiringi kemudahan“Inna ma’al ‘usri yusro “(Al-Insyirah: 6)

Waktu, Perkataan, dan KesempatanAdalah tiga hal yang tidak mungkin kembali

Maka,“Katakanlah yang benar, biar pahit sekalipun” (HR.

Albaihaqi)

Dan berubahlah (menuju kebaikan), karena“Allah tidak akan mengubah keadaan suatu kaum, kecuali

mereka sendiri yang mengubahnya”(QS. Ar-Ra’d : 11)

Manusia bukanlah satu-satunya yang berhak hidup sejahtera

ix

PERSEMBAHAN

BismillahDengan mengharap rahmat dan keberkahan Allah SWT, kupersembahkan

Karya ini Sebagai cinta kasih, tanda bakti,dan terima kasihku yang terdalam kepada:

Ibu dan Bapakku terkasih,Yang telah mendidik dan membesarkanku dengan cinta, kasih sayang, serta

do’a dan dukungan terhadap segala langkahku, menuju kesuksesan.

Kakak, dan segenap keluarga besarkuAtas kebersamaan, keceriaan, kasih sayang, dan do’a serta segala bentuk

dukungan

Rasa Hormatku kepada:

Ibu Dra. Elly Lestari Rustiati, M.Sc.Bapak Priyambodo, M.Scdrh. Dedi Candra, M.Si

atas ilmu, inspirasi, motivasi serta pengorbanan waktu dan kesabaran dalammembimbing dan menjadikanku insan yang lebih baik

Para pahlawan KonservasiAtas dedikasinya dalam menjaga keseimbangan bumi

SertaAlmamaterku tercinta…

x

SANWACANA

Puji syukur penulis ucapkan kepada Allah SWT, karena atas izin dan karunia-Nya

penulis dapat menyelesaikan penulisan skripsi sebagai syarat meraih gelar Sarjana

Sains.

Skripsi dengan judul “Uji Kualitatif DNA Gajah Sumatera (Elephas maximus

sumatranus) di Pusat Latihan Gajah Taman Nasional Way Kambas” yang

dilaksanakan bulan Februari 2017, bekerja sama dan dilakukan di Rumah Sakit

Gajah (RSG) Prof. Dr. Ir. H. Rubini Atmawidjaja, Pusat Latihan Gajah (PLG)

Taman Nasional Way Kambas dan Balai Veteriner Lampung.

Penulis menyadari banyak pihak yang turut membantu dalam pelaksanaan

penelitian sampai dengan penyusunan skripsi. Dengan terselesaikannya penulisan

skripsi ini, penulis ingin menyampaikan rasa terima kasih kepada :

1. Ibu Dra. Elly L. Rustiati, M.Sc. selaku dosen pembimbing I yang telah

banyak membimbing dan juga membekali banyak pengetahuan. Terima

kasih telah menjadi lebih dari sekedar pembimbing skripsi, melainkan juga

sebagai orang tua, guru, dan teman.

xi

2. drh. Dedi Candra, M.Si., selaku pembimbing II yang memberi banyak

arahan, dan pengetahuan mengenai medis dan konservasi satwa liar

khususnya gajah sumatera di PLG TNWK.

3. Bapak Priyambodo, M.Sc., selaku dosen penguji yang telah banyak

membimbing selama proses penelitian, hingga terselesaikannya penulisan

skripsi ini.

4. Dra. Nuning Nurcahyani, M.Sc, selaku Ketua Jurusan Biologi FMIPA

Unila

5. Prof. Warsito selaku Dekan FMPA Unila

6. Bapak Tugiyono, Ph.D selaku dosen Pembimbing Akademik.

7. Bapak Subakir, S.H., M.H., selaku Kepala Balai TNWK

8. Bapak Syamsul Ma’arif, selaku Kepala Balai Veteriner Lampung

9. Ibu Elisabeth Devi Krismurniati, S.Si., ME., selaku Koordinator PLG

TNWK

10. drh. Liza Angeliya, M.Sc., selaku koordinator Laboratorium Bioteknologi

Balai Veteriner Lampung

11. drh. Diah Esti Anggraini, selaku kepala RSG Prof. Dr. Ir. H. Rubini

Atmawidjaja PLG TNWK sekaligus pembimbing lapangan yang telah

sabar membimbing, dan membagi ilmu selama pelaksanaan kerja praktik

12. Bapak Firwantoni, A.Md., dan drh. Eko Agus S., M.Sc. atas bantuan

arahannya selama penelitian di Laboratorium Bioteknologi Balai Veteriner

Lampung

13. Para sahabat mahout yang telah membantu setiap saat dan membagi ilmu

serta pengalamannya.

xii

14. Seluruh tim medis RSG dan staf PLG TNWK yang telah membantu

selama pengambilan sampel dan pelaksanaan kerja praktik

15. Bapak Muhammad Sulkah Akbar dan Ibu Hartini, orang tua yang telah

memberikan dukungan, do’a, kasih sayang dan semangat hingga

terselesaikannya penyusunan skripsi ini.

16. Seluruh sahabat Sohib, Altika, Wiwit, Nadia, Niswa, Lathifah dan

BIOLOGI FMIPA Unila atas kebersamaan, bantuan, dan dukungan selama

penelitian hingga terselesaikannya skripsi ini.

17. Dan seluruh sahabat penulis yang tidak dapat disebutkan satu persatu, atas

segala bentuk dukungan, bantuan, dan semangat yang telah diberikan,

penulis mengucapkan banyak terima kasih.

Akhir kata, penulis menyadari skripsi ini jauh dari kesempurnaan dan masih

banyak kekurangan dalam penyusunannya, akan tetapi penulis berharap karya ini

dapat memberi manfaat bagi banyak pihak.

Bandar Lampung, 8 Mei 2017

Penulis,

Siti Asiyah

vii

DAFTAR ISI

halaman

ABSTRAK ........................... .................................................................... ii

HALAMAN PENGESAHAN.................................................................. iii

RIWAYAT HIDUP .................................................................................. vi

MOTTO .................................................................................................... viii

HALAMAN PERSEMBAHAN .............................................................. ix

SANWACANA ...................... .................................................................. x

DAFTAR ISI....................... ..................................................................... xiii

DAFTAR TABEL .............. ..................................................................... xv

DAFTAR GAMBAR.......... ..................................................................... xvi

I. PENDAHULUAN .................................................................. 1

1.1 Latar Belakang ............................................................ 1

1.2 Rumusan Masalah ........................................................ 4

1.3 Tujuan Peneitian .......................................................... 5

1.4 Manfaat Penelitian ....................................................... 5

1.5 Kerangka Pikir ............................................................ 6

II. TINJAUAN PUSTAKA ........................................................ 7

2.1 Gajah Sumatera (Elephas maximus sumatranus) ........ 7

2.1.1 Habitat dan Perilaku............................................ 7

2.1.2 Status Ekologi dan Klasifikasi ........................... 9

2.2 Pusat Latihan Gajah Taman Nasional Way Kambas ... 11

2.3 Identifikasi Sifat Genetik ............................................. 13

III. METODE PENELITIAN ...................................................... 17

3.1 Waktu dan Tempat ....................................................... 17

viii

3.2 Alat dan Bahan ........................................................... 17

3.3 Prosedur Penelitian ...................................................... 18

3.3.1 Survei Pendahuluan ............................................ 18

3.3.2 Pengambilan Sampel Darah ................................ 20

3.3.3 Isolasi DNA ........................................................ 21

3.3.4 Elektroforesis Gel Agarosa ................................. 22

3.4 Analisis Data ............................................................... 23

3.5 Diagram Alir Uji Kualitatif DNA gajah sumatera

(Elephas maximus sumatranus) di PLG TNWK ......... 24

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN .............................................. 25

