perancangan primer

8/16/2019 Perancangan Primer

1/51

PERANCANGAN PRIMER


2/51

Disusun Oleh

• Angela Merici

• Ghaasiyah Larasati

•

Istiyam Pebrini• Laili Nurul

• Sulfati

•

Friska Wira


3/51

Pada praktikum kali ini dilakukan perancangan primer dengan tujuan untuk melakukan PCR

terhadap gen manusia. Primer merupakan

sepasang oligonukleotida yang berfungsi sebagai

pembatas untuk amplifikasi DNA. Macam

primer ada 2 yakni primer re!erse dan primer

for"ard.


4/51

Persyaratan Primer yangbaik

1 Pan!ang "rimer ialah 1# $%& nukle'ti(a

A"abila kurang (ari 1) maka akan menurunkan s"esiftas hibri(isasi

(engan DNA target (an a"abila terlalu "an!ang melebihi &* maka

akan menurunkan akti+itas (ari DNA "'limeraseyang

mengakibatkan susahnya untuk ter!a(i "enem"elan saat "r'ses

sintesis DNA

%Suhu leleh , -m . "rimer )*/0* ' (engan selisih -m antara "rimer

kurang (ari ) '

2 3rutan nukle'ti(a yang sama ti(ak b'leh lebih (ari & karena akan

menurunkan s"esiftas

&4an(ungan G sebaiknya &*/0* 5

) 3!ung 26 ke(ua "rimer ti(ak saling berk'm"lemen


5/51

DP 1


6/51

Primer 1


7/51

• Diketahui panjang primer for"ard primer dan re!erse primer sama # sama

2$ nukleotide Panjang Produk %&$ 'uhu

• leleh ()m * primer &$.+, dan &$.$- dengan selisih )m antara primer

for"ard dan re!erse kurang dari oC /andungan

• 0C primer for"ard primer dan re!erse primer .$$ dan &$.$$.


8/51

• F'r7ar( Primer

Alignment yang penuh

artinya memiliki

kemiripan yang spesifik

antara primer dan protein

targetnya dan juga primer

tersebut menempel pada

protein targetnya . 1al ini

dibuktikan juga dengan

nilai dent yang semua

bernilai +$$ 3


9/51

Dari data diatas diketahui nilai 4uery co!er dan dent nya yang didapat

adalah +$$ 3. 1al ini berarti memiliki kemiripan antara primer dan protein

targetnya dan juga primer tersebut menempel pada protein targetnya .

seperti hasil diatas primer Pan paniscus memiliki kemiripan dengan sekuen

protein DP+


10/51

Data ini dapat diketahui Dimernya. Dimer adalah senya"a

kimia dalam hal ini adalah basa nucleotide yang terdiri dari 2

molekul yang identik atau mirip dan dihubungkan oleh ikatan

ko!alen. Dari primer for"ard + ini di dapat dimer 5 $ hal ini

menunjukkan bah"a spesifitas nucleotide nya tinggi atau baik.


11/51

• 8e+erse PrimerAlignment yang penuh

artinya memiliki kemiripanyang spesifik antara primer

dan protein targetnya dan

juga primer tersebutmenempel pada protein

targetnya . 1al ini dibuktikan

juga dengan nilai dent yang

semua bernilai +$$ 3


12/51

Dari data diatas diketahui nilai 4uery co!er dan dent nya yang didapat adalah+$$ 3. 1al ini berarti memiliki kemiripan antara primer dan protein targetnya

dan juga primer tersebut menempel pada protein targetnya . seperti hasil diatas

primer Pan paniscus memiliki kemiripan dengan sekuen protein DP+


13/51

• Data ini dapat diketahui Dimernya. Dimer adalah senya"a kimia dalam hal

ini adalah basa nucleotide yang terdiri dari 2 molekul yang identik atau mirip

dan dihubungkan oleh ikatan ko!alen. Dari primer re!erse + ini di dapat

jumlah primernya 5 $ hal ini menunjukkan bah"a spesifitas nucleotide nya

tinggi atau baik.


14/51

Primer %

Diketahui panjang primer for"ard primer dan re!erse primer sama # sama 2$

nukleotide Panjang Produk %$ 'uhu leleh ()m * primer 6.7 dan 6.,% dengan

selisih )m antara primer for"ard dan re!erse kurang dari oC /andungan 0C

primer for"ard primer dan re!erse primer .$$ dan &$.$$.


15/51

• F'r7ar( PrimerAlignment yang penuh

artinya memiliki

kemiripan yang spesifik

antara primer dan protein

targetnya dan juga primer

tersebut menempel pada




bernilai +$$ 3


16/51

Dari data diatas diketahui nilai 4uery co!er dan dent nya yang didapat adalah

+$$ 3. 1al ini berarti memiliki kemiripan antara primer dan protein targetnya

dan juga primer tersebut menempel pada protein targetnya . seperti hasil diatas

primer Nomascus leuco8enys memiliki kemiripan dengan sekuen protein DP+


17/51

Data ini dapat diketahui Dimernya. Dimer adalah senya"a kimia dalam hal ini

adalah basa nucleotide yang terdiri dari 2 molekul yang identik atau mirip dan

dihubungkan oleh ikatan ko!alen. Dari primer for"ard 2 ini di dapat dimer 5 $

hal ini menunjukkan bah"a spesifitas nucleotide nya tinggi atau baik.


