prinsip bioteknologi akuakultur - wordpress.com · 2019-09-12 · pcr juga digunakan dalam...

21
Oleh: Tim Asisten Prinsip Bioteknologi Akuakultur BUDIDAYA PERAIRAN 2019 Prinsip Bioteknologi Akuakultur

Upload: others

Post on 30-Jul-2020

21 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

Oleh:

Tim Asisten Prinsip Bioteknologi

Akuakultur

BUDIDAYA PERAIRAN 2019

Prinsip Bioteknologi Akuakultur

Page 2: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

BUKU PANDUAN PRAKTIKUM

PRINSIP BIOTEKNOLOGI AKUAKULTUR

NAMA :

NIM :

KELOMPOK :

PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN

JURUSAN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG

2019

Page 3: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

KATA PENGANTAR

Syukur Alhamdulillah kami panjatkan kehadirat Allah SWT atas segala

limpahan rahmat dan Karunia-Nya sehingga Buku Panduan Praktikum Prinsip

Bioteknologi Akuakultur dapat disusun.

Buku panduan merupakan susuatu pedoman yang menyajikan metode

pelaksanaan praktikum Prinsip Bioteknologi Akuakultur yang pada dasarnya

dirangkum dari berbagai referensi untuk menuntun praktikan. Materi yang

disajikan mengenai Isolasi Bakteri dan Ekstrasksi DNA udang vannamei

(Litopenaeus vannamei).

Buku panduan ini merupakan penuntun praktikum Prinsip Bioteknologi

Akuakultur sehingga dapat bermanfaat bagi praktikan dan pembaca. Kami

menyampaikan terimakasih kepada pihak-pihak yang secara langsung maupun

tidak langsung telah membantu dalam penyelesaian buku ini. Tim penyusun

menyadari akan keterbatasan yang dimiliki sehingga kami mengharapkan saran

atau kritik konstruktif bagi penyempurnaan buku ini di lain waktu.

Malang, 30 Agustus 2019

Tim Penyusun

Page 4: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

TATA TERTIB PRAKTIKUM

PRINSIP BIOTEKNOLOGI AKUAKULTUR

1. Datang 30 menit sebelum praktikum dimulai.

2. Mengerjakan tiket masuk.

3. Memakai pakaian berkerah, sepatu tertutup dan berkaos kaki, serta rambut

rapi (rambut panjang dikuncir).

4. Memakai jas lab sesuai dengan identitas.

5. Tidak menggunakan hp kecuali untuk dokumentasi.

6. Dilarang menggunakan alat-alat yang ada di laboratorium selain yang

dipergunakan untuk praktikum.

7. Dilarang meninggalkan praktikum tanpa seizin koordinator praktikum

8. Dilarang makan dan minum selama praktikum berlangsung kecuali seizin

koordinator praktikum

9. Menjaga ketertiban dan kelancaran jalannya praktikum

Page 5: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

1. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Segala sesuatu yang menggunakan jasad hidup mikroorganisme atau

produknya untuk menghasilkan barang dan jasa demi kemaslahatan manusia

merupakan konsep dasar yang harus dipahami sebelum mempelajari cakupan

bioteknologi secara luas. Prinsip dasar bioteknologi adalah adanya agen biologi

(mikroba, enzim, sel hewan, sel tumbuhan), pendayagunaan “teknologi” untuk

memanipulasi DNA, serta menggunakan berbagai disiplin ilmu yang saling

berkaitan (Nugroho dan Rahayu, 2017).

Dalam kurun waktu 20 tahun terakhir ini, bioteknologi telah mengalami

perkembangan sangat pesat. Di beberapa negara maju, bioteknologi

mendapatkan perhatian serius dan dikembangkan secara intensif dengan

harapan dapat memberi solusi untuk mengatasi berbagai permasalahan yang

dihadapi manusia pada saat ini maupun yang akan datang yang menyangkut;

kebutuhan pangan, obat-obatan, penelitian, yang pada gilirannya semuanya

bertujuan untuk meningkatkan kesejahteraan hidup umat manusia (Nurcahyo,

2011).

