laporan isolasi dna kromosom dan plasmid

Upload: nimatin-ch

Post on 05-Jul-2018

248 views

Category:

Documents


5 download

TRANSCRIPT

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    1/24

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    2/24

    BAB I/ PENDA0,L,AN

    1/1 LATAR BELAKAN

    Asam nukleat adalah polinukleotida yang terdiri dari unit-unit mononukleotida, jika

    unit - unit pembangunnya dioksinukleotida maka asam nukleat itu disebut dioksiribonukleat

    (DNA) dan jika terdiri dari unit-unit mononukleotida disebut asam ribonukleat (RNA). DNA

    dan RNA mempunyai sejumlah sifat kimia dan fisika yang sama sebab antara unit-unit

    mononukleotida terdapat ikatan yang sama yaitu melalui jembatan fosfodiester antara posisi 3

    suatu mononukleotida dan posisi ! pada mononukleotida lainnya ("arpet, #$%&).

    Asam-asam nukleat seperti asam dioksiribosa nukleat (DNA) dan asam ribonukleat

    (RNA) memberikan dasar kimia bagi pemindahan keterangan di dalam semua sel. Asam

    nukleat merupakan molekul makro yang memberi keterangan tiap asam nukleat mempunyai

    urutan nukleotida yang unik sama seperti urutan asam amino yang unik dari suatu protein

    tertentu karena asam nukleat merupakan rantai polimer yang tersusun dari satuan monomer 

    yang disebut nukleotida (Dage, #$$').

    Dua tipe utama asam nukleat adalah asam dioksiribonukleat (DNA) dan asam

    ribonukleat (RNA). DNA terutama ditemui dalam inti sel, asam ini merupakan pengemban

    kode genetik dan dapat memproduksi atau mereplikasi dirinya dengan tujuan membentuk sel-

    sel baru untuk memproduksi organisme itu dalam sebagian besar organisme, DNA suatu sel

    mengerahkan sintesis molekul RNA, satu tipe RNA, yaitu messenger RNA (mRNA),

    meninggalkan inti sel dan mengarahkan tiosintesis dari berbagai tipe protein dalam organisme

    itu sesuai dengan kode DNA-nya(fessenden, #$$&).

    eskipun banyak memiliki persamaan dengan DNA, RNA memiliki perbedaan

    dengan DNA, antara lain yaitu(oedjiati, #$$*)+a. agian pentosa RNA adalah ribosa, sedangkan bagian pentosa DNA adalah

    dioksiribosa.

     b. entuk molekul DNA adalah heliks ganda, bentuk molekul RNA berupa rantai tunggal

    yang terlipat, sehingga menyerupai rantai ganda.

    . RNA mengandung basa adenin, guanin dan sitosin seperti DNA tetapi tidak 

    mengandung timin, sebagai gantinya RNA mengandung urasil.

    d. umlah guanin dalam molekul RNA tidak perlu sama dengan sitosin, demikian pula

     jumlah adenin, tidak perlu sama dengan urasil.

    /elain itu perbedaan RNA dengan DNA yang lain adalah dalam hal (/uryo, #$$') +

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    3/24

    #. 0kuran dan bentuk 

    ada umumnya molekul RNA lebih pendek dari molekul DNA. DNA berbentuk double heli1,

    sedangkan RNA berbentuk pita tunggal. eskipun demikian pada beberapa 2irus tanaman,

    RNA merupakan pita double namun tidak terpilih sebagai spiral.

    '. /usunan kimia

    olekul RNA juga merupakan polimer nukleotida, perbedaannya dengan DNA yaitu+

    a. ula yang menyusunnya bukan dioksiribosa, melainkan ribosa.

     b. asa pirimidin yang menyusunnya bukan timin seperti DNA, tetapi urasil.

    3. 4okasi

    DNA pada umumnya terdapat di kromosom, sedangkan RNA tergantung dari maamnya,

    yaitu+

    • RNAd (RNA duta), terdapat dalam nukleus, RNA d dietak oleh salah satu pita DNA

    yang berlangsung didalam nukleus.

