PEMERIKSAAN VIRUS TSV (Taura Syndrome Virus) PADA UDANG VANNAMEI DENGAN PENDEKATAN BIOMOLEKULER DI BKIPM

KELAS II TANJUNG EMAS SEMARANG

LAPORAN PRAKTEK KERJA LAPANGAN

Oleh: PUNGKI NANDA PRATAMA

26010210130100

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN UNIVERSITAS DIPONEGORO

SEMARANG 2013

LEMBAR PENGESAHAN

Judul PKL : Pemeriksaan Virus TSV (Taura Syndrome

Virus) Pada Udang Vannamei Dengan

Pendekatan Biomolekuler Di BKIPM Kelas II

Tanjung Emas Semarang

Nama Mahasiswa : Pungki Nanda Pratama

NIM : 26010210130100

Jurusan/ Program Studi : Perikanan/ Budidaya Perairan

Mengetahui,

Pembimbing,

Prof. Dr. Ir. Slamet Budi P, M.Sc NIP. 19550628 198103 100 5

Ketua Program Studi,

Dr. Ir. Sri Rejeki, M.Sc. NIP. 19560307 198303 200 1

DAFTAR ISI

Halaman HALAMAN JUDUL ...................................................................................... i

HALAMAN PENGESAHAN ........................................................................ ii

KATA PENGANTAR .................................................................................... iii

DAFTAR ISI .................................................................................................. iv

DAFTAR TABEL .......................................................................................... v

DAFTAR GAMBAR ...................................................................................... vi

DAFTAR LAMPIRAN .................................................................................. vii

I. PENDAHULUAN ...................................................................................... 1 1.1. Latar Belakang ..................................................................................... 1 1.2. Rumusan Masalah ................................................................................ 2 1.3. Tujuan .................................................................................................. 3 1.4. Manfaat ................................................................................................ 3 1.5. Waktu dan Tempat ............................................................................... 4

II. TINJAUAN PUSTAKA ............................................................................ 5 2.1. Udang Vannamei ................................................................................ 5

2.1.1. Taksonomi ................................................................................ 5 2.1.2. Morfologi ................................................................................. 7 2.1.3. Kebisaan makan ...................................................................... 7 2.1.4. Lingkungan hidup ...................................................................

7 2.2. Taura Syndrome Virus (TSV) ............................................................. 7

2.2.1. Epidemologi TSV.............................................................. ...... 7 2.2.2. Biologi TSV...................................................................... .......... 8 2.2.3. Mekanisme serangan TSV................................................... ....... 9

2.3. Polymerase Chain Reaction PCR................................................ ......... 9 2.3.1. Tahapan Reaksi PCR........................................................... ....... 11

III. MATERI DAN METODE ................................................................................. 12 3.1.Materi .................................................................................................. 12

3.1.1. Sampel udang uji ....................................................................... 12 3.1.2. Alat ........................................................................................... 12 3.1.3. Bahan ........................................................................................ 13

3.2.Metode ................................................................................................ 14 3.2.1. Prosedur pemeriksaan TSV dengan metode PCR ....................... 15 3.2.2. Penanganan sampel uji .............................................................. 15 3.2.3. Tahapan ekstraksi RNA ............................................................. 15 3.2.4. Tahapan amplifikasi .................................................................. 16 3.2.5. Tahapan elektroforesis......................................................... ̀ 18 3.2.6. Pengamatan dan dokumentasi............................................ 19 3.2.7. Pembacaan hasil............................................................... 19 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN…………………………………………. 20

4.1.Hasil..................................................................................................... 20 4.1.1. Gejala klinis udang terserang penyakit ...................................... 20 4.1.2. Pemeriksaan TSV dengan PCR ................................................. 21 4.1.3. Kualitas air ................................................................................ 23

4.2.Pembahasan ......................................................................................... 24 4.2.1. Gejala klinis udang terserang viral disease ................................. 24 4.2.2. Pemeriksaan TSV dengan metode PCR ..................................... 25 4.2.3. Kualitas air ................................................................................ 27

V. KESIMPULAN DAN SARAN............................................................. ....... 29 5.1.Kesimpulan .......................................................................................... 29 5.2.Saran .................................................................................................... 30

DAFTAR PUSTAKA........................................................................................ 31

LAMPIRAN....................................................................................................... 33

DAFTAR TABEL

Halaman

1. Alat-alat dalam pemeriksaan TSV dengan metode PCR ................................ 12

2.Bahan dalam pemeriksaan TSV dengan metode PCR .................................... 13

3.Suhu pada Themalcycler PCR. ...................................................................... 17

4.Gejala Klinis Udang yang Diduga Terserang Viral Disease ............................ 21 5. Hasil Pengamatan PCR pada Udang Vannamei (Litopenaeus vannamei) ....... 23

DAFTAR GAMBAR

Halaman

1. Udang Vannamei .................................................................................... 6

2. Hasil pemeriksaan TSV ........................................................................... 22

I. PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang.

Udang vannamei (Litopenaeus vannamei) merupakan primadona budidaya

air payau pada saat ini. Udang vannamei merupakan udang yang memiliki nilai

ekonomi tinggi dan merupakan salah satu komoditas ekspor. Pembudidayaan

udang vannamei di Indonesia mengalami perkembangan yang sangat pesat,

terutama di Lampung, Jawa Timur dan Bali. Pesatnya perkembangan budidaya

udang vannamei di berbagai tempat,dikarenakan udang vannamei memiliki

beberapa keunggulan yaitu pertumbuhan lebih cepat, ukuran panen yang lebih

seragam, relatif tahan dengan serangan penyakit, dan memiliki produktivitas per

satuan luas lahan lebih tinggi.

Introduksi udang vannamei (L. vannamei) telah dirilis (release) secara resmi

melalui SK MenteriKelautan dan Perikanan No. KEP.41/MEN/2001 pada tanggal

14 Juli 2001. Sampai tahun 2003, budidaya udang vannamei telahmenyebar di 15

(lima belas) provinsi di Indonesia, danProvinsi Jawa Timur merupakan produsen

dan pemasok utama benur vannamei ke berbagai daerah di Indonesia. Pada

tahunyang sama juga terjadi kematian massal udang vannamei pada beberapa area

pertambakan di Jawa Timur. Hasil uji dengan teknikPolymerase Chain Reaction

(PCR) menunjukkan bahwaudang terinfeksi Taura Syndrome Virus (TSV).

Penyakit yang disebabkan virus umumnya sangat sulitdikendalikan, seperti

halnya infeksi White Spot SyndromeVirus (WSSV) pada udang windu, TSV

merupakan virus yang menginfeksi udangvannamei dan rostris (Litopenaeus.

stylirostris) yang keduanya telahdiintroduksi di Indonesia. Serangan TSV pada

umumnyaterjadi pada umur 14 – 40 hari setelah penebaran di tambak,dengan

tingkat kematian dapat mencapai 95%.