Kemajuan-kemajuan ilmu pengetahun dan teknologi yang telah ada baik

di bidang fisika, kimia, matematika dan biologi telah memicu majunya

bioteknologi. Selain itu, banyak hal yang juga ikut berperan dalam memicu

lahirnya bioteknologi, diantaranya adalah karena semakin besar tuntutan untuk

mencapai target yang diinginkan dengan proses yang lebih cepat dan terobosan

yang inovatif yang bisa menguntungkan bagi umat manusia. Bioteknologi juga

memiliki peran penting dalam ilmu pengetahuan dewasa ini, bioteknologi sendiri

mengalami berbagai pembaruan dari bioteknologi yang bersifat tradisional

kearah bioteknologi yang modern. Manfaat bioteknologi bagi kehidupan manusia

Page 6: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

dalam meningkatkan kesejahteraan dan perbaikan hidup telah terbukti, antara

lain penerapannya untuk memerangi kelaparan, mengatasi kelangkaan sumber

daya energi, mengurangi pencemaran lingkungan dan masih banyak lagi

(Sutarno, 2016).

Usaha akuakultur dapat dibedakan menjadi dua, yaitu (1) budidaya

perikanan berbasis di darat (land-based aquaculture) dan (2) budidaya perikanan

berbasis di laut (marine based aquakultur). Berdasarkan sistem produksinya,

budidaya dibedakan menjadi : budidaya tradisional, budidaya semi-intensif, dan

budidaya intensif. Kesemuanya dapat memberikan hasil yang maksimal apabila

ditunjang dengan adanya bioteknologi yang memadai (Saru, et al., 2004).

Oleh sebab itu, salah satu alternatif untuk mengatasi permasalahan

tersebut di atas, perlu dilakukan perbaikan terhadap sistem budidaya perikanan

yang diterapkan selama ini, yaitu dapat dilakukan dengan melalui pemanfaatan

mikroba menguntungkan. Melalui aplikasi bioteknologi diharapkan produktivitas

budidaya dapat ditingkatkan.

1.2 Maksud

Maksud dari Praktikum Prinsip Bioteknologi Akuakultur adalah untuk

menambah pengetahuan, dan melakukan teknik pelaksanaan ekstraksi DNA,

pengenalan dan teknik gambaran pelaksanaan PCR hingga proses

elektroforesis. Selain itu mahasiswa dapat mengetahui bagaimana prosedur

untuk menanamkan bakteri

1.3 Tujuan

Tujuan dari Praktikum Prinsip Bioteknologi Akuakultur yaitu:

1. Mengetahui prinsip kerja PCR

2. Mengetahui dan mampu melaksanakan cara ekstraksi DNA udang dan

bakteri

Page 7: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

3. Mengetahui dan mampu melaksanakan prosedur amplifikasi

4. Mengetahui dan mampu melaksanakan cara elektroforesis

1.4 Tempat dan Waktu Pelaksanaan

Praktikum Prinsip Bioteknologi Akuakultur dilaksanakan pada tanggal 5-6

Oktober, 12-13 Oktober, dan 19-20 Oktober 2019 di Laboratorium Sentra Ilmu

Hayati dan Laboratorium Budidaya Perairan Divisi Penyakit dan Kesehatan Ikan,

Universitas Brawijaya, Malang.

Page 8: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

2. MATERI DAN METODE

2.1 Kultur Bakteri.

Bakteri adalah mikroorganisme yang berukuran mikroskopis. Menurut

Mohamad et al. (2014), bakteri merupakan mikroorganisme prokariotik, yaitu

organisme yang paling sederhana strukturnya. Prokariota tidak memiliki inti dan

organel kompleks. Bentuk bakteri yang paling biasa ditemui adalah batang, cocci

(bundar), dan bentuk spiral. Beberapa spesies memiliki flagela yang

memungkinkan bakteri berenang dan bergerak. Spesies bakteri biasanya

dikelompokkan menjadi beberapa jenis dan ada beberapa jenis yang biasanya

bersifat pathogeni seperti Salmonellae, E Coli, dan Vibriones.