    • RNAp (RNA pemindah) atau RNA t(RNA transfer), terdapat di sitoplasma.

    • RNAr (RNA ribosom), terdapat didalam ribosom.

    *. 5ungsinya

    DNA berfungsi memberikan informasi atau keterangan genetik, sedangkan fungsi RNA

    tergantung dari maamnya, yaitu+

    • RNAd, menerima informasi genetik dari DNA, prosesnya dinamakan transkripsi,

     berlangsung didalam inti sel.

    • RNAt, mengikat asam amino yang ada di sitoplasma.

    • RNAt, mensintesa protein dengan menggunakan bahan asam amino, proses ini

     berlangsung di ribosom dan hasil akhir berupa polipeptida.

    DNA pada organisme tingkat tinggi seperti manusia, he6an dan tumbuhan terdapat di

    dalam inti sel, dan beberapa organ lain di dalam sel seperti mitokondria dan kloroplast.

    enyebutan nama DNA juga didasarkan pada lokasi asalnya. DNA genome inti (nuclear DNA

     genome) berasal dari inti sel, DNA genom mitokondria (mitochondrial DNA genome) berasal

    dari mitokondria, DNA genom kloroplast berasal dari kloroplast. ada organisme tingkat

    rendah, DNA penyusun kromosom dan plasmid dibungkus oleh dinding sel (pada bakteri)

    atau dibungkus oleh protein tertentu (pada 2irus). 7romosom eukariot berbentuk linear 

    sedangkan kromosom prokariot berbentuk sirkular. /elain itu prokariot juga mengandung satu

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    4/24

    atau lebih plasmid. lasmid merupakan mulekul DNA sirkular dengan ukuran yang jauh lebih

    keil dibanding kromosom.

    • Isolasi DNA k&omosom/

    rinsipnya adalah memisahkan DNA kromosom atau DNA genom dari komponen-

    komponen sel lain. /umber DNA bisa dari tanaman, kultur mikroorganise, atau sel manusia.

    embran sel dilisis dengan menambahkan detergen untuk membebaskan isinya, kemudian

     pada ekstrak sel tersebut ditambahkan protease (yang berfungsi mendegradasi protein) dan

    RNase (yang berfungsi untuk mendegradasi RNA), sehingga yang tinggal adalah DNA.

    /elanjutnya ekstrak tersebut dipanaskan sampai suhu $&89 untuk menginaktifasi en:im yang

    mendegradasi DNA (DNase). 4arutan DNA kemudian di presipitasi dengan etanol dan bisa

    dilarutkan lagi dengan air.

    • Isolasi DNA plasmi2

    DNA plasmid merupakan 6adah yang digunakan untuk kloning gen, sehingga DNA

     plasmid harus di pisahkan dari DNA kromosom. DNA plasmid mempunyai ukuran yang jauh

    lebih keil daripada DNA kromosom. 0ntuk memisahkan DNA plasmid, maka memerlukan

     perlakuan yang sedikit berbeda dengan prosedur di atas. ertama, membran sel dilisis dengan

     penambahan detergen. roses ini membebaskan DNA kromosom, DNA plasmid, RNA,

     protein dan komponen lain. DNA kromosom dan protein diendapkan dengan penambahan

     potasium. DNA ; protein ; potasium yang mengendap dipisahkan dengan ara sentrifugasi.

    /upernatan yang mengandung DNA plasmid, RNA dan protein yang tersisa dipisahkan.

    7emudian ditambahkan RNase dan protese untuk mendegradasi RNA dan protein. Akhirnya

    DNA plasmid dapat dipresipitasi menggunakan etanol.

