pendahuluan 1 baru
Post on 09-Jul-2016
55 Views
Preview:
TRANSCRIPT
Isolasi dan Identifikasi Barcode Tumbuhan Gedi Merah
(Abelmoschusmanihot L.medik) dan gedi hijau
(Abelmoschusmoschatus)Berdasarkan Gen matK
Oleh:
Yusuf Rifki Fattah
101011010
PROGRAM STUDI KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SAM RATULANGI
MANADO
2014
Isolasi dan Identifikasi Barcode Tumbuhan Gedi Merah
(Abelmoschusmanihot L.medik) dan gedi hijau
(Abelmoschusmoschatus)Berdasarkan Gen matK
Oleh:
Patrisia Jaklin Landeng
13101101001
PROGRAM STUDI KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SAM RATULANGI
MANADO
2014
ABSTRAK
YUSUF RIFKI FATTAH. Isolasi dan Identifikasi Barcode Tanaman Gedi Merah (Abelmoschusmanihot L.medik) dan gedi hijau (Abelmoschus moschatus)Berdasarkan Gen matK. Di bawah bimbingan Vanda S. Kamu, S.Pd, M.Si dan Dr. Ir. Max Runtuwene, M.Si.
Gedi (Abelmoschus L.) merupakan tumbuhan tropis. Tumbuhan ini memilki efek farmakologis. Suatu metode baru untuk mengidentifikasi dan menganalisis keanekaragaman genetika spesies telah dikembangkan dengan menggunakan potongan gen standar yang dikenal dengan teknik DNA barcoding. Salah satu gen yang terdapat pada tumbuhan yaitu gen matK yang dijadikan standar untuk barcoding. Pada penelitian ini telah dilakukan isolasi DNA total dan gen matK penanda barcode DNAdari gedi merah dan gedi hijau, serta analisis in-silico terhadap produk gen matK gedi merah, gedi hijau,dan kerabat terdekatnya.Gen matK diisolasi menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan PrimerForward (5’-CGTACAGTACTTTTGTGTTTACGAG-3’) dan Primer Reverse (5’-ACCCAGTCCATCTGGAAATCTTGGTTC-3’).Hasil pengurutan nukleotida DNA barcodematKmenunjukkan bahwa sebanyak828pbmatK berhasil diisolasi untuk tumbuhan gedi merah dan tumbuhan gedi hijau.Selain itu, hasil isolasi matK gedi merah dan gedi hijau menunjukkan tingkat kemiripan yang tinggi.Analisis in-silico menunjukkan sebagian besar protein matK dari sepuluh tumbuhan yang dipilih memilki kesamaan residu asam amino.
Kata kunci: TumbuhanGedi, matK, DNA barcoding, in silico.
SURAT PERNYATAAN
Saya mahasiswa Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Sam Ratulangi yang bertanda tangan di bawah ini:
Nama : Yusuf Rifki FattahNIM : 101011010Program Studi : KimiaStrata : 1Judul Skripsi : Isolasi dan Identifikasi Barcode Tumbuhan
Gedi Merah (Abelmoschusmanihot L.medik) dangedi hijau(Abelmoschusmoschatus)Berdasarkan Gen matK.
menyatakan bahwa pustaka yang digunakan di dalam Skripsi saya tersebut di atas adalah benar adanya dan isi dari Skripsi bukan merupakan plagiat. Apabila pernyataan ini tidak benar, maka saya sebagai mahasiswa bersangkutan siap diberikan sanksi dengan ketentuan yang berlaku.Demikian pernyataan ini dibuat.
Manado, 19 September 2014Mengetahui:
Pembimbing: Tanda Tangan:
1. Vanda S. Kamu, S.Pd, M.Si 1. Yusuf Rifki Fattah
2. Dr. Ir. Max Runtuwene, M.Si 2.
Mengetahui:
Wakil Dekan Bidang Akademik
Prof. Dr. Ir. John S. Kekenusa, MS
NIP. 19580824 198303 1 005
Isolasi dan Identifikasi Barcode Tumbuhan Gedi Merah
(Abelmoschusmanihot L.medik) dan gedi hijau (Abelmoschus
moschatus)Berdasarkan Gen matK
YUSUF RIFKI FATTAH
Skripsi
Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains (S.Si)
Pada Program Studi Kimia
PROGRAM STUDI KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SAM RATULANGI
MANADO
2014
Judul Skripsi : Isolasi dan Identifikasi Barcode
Tumbuhan Gedi Merah
(Abelmoschusmanihot L.medik) dan Gedi
Hijau (Abelmoschus
moschatus)Berdasarkan Gen matK
Nama : Yusuf Rifki Fattah
NIM : 101011010
Program Studi : Kimia
Menyetujui:
1. Komisi Pembimbing
Vanda S. Kamu, S.Pd, M.Si Dr. Ir. Max Runtuwene, M.SiKetua Anggota
2. Dekan F-MIPA UNSRAT 3. Ketua Program Studi
Prof. dr. Edwin de Queljoe, M.Sc, Sp. And Dra. Meiske S. Sangi, M.SiNIP. 19510612 198103 1 006 NIP. 19580113 198503 2 002
Tanggal Lulus : 19 September 2014
RIWAYAT HIDUP
Penulis lahir di Gorontalo pada tanggal 21 Juli 1992, sebagai anak pertama dari 2
bersaudara,dari pasangan Ayah Rahmat Fattah dan Ibu Rosmiyati Adam.
Penulis mengawali jenjang pendidikan pada tahun 1999 di Sekolah Dasar Negeri
1 Kecamatan Suwawa Kabupaten Bone Bolango di Kota Gorontalo, pada tahun
2003 pindah ke Sekolah Dasar Negeri 2 Inpres Tondo Kota Palu, lulus pada tahun
2005. Pada tahun yang sama terdaftar sebagi anak didik di Sekolah Lanjut Tingkat
Pertama Negeri 15 Palu, pada tahun 2006 pindah ke Sekolah Lanjut Tingkat
Pertama Negeri 7 Manado, lulus pada tahun 2007. Kemudian melanjutkan studi di
Sekolah Menengah Atas Negeri 2 Manado, lulus pada tahun 2010.Penulis
melanjutkan studi ke Universitas Sam Ratulangi Manado pada tahun 2010.
Penulis lulus seleksi program Timou Tou di Universitas Sam Ratulangi, yaitu di
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, di Jurusan Kimia.
Selama mengukuti perkuliahan penulis melaksanakan Praktek Kerja Lapangan
(PKL) di Balai Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pencegahan Penyakit (BTKL-
PP) Kelas 1 Manado dan Kuliah Kerja Terpadu (KKT) angkatan 103 pada tahun
2014.
Penulis pernah aktif dalam beberapa organisasi diantaranya menjadi anggota
Dewan Perwakilan Mahasiswa (DPM) pada tahun 2012, anggota Himpinan
Mahasisiwa Kimia (HIMMAKIM) dan anggota Biro Kerohanian Islam (BKI) di
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Sam Ratulangi.
KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT Tuhan Yang Maha Esa
karena atas limpahan rahmat dan karuniaNya, sehingga penulis dapat
menyelesaikan penelitian dan penulisan skripsi dengan baik. Skripsi ini ditulis
berdasarkan penelitian dengan judul “Isolasi dan Identifikasi Barcode Tanaman
Gedi Merah (Abelmoschusmanihot L.medik) dan gedi hijau (Abelmoschus
moschatus)Berdasarkan Gen matK”, yang dilaksanakan pada bulan April s/d
Juli 2014.
Penulis sangat menyadari bahwa dalam penulisan skripsi ini masih jauh dari
sempurna. Kepada semua pihak yang telah memeberikan bantuan pemikiran,
bimbingan, tenaga, materil dan moral serta dorongan semangat sehingga
terselesaikannya karya ini. Untuk itu penulis ingin menyampaikan ucapan rasa
terima kasih yang tulus dan sedalamnya kepada :
1. Bapak Prof. dr. Edwin de Queljoe, M.Sc, Sp. And. selaku Dekan Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universits Sam Ratulangi Manado.
2. Ibu Dra. Meiske S. Sangi, M.Si selaku Ketua Program Studi Kimia dan Ibu
Lidya I. Momuat, M.Si selaku Sekretaris Program Studi Kimia Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universits Sam Ratulangi Manado.
3. Ibu Vanda S. Kamu, S.Pd, M.Si , Bapak Dr. Ir. Max Runtuwene, M.Si dan Ibu
Maureen Kumaunang, S.Si, M.Si selaku pembimbing yang telah meluangkan
waktu untuk mengarahkan, memberikan masukan dan membimbing penulis
dengan penuh tanggung jawab bagi penyelesaian skripsi ini.
4. Bapak Prof. Dr. Edi Suryanto, M.Si dan Bapak Audy Wuntu, M.Si selaku
dosen penguji yang telah memberikan saran dan masukan dalam penyelesaian
skripsi ini.