4.1 Hasil ............................................................................. 25

4.1.1 Pengambilan Sampel Darah Gajah ..................... 25

4.1.2 Isolasi DNA ........................................................ 27


4.2 Pembahasan.................................................................. 30

4.2.1 Pengambilan Sampel Darah Gajah ..................... 30

4.2.2 Isolasi DNA ........................................................ 34


V. KESIMPULAN DAN SARAN .............................................. 46

5.1 Kesimpulan .............................................................46

5.2 Saran ....................................................................... 46

DAFTAR PUSTAKA ......................................................................... 47

LAMPIRAN .................................................................................... 52

1. Tabel 2-3........................................................................... 52

2. Gambar 11-19 .................................................................. 53

3. Surat Permohonan Penerbitan SIMAKSI ......................... 56

4. Surat Izin Masuk Kawasan Konservasi (SIMAKSI) ........ 57

5. Surat Permohonan Izin Penelitian .................................... 58

6. Surat izin Penelitian di Balai Veteriner Lampung............ 59

xiv

ix

DAFTAR TABEL

halaman

Tabel 1. Daftar nama mahout dan gajah sampel di PLG TNWK .............. 20

Tabel 2. Biodata gajah sampel tahun 2016 ................................................ 52

Tabel 3. Prosedur Pengambilan Sampel Darah Gajah ............................... 52

xiixv

x

DAFTAR GAMBAR

halaman

Gambar 1. Gajah sumatera (Elephas maximus sumatranus) ..................... 8

Gambar 2. Ilustrasi elektroforesis gel agarosa ........................................... 15

Gambar 3. Diagram alir uji kualitatif DNA gajah sumatera (Elephas

maximus sumatranus) di PLG TNWK..................................... 24

Gambar 4. Individu gajah sampel .............................................................. 26

Gambar 5. Sampel darah gajah dalam tabung vacutainer EDTA 3 ml...... 27

Gambar 6. Isolat DNA terkoleksi dalam tabung mikro 1,5 ml .................. 28

Gambar 7. Hasil elektroforesis gel agarosa isolat DNA gajah sumatera ... 29

Gambar 8. Pengambilan sampel darah gajah oleh tim medis RSG Prof.

Dr. Ir. Rubini Atmawidjaja PLG TNWK................................. 32

Gambar 9. Prosedur Isolasi DNA .............................................................. 35

Gambar 10. Elektroforesis gel agarosa ...................................................... 41

Gambar 11. Penamaan tabung ................................................................... 53

Gambar 12. Proses inkubasi 1 menit.......................................................... 53

Gambar 13. Hasil isolasi DNA .................................................................. 53

Gambar 14. Bahan Elektroforesis gel agarosa : bubuk agarosa 1 mg dan

buffer TAE 100 ml ................................................................... 54

Gambar 15. Bahan Elektroforesis gel agarosa : pewarna SYBR Safe dan

Loading dye.............................................................................. 54

Gambar 16. Chumber berisi buffer TAE ................................................... 54

Gambar 17. Proses homogenisasi sampel DNA dengan loading dye dan

pipeting ke dalam sumuran gel ................................................ 55

Gambar 18. Digi Doc ................................................................................. 55

Gambar 19. Proses dokumentasi elektroforesis gel agarosa ...................... 55

xvi

1

I. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Gajah sumatera (Elephas maximus sumatranus) merupakan anggota

mamalia dari Ordo Proboscidea yang kelestariannya semakin terancam

(Abdullah, dkk., 2012). Berdasarkan Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1990

tentang Konservasi Sumber Daya Alam Hayati dan Ekosistemnya, juga

menurut Peraturan Perundangan RI Nomor 7 Tahun 1999 tentang

Pengawetan Jenis Tumbuhan dan Satwa serta Peraturan Perlindungan

Binatang Liar Tahun 1931 No 134 dan 266 (Jajak, 2004) gajah sumatera

dinyatakan sebagai satwa langka dan dilindungi. Aktivitas perburuan liar,

kerusakan habitat, serta pembunuhan akibat konflik dengan manusia

merupakan ancaman bagi keberadaan gajah sumatera (World Wildlife Fund,

2005).

Kawasan yang menjadi habitat gajah sumatera telah ditetapkan sebagai

kawasan lindung. Taman Nasional Way Kambas (TNWK) merupakan

kawasan pelestarian alam bagi satwa liar, salah satunya gajah sumatera.

Hutan TNWK mewakili sebagian besar ekosistem hutan dataran rendah

seperti hutan rawa, padang ilalang, dan hutan pantai sumatera (Meytasari,

2014). Selain menjaga kelestarian hutan sebagai habitat alami gajah, di

2

TNWK terdapat Pusat Latihan Gajah (PLG) yang didirikan sebagai upaya

konservasi gajah sumatera (Mukhtar, 2010). Pusat Latihan Gajah didirikan

sebagai salah satu bentuk penanganan terhadap gajah yang terlibat konflik

dengan masyarakat (Alikodra, 1990).

Pada tahun 2016, di PLG TNWK terdapat 66 ekor gajah sumatera yang

ditangkarkan. Gajah tersebut berasal dari berbagai daerah di Sumatera yang

pernah terlibat konflik dengan manusia (Soehartono, 2007) dan juga hasil

perkembangbiakan di PLG TNWK, yang juga merupakan PLG pertama di

Indonesia. Saat ini PLG TNWK memiliki Rumah Sakit Gajah (RSG) Prof.

Dr. Ir. H. Rubini Atmawidjaja yang juga merupakan RSG pertama di

Indonesia.

Upaya penjagaan hutan TNWK sebagai habitat alami gajah sumatera dan

didirikannya RSG di kawasan PLG TNWK merupakan bentuk peningkatan

upaya konservasi gajah sumatera. Selain itu, menurut Indrawan, dkk.

(2007), informasi keragaman genetik juga diperlukan dalam rangka

mendukung kegiatan konservasi.

Tingginya keragaman genetik merupakan gambaran dari sumber genetik

yang diperlukan untuk beradaptasi dalam jangka pendek dan berevolusi

dalam jangka panjang. Keragaman genetik adalah variasi gen dalam satu

spesies baik antar individu dalam satu populasi maupun antar populasi yang

terpisah oleh jarak geografis (Indrawan, dkk., 2007).