Studi yang dilakukan pada saat praktek kerja lapangan terhadap kasus

serangan penyakit yang disebabkan oleh virus dilakukan di area pertambakan

wilayah Pati Jawa Tengah. Kegiatan ini merupakan tindakan pemantauan guna

memonitoring penyebaran hama penyakit ikan yang ada di Jawa Tengah. Balai

Karantina Ikan, Pengedalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Kelas II

Tanjung Emas Semarang, merupakan unit pelaksana teknis karantina ikan yang

mempunyai tugas melaksanakan pencegahan masuk dan tersebarnya hama dan

penyakit ikan karantina dari luar negeri dan dari suatu area ke area lain di dalam

negeri atau keluarnya dari dalam wilayah negara Republik Indonesia. Balai

Karantina Ikan Kelas II Tanjung Emas Semarang, melakukan beberapa metode

pemeriksaan seperti metode pemeriksaan parasit, bakteri, jamur, dan virus secara

histologi, mikrobiologi, kimiawi maupun molekuler

1.2. Rumusan Masalah

Penyakit ekor merah atau virus TSV (Taura Sindrome Virus) yang

menyerang budidaya udang vannamei dapat mengakibatkan kerugian yang sangat

besar bagi para petambak udang akibat kematian masal yang terjadi.Diagnosa

penyakit TSV dapat dilakukan melalui duametode yaitu diagnosa awal yang

merupakan pendugaan(presumptive diagnose) dan diagnosa definitif. Diagnosa

awaldilakukan berdasarkan gejala klinis. Adapun diagnosadefinitif dilakukan

untuk mendapatkan kepastian mengenaipenyebab suatu penyakit antara lain

dengan uji PCR,imunokimia dan imunohistokimia, hingga saat ini metodeyang

cepat dan sensitif adalah uji PCR. Pemeriksaan TSV terhadap udang vannamei ini

sangat diperlukan karena udang vannamei rawan terinveksi oleh virus TSV

sehingga perlu dilakukan penelitian ini.

1.3. Tujuan

Tujuan dari kegiatan Praktek Kerja Lapangan yang dilakukan di Balai

Karantina Ikan, Pengedalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Kelas II

Tanjung Emas adalah sebagai berikut:

1. Mengetahui gejala klinis pada sampel udang vannamei yang terserang virus

TSV; dan

2. Mengetahui proses diagnosis secara molekuler dengan menggunakan PCR.

1.4. Manfaat

Manfaat dari kegiatan Praktek Kerja Lapangan yang dilakukan di Balai

Karantina Ikan,Pengedalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Kelas II

Tanjung Emas antara lainmemberikan data dan informasi mengenai penggunaan

metode PCRyang merupakan aplikasi bidang bioteknologi molekuler yang

bermanfaat untuk mendiagnosis adanya serangan organisme patogen khususnya

sindrom ekor merah pada udang vannamei dengan menggunakan PCR yang

disebabkan oleh serangan Taura Syndrome Virus (TSV).

1.5. Waktu dan Tempat

Praktek Kerja Lapangan ini dilaksanakan dan dimulai pada tanggal

18Februari– 03Maret 2013 di Balai Karantina Ikan,Pengedalian Mutu dan

Keamanan Hasil Perikanan Kelas II Tanjung Emas, Semarang.

II. TINJAUAN PUSTAKA

2.1. Udang Vannamei ( Litopenaeus vannamei)

Udang vannamei (Litopenaeus vannamei)adalah salah satu spesies udang

unggul yang sejak tahun2002 mulai dikultur di tambak-tambak di Indonesia.

Udang yang biasa disebut pacific white shrimp atau rostris ini berasal dari

perairan Amerika dan Hawaii. Sebenarnya ada dua spesies udang yang dikenal

sebagai pacific white shrimp yang merupakan udang introduksi yaitu L. vannamei

dan L. stylirostris. Spesies yang paling banyak di budidayakan adalahL. vannamei.

Secara ekologis udang vannamei mempunyai siklus hidup identik dengan udang

windu (Penaeus monodon) dan udang putih (P. merguensis) yaitu melepaskan

telur di tengah laut, kemudian terbawa arus dan gelombang menuju pesisir

menetas menjadi nauplius, sterusnya menjadi stadia zoea, mysis, post larva, dan

juvenil. Pada stadia juvenil telah tiba di daerah pesisir, selanjutnya kembali ke

tengah laut untuk proses pendewasaan dan bertelur (Kordi,2011).

2.1.1. Taksonomi udang vannamei

Udang vannamei juga mempunyai nama F.A.O yaitu Whiteleg shrimp,

Crevette pattes blanches dan Cammaron patiblanco (Gulf States Marine Fisheries

Commmision, 2006). Klasifikasi udang vannamei menurut Boone (1931), sebagai

berikut:

Kingdom : Animalia

Filum : Arthropoda

Subfilum : Crustacea

Kelas : Malacostraca

Ordo : Decapoda

Famili : Penaeidae

Genus : Litopenaeus

Spesies : Litopenaeus vannamei

Gambar 1. Udang Vannamei (Litopenaeus vannamei)

2.1.2. Morfologi

Udang vannamei memiliki tubuh yang berbuku dan aktifitas berganti kulit

luaratau eksoskeleton (moulting) secara periodik. Tubuh udang terdiri dari kepala

danabdomen, bagian kepala terdiri dari antenula, antena, mandibula dan 2 pasang

maxillae, kepala udang dilengkapi dengan 3 pasang maxilliped dan 5 pasang kaki

jalan (periopoda) dan atau kaki sepuluh (decapoda). Maxilliped sudah mengalami

modifikasi dan berfungsi sebagai organ untuk makan endopodite kaki

jalanmenempel pada cephalothorax yang dihubungkan dengan coxa, bentuk

periopoda beruas-ruas yang berujung pada bagian dactylus. Dactylus ada yang

berbentuk capit (kaki ke-1, ke-2 dan ke-3) dan tanpa capit (kaki ke-4 dan ke-5).

Abdome terdiri dari 6 ruas. Pada bagian abdomen terdapat 5 pasang kaki renang

(pleopode) dan sepasang uropode yang berbentuk kipas bersama-sama telson

(Haliman dan Adijaya, 2005 dalam Nuraini 2008).

2.1.3. Kebiasaan makan

Kebiasaan makan dan cara makan (Feeding and Food Habit)udang

vannamei identik dengan udang windu yaitu tergolong udang omnivorous

scavanger, pemakan segala ( hewan , tumbuhan dan bangkai. Jenis makanan yang

di makan oleh udang vannamei antara lain plankton alga bentik, detritus dan

bahan organik lainya yang membedakan dengan udang windu adalah pada udang

vannamei lebih rakus ( piscivorous) dan membutuhkan proteinyang lebih rendah(

Kordi,2011).

2.1.4. Lingkungan hidup

Lingkungan Hidup optimal yang menunjang pertumbuhan dan sintasan

atau kelangsungan hidup udang vannamei memiliki toleransi yang sangat luas

terhadap perubahan lingkungan , seperti salinitas 0,1-60 ppt ( tumbuh dengan baik

10 – 30 ppt, (ideal 15 – 25 ppt) dan suhu 12 – 37 0C ( tumbuh dengan baik pada

suhu 24 – 34 0C dan ideal pada suhu 28 – 31 0C) ( Kordi,2011).