18/51

• 8e+erse Primer

Alignment yang penuhartinya memiliki kemiripan

yang spesifik antara primer

dan protein targetnya dan juga primer tersebut

menempel pada protein

targetnya . 1al ini dibuktikan

juga dengan nilai dent yang

semua bernilai +$$ 3


19/51



targetnya dan juga primer tersebut menempel pada protein targetnya . seperti

hasil diatas primer Pan paniscus memiliki kemiripan dengan sekuen protein

DP+


20/51

Data ini dapat diketahui Dimernya. Dimer adalah senya"a kimia dalam hal ini

adalah basa nucleotide yang terdiri dari 2 molekul yang identik atau mirip dan

dihubungkan oleh ikatan ko!alen. Dari primer re!erse 2 ini di dapat dimer 5 $



21/51

Primer 2

Diketahui panjang primer for"ard primer dan re!erse primer sama # sama 2$

nukleotide Panjang Produk %-7 'uhu leleh ()m * primer 6.&, dan 6.,% dengan

selisih )m antara primer for"ard dan re!erse kurang dari oC /andungan 0C

primer for"ard primer dan re!erse primer .$$ dan &$.$$.


22/51

• F'r7ar( "rimer

Alignment yang penuh artinyamemiliki kemiripan yang

spesifik antara primer dan

protein targetnya dan juga

primer tersebut menempel pada


dibuktikan juga dengan nilai

dent yang semua bernilai +$$

3


23/51


24/51

Data ini dapat diketahui Dimernya. Dimer adalah senya"a kimia dalam hal

ini adalah basa nucleotide yang terdiri dari 2 molekul yang identik atau mirip

dan dihubungkan oleh ikatan ko!alen. Dari primer for"ard % ini di dapat

dimer 5 $ hal ini menunjukkan bah"a spesifitas nucleotide nya tinggi atau

baik.


25/51

• 8e+erse "rimer

Alignment yang penuh

artinya memiliki kemiripan

yang spesifik antara primer

dan protein targetnya dan

juga primer tersebut

menempel pada protein

targetnya . 1al ini



bernilai +$$ 3


26/51



targetnya dan juga primer tersebut menempel pada protein targetnya .

seperti hasil diatas primer Pan paniscus memiliki kemiripan dengan sekuen

protein DP+


27/51

Data ini dapat diketahui Dimernya. Dimer adalah senya"a kimia dalam hal iniadalah basa nucleotide yang terdiri dari 2 molekul yang identik atau mirip dan

dihubungkan oleh ikatan ko!alen. Dari primer re!erse % ini di dapat dimer 5 $



28/51

4esim"ulan Primer gen DP1

No PRIMER PANJAN

G

PRIME

R

PANJAN

G

PRODU

K

GC

%

Tm DIME

R

HASIL

BLAS

T

1. F A-G---GG-G-A-GG %* 20* ))

**

0*1# * 1** 5

8 GAAA-G-A--GGG %* 0*

**

0**& * 1** 5

2. F G---GG-G-A-GGA- %* 2)* ))

**

)9:) * 1** 5

8 -G-A--GGGA-G-G %* 0*

**

)9#2 * 1** 5

3. F --GG-G-A-GGA-GG- %* 2&: ))

**

)90# * 1** 5

8 -G-A--GGGA-G-G %* 0*

**

)9#2 * 1** 5


29/51

CREB


30/51

• 3ntuk merancang "rimer (ari gen8;


31/51

No PRIMER PANJANG

PRIMER

PANJAN

G

PRODU

K

GC % Tm HASIL

BLAST

1. F A-----GGAAAAGA--- %2 )9# 2912 )#)& 1** 5

8 GGAGG-G--GGAAA--A %1

)%2#

0*** 1** 5

2. F -----GGAAAAGA---A %& #2#

&10:

)9 1** 5

8 --A---A-GA-GGG %1 )%2# 0*** 1** 5

3. F

-----GGAAAAGA---

%2 #2: &2 ):90 1** 5

8 --A---A-GA-GGG %* )*** )#9: 1** 5


32/51

• Penelusuran


33/51

Primer 1,"rimer ke 2 "a(a N


34/51


35/51

• Alignment yang penuh nilai 4uery co!er dan

dent nya yang didapat adalah +$$ 3. 1al ini

berarti memiliki kemiripan antara primer dan

protein targetnya dan juga primer tersebut

menempel pada protein targetnya atau dengan

kata lain memiliki spesifisitas yang tinggi.

• primer Macaca fascularis memiliki kemiripandengan sekuen protein CR9:


36/51

• 8e+erse Primer


37/51


38/51

•

Alignment yang penuh nilai 4uery co!er dandent nya yang didapat adalah +$$ 3. 1al ini





• primer Ptelopus alecto memiliki kemiripan

dengan sekuen protein CR9:


39/51

Primer %,"rimer ke & "a(a N


40/51


41/51

•






• primer Macaca fascularis memiliki kemiripan


i


42/51

• 8e+erse Primer


43/51


44/51

•









45/51

Primer 2,Primer ke 0 "a(a N


46/51


47/51

•






• primer Macaca fascularis memiliki kemiripan



48/51

• 8e+erse Primer


49/51


50/51

•









51/51

• /etiga pasangan primer yang dipilih dianggap memenuhi

parameter yang dipersyaratkan yaitu ;

+. Panjang primer ialah +, #2- nukleotida.

2. Memiliki suhu leleh $

perancangan primer

Documents