3

Keragaman genetik turut menentukan keberhasilan upaya konservasi suatu

populasi. Penurunan keragaman genetik salah satunya dapat terjadi akibat

perkawinan silang dalam (inbreeding). Peristiwa tersebut memberi

pengaruh buruk terhadap kemampuan adaptasi gajah sumatera pada

perubahan lingkungan (Frankham, dkk., 2002). Di PLG TNWK, peristiwa

inbreeding berpotensi untuk terjadi.

Isolasi Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) dapat dijadikan sebagai langkah

awal untuk melakukan analisis filogenetik gajah di PLG TNWK, mencegah

inbreeding. Isolasi DNA dapat dilakukan menggunakan berbagai cairan

biologis salah satunya darah. Isolasi bertujuan untuk mendapatkan DNA

yang murni dengan konsentrasi tinggi sehingga dapat digunakan untuk

analisis molekuler tingkat lanjut (Fatchiyah, dkk., 2011).

Isolasi DNA dapat dilakukan dengan menggunakan kit dari QIAGEN

DNeasyR Blood & Tissue. Keberhasilan dari proses isolasi ini menjadi hal

penting dalam analisis molekuler karena kualitas dan kuantitas DNA yang

terisolasi yang akan menentukan hasil dari analisis tingkat lanjut.

Phospat Buffer Saline (PBS) merupakan larutan penyangga isotonis yang

digunakan untuk mempertahankan kondisi DNA selama proses isolasi.

Penggunaan volume PBS yang tepat diperlukan untuk mendapatkan isolat

DNA yang baik.

4

Uji kualitatif diperlukan untuk melihat keberhasilan dari proses isolasi dan

mengkonfirmasi keberadaan DNA. Uji kualitatif tidak memperlihatkan

kuantitas DNA yang terisolasi, melainkan kualitas berupa konfirmasi

keberadaan DNA dalam isolat. Uji kualitatif DNA dapat dilakukan dengan

elektroforesis gel agarosa.

Prinsip yang digunakan dalam metode elektroforesis gel agarosa yaitu

perpindahan molekul di dalam medium padat (gel) yang direndam oleh

larutan penyangga yang berada dalam pengaruh listrik. Perpindahan

molekul-molekul dalam eletroforesis ini dipengaruhi oleh muatan listrik,

titik isoelektrik, dan massa molekul (Fairbanks dan Andersen, 1999).

Uji kualitatif DNA gajah sumatera yang ada di PLG TNWK dapat dilihat

dengan mengisolasi DNA dari darah total (whole blood) dan elektroforesis

gel agarosa. Hasil yang diperoleh dapat memberi informasi dan menjadi

bahan pertimbangan untuk menentukan upaya pengelolaan konservasi gajah

sumatera selanjutnya. Penelitian ini merupakan langkah awal analisis

kekerabatan dalam upaya mendukung konservasi gajah sumatera yang ada

di PLG TNWK.

1.2 Rumusan Masalah

Rumusan masalah penelitian ini sebagai berikut:

1. Bagaimanakah kualitas isolat DNA gajah sumatera di PLG TNWK

berdasarkan perbedaan umur dan jenis kelamin?

5

2. Berapakah volume larutan PBS yang tepat dari modifikasi protokol

isolasi DNeasyR Blood & Tissue Kit dari QIAGEN untuk menghasilkan

isolat DNA yang baik?

1.3 Tujuan Penelitian

Penelitian ini dilakukan dengan tujuan sebagai berikut:

1. Mengetahui kualitas isolat DNA gajah sumatera di PLG TNWK

berdasarkan perbedaan umur dan jenis kelamin.

2. Mengetahui volume larutan PBS yang tepat sebagai bentuk modifikasi

protokol isolasi DNeasyR Blood & Tissue Kit dari QIAGEN untuk

menghasilkan isolat DNA yang baik.

1.4 Manfaat Penelitian

Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi mengenai

keberhasilan proses isolasi DNA gajah sumatera di PLG TNWK, serta

memberi informasi volume larutan PBS yang tepat untuk menghasilkan

isolat DNA yang baik. Informasi ini dapat dijadikan sebagai langkah awal

untuk analisis filogenetik gajah sumatera di PLG TNWK dan sebagai salah

satu bahan pertimbangan dalam upaya pengelolaan program penangkaran

serta upaya konservasi mencegah terjadinya inbreeding.

6

1.5 Kerangka Pikir

Taman Nasional Way Kambas adalah salah satu kawasan yang menjadi

habitat alami gajah sumatera. Pusat Latihan Gajah yang berada di kawasan

TNWK merupakan salah satu tempat penangkaran gajah sumatera sebagai

upaya konservasi dan penanganan terhadap gajah yang terlibat konflik

dengan masyarakat.

Tingkat keragaman genetik memberi pengaruh terhadap kemampuan suatu

populasi untuk beradaptasi pada perubahan lingkungannya. Spesies langka

pada umumnya memiliki keragaman genetik yang rendah. Penurunan

keragaman genetik dapat menurunkan kemampuan beradaptasi, sehingga

kemungkinan untuk punah lebih cepat dari pada satwa lain dengan

keragaman genetik yang tinggi pada kondisi lingkungan yang berubah-ubah.

Gajah sumatera merupakan salah satu spesies langka yang perlu untuk

dipertahankan keberadaannya.

Uji kualitatif DNA gajah sumetera di PLG TNWK sebagai salah satu cara

untuk mendukung konservasi gajah sumatera, dengan metode isolasi

mengacu pada protokol DNeasyR Blood & Tissue Kit dari QIAGEN dan

elektroforesis gel agarosa. Dilakukannya penelitian ini diharapkan mampu

memberi informasi dasar mengenai keberhasilan isolasi DNA dan nantinya

dapat dimanfaatkan dalam upaya konservasi gajah sumatera.

7

II. TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Gajah Sumatera (Elephas maximus sumatranus )

2.1.1 Habitat dan Perilaku

Gajah sumatera (Elephas maximus sumatranus) termasuk ke dalam

Ordo Proboscidea (Gambar 1). Di Indonesia penyebaran gajah

sumatera meliputi Provinsi Aceh, Sumatera Utara, Riau, Jambi,

Sumatera Selatan, Bengkulu dan Lampung (Tarmizi, 2008). Gajah

sumatera umumnya hidup di kawasan hutan hujan tropis Pulau

Sumatera baik di daratan tinggi maupun rendah (Soehartono, 2007).

Habitat gajah sumatera terdiri dari beberapa tipe hutan yaitu hutan

rawa, hutan gambut, hutan hujan dataran rendah, dan hutan hujan

pegunungan rendah. Di Provinsi Lampung, gajah sumatera berada di

Taman Nasional Bukit Barisan Selatan (TNBBS) dan Taman Nasional

Way Kambas (TNWK).

Gajah sumatera merupakan spesies yang hidup dengan pola

matriarchal yaitu hidup berkelompok dan dipimpin oleh betina dewasa

dengan ikatan sosial yang kuat (Sukumar, 1989 dalam Soehartono,

8

dkk., 2007). Gajah jantan dapat hidup secara sendiri (soliter) atau

bergabung dengan jantan lainnya membentuk kelompok jantan.