5. Seluruh staf Dosen FMIPA yang telah membekali penulis dengan ilmu
pengetahuan selama berada di fakultas Matematika dan Ilmu pengetahuan
Alam Universitas Sam ratulangi Manado.
i
6. Teman-teman seangkatan, Kimia 2010 (Kurniawan Adi Saputra, Wiwin
Abdullah, Billy Mokoagow, Cindy Kalangi, Irmi Bangol, Christiviany
Lalompoh, Chaleb Maanari, Tanza A. Tubagus, Grace A. B. Patiung, Ryan V.
Saryana, Sitti N. Sultan, Cindy Satolom, Filbert, Christmas Togas, Grace
Baud, Chendy Dapas, Lysa Datu, Magdalena Sidabutar, Nadhilah Bachmid,
Yosep Tempomona, Maradja Dawanaka, Fendy Mondong, Sitti R. Limo, Juan
Prawira, Sulistiawaty Udjaili, Erpi Bangol, Randy Banggai, Eka Ayu
Wardani, Angel Tomo Colling, Jesse Pendong, Enggelina Pahu, dan Eunike
Oping ) terima kasih atas kebersamaanya.
7. Bapak Ustadz Nadikin, drg. Nushiddiq Hadyatmaja (Kak Shiddiq) dan Kak
Surono yang telah banyak membantu dan memberi motivasi serta dukungan
selama penyelesaian skripsi ini.
8. Teman-teman seperjuangan Masjid Ulil-Albab Kampus (Kak Ryan, Kak
Fachrul, Kak Mail, Kak Zaid, Sanja, Jefri, Zaid, Syarif, Daud, Edo, Ido, Raju,
Olan, Faisal, dan Mas Eno) terima kasih atas doa dan dukungannya.
9. Semua pihak yang telah membantu dalam perkuliahan, penelitian hingga
penulisan skripsi ini, yang tidak dapat dituliskan satu persatu. Terima kasih
untuk semuanya.
Ungkapan terima kasih dan penghargaan tak terhingga juga penulis sampaikan
kepada yang terkasih kedua orang tua, serta seluruh keluarga besar atas segala
doa, kasih sayang, perhatian, motivasi, teguraan dan nasehat yang selalu diberikan
dengan tulus kepada penulis.
Akhir kata bahwa penulisan skripsi ini masih jauh dari kesempurnaan dan
memerlukan banyak kritikdan saran yang membangun demi perbaikan
selanjutnya. Meskipun demukian, semoga apa yang dituangkan didalam skripsi
ini dapat bermanfaat bagi kita semua.
Manado, 19 September 2014
Yusuf Rifki Fattah
DAFTAR ISI
Halaman
KATA PENGANTAR ………………………………………………………... iDAFTAR ISI …………………………………………………………………. iiiDAFTAR GAMBAR ………………………………………………………… vDAFTAR TABEL ……………………………………………………………. viDAFTAR LAMPIRAN ……………………………………………………… viiI PENDAHULUAN……………………………………………………… 1
1.1 Latar Belakang …………………………………………………... 11.2 Perumusan Masalah …………………………………………….... 41.3 Tujuan ……………………………………………….................... 41.4 Manfaat …………………………………………………………... 4
II TINJAUAN PUSTAKA ……………………………………………….. 52.1 Tumbuhan Gedi ………………………………………………….. 5
2.1.1 Klasifikasi Tumbuhan ………………………………… 52.1.2 Manfaat dan Kandungan Senyawa ……………………. 7
2.2 DNA Barcoding ………………………………………………….. 82.2.1 Isolasi DNA dengan Polymerase Chain reaction (PCR)
…………………………………………………9
2.3 Elektroforesis ……………………………………………………. 102.4 Analisis in –silico………………………………………………… 11
III METODOLOGI PENELITIAN ……………………………………….. 123.1 Tempat dan Waktu Penelitian …………………………………… 123.2 Bahan dan Alat ………………………………………………….. 12
3.2.1 Bahan…………………………………………………….. 123.2.2 Alat………………………………………………………. 12
3.3 Metode Penelitian………………………………………………… 133.3.1 Preparasi Sampel………………………………………… 133.3.2 Isolasi DNA total…………………………………........... 133.3.3 Isolasi Gen matK dengan Proses Amplifikasi pada
polymerase Chain Reaction (PCR)………………………13
3.3.4 Elektroforesis…………………………………………….. 143.3.4.1 Pembuatan Sel Agarosa……………………... 143.3.4.2 Elektroforesis Gel Agarosa…………………. 14
3.3.5 Pengolahan Data Sekuens dan Analisis data secara In-silico…………………………………………………………….
15
IV HASIL DAN PEMBAHASAN ………………………………………... 164.1 Hasil Isolasi DNA Total Tumbuhan Gedi………………………... 164.2 Amplikasi gen matK Polymetase Chain Reaction (PCR)
………………………………………………………...……17
4.3 Hasil Sekuensi …………………………………………………... 18
iii
4.3.1 Sekuense DNA Tumbuhan Gedi Merah…………………. 184.3.2 Sekuense DNA Tumbuhan Gedi Hijau …………………. 204.3.3 Perbandingan Barcode DNA Gedi merah dan Gedi Hijau 22
4.4 Analisis in-silico ………………………………………………… 244.4.1 Analisis Kemiripan matK Tumbuhan Gedi……………… 244.4.2 Sifat fisiologis aktif ……………………………………... 27
V PENUTUP……………………………………………………………… 315.1 Kesimpulan……………………………………………………….. 315.2 Saran ……………………………………………………………... 31
DAFTAR PUSTAKA…………………………………………………………. 32LAMPIRAN ………………………………………………………………….. 34
DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 1 Tumbuhan Gedi …………………………………………….. 6Gambar 2 Tahapan Proses PCR Secara Umum ………………………. 10Gambar 3 Hasil Isolasi DNA Total Tumbuhan Gedi…………………... 16Gambar 4 Elektriforegram Tumbuhan Gedi…………………………… 17Gambar 5 Sekuens Primer Forward Tumbuhan Gedi Merah …………. 19Gambar 6 Sekuens Primer Reverse Tumbuhan Gedi Merah…………… 19Gambar 7 Sekuens DNA Barcode matK Tumbuhan Gedi Merah……... 20Gambar 8 Sekuens Primer Forward Tumbuhan Gedi
Hijau……………21
Gambar 9 Sekuens Primer Reverse Tumbuhan Gedi Hijau……………. 21Gambar 10 Sekuens DNA Barcode matK Tumbuhan Gedi Hijau …….. 22Gambar 11 Perbandingan Sekuens DNA Barcode …………………….. 23Gambar 12 Proses BLAST Dalam Situs NCBI………………………….. 24Gambar 13 Daftar Kemiripan Protein matK …………………………… 25Gambar 14 Penjajaran matK Tumbuhan Gedi ………………………… 26Gambar 15 Format FASTA Dari Protein matK dalam NCBI…………… 27Gambar 16 Analisis Sifat Fisiologis aktif dengan ProtParam…………… 28
DAFTAR TABEL
v
Halaman
Tabel 1 Potein matK Dari Beberapa Tumbuhan…………………… 25Tabel 2 Hasil Analisis Sifat Fisika Kimia matK ............................... 28Tabel 3 Analisis Komposisi Asam Amino matK …………………… 29
DAFTAR LAMPIRAN
Halaman
Lampiran 1 Bagan Isolasi DNA Total …………………………………... 35Lampiran 2 Bagan Amplifikasi gen matK dengan PCR ………………… 36Lampiran 3 Dokumentasi isolasi DNA Total……………………………. 37Lampiran 4 Dokumentasi PCR Dan elektroforesis ……………………… 38
vii
I. PENDAHULUAN
I.1 Latar Belakang
Gedi (Abelmoschus L.) merupakan tumbuhan tropis famili Malvaceae,
secara tradisional telah lama dikenal di Sulawesi Utara sebagai tanaman sayuran.
Tumbuhan ini memilki efek farmakologis untuk membantu penyembuhan
berbagai jenis penyakit (Mamahit dan Sukamto, 2010). Masyarakat
memanfaatkan daun gedi yang direbus tanpa diberi bumbu sebagai obat
tradisional untuk menurunkan kadar kolesterol, hipertensi dan antidiabetes (Suoth
et al., 2013).
Tumbuhan genus Abelmoschus hanya dapat ditemui di daerah beriklim
tropik, terutama di Afrika dan Asia. Abelmoschus terdiri dari 15 spesies, di
Indonesia hanya dikenal 3 spesies yaitu: Abelmoschus moschatus, A. esculentus
dan A. manihot. Abelmoschus adalah kelompok tanaman herbal dengan
pertumbuhan cepat, tinggi tanaman sampai 2 meter, panjang daun 20-40 cm,
bentuk daun menjari sebanyak 3-7 helai daun (Bourdy dan Walter, 1992).
Abelmoschus menunjukkan kandungan lendir pada daun segar ketika dipotong-
potong kecil (Morris, 2006).