    • Isolasi RNA

    RNA, terutama mRNA merupakan materi genetik yang mengkode suatu protein.

    umlah populasi mRNA akan lebih banyak dibanding dengan DNA. mRNA eukariot dapat

    dipisahkan dari DNA dengan menggunakan oligonukleotida d

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    5/24

    DNA telah dikembangkan dari prinsip dasar tersebut, sehingga saat ini munul berbagai

    teknik ekstraksi dan purifikasi DNA. rinsip dasar ekstraksi DNA adalah serangkaian proses

    untuk memisahkan DNA dari komponen-komponen sel lainnya. "asil ekstraksi tersebut

    merupakan tahapan penting untuk langkah berikutnya. =leh sebab itu dalam pelaksanaannya

    harus dilakukan dengan baik dan bebas kontaminasi.

    /eara kimia6i penghanuran sel dilakukan dengan memanfaatkan senya6a kimia

    seperti >DDn:im proteinase 7 dapat digunakan untuk menghanurkan protein. 7otoran akibat lisis

    sel dipisahkan dengan ara sentrifugasi. 7emudian molekul nuleotida (DNA dan RNA) yang

    telah dipisahkan dibersihkan dari protein yang masih ada dengan menggunakan phenol.

    Dalam proses ini sebagian keil RNA juga dapat dibersihkan. /edangkan holoform

    digunakan untuk membersihkan sisa-sisa protein dan polisakarida dari larutan. >n:im

    RNAase digunakan untuk menghanurkan RNA sehingga DNA dapat diisolasi seara utuh.

    emurnian atau purifikasi DNA dapat dilakukan dengan menampur larutan DNA tersebut

    dengan Na9l yang berfungsi memekatkan, memisahkan DNA dari larutan, dan

    mengendapkan DNA se6aktu diampur dengan ethanol. roses sentrifugasi dengan keepatan

    tinggi akan mengendapkan tepung ber6arna putih (DNA) dan menempel di dasar tabung

    ependorf.

    ada manusia, hanya sel darah putih yang mempunyai inti dan mengandung DNA. Agar 

    lebih efisien, isolasi DNA dilakukan hanya terhadap sel darah putih. =leh sebab itu sampel

    darah total (whole blood ) yang masih segar langsung dipisahkan menjadi serum, sel darah

    merah dan sel darah putih (dilapisan buffy coat ) dengan teknik sentrifugasi. /etelahdisentrifugasi, sampel darah total akan terbagi menjadi tiga lapisan, yaitu lapisan paling atas

    merupakan serum, lapisan tengah ber6arna putih tipis adalah sel darah putih (buffy coat ) dan

    lapisan ba6ah adalah sel darah merah. 4apisan kedua yang merupakan sel darah putih diambil

    dengan klinipette.

    olekul DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai maam

    keperluan seperti amplifikasi dan analisis DNA melalui elektroforesis. ?solasi DNA dilakukan

    dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein, lemak, dan

    karbohidrat. risnsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghanuran (lisis), ektraksi

    atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta pemurnian DNA.

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    6/24

    Ada beberapa hal yang perlu diperhatikan dalam proses isolasi DNA antara lain harus

    menghasilkan DNA tanpa adanya kontaminan seperti protein dan RNA@ metodenya harus

    efektif dan bisa dilakukan untuk semua spesies metode yang dilakukan tidak boleh mengubah

    struktur dan fungsi molekul DNA@ dan metodenya harus sederhana dan epat.

    ?solasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. /alah satu prinsip isolasi DNA

    yaitu dengan sentrifugasi. /entrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan ampuran

     berdasarkan berat molekul komponennya. molekul yang mempunyai beratmolekul besar akan

     berada di bagian ba6ah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung

    (ader, #$$3)

    /etiap organisme memiliki DNA yang terletak dalam inti sel atau nukleus yang  disebut

    sebagai DNA kromosomal, begitu pula bakteri. Disamping DNA kromosom, beberapa bakteri

     juga mengandung DNA ekstrakromosom yang disebut DNA plasmid. erbeda dengan DNA

    kromosom, DNA plasmid berbentuk sirkular dengan ukuran yang jauh lebih keil dibanding

    DNA kromosom. DNA plasmid hanya berukuran #.&&&-'&&.&&& pasang basa. DNA plasmid

    terdapat bebas di dalam sitoplasma, dan dapat melakukan replikasi seara autonom.