Austin (1988) mengatakan Vibrio merupakan patogen oportunistik yang

dalam keadaan normal ada dalam lingkungan pemeliharaan, kemudian

berkembang dari sifat saprofitik menjadi patogenik jika kondisi lingkungan

memungkinkan. Bakteri vibrio yang patogen dapat hidup dibagian tubuh

organisme lain baik di luar tubuh dengan jalan menempel, maupun pada organ

tubuh bagian dalam seperti hati, usus, dan sebagainya. Menurut dampak

langsung bakteri patogen dapat menimbulkan penyakit, parasit, pembusukan

DNA toksin yang dapat menyebabkan kematian biota yang menghuni perairan

yang terkontaminasi Vibrio sp.

Proses kultur bakteri Vibrio sp. pada media TSB (Trypticase Soy Broth) 2%

adalah sebagai berikut:

Ambil stock bakteri V. Harveyii dari Freezer (-80oC).

Siapkan media TBS steril.

Nyalakan LAF (Laminary Air Flow).

Kultur Bakteri Vibrio harveyii

Page 9: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

Nyalakan bunsen di dalam LAF (Laminary Air Flow).

Ambil 100 µl bakteri V. Harveyii dengan mikropipet.

Tanam bakteri pada media TSB steril.

Vortex selama 10 detik.

Inkubasi maksimal 2 x 24 jam pada inkubator bersuhu 30°C.

2.2 Pengertian PCR (Polymerase Chain Reaction)

PCR ditemukan oleh Kary Muilis tahun 1983. PCR menjadi teknik umum

yang digunakan dalam laboratorium penelitian medis dan biologi untuk berbagai

keperluan, seperti pengurutan gen-gen dan diagnosis penyakit turunan,

identifikasi sidik-jari genetik (digunakan dalam pengujian forensik dan paternitas),

deteksi dan diagnosis penyakit infeksi dan pembentukan organisme transgenik.

PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi,

ekologi, biologi perkembangan, dan genetika.

PCR adalah salah satu teknik dalam biologi molekuler untuk

mengamplifikasi atau menggandakan sejumlah kecil DNA secara in vitro

menggunakan system enzimatik dan suhu. PCR merupakan suatu sistem

pemeriksaan untuk replikasi DNA yang memungkinkan suatu rangkaian DNA

target spesifik mengalami amplifikasi secara selektif atau bertambah dalam

waktu beberapa jam saja. PCR dimulai dengan DNA template (cetakan) dalam

jumlah yang sangat sedikit, kemudian setelah melalui beberapa siklus

amplifikasi, jumlah copy DNA kan menjadi jutaan kali lipat.

Menurut Lo (2006), prinsip dasar yang dilakukan PCR sebenarnya sangat

sederhana, karena PCR memiliki prinsip kerja berlandaskan terjadinya replikasi

DNA yang terjadi selama proses pembelahan sel. PCR adalah teknik yang paling

populer dan banyak digunakan di semua bidang studi biologis. Metode PCR

Hasil

Page 10: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

banyak disukai karena cepat dan tidak menimbulkan senyawa radioaktif hanya

dengan menggunakan alat Thermal cycler yang dapat dilihat pada Gambar 1.

Gambar 1. Thermal Cyler

Manfaat PCR sendiri adalah isolasi gen, DNA Sequencing, forensik, dan

diagnosa penyakit. Pada akuakultur sendiri, PCR paling sering digunakan untuk

mengidentifikasi apakah terdapat penyakit atau tidak pada suatu organisme yang

diuji. Menurut Zulfahmi (2013), teknologi PCR ditemukan oleh Mullis dan Faloona

pada tahun 1987. Alat ini ditujukan untuk pemanfaatan penanda molekuler DNA

dan diaplikasikan pada berbagai bidang. Teknik PCR telah banyak digunakan

pada penelitian mengenai filogenetik. Oleh karena itu, dalam bidang perikanan

teknik PCR ini dapat digunakan untuk mengetahui hubungan kekerabatan antar

genus ikan yang berbeda.