2.2. Taura Syndrome Virus(TSV)

2.2.1. Epidemologi TSV

Taura sindrommuncul pada tahun 1994. Taura sindrom pertama kali muncul

pada kegiatan akuakultur yang dilakukan di wilayah Hawaii dan Arizona dan

dikenal hingga sekarang sebagai Taura Syndrome Virus (TSV). Para peneliti di

UniversityofArizonatelah menyimpulkan bahwaTSVsebagai penyebablangsung

penyakit TauraSyndrome.TauraSyndrome Virusdapatmenginfeksi

baikPenaeusvannameidanP.stylirostris namun denganekspresipenyakit

dankeparahangejalayangberbedadimasing-masing.Secara umum, P.stylirostrisjauh

lebihtahan terhadapTSVdibandingkan denganP.vannamei. Kasus serangan TSV

pada P.stylirostris pada udang masih bisaberhasildipanendan dijualolehpetani

denganpraktekmanajemen yang baik.Sebaliknya, kasus serangan pada P.vannamei

oleh virus TSVdapat menyebabkantingkat kematianyang tinggi antara75-80%,

secara signifikan mempengaruhiekonomi masyarakat pembudidaya (CTSA,

1996).

Penyakit yang disebabkan oleh TSV sering disebutTaura Syndrome Disease

atau disebut juga “penyakit ekormerah”. Infeksi TSV bersifat sistemik, pertama

kalidilaporkan dari tambak udang di sekitar Sungai Taura,Ekuador pada tahun

1992. Penyakit TSV dengan cepatmenyebar ke sentra pengembangan budidaya

udang vannameilainnya di benua Amerika, dan beberapa negara Asia sepertiCina

dan Taiwan. Penyakit TSV telah mengakibatkan dampakyang serius pada industri

budidaya udang vannamei di sebagianbesar negara yang membudidayakan udang

tersebut, termasukIndonesia. Pada awal tahun 2003, Laboratorium RisetKesehatan

Ikan Pasar Minggu bekerja sama dengan BalaiBudidaya Air Payau Situbondo,

berhasil mendeteksi adanya infeksi penyakitTSV dari puluhan sampel udang

vannamei dari sentra budidayayang mengalami kematian massal (Direktorat

Kesehatan Ikan dan Lingkungan, 2005).

2.2.2. Biologi TSV

Taura sindrome Virus adalah virus RNA yang sangat kecil. TSV memiliki

virion dengan diameter 31-32 nm, berbentuk icosahedron tidak memiliki anvelope

dengan buoyant density of 1.338 g/ml. GenomTSVterdiri dari, linearpositif-sense

RNA beruntai tunggaldari10.205nukleotida, termasukpoli-A ekor3', dan

berisiduaopen reading frames (ORFs). ORF1mengandungmotifurutanuntuk

proteinnonstruktural, sepertihelikase, protease, dan RNA-dependent RNA

polimerase. ORF2berisiurutanuntukprotein strukturalTSV, termasuktiga

proteinkapsid, besarVP1VP2danVP3(55, 40, dan 24kDa, masing-masing). Virus

bereplikasidalamsitoplasmasel inang. Berdasarkankarakteristiknya, TSVtelah

ditetapkanoleh International Committee Virus Taxonomy(ICVT) kegenus

Cripavirus dan merupakangenusbaru dalamkeluargaDicistroviridaedalam

superfamiliPicoranviruses (Lightner, 2004).

2.2.3. Mekanisme serangan TSV

TSV merupakan virus yang menginfeksi udang vannamei dan rostris (L.

stylirostris) yang keduanya telah diintroduksi di Indonesia. Serangan TSV pada

umumnya terjadi pada umur 14 – 40 hari setelah penebaran di tambak, dengan

tingkat kematian dapat mencapai 95%. Apabila penyakit terjadi pada umur 30 hari

pertama, berarti infeksi berasal dari induk (vertikal), jika lebih dari 60 hari berarti

infeksi berasal dari lingkungan (horisontal). Udang vannamei dewasa dapat

terinfeksi TSV, namun tingkat kematiannya relatif rendah. Infeksi TSV ada 2

(dua) fase, yaitu fase akut dan kronis. Pada fase akut akan terjadi kematian

massal. Udang yang bertahan hidup dari serangan penyakit TSV, akan mengalami

fase kronis. Pada fase kronis, udang mampu hidup dan tumbuh relatif normal,

namun udang tersebut merupakan pembawa (carrier) TSV yang dapat ditularkan

ke udang lain yang sehat ( Direktorat Kesehatan Ikan dan Lingkungan, 2005).

2.3. Polymerase Chain Reaction (PCR)

Menurut Koesharyani (2001), PCR termasuk metode deteksi penyakit

secara molekuler yang efektif dan efisien, yaitu dengan cara perbanyakan fragmen

DNA spesifik tanpa bantuan sel bakteri. Teknik ini merupakan teknik enzymatik

secara invitro untuk memperbanyak fragmen DNA dengan memperpanjang

primer secara stimultan pada strand DNA yang teramplifikasi sekitar 2 kali lebih

dari banyak setiap siklus. Pemeriksaan dengan metode PCR terdiri dari tiga

tahapan. Proses ini bermula dari ekstraksi DNA/RNA sampel untuk penyedia

cetakan, Amplifikasi DNA/RNA dengna bantuan mesin PCR (thermocycler) dan

analisa hasil amplifikasi dengan elektroforesis, pewarnaan DNA dan dokumentasi.

(Surfianti, 2010).Pendekatan yang dapat dilakukan adalah melalui pemanfaatan

teknik polymerase chain reaction (PCR) yang bekerja secara spesifik dan sensitif.

Teknik PCR dapat digunakan untuk mendeteksi virus pada udang yang

dibudidayakan. Virus yang menginfeksi udang dalam jumlah sedikit dan belum

menimbulkan gejala penyakit pada udang dapat dideteksi dengan menggunakan

teknik tersebut. Keberadaan virus dapat dilacak sejak dini karena DNA/RNA virus

yang jumlahnya sedikit dapat digandakan dengan PCR sehingga keberadaannya

dapat segera terlacak ( Dwinanti, 2009)

Proses PCR, memerlukan (1) DNA cetakan, yaitu fragmen DNA yang akan

dilipatgandakan, (2) oligonukleotida primer yang berupa oligonukleotida pendek

(18-30 basa nukleotida) dan merupakan unsur penting untuk mencapai sensitivitas

dan spesivitas dalam proses amplifikasi (Fuadi, 2010). Tang & Lightner dalam

Mekata (2012), penyakit virus sangat sulit untuk dikontrol setelah timbulnya

infeksi karena pada prophylaxes. Untuk mencegah atau mengurangi kerugian

dilakukan pendeteksian secara vertikal maupun horizontal. Berbagai metode telah

berkembang untuk mendeteksi virus termasuk bioassay, histopathologi, dot blot

dengan hybridisasi in situ, Polymerase Chain Reaction secara insitu maupun real-

time PCR.