Kemajuan teknologi pada bidang biokimia memungkinkan para ahli
melakukan rekayasa secara genetika dengan mengubah susunan asam amino pada
DNA dari genus tanaman tertentu untuk membuat tanaman yang lebih unggul
dalam bidang farmakologi, pangan, dan pertanian (Hidayati dan Dermawan,
2012). Hal ini memungkinkan hilangnya sumberdaya genetika dari genus
tanaman yang sebagian besar belum teridentifikasi (Krismawati dan Sabran,
1
2004). Suatu metode baru untuk mengidentifikasi dan menganalisis
keanekaragaman genetika spesies telah dikembangkan dengan menggunakan
potongan gen standar yang dikenal dengan teknik (DNA) barcoding (Kress et al.,
2005).
Teknik DNA barcoding pada tumbuhan dapat digunakan sebagai
identifikasi dan konfirmasi penemuan spesies baru dan monitoring perubahannya
dari waktu ke waktu dengan biaya yang efektif. Teknologi barcoding ini hanya
bertujuan untuk mengidentifikasi suatu spesies baik hewan atau tumbuhan dengan
metode yang efisien (Cowan et al., 2012).
Untuk mengidentifikasi DNA tanaman telah disepakati menggunakan
potongan DNA pendek standar yaitu gen ribulosa-1,5-bifosfat karboksilase(rbcL)
dan maturase K (matK). Gen pengkode yang di gunakan adalah gen matK karena
lebih baik dan lebih akurat dibandingkan gen rbcL untuk mengidentifikasi suatu
spesies (Kolondam et al., 2012).
Analisis DNA dapat juga dilakukan dengan cara analisis in-silico, yang
dilakukan dengan menggunakan piranti lunak komputer, yang bertujuan untuk
mengetahui hubungan antara struktur, fungsi, dan stabilitas suatu protein sebagai
produk gen. (Radford and Dobson, 1999).Melalui hasil analisis dapat
diidentifikasi urutan DNA suatu organisme. Berdasarkan urutan DNA dapat juga
dianalisis sifat fisika-kimia produk proteinnya, sehingga dapat dijadikan studi
pendahuluan mengenai manfaat suatu organisme.Misalnya, tumbuhan gedi yang
diketahui mempunyai efek farmakologis,terdiri atas 15 spesies (mamahit.,2009).
Masing-masing spesies memilliki keunggulan tersendiri. Melalui analisis in-silico
tentang protein yang ada dalam tanaman gedi, maka dapat dilakukan studi lanjut
tentang efek farmakologis tumbuhan gedi. Data urutan DNA suatu protein dapat
diperoleh dengan mudah dalamsitus National Center for Biotechnology
Information (NCBI) (http://ncbi.nlm.nih.gov) yang dapat diakses lewat internet.
Dari data publikasi teknologi DNA barcoding yang diperoleh melalui
Barcode of Life Database (BOLD) Systems (www.boldsystems.org),belum ada
publikasi yang mencantumkan DNA barcode untuk tumbuhan gedi merah
(Abelmoschus manihot L). Selain itu juga belum ada publikasi yang
mencantumkan urutan nukleotida matK tumbuhan gedi hijau (Abelmoschus
moschatus) dalam situs National Center for Biotechnology Information (NCBI).
Berdasarkan tinjauan tersebut, perlu dilakukan pengkodean DNA (DNA
barcoding) untuk mengidentifikasi DNA tumbuhan gedi merah dan gedi hijau.
Dalam penelitian ini dilakukan ekstraksi dan isolasi DNA terlebih dahulu
menggunakan DNA kit untuk tanaman. Kemudian dilakukan proses amplifikasi
gen menggunakan alat Polymerase Chain Reaction (PCR). Hasil dari PCR
tersebut dilihat dari jumlah salinan gen yang dihasilkan (amplikon). Selanjutnya
dilakukan elektroforesis DNA menggunakan gel agarosa dengan buffer yang
sesuai untuk memastikan keberhasilan proses PCR (Kress et al., 2005).Hasil
sequencing dari tanaman gedi merah (Abelmoschus manihot L. Medik) dan gedi
hijau (Abelmoschus moschatus), dilanjutkan dengan analisis secarain-silico untuk
mengetahui fungsi fisiologis aktif dari tumbuhan gedi dan melihat daerah yang
lestari (tingkat kemiripan) dari susunan sekuen DNA pada tumbuhan lainnya yang
tersedia dalam situs National Center for Biotechnology Information (NCBI)
(http://ncbi.nlm.nih.gov).
3
I.2 Perumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang di atas, maka rumusan masalah yang diambil adalah :
1. Bagaimana urutan sekuensdan kode barcode DNA dari tumbuhan gedi merah
dan hijau?
2. Bagaimanasifat fisiologis aktif matK tumbuhan gedi merah dan gedi hijau?
I.3 Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk :
1. Menentukan urutan sekuensdan kode barcode DNA dari tumbuhan gedimerah
dan gedi hijau.
2. Menganalisis matK tumbuhan Abelmoschus L. secara in-silico.
I.4 Manfaat
Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi ilmiah mengenai
kode barcodeDNA serta fungsi fisiologis aktif dari tumbuhan gedi merah
(Abelmoschus manihot L. Medik) dan gedi hijau (Abelmoschus moschatus).
II. TINJAUAN PUSTAKA
II.1 Tumbuhan Gedi
II.1.1 Klasifikasi Tumbuhan
Tumbuhan gedi (Abelmoschus manihot), suku Malvaceae, merupakan
tumbuhan tahunan yang berbatang tegak dengan timggi sekitar 1,2 – 1,8 m.
Menurut data dari situs (www.ncbi.nlm.nih.gov) , tumbuhan gedi merah dan gedi
hijau diklasifikasikan sebagai berikut :
Tumbuhan : Gedi merah
Kingdom : Plantae
Subkingdom : Tracheobionta
Divisi : Magnoliophyta
Subdivisi : Spermatophyta
Kelas : Magnoliopsida
Subkelas : Dilleniidae
Ordo : Malvales
Familia : Malvaceae
Genus : Abelmoschus
Nama latin : Abelmoschus manihot
5
Tumbuhan : Gedi hijau
Kingdom : Plantae
Subkingdom : Tracheobionta
Divisi : Magnoliophyta
Subdivisi : Spermatophyta
Kelas : Magnoliopsida
Subkelas : Dilleniidae
Ordo : Malvales
Familia : Malvaceae
Genus : Abelmoschus
Nama latin : Abelmoschus moschatus
Di beberapa negara tumbuhan gedi memiliki nama lain seperti:
Langikuway (Philipina), Po fai (Thailand) danedible hibiscus (Ingris). Tumbuhan
gedi merah dan gedi hijau dapat dilihat pada gambar 1.
Gambar 1. a.) Tumbuhan Gedi merah b.) Tumbuhan Gedi Hijau (koleksi pribadi)
II.1.2 Manfaat dan Kandungan Senyawa
Kandungan mucilago dari tanaman tersebut terdiri atas polisakarida dan
protein. Tanaman ini mengandung quercetin-3-o-robinobiosid, hyperin,
isoquercetin, gossipetin-8-o-glukuronid dan myricetin (Liu et al., 2006).
Tanaman gedi dapat meningkatkan fungsi penyaringan glomerular, mengurangi
proteinuria, hyperplasia messangium yang dapat mengurangi kerusakan jaringan
ginjal (Shao-Yu et al., 2006). Daun gedi juga telah diuji dapat mencegah
ovariectomy-induced femoral ostopenia (kondisi densitas mineral tulang yang
lebih rendah dari batas normal pada bagian sendi tungkai akibat operasi
pengangkatan rahim/ovarium) (Lin-lin et al., 2007; Jain et al., 2009).
Tumbuhan gedi mengandung senyawa steroid (Mamahit, 2009), senyawa
asam heptadekanoat (Mamahit dan Soekamto, 2010) yang diisolasi dari fraksi n-
heksana. Ekstrak tumbuhan gedi mengandung flavanoid golongan flavanon dan
flavanonol (South et al., 2013). Daun dari tumbuhan gedi mengandung flavanoid
yang berperan sebagai anti-oksidan yang dapat mereduksi LDL dan trigliserida,
sehingga menghambata penumpukan LDL di dinding pembuluh darah. Daun gedi
juga mengandung steroid yang terdiri dari fitosterol yang dapat menurunkan kadar
kolesterol dan memepercepat ekskresi kolesterol.
7
II.2 DNA Barcoding
Metode baru untuk mempelajari DNA adalah DNA barcoding dengan
menggunakan potongan DNA pendek yang diambil dari jaringan hewan maupun
tumbuhan. Tujuan dari metode ini yaitu untuk mencari satu atau beberapa daerah
DNAyang akan membedakan berbagai mayoritas spesies yang terdapat di dunia.
Potongan DNA pendek standar yang digunakan dalam penentuan barcode
tumbuhan, adalah gen ribulosa-1,5-bifosfat karboksilase (rbcL) dan gen
maturaseK (matK) yang terdapat pada plastida sedangkan barcode DNA untuk
hewan yaitu gen cytochrome c oxidase subunit 1 (CO1) yang terdapat pada mito
kondria (Kress et al., 2011).