Kelompok gajah bergerak dari satu wilayah ke wilayah yang lain, dan

memiliki daerah jelajah. Luasan daerah jelajah bervariasi bergantung

dari ketersediaan pakan, tempat berlindung, dan berkembang biak

(Soehartono, dkk., 2007).

Gambar 1. Gajah sumatera (Elephas maximus sumatranus),di PLGTNWK.

Usia aktif reproduksi gajah pada umumnya berkisar 10-12 tahun.

Kondisi lingkungan, ketersediaan pakan, dan faktor ekologi seperti

kepadatan populasi akan memberi pengaruh terhadap usia aktif

reproduksi gajah (McKay, 1973; Sukumar, 1989; Ishwaran, 1993;

Soehartono, dkk., 2007). Menurut Sukumar (2003), masa gestasi gajah

berkisar antara 18-23 bulan dengan rerata sekitar 21 bulan dan jarak

antar kehamilan pada betina sekitar 4 tahun.

9

Selama 1-4 minggu dalam 3-5 bulan sekali gajah jantan akan

mengalami peningkatan sifat agresivitas seperti perilaku menyerang

yang sering disebut dengan musth. Perilaku tersebut biasanya ditandai

dengan adanya sekresi kelenjar temporal yang terlihat di antara mata

dan telinga serta memiliki aroma khas yang menyengat (Shosani dan

Eisenberg, 1982).

2.1.2 Status Ekologi dan Klasifikasi

Gajah sumatera merupakan sub spesies gajah asia yang saat ini

keberadaannya di alam dalam kondisi kritis. Selain akibat perburuan

liar, kehilangan habitat alami akibat konversi hutan menjadi lahan

pertanian atau kawasan pembangunan di sekitar hutan TNWK menjadi

ancaman bagi populasi gajah sumatera (Kumar, dkk., 2010; Rood,

dkk., 2010).

Gajah sumatera memiliki peranan penting dalam menjaga

keseimbangan ekosistem, ekonomi, maupun sosial budaya. Dalam

perannya sebagai penjaga keseimbangan ekosistem, gajah dapat

berperan sebagai pengendali pertumbuhan flora dan agen penyebaran

biji. Gajah juga memiliki nilai ekonomi dengan dimanfaatkan sebagai

daya tarik wisata di kebun binatang, taman safari, taman marga satwa,

dan juga taman nasional seperti TNWK (Alikodra, 2002).

10

Di Indonesia gajah sumatera dilindungi berdasarkan Undang-Undang

No 5 Tahun 1990 tentang Konservasi Sumber Daya Alam Hayati dan

Ekosistemnya dan diatur dalam peraturan pemerintah PP 7/1999

tentang Pengawetaan Jenis Tumbuhan dan Satwa. International Union

for Conservation of Nature (IUCN, 2012), memasukkan gajah

sumatera ke dalam daftar Red List Data Book dan tergolong sebagai

satwa kritis di alam (critically endangered). Selain itu, gajah sumatera

juga terdaftar dalam Apendiks I Convention on International Trade in

Endangered Spesies (CITES) yaitu satwa yang dilindungi dari

berbagai bentuk perdangan ilegal (CITES, 2012).

Konversi habitat gajah sumatera menjadi lahan perkebunan, pertanian,

dan pemukiman berperan terhadap terjadinya konflik antara gajah

dengan manusia di kawasan TNWK. Konflik yang umum terjadi di

sekitar kawasan hutan TNWK adalah penyerangan hasil panen di lahan

pertanian milik warga. Akibat konflik tersebut, gajah yang terlibat

akan ditangkap dan di tangkarkan atau bahkan dibunuh (Perrera,

2009).

Didirikannya PLG di TNWK menjadi salah satu solusi untuk

menanggulangi konflik antara gajah dengan manusia. Gajah-gajah

yang terlibat konflik dilatih di PLG dan dimanfaatkan untuk berpatroli

menggiring gajah liar yang keluar dari habitatya dan masuk pada lahan

pertanian maupun pemukiman warga desa penyangga TNWK.

11

Gajah sumatera memiliki klasifikasi sebagai berikut:

Kerajaan : Animalia

Filum : Chordata

Sub Filum : Vertebrata

Kelas : Mammalia

Bangsa : Proboscidea

Suku : Elephantidae

Marga : Elephas

Jenis : Elephas maximus

Anak Jenis : Elephas maximus sumatranus

(Lekagul dan McNeely, 1977)

2.2 Pusat Latihan Gajah Taman Nasional Way Kambas

Taman Nasional Way Kambas merupakan salah satu kawasan konservasi

dengan luas area 125.631,31 Ha. Kawasan tersebut ditetapkan sebagai

taman nasional pada tanggal 26 Agustus 1999 melalui Surat Keputusan

Menteri Kehutanan No. 670 /Kpts-II/1999 (Kementrian Kehutanan

Republik Indonesia, 2011). Selain menjaga gajah sumatera di habitat

alaminya, TNWK juga melakukan pembinaan terhadap gajah liar yang

terlibat konflik dengan masyarakat sekitar (Firqon, 2012) dan juga anakan

gajah yang dilahirkan dari hasil domestikasi gajah liar di PLG. Menurut

Alikodra (2010), TNWK telah menjinakkan gajah sumatera sejak tahun

1985 bertepatan dengan berdirinya PLG. Saat ini gajah hasil penjinakan

tersebut berada di PLG dan Elephant Response Unit ( ERU).

12

Pendirian PLG oleh pihak TNWK dengan luas lahan sekitar 400 ha dan

mulai dioperasikan sejak 27 Agustus 1985 merupakan salah satu upaya

konservasi gajah sumatera. Pemberian pakan tambahan, penggembalaan,

penyediaan air, perkembangbiakan, dan perawatan medis merupakan bagian

dari aktivitas gajah di PLG TNWK (Mukhtar, 2004).

Kepala Balai Konservasi Sumber Daya Alam II Tanjung Karang pada saat

itu Drs. Widodo Ramono, adalah pendiri PLG di TNWK. Pusat Latihan

Gajah ini merupakan yang pertama didirikan di Indonesia. Konsep

pengelolaan gajah tangkapan yang dilakukan oleh pemerintah dengan

menggunakan tiga liman, yaitu Tata Liman, Bina Liman, dan Guna Liman

(Soehartono, 2007).

Saat ini Rumah Sakit Gajah (RSG) Prof. Dr. Ir. H. Rubini Atmawidjaja

telah didirikan di kawasan PLG TNWK dan merupakan RSG pertama di

Indonesia. Didirikannya RSG tersebut merupakan bentuk peningkatan

upaya konservasi gajah sumatera di Lampung. Selain itu, menurut

Indrawan, dkk., (2007), informasi keragaman genetik juga diperlukan dalam

rangka mendukung kegiatan konservasi. Tingginya keragaman genetik

merupakan cerminan dari sumber genetik yang diperlukan untuk beradaptasi

dalam jangka pendek dan berevolusi dalam jangka panjang.