2.3.1. Reaksi dalam PCR

Menurut Wuryastuti (2002) pada dasarnya teknik PCR pada setiap

siklusnya terdiri dari tiga tahap reaksi yaitu:

a. Denaturation DNA, yaitu pemecahan DNA terget dari untai ganda DNA

(dsDNA) menjadi dua untai tunggal yang identik. Proses denaturasi dapat secara

mudah dicapai dengan pemanasan secara cepat yang diikuti dengan pendinginan

secara cepat pula. Secara umum untai ganda DNA akan mengalami denaturasi

pada suhu sekitar 940 C. Waktu denaturasi yang baik untuk setiap putaran berkisar

antara 30 detik sampai 2 menit. Waktu denaturasi yang optimal untuk beberapa

macam cetakan adalah 1 menit.

b. Annealing, yaitu perlekatan primer kepada DNA untai tunggal. Dalam tahap

ini, temperatur harus diturunkan secepat mungkin untuk mencegah terjadinya

perlekatan kembali antara untai tunggal DNA. Suhu dan waktu annealing

berperan penting dalam menentukan spesifisitas dan sensifitas dari reaksi. Pada

suhu 600C primer akan menempel pada pangkal dan ujung dari masing-masing

DNA untai tunggal yang komplementer sehingga mengapit suatu daerah tertentu

dari sequence DNA target. Waktu yang umumnya dipergunakan dalam proses

primer annealing berkisar antara 0,5 - 2 menit.

c. Extension, yaitu pemanjangan primer dengan bantuan enzime Taq Polymerase

menggunakan rantai komplementer sebagai template dan deoksiribonukleotida

sebagai bahan untuk membentuk untai DNA yang lengkap. Kisaran temperatur

untuk proses perpanjangan primer adalah 750-800C, sedangkan temperatur optimal

adalah 720. Sehingga pada akhir proses ini, akan terbentuk 2 buah DNA untai

tunggal yang baru yang komplementerhadap sekuen (urutan) DNA target.

III. MATERI DAN METODE

3.1. Materi

Materi yang digunakandalam Praktek Kerja Lapangan(PKL) ini meliputi

udang uji yaitu udangvannamei (Litopenaeus vannamei) dengan berat rata-rata 2

gram yang berasal dari hasil kegiatan pemantauan atau survey HPI dan HPIK dari

area tambak di wilayah Pati,Jawa Tengah.

3.1.1. Sampel udang uji

Udang yang digunakan dalam Praktek Kerja Lapangan adalah udang

vannamei(Litopenaeus vannamei) yang diduga telah terinveksi viral disease dan

diperoleh dari area pertambakan di wilayah Pati, Jawa Tengah

3.1.2. Alat

Alat-alat yang digunakan dalam pemeriksaan TSV dengan metode PCR

adalah sebagai berikut :

Tabel 1. Alat-alat yang digunakan dalam pemeriksaan TSV dengan metode PCR No NamaAlat Ketelitian Kegunaan

1 Micro centrifuge - Mencampurkan larutan (homogen)

2 Vortex mixer - Mencampurkan larutan

3 Timbangan analitik 0,001 g Menimbang sampel dan bahan

4 Heating block - Memanaskan larutan

5 Mikropipet 100 – 1000µm,

20 -100µm,

10 – 20µm,dan

0,5 – 10 µm.

Mengukur volume larutan

6 Disetting set - Menggunting dan menempatkan sampel

Lanjutan Tabel 1. 7 Thermal cycler - Reaksi PCR

8 UV transilluminator - Pembacaan hasil pada sel agarose

9 Freezer -200 C Menyimpan reagen dan sampel uji

10 Mesin Electrophoresis with Power Supply

- Pembacaan hasil pada sel agarose

11. Digital Photo System - Visualisasi hasil elektroforesis

12. Tube ependorff - Tempat sampel

13. Microtube 100 – 1000µm,

20 -100µm,

10 – 20µm,dan

0,5 – 10 µm.

Tempat sampel

14. Penggerus Plastik

(Pestell)

- Penggerus sampel

15. Masker dan Glove

Latec

- Pelindung muka dan tangan

16. Sisir (Comb) - Pencetak lubang pada agarose

3.1.2. Bahan

Bahan yang digunakan dalam pemeriksaan TSV dengan metode PCR

adalah sebagai berikut :

Tabel 2. Bahan yang digunakan digunakan dalam pemeriksaan TSV dengan metode PCR

No Bahan Jumlah Kegunaan

1. Udang Vannamei 5 ekor Sebagai sampel yang di uji

2. Bahan Ekstraksi RNA

(RNA Ekstraction Solution)

500µl Sebagai reagen ekstraksi

3. Alkohol 95% 50 ml Sebagai medium pengawet sampel

4. Isopropanal 200µl Sebagai medium pelarut pada proses

ekstraksi

Lanjutan Tabel 2. 5. Chloroform 100µl Sebagai pelarut pada proses ekstraksi

6. Primer Kit TSV (IQ 2000) Sebagai Reagen pada proses

ekstraksi

7. TAE Buffer 1X 500µl Sebagai Reagem pada proses

amplifikasi

8. DEPC ddH2O 500µl Pelarut pellet RNA

9. DNA Marker Sebagai kontrol TSV

10. Agarose 500µl Sebagai cetakan tempat pembacaan

hasil elektoforesis

11. Loading Dye 6X 5µl Sebagai pemberat larutan Sampel

12. Ethidium Bromide 100 ml Sebagai pemuncul warna pada proses

UV transiluminator

13. Aquades Steril 600 ml Sebagai pengencer kepekatan

Ethidium Bromide

3.2. Metode

Metode yang digunakan dalam Praktek Kerja Lapangan ini menggunakan

metode survey melalui pengambilan sampel pada lokasi secara langsung yang

selanjutnya dilakukan pemeriksaan terhadap udang yang diduga terserang virus.

Lokasi tempat pengambilan sampel yaitu area tambak di wilayah Pati, Jawa

Tengah yang merupakan daerah pemantauan yang sebelumnya telah dilakukan

monitoring hama penyakit ikan dan kemudian dilakukan pemeriksaan secara

biomolekuler.

Data yang di ambil merupakan data primer dan data sekunder. Data Primer

meliputi gejala klinis udang vannamei (Litopenaeus vannamei) yang diduga

terserang virus serta pembacaan hasil dari proses PCR. Data sekunder merupakan

data yang diperoleh dari instansi yang berkaitan dengan Praktek Kerja Lapangan

di Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil PerikananKelas

II Tanjung Emas, Semarang.

3.2.1. Prosedur pemeriksaan TSV dengan metode PCR

Prosedur dalam pemeriksaan KHV dengan metode PCR sesuai dengan

Instruction Manual IQ2000TM (Farming Intelligence Corp, 2003), yang

dilakukan adalah sebagai berikut:

3.2.2. Penanganan sampel uji

Tahap awal yang dilakukan adalah melihat kenampakan sampel udang yang

diduga terkena serangan virus, kemudian segera menyiapkan seluruh alat yang

akan digunakan untuk pemeriksaan. Pemeriksaan dilakukan dengan kadaan steril

agar tidak terjadi kontamisi seperti halnya penggunaan pinset atau gunting yang

berbeda pada masing–masing sampel yang akan di uji. Bahan uji diambil dari

udang dengan cara mengambil bagian organ pleopode, periopode, insang dan ekor

dengan menggunakan gunting dan pinset. Organ target yang telah diambil

selanjutnya disimpan dalam alkohol 95% kemudian dilakukan pemberian label

atau pengkodean sampel pada masing-masing tube sesuai dengan nomor contoh.

Selanjutnya disimpan sampel pada suhu -200C dalam freezer.