    ada bakteri jumlah plasmid yang dimiliki ber2ariasi bahkan sampai ribuan ataupun

    tidak memiliki plasmid. lasmid bisa saja tidak terdapat pada bakteri yang biasa saja karena plasmid tidak mempengaruhi ketahanan hidup bakteri tersebut. lasmid hanya memberikan

    sifat istime6a yang dimiliki oleh bakteri tersebut misalnya resistensi terhadap antibiotik.

    eberapa karakteristik dari plasmid yang patut diketahui antaralain+ dapat ditransfer ke

     bakteri lain dan memiliki =R? (Origin of replication) sehingga mampu mereplikasi diri tanpa

     pengaturan dari DNA kromosom. Replikasi dimulai dari titik =R? hingga semua plasmid

    tereplikasi. lasmid memba6a informasi genetik dan mengalami replikasi untuk 

    menghasilkan plasmid yang identik dan diturunkan selama pembelahan sel (affar, '&&).

    lasmid sering digunakan sebagai 2ektor untuk memba6a gen-gen tertentu yang

    diinginkan ke dalam suatu sel inang. =leh karena itu, perlu diperoleh plasmid yang tidak 

    terkontaminasi dengan kromosom agar diperoleh produk yang diinginkan.

    erdasarkan fungsinya plasmid dapat dikelompokkan menjadi+

    • 5ertility- 5 plasmids

    erupakan plasmid yang dapat ditransfer dari satu sel ke sel bakteri lain untuk proses

    konjugasi. lasmid ini juga mempunyai kemampuan untuk mentransfer DNA atau gen baik 

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    7/24

    yang terdapat dalam plasmid ataupun dalam kromosom. lasmid ditemukan antara lain

     pada Escherichia coli, Pseudomonas sp, dan Streptomyces.

    • Resistane- R plasmids

    engandung gen yang resisten terhadap antibiotik atau raun dan inhibitor pertumbuhanlainnya. lasmid R dapat ditemukan pada Staphylococcus.

    • lasmid penyandi baterioins

    aterioins adalah senya6a yang diproduksi oleh bakteri untuk menghambat

     pertumbuhan atau bakteri lain yang spesises atau galurnya berbeda. lasmid ini

    mengandung gen struktural baterioins ataupun gen yang mengkode protein yang

     berperan dalam pemrosesan dan transport baterioins. enamaan plasmid ini tergantung

     pada organisme yang memproduksinya.isalnya plasmid 9ol pada bakteri  Escherichia

    coli yang mengkode oliins.• Degradati2e plasmids

    erupakan plasmid yang mampu menerna subsansi yang tidak biasa, ontoh toluen dan

    asam salisilat.

    • Birulene plasmids

    erupakan plasmid yang menjadikan bakteri tersebut patogen.

    erbagai maam bentuk plasmid akan mempengaruhi keepatan migrasi plasmid dalam

    elektroforesis. >lektroforesis adalah proses migrasi dari fragmen DNA di dalam gel yang

    direndam dalam larutan buffer. 0rutan migrasi bentuk-bentuk plasmid tersebut dari yang

     paling epat adalah superoiled, superoiled denaturated, rela1ed irular, dan niked open

    irular. entuk plasmid yang semakin keil atau ramping akan lebih mudah bergerak melalui

     pori gel agarose sehingga akan menapai bagian ba6ah terlebih dahulu. erjalanan molekul

    DNA di dalam gel mengikuti arus listrik, dari kutub negati2e menuju kutub positif. /emakin

     besar tegangan arus listrik, perjalanan molekul DNA akan makin epat, demikian pula

    sebaliknya. Ada bermaam- maam :at kimia yang digunakan sebagai gel di dalam proses

    elektrofoesis. enggunaan jenis gel disesuaikan denga tujuan yang akan diapai. Ada dua araelektroforesis, yaitu elektroforesis gel agarose dengan 2isualisasi menggunakan ethidium

     bromide dan elektroforesis gel polyarilamide dengan 2isualisasi menggunakan sil2er 

    staining.