13

2.3 Identifikasi Sifat Genetik

Fragmentasi habitat mendorong putusnya aliran gen (gen flow) dan

meningkatnya hanyutan gen (genetic drift) serta menjadi faktor terjadinya

perkawinan sedarah (inbreeding) dalam suatu populasi. Populasi gajah

sumatera yang semakin mengecil menjadi lebih rentan terhadap berbagai

efek genetik yang merugikan, seperti penurunan keragaman karena efek

inbreeding. Inbreeding dapat mengakibatkan terfiksasinya alel tertentu

dalam populasi sehingga hewan tersebut menjadi monomorf dan mengalami

penurunan kemampuan beradaptasi dengan lingkungan yang berubah-ubah

(Frankham dkk., 2002). Informasi keragaman genetik gajah sumatera di

PLG TNWK diperlukan dalam rangka mendukung upaya konservasi.

Identifikasi sifat genetik memiliki manfaat penting dalam upaya konservasi

sumber daya hayati, terutama bagi satwa yang terancam punah. Informasi

mengenai tingkat kelangkaan suatu spesies dapat diidentifikasi dengan sifat-

sifat genetik yang didapat dengan melihat derajat polimorfisme.

Identifikasi genetik juga dapat memberikan informasi tambahan untuk

melihat filogenetik suatu spesies dan kekebalan spesies tersebut terhadap

suatu jenis penyakit. Selain itu, kegunaan penting lainnya dari hasil

identifikasi genetik ini adalah dapat membantu mengurangi terjadinya

inbreeding (Mas’yud, 1992).

Analisis kekerabatan (filogenetik) gajah sumatera yang ada di PLG TNWK

dapat dijadikan acuan untuk mencegah terjadinya inbreeding. Kekerabatan

antar gajah di PLG dapat ketahui dengan menganalisis Deoxyribo Nucleic

14

Acid (DNA). Deoxyribo Nucleic Acid merupakan asam nukleat yang

tersimpan di dalam inti sel dan mitokondria, mengandung materi genetik

dan bersifat dapat diturunkan (herediter) (Faatih, 2009). Untuk

mendapatkan informasi genetik gajah sumatera di PLG TNWK perlu

dilakukan isolasi DNA.

Isolasi merupakan proses untuk mendapatkan DNA yang murni dengan

konsentrasi tinggi sehingga dapat digunakan untuk analisis molekuler

tingkat lanjut (Fatchiyah dkk., 2011). Prinsip utama dalam isolasi DNA ada

tiga yakni pemecahan sel (lisis), ekstraksi atau pemisahan DNA dari bahan

padat seperti selulosa dan protein, serta pemurnian DNA (Corkill dan

Rapley, 2008; Dolphin, 2008). Isolasi DNA dapat dilakukan salah satunya

dengan menggunakan sampel darah. Darah mengandung sel darah putih

(leukosit) yang terdapat materi genetik di dalam inti selnya.

Lisis merupakan tahapan awal isolasi DNA yang bertujuan untuk

mengeluarkan isi sel (Holme dan Hazel, 1998). Salah satu cara untuk

melisiskan sel adalah dengan metode enzimatik. Proteinase K dapat

digunakan untuk melisiskan membran pada sel darah (Khosravinia, dkk.,

2007) dan mendegradasi protein maupun rantai polipeptida dalam

komponen sel (Brown, 2009; Surzycki, 2000).

Elektroforesis adalah teknik analisis DNA secara kualitatif dengan prinsip

kerja memisahkan makromolekul berdasarkan perbedaan ukuran

(Magdeldin, 2012). Perpindahan molekul-molekul terjadi di dalam medium

15

padat (gel) yang direndam oleh larutan penyangga dibawah pengaruh listrik

(Gambar 2). Perpindahan molekul-molekul dalam eletroforesis ini

dipengaruhi oleh muatan listrik, titik isoelektrik, dan massa molekul.

Informasi yang dihasilkan dari proses ini adalah mengenai konfirmasi dan

ukuran DNA (Fairbanks dan Andersen, 1999).

Gambar 2. Ilustrasi elektroforesis gel agarosa(Sumber : Muncy, 2017)

Molekul DNA yang akan diuji dengan elektroforesis dimasukkan ke dalam

sumuran kecil pada gel. Gel agarosa dibuat dengan melarutkan agarosa

dalam buffer. Pemanasan dilakukan agar agarosa dapat terlarut dengan

baik. Larutan agarosa kemudian dituang ke dalam lempeng cetakan yang

dilengkapi dengan sisir untuk membentuk sumuran pada gel (Yuwono,

2005). Konsentrasi agarosa yang biasa digunakan antara 1-3%. Ukuran

pori gel bergantung pada konsentrasi agarosa, semakin tinggi konsentrasi

agarosa maka semakin kecil ukuran pori. Sebaliknya, semakin rendah

Larutan buffer

16

konsentrasi agarosa maka semakin besar ukuran pori (Wilson dan Walker,

2010).

Penggunaan metode isolasi dan uji kualitatif ini merupakan teknik

molekuler yang pada dasarnya variasi dalam pelaksanaannya, baik teknik

maupun tingkatan target data yang diinginkan sesuai dengan kemudahan,

ketersediaan sumber daya manusia, fasilitas, dan dana (Karp, dkk., 1997

dalam Ardiana, 2009).

17

III. METODE PENELITIAN

3.1 Waktu dan Tempat

Penelitian ini telah dilakukan pada Bulan Februari 2017 bekerja sama dan

dilakukan di RSG Prof. Dr. Ir. H. Rubini Atmawidjaja Pusat Latihan Gajah

Taman Nasional Way Kambas dan Laboratorium Bioteknologi Balai

Veteriner Lampung, di bawah penelitian Dra. Elly L. Rustiati, M.Sc.

dengan judul “Konstruksi Peta Filogenetis Gajah Sumatera (Elephas

maximus sumatranus) Di Pusat Latihan Gajah, Taman Nasional Way

Kambas Berdasarkan Analisis Sitologis dan Molekuler”.

3.2 Alat dan Bahan

3.2.1 Alat

Adapun peralatan yang digunakan dalam penelitian ini terdiri dari

satu set peralatan sampling darah gajah yang digunakan untuk

mengambil sampel darah gajah, tabung mikro 1,5 µl dan tabung spin

koleksi untuk isolasi DNA, vorteks untuk homogenisasi, water bath

untuk inkubasi sampel selama proses isolasi berlangsung, satu set alat

elektroforesis untuk melakukan uji kualitatif DNA, mikropipet dan tip

untuk mengambil sampel DNA, Digital Documents (Digi Doc) untuk

18

visualisasi hasil elektroforesis, dan kamera Samsung Galaxy J1 5

M.P. sebagai alat dokumentasi.