3.2.3. Tahapan ekstraksi RNA

Tahap ekstraksi RNA ini menggunakan prosedur ekstraksi DTAB-CTAB

solution (Kit IQ2000TM). Meletakan pleopoda, periopoda, atau insang sebanyak 2

pieces (20 mg), 30 ekor untuk ukuran udang < PL 12 atau PL 12 – 20 kemudian

masukan ke dalam tube dengan ukuran 1,5 ml. Kemudian tambahkan 500 µm

RNA Extraction Solution ke dalam microtube dan hancurkan sampel dengan

menggunakan pestel hingga tercampur rata dan kemudian diamkan pada suhu

ruang selama 5 menit. Tambahkan 100µm cloroform (CHCl3) kemudian vortex

selama 20 detik dan diamkan dalam suhu ruang selama 3 menit. Setelah itu

masukan microtube ke dalam mesin sentrifuge dengan kecepatan 12000rpm

selama 15 menit. Setelah proses sentrifus selesai pindahkan supernatan sebanyak

200µl kedalam microtube baru dengan ukuran 1,5 ml dan tambahkan isopropanol,

tahap selanjutnya memvorteks dan mensentrifus kembalidengan kecepatan

12000rpm selama 10 menit. Setelah proses sentrifus ke dua selesai kemudian

buang isopropanol yang ada pada tabung akan terlihat lapisan tipis ataupun

endapan putih berada pada dasar maupun dinding tabung lapisan tersebut adalah

pellet yang berisi untaian RNA. Selanjutnya mencuci pellet tersebut dengan

menggunakan ethanol 75% sebanyak 500µm lalu sentrifuskembali dengan

kecepatan 7500rpm selama 5 menit. Setelah proses sentrifuge terakhir telah

dilakukan maka ethanol yang ada pada tube dibuang kemudian keringkan pellet

pada suhu ruang. Setelah pellet mengering dilakukan pemberian DEPC ddH2O

sebanyak 500µm untuk melarutkan pellet. Pellet RNA telah siap digunakan untuk

proses selanjutnya atau dapat dilakukan penyimpanan dengan suhu -200C.

3.2.4. Tahapan amplifikasi

Sebelum mencampur reagen, pastikan reagen dalam keadaan cair (jangan

sampai ada cairan yang menggumpal/beku) yaitu dengan cara divorteks.

Komposisi larutan kit PCR untuk deteksi TSV berdasarkan Farming Intelligence

Tech. Corp (2003), dibuat dengan mencampurkan bahan-bahan sebagai berikut:

a. Bahan reaksi FirstPCR: 8 μl/reaksi

First PCR PreMix 7.0 μl x 5 sampel : 35μl

Iqzyme DNA Polymerase 0.5 μl x 5 sampel : 2,5 μl

RT Enzyme Mix 0.5μlx 5 sampel : 2.5μl

b. Bahan Reaksi Nested PCR: 15 μl/reaksi

Nested PCR PreMix 14 μl x 5 sampel : 70μl

Iqzyme DNA Polyemerase 1 μl x 5 sampel : 5 μl

Setelah semua bahan dicampur (kecuali template RNA), bagikan ke dalam

mikrotube 0,2 mL dengan volume masing-masing 8 μL. Tambahkan template

RNA, termasuk kontrol positif ( RNA positif TSV) dan kontrol negatif (ddH2O),

masing-masing sebanyak 2 μL. Vorteks sebentar sebelum dimasukkan ke dalam

mesin PCR (Thermalcycler). Pastikan progam yang akan dijalankan adalah TSV.

Tabel 3. Suhu pada Themalcycler PCR Reaksi Suhu (0C) Waktu (detik) Jumlah Siklus

First PCR

Denaturation 94 20 15

Annealing 62 40 15

Extension 72 30 15

Final Elongation 20 30 15

Nested PCR

Denaturation 94 20 30

Annealing 62 20 30

Extension 72 30 30

Final Elongation 20 30 30

Prosedur Reaksi Polymerase Chain Reaction (PCR)

a. Disiapkan bahan campuran first PCR dan Nested PCR yang diperlukan sesuai

nomor sampel. Untuk masing-masing reaksi, dibuat tiga positif standar (103,

102, 101) dan 1 kontrol negatif (ddH20)

b. Dilakukan pemipetan sebanyak 8 μl larutan campuran First PCR ke dalam

masing-masing tabung 0.2 ml yang telah diberi label

c. Ditambahkan sebanyak 2 ml ekstraksi sampel DNA atau standar ke masing-

masing larutan reaksi

d. Dilakukan proses amplifikasi first PCR

e. Ditambahkan sebanyak 15 μl larutan Nested PCR ke dalam masing-masing

tabung setelah first PCR selesai

f. Dilakukan proses amplifikasi Nested PCR

g. Ditambahkan sebanyak 2 μl loading dye 6X ke dalam masing-masing tabung

setelah reaksi nested PCR selesai, kemudidan campurkan merata

h. Dilakukan tahapan elektroforesis pada sampel setelah bahan dicampur

3.2.5. Tahapan elektroforesis

Tabung yang telah selesai pada tahapan amplifikasi disiapkan dan

ditambahkan 5 mL 6X loading dye pada masing-masing tabung dan mengganti tip

mikropipet untuk tiap-tiap pengambilan loading dye dan campurkan hingga

larutan homogen. Letakan Gel yang sudah gel yang sudah di cetak kedalam tangki

elektroforesis lalu tangki diisi dengan larutan TAE 1X sebanyak 500 mL (sampai

gel terendam).HasilProduk PCR yang sudah dicampur dengan loading dye

kemudian dimasukkan ke dalam sumuran gel sebanyak 5-10 mL dengan

mikropipiet. Marker atau penanda DNA yang sudah diketahui berat molekulnya

(284 bp dan 476 bp) juga dimasukkan sebanyak 5 mL. Marker diletakkan di awal

atau di akhir deretan sumuran gel. Setelah semua sampel disuntikkan dalam

sumuran, tutup elektroforesis dipasang dan listrik dihidupkan dengan voltase

diatur 100 V selama 30 menit.

3.2.5. Pengamatan dan dokumentasi

Setelah proses electrophoresis selesai, maka gel yang berada pada pada

alat dipindahkan dengan menggunakan sarung tangan kemudian rendam gel dalam

larutan zat ethidium bromida (ETBR) 0,005 % selama 10 menit.Setelah itu angkat

gel dan rendam kembali dengan menggunakan aquades steril selama 10 menit.

Amati gel diatas mesin UV Transiluminator dan didokumentasi.

3.2.6. Pembacaan hasil

Hasil positif TSV bila terlihat garis perpendaran pita DNA (band) dengan

ukuran 284 bp, 476 bp.

Hasil negatif bila tidak terlihat garis perpendaran pita DNA (band) atau

pendaran hanya pada 848 bp

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1. Hasil

Hasil yang diperoleh dari pemeriksaan sampel udang dengan metode

Polymerase Chain Reaction (PCR) yang dilaksanakan di Balai Karantina Ikan

Kelas II, Semarang adalah sebagai berikut:

4.1.1. Gejala klinis udang terserang viral disease

Pemeriksaan gejala klinis selama Praktek Kerja Lapangan dilakukan pada

udang vannamei yang diduga terinfeksi virus dengan mengamati kondisi fisik

udang. Pengamatan dilakukan pada saat pengambilan sampel. Udang sampel

merupakan benur udang yang memiliki panjang 5cm yang berasal dari tambak

yang dilaporkan mengalami banyak kematian di wilayah Pati, Jawa Tengah.

Pengambilan sampel dilakukan pada tambak bp Suprio dan bp. Redi Sujoko.