    Ada berbagai maam kegunaan dari plasmid, dalam rekayasa genetika, plasmid

    digunakan sebagai 2ektor untuk kloning DNA. /elain itu plasmid juga banyak digunakan

    untuk perbanyakan jumlah DNA tertentu sehingga bisa mengekspresikan gen tertentu. Alasan

    utama pengunaan plasmid ini adalah karena plasmid memiliki peta restriksi, adanya marker sehingga dapat diketahui apakah gen insert masuk atau tidak, memiliki opy number yang

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    8/24

     besar, dan mudah dimodifikasi sesuai dengan tujuan tertentu. 7arena plasmid memiliki fungsi

    yang bisa dimanfaatkan keuntungannya, maka ada banyak ara yang digunakan untuk 

    mengisolasi plasmid tersebut. lasmid yang diisolasi berasal dari bakteri. roses ini dikenal

    sebagai proses mini preparation karena jumlahnya hanya sekitar #-'&Cg. /edangkan untuk 

     jumlah yang lebih besar (#&&-'&&Cg) digunakan midi preparation dan maxi preparation untuk 

     jumlah yang lebih besar dari '&& Cg.

    Dalam isolasi DNA plasmid biasanya diperoleh plasmid dalam 3 topologi, yaitu+

    o2alently losed irulair (), open irulair (o), dan linier (l). ?solasi plasmid bertujuan

    untuk mengisolasi atau memisahkan plasmid dari molekul-molekul lain yang terdapat di

    dalam sel (/uryani, dkk. '#). 

    7eberhasilan tahapan isolasi bergantung pada sumber bahan, konsentrasi bahan,

    stabilitas, dan kadar kemurnian produk akhir. ?solasi plasmid terdiri dari tiga tahapan

    kegiatan, yaitu tahap kulti2asi dan pemanenan atau har2esting, tahap lisis dan tahap

     pemurnian DNA plasmid. 7ulti2asi yaitu proses reproduksi bakteri sehingga pada saat

     pemanenan didapatkan plasmid dalam jumlah yang banyak. erusakan (lisis) dinding sel

     bakteri dapat dilakukan dengan ara mekanis seperti sonikasi, tekanan tinggi, beku leleh

    maupun dengan ara kimia6i menggunakan larutan lisis. lasmid yang diperoleh dimurnikan

    dari berbagai kontaminan dengan penambahan fenol (ro6n '&&3).

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    9/24

     plasma dan membran inti baik dengan ara mekanik maupun seara kimia6i. enambahan

    detergen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena detergen dapat menyebabkan rusaknya

    membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik detregen dengan protein

    dan lemak pada membran membentuk senya6a lipid protein kompleks ( ahfud, '&& ).

    aam-maam detergen yang digunakan juga berpengaruh pada hasil dari isolasi

    DNA dengan kualitas baik karena kandungan pada masing masing detergen berbeda. ada

     proses lisis dengan menggunakan detergen, sering digunakan sodium dodeyl sulphate (/D/)

    sebagai tahap pelisisan membran sel. Detergen tersebut selain berperan dalam melisiskan

    membran sel juga dapat berperan dalam mengurangi akti2itas en:im nuklease yang

    merupakan en:im pendegradasi DNA. /elain digunakan /D/, detergen yang lain seperti etyl

    trimethylammonium bromide (9

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    10/24

    /etelah dilakukan proses presipitasi dan dilakukan penuian dengan etanol, maka

    etanol kemudian dibuang dan pellet dikeringanginkan, perlakuan tersebut bertujuan untuk 

    menghilangkan residu etanol dari pelet DNA. enghilangan residu etanol dilakukan dengan

    ara e2aporasi karena etanol mudah menguap. ada tahap penuian biasanya etanol

    diampur dengan ammonium asetat yang bertujuan untuk membantu memisahkan kontaminan