Gen matK memiliki kecepatan subtitusi yang tinggi pada nukleotida dan
asam amino, serta memiliki variasi yang tinggi pada kodon posisi pertama dan
kedua. Sehingga, gen matK ini memiliki keakuratan dalam identifikasi pada
tingkat spesies dibandingkan gen lainnya (Jing et al., 2011).Gen matK lebih sulit
diamplifikasi tetapi memberikan resolusi yang lebih tinggi untuk perbandingan
spesies dan relatif beragam dalam satu spesies. Gen matK memiliki tingkat
keakuratan lebih besar dibandingkan dengan gen rbcL karena kecepatannya untuk
mensubtitusi DNA sehingga gen matK mampu mengidentifikasi sampai pada
tingkat spesies sedangkan gen rbcL hanya mampu membedakan sampel pada
tingkat genus saja. Sebab itu gen matK banyak digunakan dalam penelitian
(Hollingsworth et al., 2009).
II.2.1 Isolasi DNA dengan Polymerase Chain Reaction (PCR)
Proses amplifikasi gen DNA barcoding menggunakan alat Polymerase
Chain Reaction (PCR). PCR merupakan suatu reaksi in vitro untuk
menggandakan jumlah molekul DNA. DNA disintesis dengan cara molekul DNA
baru yang berkoplemen dengan molekul DNA cetakan dengan bantuan enzim
DNA polymerase dan primer dalam suatu thermocyler (Mulis et all., 1987).
Dalam proses isolasi DNA genom tanaman, keberadaan polisakarida dan
senyawa metabolit sekunder dalam sel tanaman sering menyulitkan dalam proses
isolasi asam nulkeat. Struktur polisakarida yanag mirip dengan asam nukleat akan
menyebabakan polisakarida terseebut mengendap bersama dengan asam nukleat.
Penambahan senyawa pereduksi dapat mencegah proses oksidasi senyawa fenolik
sehingga menghambata kativitas radikal bebas yang dihasilkan dari proses
oksidasi fenol dengan asam nukleat (Wikneswari, 1995). Metabolit sekunder dan
polisacharida juga dapat menghambat kerja enzim. Adanya polisacharida dalam
tanaman ditandai dengan kekentalan pada hasil isolasi DNA yang menyebabkan
kesulitan dalam reaksi PCR akibat penghambatan aktivitas Taq polymerase
(Vijayalakshmi et al., 2012). Tahapan proses PCR secara umum dapat dilihat pada
Gambar 2.
9
Gambar 2. Tahapan proses PCR secara umum ( www.google.co.id )
Secara umum tahapan prose PCR yang diperlihatkan pada gambar 2
meliputi denaturasi DNA, pembukaan utas ganda DNA menjadi utas tunggal,
tahap annealing yaitu penempelan primer pada DNA cetakan, tahap extension
yaitu pemanjangan primer dengan melakukan rekasi polimerisasi nukleotida untuk
membentuk rantai DNA. Ketiga tahapan tersebut akan dilakukan secara berulang
(Zulfahmi, 2013).
II.3 Elektroforesis
Elektroforesis adalah suatau cara analisis kimiawi yang didasarkan pada
pergerakan molekul-molekul protein bermuatan di dalam medan listrik (titik
isoelektrik). Pergerakan molekul dalam medan listrik dipengaruhi oleh bentuk,
ukuran, besar muatan dan sifat kimia dari molekul. Pemisahan dilakukan
berdasarkan perbedaan ukuran berat molekul dan muatan listrik yang dikandung
oleh makro molekul tersebut. Bila arus listrik dialirkan pada suatu medium
penyangga yang telah berisi protein plasma maka komponen- komponen protein
tersebut akan mulai bermigrasi (Pretiwi., 2001).
Media penunjang yang biasa dipakai adalah gel agarosa, gel pati, gel
poliakrilamida dan kertas sellulose poliasetat. Elektroforesis gel memiliki dua
model, yaitu horizontal dan vertikal. Metode yang biasa digunakan adalah model
horizontal, karena mempunyai beberapa keuntungan yaitu peralatan yang
digunakan sangat sederhana, relatif murah dan pemisahan untuk enzim tertentu
dapat menghasilkan pemisahan yang lebih baik (Moore et al., 1999).
II.4 Analisis In-silico
Analisis in-silico merupakan suatu teknik analisis menggunakan piranti
lunak komputer untuk mengetahui hubungan antara struktur, stabilitas dan fungsi
protein. Analisis secara in-silico mencakup prediksi struktur dan simulasi protein,
dan pemodelan protein komperatif. Studi in-silico digunakan untuk simulasi
komputer yang memodelkan proses laboratorium atau alami.Syarat suatu protein
untuk dapat diprediksi strukturnya adalah struktur urutan asam amino dari templat
protein harus memiliki kemiripan dengan protein yang dimodelkan. Metode
pemodelan protein yang paling umum adalah homology modelling, yang
berasumsi bahwa dua protein yang homolog akan memilki struktur yang
mirip(Radford and Dobson, 1999).
11
III. METODOLOGI PENELITIAN
III.1 Tempat dan Waktu Penelitian
Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi FMIPA
UNSRAT Manado dengan waktu pelaksanaan penelitian selama 4 bulan, yaitu
bulan April-Juli 2014.
III.2 Bahan dan Alat
III.2.1 Bahan
Bahan-bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah daun gedi merah
dan gedi hijau yang diperoleh dari pekarangan rumah. Kit untuk isolasi DNA
tanaman (InnuPREP Plant DNA kit, Analytik Jena), primer forward dan reverse,
master mix untuk PCR (GoTaq mastermix Promega), agarosa, akuades, dan bufer
Tris-borat-EDTA (TBE).
III.2.2 Alat
Peralatan yang digunakan dalam penelitian ini adalah alat-alat gelas, hot
plate, tabung Eppendorf, mikropipet, inkubator, sentrifugator, alat PCR (Biometra
T-personal, Jerman), elektroforesis, spektrofotometer UV-Vis dan freezer.
III.3 Metode Penelitian
III.3.1 Preparasi Sampel
Jaringan daun gedi merah dan gedi hijau masing-masing diambil 0,004
gram dimasukan ke dalam tabung Eppendorf kemudian digerus menggunakan
penggerus tabung Eppendorf secara manual.
III.3.2 Isolasi DNA
Sampel daun gedi yang sudah disiapkan dalam tabung Eppendorf
diekstraksi menggunakan Kit Inuprep (Analytik Jena) sesuai petunjuk manual,
dengan menambahkan bufer lisis dan proteinase K.Kemudian diinkubasi selama
45 menit pada suhu 55°C. Setelah itu, sel dipisahkan dengan sentrifugasi selama 1
menit pada 12.000 rpm. Supernatan yang diperoleh dilewatkan melalui kolom
bermembran. DNA total yang diperoleh dicuci dari sisa-sisa protein dan garam,
selanjutnya dielusikan dalam tabung mikro dan disimpan dalam lemari pembeku
dengan suhu -10°C (Kolondam et al., 2013).
III.3.3 Amplifikasi dengan Polimerase Chain Reaction (PCR)
Reaksi PCR dilakukan dalam volume total 25µL. Komposisi dari reaksi
PCR yaitu: DNA templat 2µL, Firepol Master Mix 5x 5µL, Primer Forward (5’-
CGTACAGTACTTTTGTGTTTACGAG-3’) 1µL,Primer Reverse (5’-
ACCCAGTCCATCTGGAAATCTTGGTTC-3’) 1µL, dd H2O 16µL.
13
Tahapan dalam proses ampifikasi PCR meliputi: Denaturasi DNA (awal)
pada suhu 95°C selama 120 detik, i) denaturasi pada suhu 95°C salama 30 detik,
ii) primer annealing pada suhu 50°C selama30 detik, iii) DNA extension pada
suhu 72°C selama 50 detik. Ketiga tahapan (i,ii,iii) akan berlangsung dalam siklus
sebanyak 35 kali, dan tahap akhir final extension pada suhu 72°C selama 60 detik.
III.3.4 Elektroforesis
III.3.4.1 Pembuatan Gel Agarosa
Pembuatan agarosa 1 % adalah sebagai berikut: agarosa dtimbang
sebanyak 1g dan dilarutkan dengan 100 mL akuades. Kemudian dipanaskan dan
langsung diangkat saat larutan mulai mendidih dan didinginkan hingga suhu ±
50°C. Selanjutnya ditambahkan etidium bromida 0,5 μg/mL. Larutan agarosa
tersebut dituangkan ke dalam cetakan dan dibiarkan hingga padat(Pretiwi., 2001).
III.3.4.2 Elektroforesis Gel Agarosa
Gel agarosa diletakkan dalam alat elektroforesis yang telah diisi dengan
larutan buffer Tris-borat-EDTA. Kemudian sampel hasil PCR dimasukkan ke
dalam sumur gel elektroforesis. Elektroforesis dilakukan selama 30 menit pada
tegangan 100 Volt dan divisualisasikan dengan UV-Transiluminator dan
didokumentasi (Kolondam et al., 2013).