3.2.2 Bahan

Sedangkan bahan-bahan yang digunakan yaitu, sampel darah gajah

yang telah diberi perlakuan antikoagulan EDTA untuk mencegah

penggumpalan, satu set DNeasy Blood and Tissue Kit dari QIAGEN

untuk isolasi DNA, PBS sebagai larutan penyangga selama proses

ekstraksi berlangsung, gel agarosa sebagai fase diam, larutan

penyangga Tri-Asetat-EDTA (TAE) sebagai fase gerak dan pelarut

agarosa, loading dye sebagai pemberat DNA di dalam sumuran gel,

SYBR Safe digunakan sebagai pewarna untuk melihat DNA yang

terisolasi setelah dilakukan elektroforesis, parafilm untuk

mencampurkan DNA dengan larutan loading dye, marker 100 bp

sebagai penanda, dan

3.3 Prosedur Penelitian

Adapun tahapan pelaksanaan penelitian ini sebagai berikut:

3.3.1 Survei Pendahuluan

Survei pendahuluan dilakukan dengan melengkapi administrasi untuk

memperoleh Surat Izin Masuk Kawasan Konservasi (SIMAKSI) dari

Balai TNWK dan Surat Izin Penelitian di Balai Veteriner Lampung.

Selain itu survei populasi dan identitas gajah di PLG TNWK serta

19

rencana pengambilan sampel darah gajah juga dilakukan pada tahap

survei pendahuluan.

Jumlah minimum sampel gajah sumatera sebanyak 10 % dari total

populasi gajah tangkapan yang ada di PLG TNWK. Metode ini

mengacu pada Gay dan Diehl (1992), mengenai jumlah sampel

minimum pada penelitian deskriptif. Jumlah sampel darah gajah yang

digunakan dalam penelitian ini yaitu sebanyak 8 ekor gajah sumatera

dari total populasi gajah sebanyak 66 ekor pada bulan September

tahun 2016.

Penentuan individu sampel dilakukan dengan teknik purposive

sampling, yaitu menentukan sampel berdasarkan pertimbangan

tertentu (Sugiyono, 2001). Adapun pertimbangan yang digunakan

dalam penentuan sampel ini adalah berdasarkan asal gajah, tingkatan

umur dan jenis kelamin. Gajah yang digunakan dalam penelitian ini

merupakan gajah yang lahir di PLG TNWK atau berasal dari hutan

TNWK . Tingkatan umur dikelompokkan menjadi gajah muda dan

gajah dewasa. Gajah muda dengan kisaran umur 0-10 tahun sebanyak

4 ekor terdiri dari 2 ekor jantan dan 2 ekor betina, sedangkan gajah

dewasa dengan kisaran umur > 10 tahun sebanyak 4 ekor terdiri dari 2

ekor jantan dan 2 ekor betina.

20

3.3.2 Pengambilan Sampel Darah

Pengambilan sampel darah gajah dilakukan di RSG Prof. Dr. Ir. H.

Rubini Atmawidjaja PLG TNWK, sesuai dengan standar teknik

pengambilan sampel darah gajah yang terdiri dari 3 tahapan. Tahap

pertama adalah tahap persiapan, kemudian tahap pengendalian dan

tahap inti, berupa pengambilan sampel darah (Asiyah, dkk., 2016).

Secara teknis, pengambilan sampel darah gajah dilakukan oleh dokter

hewan yang bertugas di RSG Prof. Dr. Ir. H. Rubini Atmawidjaja

PLG TNWK, yaitu drh. Diah Esti Anggraini dan drh. Dedi Chandra,

M.Si. Proses pengambilan sampel darah gajah melibatkan paramedis

yang bertugas mempersiapkan peralatan dan bahan yang digunakan

untuk mengambil sampel darah gajah. Selain itu keberadaan mahout

dari masing-masing gajah juga sangat dibutuhkan dalam proses

pengendalian gajah yang akan diambil sampel darahnya (Tabel 1).

Proses pengambilan sampel darah juga didampingi oleh koordinator

PLG TNWK, Ibu Elisabeth D. Krismurniati, S.Si., M.E.

Tabel 1. Daftar nama mahout dan gajah sampel di PLG TNWKNo Nama Mahout Nama Gajah Jenis Kelamin

1 Diki Zulkifli Leo Jantan

2 Rohman Haryono Jantan

3 Edi Parwoto Rahmi Betina

4 Zainal Aripin Poniyem Betina

5 Fajar Dwi Wibowo Gadar Jantan

6 Sugiyono Fatra Jantan

7 Rekadin Queen Betina

8 Makmun Pardianto Yulia Betina

21

Sampel darah kemudian disimpan di dalam ice box untuk

mempertahankan kondisi fisiologisnya selama perjalanan menuju

laboratorium. Kemudian sampel darah di simpan di dalam refrigator

4oC, sampai perlakuan selanjutnya diberikan.

3.3.3 Isolasi DNA

Isolasi DNA genom dari sampel darah gajah dilakukan dengan

mengacu pada protocol isolasi DNeasyR Blood & Tissue Kit dari

QIAGEN dengan memodifikasi volume PBS. Tahapan isolasi DNA

adalah sebagai berikut:

i. Sampel darah gajah yang telah diberi perlakuan anti koagulan

EDTA diambil sebanyak 50-100 µl dimasukkan ke dalam

tabung mikro 1,5 yang berisi 20 µl proteinase K kemudian

ditambahkan larutan PBS hingga volume mencapai 220 µl.

ii. Buffer AL 200 µl ditambahkan, dilakukan homogenisasi lalu

diinkubasi pada suhu 56 oC selama 10 menit.

iii. Etanol 96-100% ditambahkan sebanyak 200 µl, dilakukan

homogenisasi.

iv. Campuran tersebut kemudian dimasukkan ke dalam tabung

spin column yang dilengkapi dengan tabung koleksi 2 ml, dan

disentrifugasi 8.000 rpm selama 1 menit. DNA akan terikat

pada silika gel dalam tabung spin column, dan senyawa yang

tidak dibutuhkan akan mengalir ke dalam tabung koleksi.

22

v. Campuran pada tabung spin column dipindahkan ke dalam

tabung koleksi baru lalu ditambahkan 500 µl buffer AW1 dan

disentifugasi selama 1 menit dengan kecepatan 8.000 rpm.

vi. Perlakuan (v) diulang kembali dengan mengganti buffer AW1

dengan buffer AW2, lalu sentrifugasi selama 4 menit dengan

kecepatan 14.000 rpm.

vii. Tabung koleksi kemudian diganti dengan tabung mikro 1,5

ml.

viii. Buffer AE 200 µl ditambahkan dalam tabung mikro

kemudian diinkubasi selama 1 menit dalam suhu ruangan.

Sentrifugasi dilakukan selama 1 menit dengan kecepatan

8.000 rpm.

ix. Isolat DNA kemudian disimpan dalam freezer dengan suhu -

20 oC untuk mencegah kerusakan DNA hingga proses

selanjutnya.

Modifikasi volume PBS 0, 50, dan 100µl digunakan untuk mengetahui

volume PBS yang tepat dengan hasil isolat DNA yang baik berdasarkan

hasil uji kualitatif dengan elektroforesis gel agarosa.