Secara umum kondisi benur udang pada tambak bp. Suprio memiliki kondisi baik,

terlihat dari aktifnya udang ketika dilakukan pemberian pakan untuk

mempermudah pengambilan sampel udang dengan menggunakan anco.

Berbanding terbalik dengan kondisi benur udang pada tambak milik bp. Redi

Sujoko, sebagian besar benur udang mengalami kematian dengan kondisi

membusuk didasar tambak. Udang yang masih hidup cenderung pasif dan berada

pada pinggiran tambak dan menyendiri di antara algae yang tumbuh dekat dengan

permukaan air. Udang yang masih hidup tersabar merata pada bagian pinggir

tambak. Secara rinci gejala klinis yang terjadi pada kedua tambak disajikan pada

tabel di bawah ini.

Tabel 4. Gejala Klinis Udang yang Diduga Terserang Viral Disease

No Sampel Tingkah Laku

Udang

Kondisi

Fisik Udang Acuan

1. S.04.03.0471.P Aktif bergerak Normal

2. S.04.03.0472.P Aktif bergerak Normal

3. S.04.03.0473.P Pasif di pinggir tambak Tubuh lunak Surfianti , 2010

4. S.04.03.0474.P Pasif di pinggir tambak Tubuh lunak Surfianti , 2010

5. S.04.03.0475.P Pasif di pinggir tambak Tubuh unak Surfianti , 2010

Sampel udang yang digunakan diduga telah mengalami infeksi Viral

Disease yang mengacu pada gejala klinis yang ditunjukan pada saat survey lokasi

yang telah mengalami kematian pada sebagian besar udang yang dipelihara di

tambak. Untuk sampel udang vannamei dilakukan analisis laboratorium

menggunakan PCR untuk mengetahui secara pasti akan serangan infeksi WSSV,

TSV dan IMNV pada udang. Sampel udang yang digunakan merupakan capuran

sampel udang dari dua tambak tambak yang berbeda yaitu dua ekor sampel udang

berasal dari tambak bp. Suprio dan tiga sampel udang dari tambak bp.Redi Sujoko

4.1.2. Pemeriksaan TSV dengan PCR

Udang yang didiagnosis memiliki tingkah laku yang cenderung pasif dan

memiliki kondisi fisik tubuh yang lunak ketika dipegang. Pemeriksaan lanjutan

yang dilakukan pada udang vannamei setelah mengamati gejala klinis adalah

pengambilan sampel pleopoda, periopoda, insang dan ekor. Selanjutnya dilakukan

proses ekstraksi RNA agar sampel bisa digunakan pada proses PCR dan terakhir

adalah proses elektroforesis untuk mengetahui gambaran gel agarose yang

akanmenunjukan indikasi positif atau negatif infeksi TSV tersebut. Secara

lengkap proses pemeriksaan TSV dengan PCR dijelaskan dalam gambar 2.

M K+ K -KV K+ K- TS1 TS2 TS3 TS4 TS5

Gambar 2.Hasil pemeriksaan TSV (metode PCR) pada gel agarose dengan menggunakan Kit IQ2000TM; menunjukkan bahwa contoh udang yang berasal dari tambak udang di Desa Geneng Mulyo, Kecamatan Juwana, Kabupaten Pati, terdeteksi negatif terinfeksi TSV.

Hasil dari visualisasi gel agarose pada pemeriksaan TSV menunjukan pada

5 sampel udang yang tidak terdeteksi sample tersebut terinfeksi virus TSV.

Mengacu pada intruction manual IQ 2000TM, menyatakan bahwa hasil positif TSV

bila terlihat garis perpendaran pita DNA (band) dengan ukuran 284 bp dan atau

476 bp sedangkan hasil negatif bila tidak terlihat garis perpendaran pita DNA

(band) atau pendaran hanya pada 848 bp. Keseluruhan sampel yang telah di uji

menggunakan pemeriksaan molekuler ini tidak terdeteksi telah terinfeksi virus

TSV hal ini dapat dilihat pada hasil visualisasiyang menunjukan tidak adanya

pendaran pita (band) pada ukuran 284 bp dan atau 476 bp. Tidak berpendarnya

pita dapat dimungkinkan karena buruknya kualitas RNA yang ada ataupun keteika

proses ekstraksi RNA tidak sengaja ikut terbuangsehingga tidak menunjukkan

adanya pendaran pada gel agarose. Keterangan gambar secara lengkap disajikan

dalam tabel 5.

1000 bp

476 bp

284 bp

100 bp

500 bp

1500 bp

Tabel 5. Hasil Pengamatan PCR pada Udang Vannamei (Litopenaeus vannamei) Kode Keterangan/ asal sampel udang Hasil

M Marker -

K ( + ) Kontrol positif (TSV) Positif

K ( - ) Kontrol negativ (TSV) Negatif

S.04.03.0471.P Contoh Udang dari tambak Bp. Suprio Negatif

S.04.03.0472.P Contoh Udang dari tambak Bp. Suprio Negatif

S.04.03.0473.P Contoh Udang dari tambak Bp. Redi S Negatif

S.04.03.0474.P Contoh Udang dari tambak Bp. Redi S. Negatif

S.04.03.0475.P Contoh Udang dari tambak Bp. Redi S. Negatif

4.1.6. Kualitas air

Parameter kualitas air yang diamati dalam pemeriksaan infeksi TSV

meliputi salinitas suhu, pH, DO, CO2, dan Alkalinitas. Parameter yang menjadi

perhatian adalah suhu. Hal ini dikarenakan suhu sangat berpengaruh terhadap

serangan infeksi firus TSV dan merupakan salah satu faktor pemicu serangan

TSV. Suhu berpengaruh terhadap siklus replikasi virus. Secara lengkap, data

pengamatan kualitas air tersaji dalam tabel 6.

Tabel 6. Data Kualitas Air Tambak Pembudidaya Udang Vannamei Desa Margo Tuhu, Kecamatan Juwana, Pati.

Parameter Tambak

1

Tambak

2

Baku Mutu Air Untuk

Perikanan

Nilai Acuan

Warna air Jernih Jernih - -

Suhu (0C) 34 34 28-320C SNI pemeliharaan

pH 7,2 7,3 7,5 – 8,5 Kordi, 2011

DO 9 6 > 3 Kordi, 2011

CO2 0 0 < 12 Kordi, 2011

Lanjutan Tabel 6.

Salinitas 24 32 24 –34 ppt Kordi, 2011

Alkalinitas (mg/l) 60 90 50-300 Kordi,2011

Waktu Sampling 14.26 14.56

Cuaca Cerah Cerah

Hasil pemeriksaan kualitas air pada saat survey dilakukan menunjukan

bahwa kondisi kualitas air secara umum masih memenuhi standart kelayakan

untuk proses budidaya. Dari semua parameter yang diukur hanya salinitas air

yang berbeda pada kedua tambak pada tambak bp. Suprio memiliki salinitas 25

ppm sedangkan pada tambak bp. Redi Sujoko memiliki salinitas 32 ppm, hal ini

dapat dikarena kemungkinan sumber air yang berbeda ataupun telah tercampurnya

air tambak dengan air hujan yang terjadi sebelum survey dilakukan.