2.3 Ekstraksi DNA

Isolasi DNA merupakan tahap pertama dari berbagai teknologi analisis

DNA. DNA dapat ditemukan baik pada kromosom inti maupun pada organel,

yaitu pada mitokondria dan kloroplas. Untuk mengekstrak DNA diperlukan

langkah-langkah laboratorium untuk memecahkan dinding sel dan membran inti,

dilanjutkan pemisahan DNA dari berbagai komponen sel. Prinsip utama dalam

isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis), ekstraksi atau pemisahan DNA

dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta pemurnian DNA.

Page 11: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

Proses pengeluaran DNA dari nukleus, mitokondria maupun organel lain-

dengan cara diekstraksi atau dilisiskan, biasanya dilakukan dengan homogenase

dengan penambahan buffer ekstraksi atau buffer lisis untuk mencegah DNA

rusak. Pada saat melakukannya, DNA harus dijaga agar tidak rusak dan

didapatkan DNA dalam bentuk rantai yang panjang.

Isolasi DNA khusus untuk udang post larva, diambil semua bagian

tubuhnya, sedangkan udang yang berukuran lebih dari 4 cm (umur 1,5 bulan)

hanya diambil hepatopankreas. Hepatopankreas merupakan organ target infeksi

bakteri dan merupakan organ yang bertanggung jawab dalam proses pertahanan

tubuh.

Skema Kerja Ekstraksi DNA Udang Vannamei (Litopanaeus vannamei)

dengan Metode Lysis Buffer

Ditimbang sebanyak 100 mg menggunakan timbangan digital.

Sampel dihancurkan dan haluskan pada botol film lalu dimasukkan ke

dalam mikrotube 1,5 mL.

Tambahkan 500 µL Lysis Buffer, dan homogenkan.

Inkubasi pada suhu 95oC selama 10 menit.

Sentrifuge 12.000 rpm selama 10 menit.

Pindahkan 200 µL supernatan dalam tube baru, tambahkan 400 µL

ethanol 95 %.

Voretex kemudian sentrifuge 12.000 rpm selama 5 menit.

Buang supernatan secara hati-hati, kering anginkan pelet DNA selama

10 menit.

Larutkan DNA dengan ddH2O atau TE Buffer sebanyak 100 µL.

Simpan DNA pada lemari pendingin dengan suhu 2-8oC.

Sampel

Hasil

Page 12: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

Skema Kerja Ekstraksi DNA bakteri Vibrio harveyidengan Metode Lysis

Buffer

Isolat bakteri diambil sebanyak 1 mL.

Sentrifuge dengan kecepatan 10.000 rpm selama 2 menit suhu 4oC.

Diambil 500 µL supernatant.

Tambahkan 500 µL Lysis Buffer, dan homogenkan.

Inkubasi pada suhu 95oC selama 10 menit.

Sentrifuge 12.000 rpm selama 10 menit dengan suhu 4oC.

Pindahkan 200 µL supernatan dalam tube baru, tambahkan 400 µL

Ethanol 95 %.

Vortex kemudian sentrifuge 12.000 rpm selama 5 menit dengan suhu

4oC.

Buang supernatan secara hati-hati, disisikan filtrat sebanyak 500 µL.

Larutkan pelet dengan ddH2O atau TE Buffer sebanyak 100 µL.

Simpan DNA pada lemari pendingin dengan suhu 2-8oC.

2.4 Uji Kuantitatif DNA

DNA genom hasil isolasi dilakukan uji kuantitatif menggunakan

spektrofotometer untuk melihat kemurnian DNA sampel. Tingkat kemurnian isolat

DNA murni memiliki nilai yang berkisar antara 1,8-2,0 dan uji kualitatif

menggunakan metode standar berupa identifikasi, pemisahan, dan purifikasi

fragmen DNA yaitu elektroforesis gel agarose. Jika tingkat kemurniannya rendah

maka akan mempengaruhi pada penempelan primer terhadap situsnya dan akan

menghambat aktivitas enzim polimerase DNA.

Isolat Bakteri

Hasil

Page 13: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

Skema Kerja Uji kuantitatif DNA

Sambungkan ke arus listrik.

Dikalibrasi menggunakan 1 µL aquades pada sensor hingga

konsentrasinya 0 ng/µL.

Tekan penutupnya.

Jalankan alat menggunakan software dengan panjang gelombang 260

nm untuk uji DNA dan 280 nm untuk uji protein.