3.3.4 Elektroforesis Gel Agarosa

Elektroforesis dilakukan dengan menggunakan gel agarosa 1% dalam

buffer TAE. Kemudian separasi DNA pada gel dilakukan pada tegangan

100 V selama 10 menit. Adapun prosedurnya sebagai berikut:

23

i. Sebanyak 1 mg bubuk agarosa dalam 100 ml buffer TAE

dididihkan selama 3 menit dalam microwave, kemudian

didinginkan hingga suhu mencapai sekitar 8oC . Pewarna SYBR

safe ditambahkan sebanyak 1,5 µl, dilakukan homogenisasi

ii. Campuran tersebut kemudian dimasukkan ke dalam cetakan yang

telah dipasangi sisir pembuat sumuran pada gel.

iii. Setelah mengeras, gel agarosa dimasukkan ke dalam chamber lalu

ditambahkan buffer TAE hingga terendam.

iv. Masing-masing sampel isolat DNA dan larutan loading dye

dimasukkan pada sumuran yang telah terbentuk.

v. Elektroda kemudian dihubungkan dengan power supply agar DNA

melakukan pergerakan selama 10 menit dengan tegangan 100 V.

Setelah selesai, gel dipindahkan dari alat elektroforesis ke digi

doc untuk diamati hasilnya (Fatchiyah, 2011).

3.4 Analisis data

Data hasil penelitian yang diperoleh berupa visualisasi hasil isolasi DNA

dan elektroforesis gel agarosa. Dengan data tersebut dapat diketahui

kualitas DNA dari sampel darah gajah yang isolasi dari penambahan variasi

volume PBS modifikasi dari protokol isolasi DNeasyR Blood & Tissue Kit

dari QIAGEN. Data dianalisis secara deskriptif.

24

3.5 Diagram Alir Penelitian

Tahapan yang akan dilakukan dalam penelitian ini digambarkan dalam

diagram alir (Gambar 3) sebagai berikut:

Gambar 3. Diagram alir uji kualitatif DNA gajah sumatera di PLG TNWK

Survei Pendahuluan

Pengambilan sampel darah gajah sumatera

Isolasi DNA

Pembuatan media elektroforesis

Elektroforesis gel agarosa

Dokumentasi hasil

Analisis data

Simpulan

V. KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan

Adapun kesimpulan dari penelitian yang telah dilakukan adalah sebagai

berikut:

1. Kualitas DNA gajah yang terisolasi cukup baik tanpa ada kontaminan,

baik pada gajah yang berbeda umur maupun jenis kelamin.

2. Berdasarkan uji kualitatif, volume PBS yang menghasilkan isolat

DNA terbaik adalah 50 dan 100 µl.

5.2 Saran

Selama proses koleksi sampel darah gajah perlu diperhatikan kembali

kapasitas volume yang ideal dengan kandungan antikoagulan pada tabung

vacutainer.

Penggunaan larutan PBS dapat dijadikan sebagai solusi untuk melakukan

isolasi pada jumlah sampel terbatas. Uji lanjut terhadap hasil isolasi DNA

dengan penambahan PBSperlu dilakukan untuk melihat pengaruhnya terhadap

informasi genetik yang dihasilkan.

47

DAFTAR PUSTAKA

Abdullah, Asiah, dan T. Japisa. 2012. Karakteristik habitat gajah sumatera(Elephas maximus sumatranus) di kawasan ekosistem seulawahKabupaten Aceh Besar. Jurnal Ilmiah Pendidikan Biologi, BiologiEdukasi. 4

Addas, P.A., Midau A., Muktar, Y.M., dan Mshelia, Z.B. 2012. Assessment ofbreed, age and body condition score on hematology, blood chemistry andfecal parasitic load of indigenous bulls in Adamawa State. Intern J ofAgric Sci. 2

Aini, A.N., Purbowatiningrum, R.S., dan Agustina, L.N. Aminin. 2011.Pemurnian DNA plasmid Puc19 menggunakan kolom silika dengandenaturan urea. Jurnal Sains dan Matematika. 19

Ali, M.A. 2008. Studies on calving related disorders (dystocia, uterine prolapsedand retention of fetal membranes) of the river buffalo (Bubalus Bubalis),in different agroecological zones of Punjab Province, Pakistan (Tesis).University of Agriculture. Pakistan.

Alikodra, H.S. 1990. Pengelolaan Satwaliar. Departemen Pendidikan danKebudayaan Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi. Pusat AnatarUniversitas Ilmu Hayat Institute Pertanian Bogor. Bogor.

Alikodra, H.S. 2002. Pengelolaan Satwa Liar Jilid 1. Penerbit IPB Press. Bogor.

Alikodra, H.S. 2010. Teknik Pengelolaan Satwa Liar dalam RangkaMempertahankan Keanekaragaman Hayati Indonesia. Penerbit IPB Press.Bogor.

Ardiana, Dwi N. 2009. Teknik Isolasi DNA Genom Tanaman Pepaya Dan JerukDengan Menggunakan Modifikasi Buffer CTAB. Buletin TeknikPertanian. 14.

Asiyah, S., Dedi C., Diah E.A., Elly L.R., dan Priyambodo. 2016. BloodSampling Technique on Captive Elephant in way Kambas National Park.Oral Presentation of International Wildlife Symposium. UniversitasLampung. Lampung.

48

Ausubel, F.M., R. Brent, R. E. Kingston, D.D. Moore, J.G. Seidman, J.A. Smith,dan K. Struhl. (2003). Current protocols in Molecular Biology. JohnWiley & Sons Ltd. United Kingdom

Brown, T.L., Lemay, H.E., Jr., dan Bursten, B.E. 2009. Chemistry Contexts Edisi11. Pearson Education Australia. Australia

Carson, Susan., dan Robertson, Dominique. 2006. Manipulation and Expressionof Recombinant DNA, 2nd Edition. Elsevier Academic Press. USA.

Convention on International Trade in Endangered Spesies [CITES]. 2000.Elephas maximus sumatranus.http://www.cites.org/eng/results.php?cites=Elephas+maximus+sumatranus. diakses pada 10 April2016

Corkill, G., dan Rapley, R. 2008. The Manipulation of Nucleic Acids: Basic Toolsand Techniques. In: Molecular Biomethods Handbook Second Edition. Ed:Walker, J.M., Rapley, R. Humana Press, NJ. USA.

Dolphin, W.D. 2008. Biological investigations.The McGraw-Hill Companies, Inc.New York.

Faatih, Mukhlissul. 2009. Isolasi dan digesti DNA kromosom. Jurnal PenelitianSains & Teknologi. 10.

Fairbanks, D.J., dan W.R. Andersen. 1999. Genetics : The Continuity of Life.Brooks. Cole Publishing Company. California

Fatchiyah, Estri, L.A., Sri, W., dan Sri, R. 2011. Biologi Molekular. PrinsipDasar Analisis. Erlangga. Jakarta.

Firqon, I. 2012. Melirik peran dan daya guna taman konservasi Lampung.(Online). http:// astacala.org/wp/2012/03/melirik-peran-dan-daya-guna-taman-konservasi-gajahdilampung/. diakses pada 10 April 2016

Frankham, R.J.D. Ballou dan D.A Briscoe. 2002. Introduction to conservationgenetics. Cambridge University Press. Cambridge.

Gay, L.R. dan Diehl, P.L.1992. Research Methods for Business and Management.Mc Millan Publishing Company. New York

Handayani, Tri. 2009. Pengaruh Antikoagulan EDTA 10% volume 10 μL dan 50μL Terhadap Pemeriksaan Jumlah Leukosit di Laboratorium CendiaSemarang (KTI). Universitas Muhammadiyah Semarang. Semarang.