4.2. Pembahasan

4.2.1. Gejala klinis udang terserang viral disease

Sampel udang yang akan diperiksa merupakan sampel hidup dengan gejala

klinis didasarkan pada pengamatan yang dilakukan pada saat pengambilan

sampel.Udang yang berada di dalam tambak menunjukan adanya serangan infeksi

virus yang menyerang benur udang dengan panjang rata-rata 5 cm dengan usia

pemeliharaan tiga minggu. Tingkah laku udang yang terlihat adalah sebagian

besar udang berada pada pinggiran tambak dan menyendiri cenderung diam atau

pasif diantara algae yang tumbuh dekat dengan permukaan air. Tubuh udang

terasa lunak ketika dipegang namun tidak menunjukan adanya melanisasi pada

lapisan epidermis. Pengambilan sampel ini didasarkan atas laporan pemilik

tambak yang mengalami kematian pada sebagian besar benur udang yang telah

dipelihara dan pendugaan tersebut menjadi dasar dilakukan pemeriksaan secara

biomolekuler sampel udang tersebutapakah telah terkena serangan virus TSV,

WSSV ataupun IMNV atau tidak.

Menurut Surfianti (2010), Udang sampel diambil dalam kondisi hidup,

secara klinis sampel yang diambil atau akan digunakan dalam uji telah

menunjukan gejal TSV, yaitu berenang menuju pinggir tambak, daging agak

lunak, ekor kipas atau telson kemerahan, kaki renang berwarna kemerahan dan

bercak hitam (melanisasi) di bawah kutikula. Berdasarkan Kajian dari Direktorat

Kesehatan Ikan dan Lingkungan (2005) , membagi dua indikator kemungkinan

adanya infeksi TSV, antara lain:

1. Pada infeksi berat (akut) sering mengakibatkan kematian massal, udang

yang mengalami kematian didominasi oleh udang yang sedang/baru selesai

proses pergantian kulit(moulting), saluran pencernaan kosong dan warna

tubuhkemerahan. Warna merah yang lebih tegas dapat dilihatpada ekor

kipas (telson).

2. Udang yang selamat dari fase akut, umumnya mampu hidup dan tumbuh

normal dengan tanda bercak hitam (melanisasi) yang tidak beraturan di

bawah lapisan kutikula.

4.2.2. Pemeriksaan TSV dengan metode PCR

Pengamatan gejala klinis pada udang sampel dilakukan sebagai diagnosis

awal yang mengindikasikan udang tersebut telah positif terinveksi TSV.

Pemeriksaan dengan mengunakan metode PCR bertujuan untuk memastikan ada

atau tidak adanya infeksi virus TSV pada tubuh udang. Pemeriksaan dengan

metode PCR bertujuan untuk melipat gandakan sekuen nukleotida tertentu secara

eksponensial dalam waktu yang singkat secara invitro. Proses Pemeriksaan TSV

dengan menggunakan metode PCR memerlukan sejumlah siklus untuk

mengamplifikasi sekuen RNA spesifik. Setiap siklusya terdiri tiga tahap yaitu

denaturation (pemotongan), annealing (penempelan) dan extention

(pemanjangan).Pada pengujian yang dilakukan dengan menggunakan kit

IQ2000TM, marker PCR menggunakan primer spesifik KHV dengan berat

molekul 848 bp, 284 bp dan. 476 bp. Hasil positif ditunjukan apabila mucul atau

berpendarnya pita atau band pada ke tiga fragmen spesifik tersebut dan dapat

digolongkan dengan infeksi berat, apabila terjadi perpendaran pada fragmen 284

bp - 476 bp hal ini menunjukan sampel positif terinfeksi virus TSV dengan status

infeksi sedang, apabila hanya terjadi perpendaran band pada fragmen 284 diduga

sampel positif ringan sedangakan apabila hanya terjadi perpendaran pada

fregmen 848 bp atau tidak terjadi perpendaran pada ke tiga fragmen maka hal ini

menunjukan bahwa firus TSV tidak terdeteksi pada sampel udang yang telah diuji.

Didasarkan pada kajian Surfianti (2010), TSV memiliki genom +ssRNA dengan

panjang 9 bp. Sampel TSV yang diduga terinfeksi TSV positif ringan ditandai

dengan munculnyaband pada 276 bp, sampel yang terinfeksi TSV positif sedang

ditandai dengan munculnya band pada 276 bp dan 476 bp, sedangkan sampel yang

terinfeksi TSV positif berat ditandai dengan munculnya band pada 276 bp, 476 bp

dan 848 bp. Hal ini menunjukan bahwa batasan sekuen TSV yang dikenali oleh

primer adalah 848 bp.

Hasil yang diperoleh adalah pada kelima sampel udang yang telah diuji

secara biomolekuler tidak terdeteksi adanya infeksi virus TSV pada benur udang.

Hal ini ditunjukan dari hasil visualisasi proses amplifikasi dan elektroforesis yang

telah dilakukan. Pada ke lima sampel tidak terlihat munculnya pendaran band

pada fragmen 276 bp, 476 bp, dan 848 bp. Hal ini dimungkinkan karena buruknya

kualitas RNA yang ada akibat tidak sesuainya sampel udang yang digunakan

ataupun DNA ikut terbuang pada proses ekstraksi sehingga dalam proses

elektroforesis tidak menunjukan pendaran pada gel agarose. Menurut Surfianti

(2010), salah satu sifat RNA adalah mudah sekali mengalami degradasai yang

dapat disebabkan oleh beberapa hal seperti handling yang kurang baik cepat serta

suhu penyimpanan yang rendah berperan dalam menjaga kualitas maupun

kuantitas sampel RNA yang disimpan. Di dukung dengan pernyataan Surfianti

(2010), bahwa tahapan ekstraksi merupakan tahap awal dalam proses pemisahan

DNA/RNA dan merupakan tahapan penting untuk uji berikutnya, sehingga harus

bebas dari kontaminasi.

Menurut Dwinanti (2011), Penggunaan teknik PCR memeilki beberapa

kelemahan antara lain kemungkinan memperoleh hasil positif maupun negatif

yang salah. Hasil positif yang keliru dapat disebabkan karena adanya kontaminasi

oleh kontrol positif maupun sampel yang lain sebelum proses amplifikasi. Hasil

negatif yang salah dapat disebabkan karena jumlah kopian DNA/RNA yang tidak

mencukupi dan tingkat infeksiyang terlalu rendah sehingga pita DNA/RNA

berpendar redup atau bahkana tidak berpendar, adanya inhibitor sehingga reaksi

enzim terhambat, kerusakan mesin PCR, kesalahan pada penggunaan atau

pengaturan alat, kualitas sampel yang buruk, serta kesalahan konsentrasi bahan-

bahan seperti primer dan ion Mg2+.

4.2.3. Kualitas air

Kualitas air merupakan salah satu faktor yang dapat menyebabkan

penyebaran virus TSV pada areal. Dari hasil pengukuran kualitas air pada tambak

bp Suprio dan bp. Redi Sujoko dapat dikatakan kedua tambak tersebut memiliki

kualitas air yang baik dengan kisaran suhu keduanya 340C tingginya suhu ini

dikarenakan pengukuran dilakukan pada saat matahari terik, Salinitas 25 - 32

ppm, DO 9 mg/l, pH 7,2 – 7,3, CO2 0 mg/l, dan alkalinitas 60 – 90 mg/l.