Tunggu sampai hasil terbaca (0).

Masukkan DNA sampel sebanyak 1 µL.

Tutup penutupnya dan jalankan menggunakan software.

2.5 Amplifikasi DNA dengan PCR

Amplifikasi adalah suatu proses yang dapat menggandakan atau

mereplikasi suatu DNA yang semulanya sedikit (bisa 1 atau 2 dan seterusnya)

bisa menjadi banyak atau berlipat ganda. Pada setiap n siklus PCR akan

diperoleh 2n kali banyaknya DNA target. Kunci utama pengembangan PCR

adalah menemukan bagaimana cara amplifikasi hanya pada urutan DNA target

dan meminimalkan amplifikasi urutan non-target.

Menurut Lo (2006), pada dasarnya PCR terjadi dalam tiga tahap, yakni

denaturasi, annealing dan extension. Denaturasi akibat adanya panas yang

diberikan kepada DNA. Annealing atau penempelan DNA primer dalam

temperatur yang dingin, dan yang terakhir adalah pemanjangan/ekstensi dari

DNA primer yang telah dilakukan proses annealing dengan menggunakan DNA

polimerase. Proses dasar siklus dari PCR ini akan berulang hingga 30-35 siklus.

Siklus dari PCR dapat dilihat pada Gambar 2.

Nanodrop Spectrophotometer

Hasil

Page 14: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

Untuk menjalakan proses amplifikasi diperlukan beberapa komponen

untuk berjalannya proses ini.Adapun komponen dari PCR yang diperlukan antara

lain:

a. DNA template

b. dNTPs

c. Primer

d. Buffer

e. DNA polymerase

f. NFW (steril water)

g. MgCl2

h. Thermal cycler

Gambar 2. Siklus PCR

Skema Kerja tahapan PCR dari Sampel Udang

Siapkan master mix, yaitu:

Primer F (0,5 µL)

Primer R (0,5 µL)

Steril Water (ddH2O) (3 µL)

2x Go Taq Green PCR (5 µL)

Masukkan master mix ke dalam mikrotube 0,5 mL.

Dihomogenkan sampai bening.

Siapkan mikrotube ukuran 200 µL.

Sampel

Page 15: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

Masukkan master mix ke dalam mikrotube ukuran 200 µL dengan

konsentrasi yang telah ditentukan.

Tambahkan 1 µL DNA template.

Masukkan mikrotube pada Thermal cycler yang sudah disetting

waktunya.

Ambil mikrotube dari Thermal cycler.

2.6 Elektroforesis

Prinsip dasar dari elektroforesis adalah memisahkan molekul berdasarkan

muatan listrik. Elektroforesis DNA biasanya digunakan untuk memisahkan DNA

berdasarkan perbedaan ukurannya. Semakin besar ukuran molekul maka laju

dari migrasi akan semakin rendah. Molekul DNA bermuatan negatif sehingga di

dalam medan listrik akan bermigrasi melalui matriks gel menuju kutub positif

(anode).

Ada bermacam-macam zat kimia yang dapat digunakan sebagai gel di

dalam proses elektroforesis. Penggunaan jenis gel disesuaikan dengan tujuan

yang akan dicapai. Secara umum ada 2 jenis gel yang biasa digunakan yaitu

Agarose Gel Electrophoresis (AGE) dengan visualisasi menggunakan ethidium

bromide dan Polyacrilamide Gel Electrophoresis (PAGE) dengan visualisasi

menggunakan silver staining. Kedua cara elektroforesis ini banyak digunakan

dalam visualisasi produk PCR. Prinsipnya alat elektroforesis dibagi menjadi 2

yaitu horizontal elektrophoresis dan vertical elektrophoresis.

Prinsip dasar elektroforesis berhubungan dengan gaya gerak Iistrik yang

digunakan untuk mendorong atau menarik molekul melalui matriks gel. Molekul

bermuatan yang ditempatkan di dalam "sumur" gel dan dialiri arus listrik akan

bergerak melalui matriks dengan kecepatan berbeda, menuju anoda jika

Hasil

Page 16: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

bermuatan negatif atau menuju katoda jika bermuatan positif (catatan bahwa

Elektroforesis gel bekerja sebagai sel listrik; anoda bermuatan positif dan katoda

bermuatan negative). Alat yang digunakan untuk proses eletroforesis dapat

dilihat pada Gambar 3.