    yang tidak diinginkan seperti dN< ads dari Escherichia coliG

    1/3 T,.,AN

    • ahasis6a mampu melakukan isolasi DNA kromosom bakteri

    • ahasis6a mengetahui dan mampu mengisolasi plasmid rekombinan p>< ads dari

     bakteri Escherichia coli

    1/( MAN+AAT

    Dapat melakukan isolasi DNA kromosom (interselular) maupun plasmid

    (ekstraselular) pada suatu bakteri

    BAB II/ METODE PRAKTIK,M

    /1 ALAT DAN BA0AN

    • ISOLASI DNA KROMOSOM

    Alat

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    11/24

    - /entrifuse

    - Borte1

    - /haker ?nubator 

    - emanas air 

    -5ree:er 

    -

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    12/24

    - /olution ??? (& m4 ! potasium asetat, ##.! m4 asam asetat glasial, '%.! m4

    aEuadest)

    - 9? (henolI9hloroformI?soamilalkohol)

    - ufer

    - >tanol pa

    -  Na asetat

    / CARA KER.A

    • ISOLASI DNA KROMOSOM

    • ISOLASI DNA PLASMID

    embiakan dan emanenan akteri

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    13/24

    ?solasi plasmid

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    14/24

    BAB III/ 0ASIL PENAMATAN DAN PEMBA0ASAN

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    15/24

    • ISOLASI DNA KROMOSOM

    ada praktikum kali ini kami melakukan perobaan isolasi DNA kromosom bakteri,

    untuk mengisolasi DNA kromosom bakteri ini perlu dilakukan beberapa langkah yaitu

    menumbuhkan bakteri dan pemanenan bakteri untuk mendapatkan sel yang ukup kemudian

     pemeahan dinding sel bakteri dan yang terakhir pemurnian atau pemisahan kromosom dari

    komponen-komponen sel lainnya.

    enanaman untuk menumbuhkan sel bakteri dapat dilakukan dengan membiakkan

     bakteri E!coli rekombinan yang diambil dari 4 padat dan ditumbuhkan di 4 air kemudiandishaker inkubasi selama #% jam pada suhu 3J9 dengan keepatan #!& rpm. Alasan

    digunakannya shaker inkubator yaitu untuk meningkatkan aerasi sehingga mempermudah

    dalam meratakan bakteri didalam media dan akhirnya pertumbuhan bakteri akan lebih

     banyak.

    /etelah penanaman yaitu dilakukan pemanenan, pemanenan dilakukan dengan ara

    mengambil # ml biakan bakteri masukkan eppendorf #,! ml kemudian disentrifugasi selama !

    menit keepatan #'.&&& rpm dengan keepatan ini maka akan mengendapkan sel-sel dari

     bakteri sehingga yang diambil adalah natannya sedangkan supernatan dibuang. 7emudian

    natan yang diperoleh diui dengan #ml / dan disentrifugasi lagi selama ! menit dengan

    keepatan #'.&&& rpm penuian ini bertujuan untuk menghilangkan sisa-sisa media

    supernatan. /etelah selesai penuian maka natan tadi disimpan pada suhu -'&J9.

    emeahan dinding sel bakteri pada perobaan ini menggunakan metode "eat-/hok 

    yang dilakukan dengan ara mendidihkan pelet yang beku akibat disimpan disuhu -'&J9 tadi

    selama * menit kemudian dilarutkan dengan !&Cl aEuabidest steril kemudian diresuspensi.

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    16/24

    0ntuk mengisolasi DNA plasmid perlu dilakukan beberapa langkah yaitu penanaman

     bakteri pada suatu media 4 air, pemanenan dan lisis sel bakteri serta pemurnian plasmid

    DNA yang dilakukan dengan ekstraksi dengan pelarut organik atau metode kromatografi.