Lingkungan Hidup optimal yang menunjang pertumbuhan dan sintasan atau

kelangsungan hidup udang vannamei memiliki toleransi yang sangat luas terhadap

perubahan lingkungan , seperti salinitas 0,1-60 ppt ( tumbuh dengan baik 10 –

30ppt, (ideal 15 – 25 ppt) dan suhu 12 – 37 0C (tumbuh dengan baik pada suhu 24

– 34 0C) dan ideal pada suhu 28 – 31 0C) ( Kordi,2011). Disamping kualitas air

yang harus di perhatikan, sistem budidaya turut andil dalam proses penyebaran

virus pada area pertambakan disuatu daerah, ketika dilakukan pengambilan

sampel udang di area tambak desa Margo Tuhu, hampir semua pertambakan

menerapkan sistem tambak tradisional maupun sistem semi intensif. Hal ini

merupakan salah satu faktor cepatnya penyebaran penyakit viral. Sistem

pertambakan yang baik untukpengendalian penyakit TSV adalah sistem

semitertutup (semi closed system) dan tertutup (closedsystem), sehingga desain

dan konstruksi harusdisesuaikan. Tambak yang ideal terdiri dari

petakanpemeliharaan dan petakan tandon, sertadilengkapidengan saluran inlet dan

outlet yang terpisah. Hal ini perlu dilakukan untuk menjaga sistem

pertambakandari kemungkinan masuknya patogen dari luar dan keluarnya patogen

dari dalam ke luar sistem. Cara lain untuk menghindari resiko infeksi virus dapat

dilakukan dengan pergiliran pola tanam atau mengistirahatkan tambak untuk

jangka waktu tertentu. (Direktorat Kesehatan Ikan dan Lingkungan , 2005).

V. KESIMPULAN DAN SARAN

5.1. Kesimpulan

Kesimpulan yang dapat diambil dari hasil Praktek Kerja Lapangan yang

dilakukan adalah sebagai berikut:

1. Gejala klinis udang vannamei yang diduga terinfeksi TSV diantaranya

adalah memiliki gejala klinis seperti tubuh lunak dan memiliki tingkah laku

yang cenderung pasif di pinggir tambak. Sebagian besar udang yang berada

di tambak milik bp Redi Sujoko berada pada pinggiran tambak dan

cenderung diam dan tersebar merata di antara alga yang tumbuh pada

pinggiran tambak.

2. Pemeriksaan biomolekuler dengan menggunakan PCR untuk memastikan

dan mendeteksi adanya virus RNA yang mengindikasikan bahwa kematian

udang yangterjadi disebabkan oleh serangan virus TSV memberikan hasil

negatif, hal ini memberikan indikasi bahwa diagnosa dengan pendekatan

biomolekuler tidak selalu sejalan dengan tanda-tanda klinis. Metode analisis

biomolekuler tersebut pada setiap siklusnya terdiri dari tiga tahapan yaitu

proses denaturasi, annealing, dan extention. Berdasarkan analisis PCR yang

dilakukan terhadap 5 sampel yang terdiri dari 2 sampel udang dari tambak

bp. Suprio dengan kode sampel S.04.03.0471.P dan S.04.03.0472.P dan 3

sampel udang dari tambak bp. Redi sujoko dengan kode sampel

S.04.03.0473.P, S.04.03.0473.P, dan S.04.03.0475.P memberikan hasil

negatif.

5.2. Saran

Saran yang dapat diambil dari hasil Praktek Kerja Lapangan yang dilakukan

adalah sebagai berikut:

1. Pada saat pengambilan sampel hendaknya teliti dalam mengamati ciri-ciri

fisik maupun tingkah laku udang yang diduga terserang viral disease agar

tidak terjadi kekeliruan dalam pendiagnosisan secara molekuler.

2. Dalam pengujian sampel dengan menggunakan PCR hendakanya

dilakukan secara hati-hati dan teliti agar hasil akhir proses ini dapat

divisualisasikan dengan baik untuk menentukan positif atau tidaknya

sampel udang terinfeksi TSV. Sampel yang digunakan hendaknya telah

menunjukan gejala-gejala umum serangan virus TSV karena disini

merupakan dugaan awal agar proses PCR tidak sia-sia dilakukan.

DAFTAR PUSTAKA

Boone. 1931. Litopenaeus vannamei. http://www.itis.gov (12 Agustus 2008). Center for Tropical and Subtropical Aquaculture (CTSA). 1996. Shrimp Diseases.

The Oceanic Institute: Makapu‘u PointWaimanalo. Publication No. 121. Dwinanti, S.2009.Keberadaan White Spot Syndrome Virus (WSSV), Taura

Syndrome Virus (TSV) Dan Infectious Hypodermal Haematopoitic Necrosis Virus (IHHNV) Di Tambak Intensif Udang Vaname Litopenaeus Vannamei Di Bakauheni, Lampung Selatan.Jurnal Akuakultur Indonesia, 8(2): 1-8.

Direktorat Kesehatan Ikan dan Lingkungan. 2005. Petunjuk Pengendalian

Penyakit Taura Sindrome Virus (TSV) pada Budidaya Udang Vannamei ( litopenaeus vannamei). DKP: Jakarta.

Farming Intelligence Tech.Corp. 2003. IQ 2000TM. TSV Detection and

Prevention System. (Instruction Manual). Taiwan. ISSP Fuadi, M. 2010. Deteksi Kemampuan Artemia dan Kutu Air dalam Uptake bakteri

mengandung DNA asing menggunakan PCR. Program Studi Teknologi dan Manajemen Akuakultur Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor.

Kordi, M Ghufrran.2011. Budidaya 22 Komoditas Laut untuk Konsumsi Lokal

dan Ekspor. Andi Publisher : Yogyakarta. Lightner, V Donald. 1992. Shrimp Virususes diseases: Diagnosis, Distribution

and Management. University of Arizona : LA. hal: 245 - 245.

Lightner, V Donald. 2004. The Penaeid Shrimp Viral Pandemics due to IHHNV, WSSV, TSV and YHV: History in the Americas and Current Status.Department of Veterinary Science and Microbiology : University of Arizona.

Surfianti, O. 2010. Deteksi Penyakit TSV (Taura Syndrome Virus) secara PCR pada

Udang Vannamei (Litopenaeus vannamei) dengan Berbagai Ekstraksi, Suhu dan Waktu Penyimpanan. BKI Kelas I Juanda : Surabaya.

Nuraini, Y L. 2008. Prevalensi Dan Perubahan Histopatologik Infectious

Myonecrosis (Imn) Pada Udang Putih (Litopenaeus Vannamei) Di Jawa Timur. Universitas Gadjah Mada: Yogyakarta.

Tang F. J. Kathy&, Lightner V. 2001. Donald. Detection And Quantification Of

InfectiousHypodermal And Hematopoietic Necrosis Virus InPenaeid

Shrimp By Real-Time PCR. Inter Research Diseases aquatic organisms : USA. Vol. 44: 79 – 85.

Widayati, D Eka. 2010. Studi Histopatologi Insang Ikan Mujair (Oreochromis Mossambicus)Pada Konsentrasi Sublethal Air Lumpur Sidoarjo. Institut sepuluh November : Surabaya.

Wuryastuti, H. 2002. Polymerase Chain Reaction and Revers Transcription

Polymerase Chain Reaction : Teknik dasar dan Aplikasi Diagnostik. Fakultas Kedokteran Hewan : Universitas Gajah Mada.