III.3.5 Pengolahan Data Sekuens dan Analisis Data Secara Insilico
Hasil sekuensing DNA disunting menggunakan software Geneious v5.6.
dengan langkah sebagai berikut: bagian awal DNA dihapus kira-kira 30bp. Hasil
sekuensing menggunakan primer reverse (matK-R) dilakukan proses reverse and
complement kemudian dipadukan dengan hasil sekuens primer forward (matK-F)
menggunakan MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation)
oleh Edgar (2004). Sepuluh kerabat terdekat dari Abelmoschusyang memiliki
kemiripan matK 97-99% dianalisis in-silico, meliputi: analisis sifat fisika kimia,
anlisis kandungan asam amino (%), dan penjajaran matK Abelmoschus
menggunakan piranti lunak CliustalX dan divisualisasikan dengan
GeneDoc(Ratnasingham and Hebert, 2007). Keakuratan amplifikasi gen target
yang diuji yaitu gen matK diidentifikasi melalui BOLD (Barcode of Life
Database) Systems. Hasil sekuens dibandingkan dengan GenBank menggunakan
BLASTn (Basic Local Alignment Search Tool. Protein;
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)(Kumaunang et al., 2009).
15
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
IV.1 Hasil Isolasi DNA Total Tumbuhan Gedi
DNA merupakan biomolekul penyususn utama dari setiap organisme.
Isolasi DNA tumbuhan gedi merah dan gedi hijau masing-masing telah dilakukan
menggunakan Kit Inuprep (Analytik Jena) sesuai dengan petunjuk manual dengan
gen target yaitu gen matK yang terdapat dalm kloroplas. Gambar 3 menunjukan
hasil isolasi DNA total dari tumbuhan gedi merah dan gedi hijau.
Ganbar 3. Hasil isolasi DNA total (a) DNA total tumbuhan gedi merah ; (b) DNA total tumbuhan gedi hijau (Dokumentasi pribadi)
DNA total yang dihasilkan dari tumbuhan gedi merah berwarna bening
kecoklatan sedangkan DNA total dari tumbuhan gedi hujau berwarna bening
kehijauan. DNA total dari ke dua tumbuhan masing-masing diambil 2µL untuk
untuk dilanjutkan ke proses amplifikasi gen matKdengan Polymerase Chain
Reaction (PCR).
ba
IV.2 Amplifikasi Gen matK dengan Polymerase Chain Reaction (PCR)
DNA total tumbuhan gedi merah dan gedi hijau yang diperoleh masing-
masing diamplifikasikan dengan PCR dengan volume total dari komposisi PCR
yaitu 25µL. Dalam proses PCR DNA total dari tumbuhan gedi merah dan gedi
hijau melalui beberapa tahapan yaitu: denaturasi DNA dimana terjadi pembukaan
utas ganda DNA menjadi utas tunggal (Zulfahmi, 2013), tahap annealing yaitu
penempelan primer pada DNA cetakan, serta tahap extension yaitu pemanjangan
primer dengan melakukan reaksi polimerisasi nukleotida untuk membentuk rantai
DNA. Hasil PCR dari tumbuhan gedi merah dan gedi hijau masing-masing
dilanjutkan dengan melakukan elektroforesis gel agarosa. Hasil elektroforegram
DNA gedi merah dan gedi hijau dapat dilihat pada Gambar 4.
Gambar 4. Hasil elektroforesis. (a) Elektroforegram tumbuhan gedi merah ; (b) Elektroforegram tumbuhan gedi hijau.
Catatan : 1. Marker ; 2. DNA gedi merah ; 3. DNA gedi hijau
Dari hasil elektroforegram tumbuhan gedi merah dan gedi hijau yang
didapat menunjukan amplifikasi gen pengkode matK menghasilkan fragmen DNA
dengan ukuran matK primer forward danprimer reverse 853 bp pada tumbuhan
17
13
12
(a) (b)
853 bp 850 bp
853 bp 840 bp
DNA Lader
gedi merah sedangkan pada tumbuhan gedi hijau matK primer reverse 850 bp dan
primer forward 840 bp untuk gedi hijau. Pada tumbuhan gedi hijau memiliki
perbedaan ukuran fragmen antara primer reverse dan primer forward karena
primer tidak menempel dengan baik. Kemudian gen matK hasil PCR dari
tumbuhan gedi merah dan gedi hijau masing-masing di sekuens (DNA
Sequencing). Hal ini membuktikan bahwa yang teramplifikasi adalah benar gen
matK yang memiliki lebih dari 500 pasangan basa (bp).
IV.3 Hasil Sekuensing
Data Sekuensing DNA tumbuhan gedi merah (YFM) dan gedi hijau
(YFH) yang diperoleh masing-masing disunting menggunakan software Geneious
v.5.7.1. menunjukan tingkat kemiripan identik yang ditunjukan oleh nilai Hight
Quality (HQ). Nilai HQ% yang terbaca pada Geneious v5.7.1 adalah >93,7%
untuk gedi merah dan >92,7% untuk gedi hijau. Hal ini menunjukkan bahwa
kromatogram yang terbaca maupun matK yang berhasil diamplifikasi berkualitas
tinggi.
IV.3.1 Sekuens DNA Tumbuhan Gedi Merah
Berikut ini adalah hasil sekuens DNA barcode matK primerreverse dan primer forward dari tumbuhan gedi merah yang ditunjukan pada Gambar 5 dan
Gambar 6 berikut ini :
Gambar 5. Sekuens DNA barcode matK (primer forward) tumbuhan gedi merah
Gambar 6. Sekuens DNA barcode matK (primer reverse) tumbuhan gedi merah.
Fragmen sekuens DNA barcode matK (primer forward dan primer
reverse) dari tumbuhan gedi merah yang diperlihatkan pada Gambar 5 dan
Gambar 6 menunujukan kode barcode dengan dominan warna biru muda yang
menandakan sekuans DNA barcode matK (primer forwarddan primer reverse)
memiliki kualitas yang bagus sesuai dengan nilai HQ yang terbaca Geneious
19
v,5.7.1 adalah >93,7%. Kemudian primer forward dipadukan dengan primer
reverse menggunakan Multiple Sequence Comparison by Log-expectation
(MUSCLE) yang terintegrasi dalam Genious v,5.7.6. yang ditunjukan pada
Gambar 7.
Gambar 7. Sekuens DNA barcode matK Tumbuhan Gedi Merah
Dari hasil penjajaran antara primer reverse dan primer forward didapatkan
sekuens DNA barcode matK dari tumbuhan gedi merah. Dari hasil perpaduan
antra primer reverse yang telah melalui proses reverse and complement dan
primer forward didapatkan hasil fragmen barcode DNA dari gedi merah828 bp
yang ditunjukan pada Gambar 7.
IV.3.2 Sekuens DNA Tumbuhan Gedi Hijau
Berikut ini adalah hasil sekuens DNA barcode matK primer reverse dan
primer forward dari tumbuhan gedi merah yang ditunjukan pada Gambar 8 dan
Gambar 9 berikut ini :
Gambar 8. Sekuens DNA barcode matK (primer forward) tumbuhan gedi hijau
Gambar 9. Sekuens DNA barcode matK (primer reverse) tumbuhan gedi hijau
Fragmen sekuens DNA barcode matK (primer forward primer reverse)
dari tumbuhan gedi hijau yang diperlihatkan pada Gambar 8 dan Gambar 9
menunujukan kode baecode dengan dominan warna biru muda yang menandakan
sekuans DNA barcode matK (primer forward) memiliki kualitas yang bagus
21
sesuai dengan nilai HQ yang terbaca Geneious v,5.7.1 adalah>92,7%. Kemudian
primer forward dipadukan dengan primer reverse menggunakan Multiple
Sequence Comparison by Log-expectation (MUSCLE) yang terintegrasi dalam
Genious v,5.7.6. yang ditunjukan pada Gambar 10.
Gambar 10. Sekuens DNA barcode matK Tumbuhan Gedi Hijau
Dari hasil perpaduan antra primer reverse yang telah melalui proses
reverse and complement dan primer forward didapatkan hasil fragmen barcode
DNA dari gedi hijau 828 bp yang ditunjukan pada gambar 10.
IV.3.3 Perbandingan Barcode DNA Tumbuhan Gedi Merah dan Gedi Hijau
Hasil penjajaran sekuens barcode DNA dari gedi merah dan gei hijau
yang di tujnjukan pada Gambar 7 dan Gambar 10 yang menunjukan kemiripan
genetika yang lestari. Dengan demikian bahwa hasil dari amplifikasi dengan
Polymerase Chain Reaction (PCR) dari primer forward dan primer reverse pada
tumbuhan gedi merah dan gedi hijau teramplifikasi gen matK dengan baik.
Perbandingan hasil sekuen DNA barcode dari gedi merah dan gedi hijau
ditunjukan pada Gambar 11.
Gambar 11. Perbandingan sekuens DNA bercode dari tumbuhan gedi merah (YFM) dan gedi hijau dengan (YFH).