Gambar 3. Alat Elektroforesis

Skema Kerja Pembuatan Gel Agarose

Ditimbang sebanyak 0,45 gr.

Masukkan ke dalam erlenmeyer.

Tambahkan TBE 1X pH 8 sebanyak 30 ml.

Dihomogenkan dan dipanaskan dalam microwave.

Tunggu hingga bening.

Angkat dan tunggu hingga hangat kuku.

Tambahkan larutan EtBr sebanyak 1 ml.

Tuang ke dalam cetakan yang telah disiapkan.

Tunggu hingga gel agarose menjadi padat.

Bubuk gel agarose

Hasil

Page 17: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

Skema Kerja Elektroforesis

Letakkan gel agarose padat ke dalam Gel Tank dan pastikan

letaknya sudah sesuai.

Tambahkan TBE 1X pH 8 sampai menggenangi gel agarose.

Ambil 5 µL sampel DNA hasil PCR dan homogenkan dengan 1 µL

loading dye pada mikrotitter menggunakan mikropipet.

Masukkan ke dalam sumuran gel agarose secara hati-hati.

Marker 1Kb yang digunakan letakkan pada ujung dari agarose

sebanyak 6 µL.

Tutup alat elektroforesis sambungkan pada power supply dan tekan

power supply “ON”.

Tunggu hingga 60 menit untuk proses elektroforesis.

Angkat agarose dan rendam agarose dengan aquades selama 15

menit.

Visualisasikan agarose dengan menggunakan Gel Doc.

Elektroforesis

Hasil

Page 18: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

DAFTAR PUSTAKA

Austin, B. 1988. Metode-metode untuk Bakteriologi Akuatik (terjemahan Ratna Hadioetomo). PAU IPB. Bogor. p: 125-133.

Lo, D. 2006. Clinical Applications of PCR : Second Edition. New Jersey : Humana

Press. Nugroho, E. D. dan D. A. Rahayu. 2017. Pengantar Bioteknologi (Teori dan

Aplikasi. Deepublish. Yogyakarta. 133 hlm. Nurcahyo, H. 2011. Diktat Bioteknologi. Universitas Negeri Yogyakarta.

Yogyakarta. 121 hlm. Saru, A., A. R. Pratiwi, B. Rosida, E. T. Setiatin, dan Y. Yelita. 2004. Bioteknologi

dan aplikasinya di berbagai bidang: suatu tinjauan umum. Artikel Ilmiah. ITB. Bogor. 18 hlm.

Sutarno. 2016. Rekayasa genetik dan perkembangan bioteknologi.Prosiding

Biology Education.13(1): 23-27.

Page 19: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

GLOSARIUM PRAKTIKUM PRINSIP BIOTEKNOLOGI AKUAKULTUR

1. Bioteknologi : Cabang ilmu yang mempelajari pemanfaatan

makhluk hidup (bakteri, fungi, virus, dan lain-lain)

maupun produk dari makhluk hidup (enzim, alkohol)

dalam proses produksi untuk menghasilkan barang

dan jasa.

2. Diploid (2n) : Sel yang berisi dua set lengkap kromosom atau

disebut juga berjumlah 2n (n ialah jumlah pasangan

kromosom).

3. DNA : Asam nukleat yang menyimpan semua informasi

tentang genetika.

4. DNA Polimerase : Enzim yang mengkatalisis polimerisasi nukleotida

menjadi untaian DNA.

5. DNA Templete : DNA untai ganda yang membawa urutan basa

fragmen yang akan digandakan.

6. Elektroforesis : Teknik yang digunakan untuk memisahkan

makromolekul (DNA, RNA dan Protein) berdasarkan

ukurannya.

7. Gen : Bagian dari kromosom atau salah satu kesatuan

kimia (DNA) dalam lokus pada kromosom.

8. Genbank : Aplikasi untuk mengetahui kemiripan serta kode gen

dari objek yang diteliti.