    enumbuhan bakteri ini dilakukan dengan tujuan memperbanyak bakteri sehingga didapat sel

    yang ukup untuk dilakukan dengan tujuan memperbanyak bakteri sehingga didapat sel yang

    ukup untuk dilakukan proses selanjutnya. /ehari setelah penumbuhan bakteri dilakukan

     pemanenan bakteri yang diambil sebanyak #,! ml dan dimasukkan ke tabuang eppendorf,

    dilakukan pemeahanIlisis sel dengan sentrifugasi bakteri yang ada dalam tabung eppendorf 

    setelah ! menit. /upernatan (airan) sel dibuang, artinya DNA kromosom berada pada bagian

    yang tidak larut yaitu pelet sel. roses sentrifuse di lakuakan sebanyak 3 kali berturut-turut

    dengan tujuan mendapatkan pelet sel yang lebih banyak. "asilnya diresuspensi dengan

    solution ? sebanyak #&&Cl dan di2orte1, lalu ditambah solution ?? sebanyak '&& Cl dengan

    ara memipet #&& Cl /D/ #H dari #&H dan Na=" &,' N dari #& N sebanyak '& Cl serta

    aEuadest steril %%& Cl dan dibolak-balik -% kali. 4alu, diinkubasi selama ! menit sampai

     bening di es maka akan terjadi lisis dan diambil supernatannya. Ditambahkan #!& Cl solution

    ??? dan bolak-balik -% kali dan disimpan dalam es selama ! menit, lalu disentrifugasi dan

    dipindahkan pada eppendorf baru. 0kur 2olume supernatan yaitu *!& Cl dan tambahkan 9?

    dengan 2olume yang sama, di2orte1 dan sentrifus kembali (jangan lupa untuk memakai

    sarung tangan saat bekerja dengan 9?). Diambil lapisan atas, ditambahkan etanol p.a ',!

    kalinya dari *&& Cl dan Na asetat 3 sebanyak &,# kalinya dari 2olume supernatan saja yaitu

    *&& Cl. Dilakukan presipitasi dengan suhu -'&89 didalam lemari es selama # jam, lalu

    eppendorf ini disentrifugasi lagi dan diambil peletnya (residu) dan diui dengan etanol

    dingin &H dengan ara resuspensi, lalu disentrifus lagi. /elanjutnya, pelet dikerngkan dalam

    '& Cl buffer D

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    17/24

    (/1 KESIMP,LAN

    • ?solasi DNA adalah proses pemisahan DNA yang diinginkan dari molekul yang tidak 

    diinginkan.• lasmid merupakan DNA ekstrakromosom yang dapat replikasi otonom dan sebagai

    2ektor transfer DNA.

    • 4angkah isolasi adalah menumbuhkan bakteri, memanen bakteri, melisiskan dinding

    sel bakteri dan pemisahan serta pemurnian plasmid DNA dari komponen lainnya.

    (/ SARAN

    ?solasi DNA kromosom dan isolasi DNA plasmid harusnya dilakukan seara hati-hati

    supaya tidak terkontaminasi pada tubuh.

    BAB -/ DA+TAR P,STAKA

    Dage ,Kohanis #$$'. "iokimia Dasar .andung+ enerbit Rekayasa /ains.

    5esseden, Ronald A. '&&*. #in$auan %linis &asil Pemeriksaan 'aboratorium. akarta+

    enerbit uku 7edokteran >9

    /udjadi. '&&%. "ioteknologi %esehatan. Kogyakarta+ 7anisius

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    18/24

    LAMPIRAN +OTO

    Alat sentrifus

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    19/24

    .9oli

    emasukkan bakteri dalam tabung mikrosentrifus #.! ml

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    20/24

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    21/24

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    22/24

    /upernatan dibuang untuk diambil peletnya dan dijadikan dalam tabung untuk 

    disentrifus

    /upernatan dibuang untuk diambil peletnya dan dijadikan dalam tabung untuk 

    disentrifus

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    23/24

    elet yang telah dipisahkan dengan supernatan di sentrifus selama ! menit

    Dna kromosom diekstraksi dengan

    mendidihkan pelet beku

  • 8/16/2019 Laporan Isolasi Dna Kromosom Dan Plasmid

    24/24

    elet disimpan pada suhu -'09