Dari hasil perbandingan hasil sekuan DNA barcode antara gedi merah dan
gedi hijau menunjukan kemiripan yang lestari yaitu sekitar >95%, dan hanya
terdapat perbedaan nukleotida pada permulaan sekuens dan akhir sekuens yang
disebabkan pada saat pembacaan sekuen DNA pada proses sequencing fragmen
DNA bertumpuk sehingga tidak terbaca oleh sequencer yang ditunjukan dengan
23
warna abu-abu pada Gambar 11. Hal ini menunujukan bahwa gen matK pada
tumbuhan gedi merah dan gen matK pada tumbuhan gedi hijau memiliki tingkat
kemiripan yang tinggi .
IV.4 Analisisin-silico
IV.4.1 Analisis Kemiripan matK Tumbuhan Gedi
Hasil sekuen protein matK dari tumbuhan gedidibandingkan dengan
protein dari beberapa spesies yang memiliki kemiripan protein matK dengan cara
dilakukan BLAST dalam situs National Center for Biotechnology Information
(NCBI) (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov) seperti yang ditunjukan pada gambar 12 .
Gambar 12. Proses BLAST dalam situs NCBI (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov)
Kemudian dipilih sepuluh tumbuhan yang memiliki kemiripan protein
matK antara 98%-100% yang tersedia dalam situs NCBI
(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov). untuk melihat daerah lestari dari sekuens
DNAmatK untuk tumbuhan gedi dengan beberapa verietas lainnya yang
ditunjukan pada Gambar 13.
Gambar 13. Daftar tumbuhan yang memiliki kemiripan protein matK dalan situs NCBI (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov)
Dalam penelitian ini dipilih 10 protein matK dari beberapa spesies
tumbuhan dan salah satunya adalah tumbuhan gedi merah (Abelmochus manihot
L). Data mengenai tumbuhan gedi hijau (Abelmoschus moschatus) belum tersedia
dalam situs NCBI. Tabel 1 memperlihatkan protein yang dipilih untuk dilakukan
analisis in-silico.
Tabel 1. Protein matK dari tumbuhan yang digunakan untuk analisis in-silico
No. Kode protein Organisme
1 AFK09827.1 maturase K [Abelmoschus manihot L]
2 ABU85043.1 maturase K [Abelmoschus esculentus]
3 ABR14768.1 maturase K [Hibiscus surattensis]
4 AAU06170.1 maturase K [Pavonia cauliflora]
5 AAU06175.1 maturase K [Malvaviscus arboreus]
6 BEA80201.1 maturase [Talipariti tiliaceum]
7 BAD89713.1 maturase [Talipariti tiliaceum]
8 BAD89703.1 maturase [Talipariti tiliaceum]
25
gi|1565733 : gi|3878653 : gi|5155681 : gi|5155680 : gi|5979692 : gi|8900073 : gi|1488414 : gi|5979688 : gi|5979690 : gi|1550528 :
* 20 * 40 * 60 * 8MEEFQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFFENQGYGNKFSSLIVKRLIIRMHQQNHLIISANNSN-------------------------------------------------------------------------------MEEFQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFLENQGYGNKFSSLIVKRLIIRMDQQNHLIISANDSNMEESQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFLENRGYGNKFSSLIVKRLIIRMDQQNHLIISANDSNMEEFQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFLENQGYGNKFSSLIVKRLIIRMDQQNHLIISANDSNMEEFQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFLENQGYGNKFSSLIVKRLIIRMDQQNHLIISANDSNMEEFQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFLENQGYGNKFSSLIVKRLIIRMDQQNHLIISANDSNMEEFQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFLENQGYGNKFSSLIVKRLIIRMDQQNHLIISANDSNMEEFQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFLENQGYGNKFSSLIVKRLIIRMDQQNHLIISANDSNMEKFQVYLELNRSRRHDFLYPLIFREYIYALAHDHGLNKSMIFLENQGYGNKFSSLIVKRLIIRMDQQNHLIISANDSNmeefqvylelnrsrrhdflyplifreyiyalahdhglnksmiflenqgygnkfsslivkrliirmdqqnhliisan sn
: 79 : - : 79 : 79 : 79 : 79 : 79 : 79 : 79 : 79
gi|1565733 : gi|3878653 : gi|5155681 : gi|5155680 : gi|5979692 : gi|8900073 : gi|1488414 : gi|5979688 : gi|5979690 : gi|1550528 :
0 * 100 * 120 * 140 * 1QNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIPFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKLSHLNCVLEVLIPHPIHLE-------------------------------------------------------------------------------QNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIPFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKLSHLNCVLEVLIPYPIHLEQNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIQFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKFSHLNCVLEVLIPHPIHLEQNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIPFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKLSHLNYVLEVLIPHPIHLEQNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIPFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKLSHLNYVLEVLIPHPIHLEQNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIQFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKFSHLNCVLEVLIPHPIHLEQNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIPFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKLSHLNYVLEVLIPHPIHLEQNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIPFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKLSHLNYVLEVLIPHPIHLEQNPFFGHNNNLYSQTISAGFAVIVEIPFSLRLVSYSQGEEVAKSHNLQSIHSIFPFLEDKLSHLNYVLEVLIPHPIHLEqnpffghnnnlysqtisagfavivei fslrlvsysqgeevakshnlqsihsifpfledk shln vlevliphpihle
: 158 : - : 158 : 158 : 158 : 158 : 158 : 158 : 158 : 158
gi|1565733 : gi|3878653 : gi|5155681 : gi|5155680 : gi|5979692 : gi|8900073 : gi|1488414 : gi|5979688 : gi|5979690 : gi|1550528 :
60 * 180 * 200 * 220 * ILVQALRYWIKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGV-LVQALRYWIKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGVILVQALRYWIKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGVILVQALRYWIKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGVILVQALRYWVKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGVILVQALRYWVKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGVILVQALRYWIKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGVILVQALRYWVKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGVILVQALRYWVKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGVILVQALRYWVKDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGViLVQALRYW6KDASSLHLLRFSLYQYCNLKRFITPKKSISIFNPRLFLFLYNSHAYEYESIFLFLRNQSSHLRSTSSGV
: 237 : 78 : 237 : 237 : 237 : 237 : 237 : 237 : 237 : 237
gi|1565733 : gi|3878653 : gi|5155681 : gi|5155680 : gi|5979692 : gi|8900073 : gi|1488414 : gi|5979688 : gi|5979690 : gi|1550528 :
240 * 260 * 280 * 300 * FLERIYFYGKIEYLVEVFSNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWFQSGRVRFLERIYFYGKIEYLVEVFSNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWFQSGRVRFLERIYFYGKIEYLVEVFYNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWSQSGRVRFLERIYFYGKIEYLVEVFYNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWSQSGRVRFLERIYFYGKIEYLVEVFYNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWSQSGRVRFLERIYFYGKIEYLVEVFYNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWSQSGRVRFLERIYFYGKIEYLVEVFYNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWTQSGRVRFLERIYFYGKIEYLVEVFYNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWSQSGRVRFLERIYFYGKIEYLVEVFYNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWSQSGRVRFLERIYFYGKIEYLVEVFYNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMWSQSGRVRFLERIYFYGKIEYLVEVFyNDFQNNLWLFKDPFIHFIRYQGKSILSSKDTSLLMNKWKYYFVDLWQYYFYMW QSGRVR
: 316 : 157 : 316 : 316 : 316 : 316 : 316 : 316 : 316 : 316
gi|1565733 : gi|3878653 : gi|5155681 : gi|5155680 : gi|5979692 : gi|8900073 : gi|1488414 : gi|5979688 : gi|5979690 : gi|1550528 :