9. Genom : Keseluruhan informasi genetik yang dimiliki suatu sel

atau organisme, atau khususnya keseluruhan asam

nukleat yang memuat informasi tersebut.

10. Haploid (n) : Sel yang hanya berisi satu set lengkap kromosom

atau disebut juga berjumlah n (n ialah jumlah

pasangan kromosom).

11. Hepatopankreas : Organ terpenting pada udang yang memiliki fungsi

seperti hati dan pankreas pada mamalia.

12. Isolasi : proses pemindahan bakteri dari media asal ke media

buatan (baru) untuk memperoleh biakan murni.

13. Isolat : Biakan murni pertama yang dibuat dari sumber segar

aslinya.

14. Kromosom : Unit pewaris dalam inti dari semua sel eukariot yang

didalamnya tersusun oleh banyak DNA.

15. Kultur : Suatu metode untuk menanam atau memelihara sel

atau jaringan dalam suatu laboratorium.

16. Lisis : Peristiwa pecahnya sel karena kerusakan membran

plasma.

17. Patogen : Mikroorganisme parasit yang dapat menyebabkan

Page 20: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

penyakit pada inangnya.

18. Polimerisasi : Suatu reaksi pengabungan molekul-molekul kecil

(monomer) yang membentuk molekul yang besar.

19. Primer : Rantai DNA pendek yang terdiri atas beberapa

nukleotida.

20. Purifikasi : Proses pemisahan mikroorganisme yang diinginkan

dari populasi campuran ke media biakan (buatan)

untuk mendapatkan kultur murni.

21. Residu : Ampas, sisa pengendapan dari sebuah zat tertentu

yang mengalami pemisahan kepekatan.

22. Sequencing : Penentuan urutan basa DNA dalam segmen molekul

DNA yang relatif pendek.

23. Similaritas : Sebuah kemiripan dalan gen satu ke gen yang lain

yang dihasilkan dengan sekuen yang telah ada di

dalam Genbank.

24. Supernatan : Substansi hasil sentrifugasi yang memiliki bobot jenis

yang lebih rendah.

25. Transgenik : Proses pemindahan gen (transgen) ke organisme

hidup sehingga organisme memiliki sifat dan ciri-ciri

baru yang akan diteruskan ke keturunannya.

Page 21: Prinsip Bioteknologi Akuakultur - WordPress.com · 2019-09-12 · PCR juga digunakan dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi, ekologi, biologi perkembangan, dan

DAFTAR NAMA ASISTEN PRINSIP BIOTEKNOLOGI AKUAKULTUR 2019

No. Nama NIM No. HP / ID Line Alamat

1. Rangga Idris Affandi

186080100111011 089680306968 / ranggaaidris

Jl. Simpang Candi Panggung No. 123A

2. Windy Dwi Syilviandari

165080500111006 08989287625 / windyds07

Jl. Watumujur I No. 10

3. Ana Fauzia Muharrom

165080500111014 085730744175 / annafm04

Jl. Bunga Andong Timur No. 4A

4. Adelia Retno Devita Mirza

165080501111005 081230400399 / adeliadev

Jl. Kerto Asri Dalam No.116

5. Cindy Ayu Pratama

165080501111069 081332015331 / cindyayupratama

Perum. Istana Gajayana Block D / No.13

6. Aldi Candra Setiawan

165080507111042 085645865250 / aldi28061998

Jl. Tirto Taruno, Landungsari, Dau, Malang

7. Rizza Mayang Anggraini

175080500111003 081216868684 / rizzamayang

Jl. Sumbersari Gg. 4 No. 260A

8 Izzah Linatul Khariroh

175080500111007 085217200744 / izzahlina

Jl. MT. Haryono Gg. 5 No. 273

9 Winda Lestari Marhaningsih

175080500111023 085730280238 / @windalem

Jl. Sumbersari Gg. 1A No.82

10 Yolani Jamilatul Uswah

175080500111035 089616233153 / yolanijamilatulu

Jl. Kerto Rahayu No. 41

11. Wahyu Pangestu Gusti

175080507111015

081805797025 / wahyupgst

Jl. Kenanga Indah 1