Holme, D. J., dan P. Hazel. 1998. E-book: Analytical Biochemistry Third Edition.Pearson Education. England.

49

Indrawan, M., R. B. Primack dan J. Supriatna. 2007. Biologi Konservasi. YayasanObor Indonesia. Jakarta.

Ishwaran, N. 1993. Ecology of the Asian elephant in lowland dry zone habitat ofthe Mahaweli River Basin. Sri Lanka. Journal of Tropical Ecology. 9

Jajak, M.D. 2004. Binatang-Binatang Yang Dilindungi. Progres. Jakarta.

Jean, Francois Giot. 2010. Agarose Gel Electrophoresis –Aplications in ClinicalChemistry. J Med Biochem. 29

Kementerian Kehutanan.2011. Balai Konservasi Sumber Daya Alam SumateraSelatan: Laporan Tahunan 2011. Brigade Pengendalian Kebakaran HutanManggala Agni Sumatera Selatan.

Khosravinia, H., H.N.N. Murthy, D.T. Parasad, dan N. Piraniy. 2007. Optimizingfactors influencing dna extraction from fresh whole avian blood. AfricanJournal of Biotechnology. 6 (4).

Kumar, M.A., D. Mudappa, dan T.R.S. Raman. 2010. Asian elephant (Elephasmaximus) habitat use and ranging in fragmented rainforest and plantationsin the Anamalia Hills, India. Tropic Conserv Sci 3

Lager, K. dan Jordan E. 2012. The metabolic profile for the modern transitiondairy cow. The Mid-South Ruminant Nutrition Conference. Texas AgrilifeExtension Service. Texas.

Lekagul, B. dan J.A. McNeely, 1977. Mammals of Thailand. Sahakarnbhat Co.Bangkok.

McKay, G.M. 1973. Behavior and ecology of the Asiatic elephant in southeasternCeylon.Smithsonian Contributions to Zoology. 125

Magdeldin, Sameh. 2012. Gel Electrophoresis-Principles and Basics. InTechPublisher. Rijeka, Croatia

Masy’ud, B. 1992. Identifikasi Sifat Genetik Satwa Dilindungi: Sisi PentingKegiatan Konservasi Keanekaragaman Hayati. Media Konservas.3

Meytasari, P., Bakrie, S., dan Herwanti, S. 2014. Perilaku makan dan menggaramgajah sumatera (Elephas maximus sumatranus) di Resort PemerihanTaman Nasional Bukit Barisan Selatan. J. Sylva Lestari. 2

Mukhtar. 2004. Taman Nasional Way Kambas Daya Tarik KepariwisataanLampung. http://repository.usu.ac.id/bitstream/pariwisata-muchtar.pdf.diakses 10 April 2016

50

Mulyani, Y., A. Purwanto, dan I. Nurruhwati. 2011. Perbandingan BeberapaMetode Isolasi DNA untuk deteksi didi Koi Herpes Virus (KHV) padaIkan Mas (Cyprinus caprio L.). J. Akuatika. 2

Adimaja, M. 2016. Taman nasional way kambas asean heritage park. M. Tempo.Online. https://m.tempo.co/read/news/2016/07/25/203790364/taman-nasional-way-kambas-jadi-taman-warisan-asean-ke-36 diakses pada 4Maret 2017.

Muncy, Kaleb. 2017. Online. http://slideplayer.com/slide/3337819/ diakses pada14 Maret 2017

Nugraha, Gilang. 2015. Panduan Pemeriksaan Laboratorium Hematologi Dasar.CVTrans Info Media. Jakarta Timur.

Peraturan Pemerintah Nomor 7 Tahun 1999 Tentang Pengawetan Tumbuhan danSatwa Liar.

Perrera, B.M.A.O. 2009. The human elephant conflict: A review of current statusand mitigation methods. Gajah. 30

Qiagen. 2011. Quick-Start Protocol DNeasyR Blood & Tissue Kit. Online.http://www.protocol-online.org. diakses pada 9 November 2016

Riswanto. 2013. Pemeriksaan Laboratorium Hematologi. Alfamedia. Yogya.

Rood, E., Ganie, A.A., dan Nijman, V. 2010. Using presence-only modeling topredict Asian elephant habitat use in tropical forest landscape :implications for conservation. Divers Distrib. 16

Russell, P.J. 1994. Fundamentals of genetics. Harper Collins College Publishers.New York.

Sambrook, J. dan Russel, D.W. 2001 . Ed. Molecular Cloning: A LaboratoryManual 3rd Ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. New York.

Shoshani, J. dan J.F. Eisenberg, 1982. Elephas maximus. The American Society ofMammalogists.

Soehartono, T., Herry, D.S., Arnold, R.S., Donny, G., Elisabet, M.P., Wahdi, A.,Nurchalis, F., dan Christopher, F. 2007. Strategi dan Rencana AksiKonservasi Gajah Sumatera dan Gajah Kalimantan 2007-2017. DirektoratJenderal Perlindungan Hutan dan Konservasi Alam. DepartemenKehutanan. Jakarta.

Stojevic, Z., Filipovic, N., Bozic, P., Tucek, Z., dan Daud, J. 2008. The metabolicprofile of Simmental service bulls. Vet Arhiv. 78

Sugiyono. 2001. Metode Penelitian Administrasi. Alfabeta. Bandung.

51

Sugiyono. 2008. Metode Penelitian Kuantitatif, Kualitatif dan R&D. PenerbitAlfabeta. Bandung.

Sukumar, R.. 1989. The Asian Elephant: Ecology and Management. CambridgeUniversity Press. Cambridge, UK.

Sukumar, R.. 2003. The Living Elephants. Oxford University Press. Oxford.

Suryanto, D. 2003. Melihat Keanekaragaman Organisme Melalui BeberapaTeknik Genetika Molekuler. USU digital library

Surzycki, S. 2000. Basic techniques in molecular biology. Springer-Verlag BerlinHeidelberg. Germany.

Suwattana, D., W., Koykul, S. Mahawangkul, S. Kanchanapangka, H. Joerg, G.Stranzinger. 2000. The GTG-Banded karyotype and telomere fish in asianelephants (Elephas maximus). Vet.Med-CZECH. 45

Tarmizi. 2008. Pemilihan Habitat Gajah Sumatera (Elephas maximus sumatranus)di Cagar Alam Jantho Kabupaten Aceh Besar. Universitas Syiah Kuala.Banda Aceh.

Tomas, M., Valvac, V., Petra, S., dan Martin, P. 2005. Denaturating RNAelectrophoresis in TAE agarose gels. Analytical Biochemistry. 336

Wilson, K. dan John, M. W. 1994.Principles and Techniques of PracticalBiochemistry. Cambridge University Press. UK.

World Wildlife Fund [WWF]. 2015. Gajah Sumatera.Online.http://www.wwf.or.id/program /spesies/gajah_sumatera/ dikses pd 11 April 2016

Yuwono, T. 2005. Biologi Molekuler. Erlangga. Jakarta.