320 * 340 * 360 * 380 * INQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPIISLIGSLSKAKFCNTLGHPISKPTWADSSDINQLYKYSLD---------------------------------------------------------------------INQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPIISLIGSLSKAKFCNTLGHPISKPTWADSSDINQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPIISLIGSLSKAKFCNTLGHPISKPTWADSSDINQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPIISLIGSLSKAKFCNTLGHPISKPTWADSSDINQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPTISLIGSLSKAKFCNTLGHPISKPTWADSSDINQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPIISLIGSLSKAKFCNTLGHPISKPTWADSSDINQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPIISLIGSLSKAKFCNTLGHPISKPTWADSSDINQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPIISLIRSLSKAKFCNTLGHPISKPTWADSSDINQLYKYSLDFLGYLSSVRLNPSVVRSQMLENSFIIDNAMKTLDTRIPIISLIGSLSKAKFCNTLGHPXXXXXXXXXXXINQLYKYSLDflgylssvrlnpsvvrsqmlensfiidnamktldtripiisligslskakfcntlghpiskptwadssd
: 395 : 167 : 395 : 395 : 395 : 395 : 395 : 395 : 395 : 395
gi|1565733 : gi|3878653 : gi|5155681 : gi|5155680 : gi|5979692 : gi|8900073 : gi|1488414 : gi|5979688 : gi|5979690 : gi|1550528 :
400 * 420 * 440 * 460 * SDIIDRFVRICRNLSHYHSGSSKKKSLYRIKYILRFSCVKTLARKHKSTVRAFLKRLGSEFLEEFFTETEEEHVFSLIF-------------------------------------------------------------------------------SDIIDRFVRIGRNLSHYHSGSSKKKSLYRIKYILRFSCVKTLARKHKSTVRAFLKRLGSAFLEEFFTETEEEHVFSLIFSDIIDRFVRICRNLSHYHSGSSKKKSLYRIKYILRFSCVKTLARKHKSTVRAFLKRLGSEFLEEFFTETEEEHVFSLIFSDIVDRFVRICRNLSHYHSGSSKKKSLYRIKYILRFSCVKTLARKHKSTVRAFLKRLGSEFLEEFFTETEEEYVFSLIFSDIVDRFVRICRNLSHYHSGSSKKKSLYRIKYILRFSCVKTLARKHKSTVRAFLKRLGSEFLEEFFTETEEEYVFSLIFSDIVDRFVRICRNLSHYXSGSSKKKSLYQIKYILRFSCVKTLARKHKSTVRAFLKRLGSEFLEEFFTETEEEYVFSLIFSDIVDRFVRICRNLSHYHSGSSKKKSLYRIKYILRFSCVKTLARKHKSTVRAFLKRLGSEFLEEFFTETEEEYVFSLIFSDIVDRFVRICRNLSHYHSGSSKKKSLYRIKYILRFSCVKTLARKHKSTVRAFLKRLGSEFLEEFFTETEEEYVFSLIFXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXLEEFFTETEEEYVFSLIFsdi drfvri rnlshy sgsskkksly ikyilrfscvktlarkhkstvraflkrlgs fleeffteteee vfslif
: 474 : - : 474 : 474 : 474 : 474 : 474 : 474 : 474 : 474
gi|1565733 : gi|3878653 : gi|5155681 : gi|5155680 : gi|5979692 : gi|8900073 : gi|1488414 : gi|5979688 : gi|5979690 : gi|1550528 :
480 * 500 PRGFFTLRKFYRGRIWYLDIICINALVNHE------------------------------PRGFFTLRKFYRGRIWYLDIICINALVNHEPRGFFTLRKFYRGRIWYLDIICINALVNHEPRGSFTLRKFYRGRIWYLDIICINALVNHEPRGFFTLRKFYRGRIWYLDIICINALVNHEPKGFFTLRKFYRGRIWYLDIICINALVNHEPRGFFTLRKFYRGRIWYLDIICINALVNHEPRGFFTLRKFYRGRIWYLDIICINALVNHEPRGFFTLRKFYRGRIWYLDIICINALINHEp gfftlrkfyrgriwyldiicinal nhe
: 504 : - : 504 : 504 : 504 : 504 : 504 : 504 : 504 : 504
9 BAD89694.1 maturase [Talipariti glabrum]
10 ABR14770.1 maturase K [Kydia calycina]
Dari kesepuluh sekuens protein yang dipilih kemudian diunduh dalam
format FASTA, dan dilakukanpenjajaran terhadap sekuen protein tersebut
menggunakan ClustalX (http://www.clustal.org/clustal2/) dan Genedoc
(http://www.nrbsc.org/gfx/genedoc/) yang diperlihatkan pada gambar 14.
Gambar 14. Penjajaran matK tumbuhan gedi dengan beberapa tumbuhan menggunakan perangkat lunak ClustalX v.s 2.1 dan GeneDoc.
Dari hasi penjajaran matK Abelmoschus manihot L dengan kerabat
dekatnya menunjukan daerah lestari dari asam amino ke 60 sampai asam amino
ke-328 yang ditunjukan dengan warna hitam. Semakin gelap warna dari hasil
penjajaran maka susunan asam amino juga semakin mirip.
IV.4.2 Sifat Fisiologis Aktif
Selanjutnya format FASTA protein matK dari ke sepuluh tmbuhan yang
dipilih diunduh satu persatu dari situs NCBI (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov)
seperti yang ditunjukan pada gambar 15.
Gambar 15. Format FASTA dari protein matK dari situs NCBI (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov)
Selanjutnya dilakukan analisis sifat fisiologis aktif. Format FASTA dari
sepuluh protein matK dimasukan satu persatu kedalam situs Bioinformatics
27
Resource Portal atau ExPASy (http://expasy.org) menggunakan ProtParam seperti
yang ditunjukan pada Gambar 16.
Gambar 16. Analisis sifat fisiologis aktif menggunakan ProtParam (http://expasy.org)
Sifat fisiologis aktif dari kesepuluh protein matK yang dianalisis in-silico
adalah sifat fisika kimia dari masing-masing protein matK yang ditunjukan pada
Tabel 2.
Tabel 2. Hasil Analisis Sifat fisika kimia matK No
Protein BM (Da) pI Rumus molekul JA II AI GRAVY
1 AFK09827.1 20631,8 9,61 C984H1436N238O246S3 2907 37,91 91,62 -0,165
2 ABU85043.1 69910,2 9,51 C2779H4215N725O732S13 8464 39,79 96,88 -0,123
3 ABR14768.1 59880,3 9,37 8468 38,81 96,69 -0,123
4 AAU06170.1 59904,1 9,46 C2772H4213N725O737S13 8460 40,5 96,88 -0,145
5 AAU06175.1 59793 9,48 C2774H4212N720O735S12 8453 39,98 97,86 -0,121
6 BEA80201.1 59917,1 9,43 C2779H4212N720O739S12 8462 39,89 96,46 -0,145
7 BAD89713.1 59869 9,43 C2775H4212N720O739S12 8458 39,89 97,26 -0,142
8 BAD89703.1 60028,3 9,47 C2785H4225N723O738S12 8483 40,77 97,26 -0,143
9 BAD89694.1 59929,1 9,43 C2781H4216N720O738S12 8467 39,89 97,26 -0,135
10 ABR14770.1 20422,1 9,21 2684 34,41 86,05 -0,062
Catatan : Bobot molekul (BM), Titik isoelektrik (pI), Jumlah Asam amino (JA) Indeks ketidakstabilan (II), Grand everage dydropathy (GRAVY).
Sifat fisika kimia yang dari protein matK tumbuhan gedi dengan beberapa
tanaman lainnya pada Tabel 2 memperlihatakan berat molekul (BM) dari
kesepuluh spesies tersebut berkisar antara 20422,1-59904,1 Da. Kesepuluh
spesies tanaman tersebut memiliki nilai isoelektrik (pI) lebih dari 7 yang
menunjukan pH dari suatu protein yang berarti bersifat basa. Dari sepuluh protein
matK pada tabel diatas menunjukan nilai GRAVY yang berkisar -0,062 sampai -
0,165 yang menunjukan bahwa kesepuluh protein tersebut membentuk ion negatif
dan dalam suasana basa yang tidak larut dalam air. Kemudian ditentukan juga
kandungan asam amino (dalam bentuk %mol) dari protein matK yang
diperlihatkan pada Tabel 3.
Tabel 3.Analisis komposisi asam amino matK menggunakan Protparam
Residu Asam Amino
Komposisi Asam Amino (% mol)Protein matK
AFK09827.1
ABU85043.1
ABR14768.1
AAU06170.1
AAU06175.1
BAE80201.1
BAD89713.1
BAD89703.1
BAD89694.1
ABR14770.1
Ala(A) 1.8 3.0 3.0 3.0 3.2 3.0 3.0 3.0 3.0 2.4Arg (R) 6.0 6.3 6.0 6.5 6.3 6.3 6.3 6.5 6.3 4.8Asn (N) 5.4 6.0 5.8 5.8 5.8 5.8 5.8 5.8 5.8 5.6Asp (D) 3.6 3.2 3.6 3.6 3.6 3.6 3.6 3.6 3.6 2.8Cys (C) 0.6 1.2 1.2 1.2 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 0.6Gln (Q) 4.8 3.4 3.8 3.4 3.4 3.4 3.4 3.4 3.4 3.4Glu(E) 3.0 5.0 5.0 5.0 4.8 5.0 5.0 5.0 5.0 4.6Gly (G) 2.4 3.4 3.4 3.4 3.6 3.4 3.4 3.2 3.4 3.0His (H) 2.4 4.2 3.6 4.0 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.2Ile (I) 6.6 8.7 8.5 8.7 3.7 8.1 8.3 8.3 8.3 7.5Leu (L) 12.1 12.1 12.1 12.1 12.3 12.3 12.3 12.3 12.3 11.1Lys (K) 10.2 5.8 6.0 5.8 5.8 5.8 5.8 5.8 5.8 4.2Met (M) 1.8 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4Phe (F) 11.4 8.5 8.3 8.1 8.1 8.1 7.9 8.1 8.1 7.3Pro (P) 1.8 2.8 2.6 2.6 2.8 2.8 2.8 2.8 2.8 2.6Ser (S) 3.0 10.9 10.7 11.1 10.9 10.9 11.1 10.9 10.9 8.5Thr (T) 10.2 2.6 2.8 2.6 2.6 2.8 2.6 2.6 2.6 2.0Trp (W) 3.6 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.2Tyr (Y) 0.0 6.0 6.3 6.2 6.3 6.5 6.5 6.5 6.5 6.0
29
Val (V) 0.0 4.4 4.6 4.4 4.4 4.8 4.8 4.8 4.8 3.8
Berdasarkan analisis komposisi asam amino matK tumbuhan gedi dengan
beberapa kerabatnya, terlihat residu asam amino leusin (L) yang tinggi pada
masing-masing protein matK dari ke sepuluh tumbuhan yaitu 11,1 % - 12,3 %
residu asam amino. Sedangakan residu asam amino yang paling redah dari ke
sepuluh protein adalah sistein (C) dengan residu asam amino 0,6 % - 1,2 %. Pada
Protein dengan kode AFK09827.1 (Abelmischus manihot)memiliki residu asam
amino fenilalanin (F), lisin (K) dan leusin (L) yang tinggi dari protein lainnya dan
tidak memiliki residu asam amino turisin (Y) dan valin (V) yaitu 0,0 %.
Berdasarkan pada Tabel 3 sebagian besar residu asam amino memiliki kesamaan
antara protein dengan kode AFK09827.1 (Abelmischus manihot) dengan ke
sembilan protein lainnya.
V. PENUTUP
V.1 Kesimpulan
Berdasarkan hasil penelitian yang diperoleh, dapat disimpulkan bahwa
1. Hasil pengurutan nukleotida DNA barcodematKmenghasilkan828pb untuk
tumbuhan gedi merah dan tumbuhan gedi hijau. Dari hasil sekuens DNA
barcode matK dari gedi merah dan gedi hijau menunjukan kode barcode
DNA dari gedi merah dan gedi hijau memiliki tingkat kemiripan yang tinggi.
2. Hasil analisis in-silico matK dari Abelmoschus L. dengan beberapa kerabat
dekatnya menunjukan daerah lestari antaraasam amino ke-60 sampai asam
amino ke-320. Dari kesepuluh matK tumbuhan gediyang dianalisis, semuanya
bersifat hidrofobik.
V.2 Saran
Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut terhadap tanaman gedi
merah dan gedi hijau dengan menggunakan gen standar barcode lainya,
agar hasil yang didapatkan dapat menunjukan perbedaan antara tumbuhan
gedi merah dan gedi hijau.
DAFTAR PUSTAKA
31
Bourdy, G. andA. Walter. 1992. Materniity and Medicinal Plants in Vanuatu I. The Cycle of Reproduction. J. Ethnopharmacology. 37 : 179-196.
Cowan, R. S. and M. F. Fay. 2012. Challenge in The DNA Barcoding of Material Plant. Springer Science, New York.
Edgar, R.C.2004. MUSCLE: Multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput.Nucleic Acid Res.5 : 1792-1797.
Hidayati, N. dan R. Dermawan. 2012. Tomat Unggul. Penebar Swadaya, Jakarta.
Hollingsworth, P. M, L. L. Forrest, J. L. Spouge, M. Hajibabaei, and R. Ratnasingham. 2009. A DNA Barcode for Land Plants. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 106: 12794-12797.
Jain, P.S, S. B. Bari, S. J. Surana. 2009.Isolation of Stigmasterol and ɤ-Sitosterol from Petroleum Ether of Woody Stem of Abelmoschus manihot. Dalam : Asian Journal of Biological Sciences. 2 : 112-117.
Jing, Y., X. Jian-Hua, dan Z. Shi-Liang. 2011. New Universal matK Primers for DNA Barcoding Angiosperms. J. System and Evolution. 49: 176-181.
Kolondam, B. J., E. Lengkong dan J. Polii-Mandang. 2012. Barcode DNA Berdasarkan Gen rbcL dan matK Anggrek Payus Limondok (Phalus tancarvilleae). J. Bioslogos. 2: 55-62.
Kolondam, B. J., E. Lengkong, J. Polii-Mandang, S. Runtunuwu, dan A. Pinaria. 2013. Barcode DNA Anthurium Gelombang Cinta (Anthurium plowmanii) Berdasarkan gen rbcL dan matK. J. Bioslogos. 3:17-25.
Krismawati, A. dan E. Sabran. 2004. Pengelolaan sumber daya genetik tanaman obat spesifik kalimantan tengah. Buletin Plasma Nutfah. 12 : 16-23.
Kress, W. J., K. J. Wurdack, E. A. Zimmer, L. A. Weigt and D. H. Janzen. 2005. Use of DNA Barcodes to Identify Flowering Plants. PNAS. 102: 8369-8374.
Kumaunang, M., V. S. Kamu, dan Y. I. Mandik. 2009. Analisis In-silico Protein DnaJ Bacillus stearothermophilus. Chemistry Progres. 2: 47-51.
Lin-lin, W., Y. Xin-bo, H. Zheng-ming, L. He-zhi dan W. Guang-xia. 2007. In Vivo and In Vitro Antivirial Activity of Hyperoside Extracted From Abelmoschus manihot (L) Medik. Acta Pharmacol Sin. 28 : 404-409.
Liu, Y., L. Xianyin, L. Xiaomei, Z. Yuying, C. Jingrong. 2006. Interactions Between Thrombin with Flavonoids from Abelmoschus (L.) Medicus by CZE. Chromatographia. 6: 45-56.
Mamahit, L. P. 2009. Satu Senyawa Steroid dari Daun Gedi (Abelmoschus manihot L. Medik.) asal Sulawesi Utara. Chemistry Pogres.2 : 33-38.
Mamahit, L.P dan N.H. Soekamto. 2010. Satu Senyawa Asam Organik yang Diisolasi dari Daun Gedi (Abelmoschus manihot L. Medik). Chemistry Progress. 3 : 42-45.
Moore, J. M dan A. R Isenberg. 1999. Mitochondrial DNA Analysis at the FBI Laboratory. Forensic Science Communication. 2: 21-26.
Morris, R. 2006. Plant for A Future: Edible, Medicinal and Useful Plants for A Healthier Word (Online), (www.ptaf.org/database/plants, http://books.google.co.id) [diakses 29 april 2014].
Mullis, E.R dan S.D. Faloona.1987. Specific synthesis of DNA Invitrovia polymerase chain reaction.Methods Enzymology.155 : 350-355.
Pretiwi, R. 2001. Mengenal Metode Elektroforesis. Oseana. 1 : 25-31.
Radford, S. E. and C. M. Dobson. 1999. From Computer Simulations to Human Disease: Emerging Themes in Protein Folding. Cell. 97: 291-296.
Ratnasingham, S dan PDN. Hebert. 2007. BOLD: The Barcode of Life Data System. Molec. Ecology Notes. 7: 355-364.
Shao-Yu, Z., S. Nai-ning, G. Wen-Yuan, J. Wei, D. Hong-Quan, X. Pei-Gen. 2006. Progress in the Treatment of Chronic Glomerulonephritis with Traditiona Chinese Medicine. Asian Journal of Pharmacodynamic and Pharmacokinetics. 6 : 317-325.
Suoth, E., H. Kaempe dan A. Tampi. 2013. Evaluasi Kandungan Total Polifenol dan Isolasi senyawa Flavonoid Pada Daun Gedi Merah (Abelmoschus manihot L.). Chemistry Pogres. 6 : 86-91.
Vijayalakshmi, N., D. Muralidhara Rao dan K. N. Jayaveera. 2012. DNA purification and PCR Standardization of Hildegardia populifolia (Roxb.) Schott & Endll.-a rare Plant in Eastern Ghats. Current Biotica. 6 : 314-319.
Wikneswari, R. 1995. Development of Biochemical Genetic Marker for Tropical Rainforest Species. Biochem. Soc. Cont. 16 : 6.
Zulfahmi.2013.Penanda DNA Untuk Analisis Genetik Tanaman.Juenala Agroekoteknologi.3 : 41-52.
33
LAMPIRAN
Lampiran 1. Bagan isolasi DNA Total
Sampel 1(YFM)
Sampel 2(YFH)
Digerus
Ditambahkan larutan lisis (Lysis Solution)
300 μL dan Proteinase K 25 μL Diinkubasi
Disaring dengan prefilterDisentrifugasi
SupernatanFiltrat
DibuangDitambahkan larutan
pengikat (Binding Solution) 200 μL
Disaring dengan spin filterDisentrifugasi
SupernatanFiltrat
Ditambahkan larutan pencuci (Washing
Solution) HS 500 μL DisentrifugasiDisaring dengan spin filter
Ditambahkan larutan pencuci (Washing
Solution) MS 750 μL DisentrifugasiDisaring dengan spin filter
SupernatanFiltrat
Ditambahkan bufer elusi (Elution Buffer) 100 μL
Sampel DNA Total
Disentrifugasi
Lampiran 2. Bagan Amplifikasi gen matK dengan PCR
35
Sampel DNA 2 μL (YFM) Sampel DNA 2 μL (YFH)
Proses amplifikasi
PCR
Komposisi reaksi PCR: Go Tag Master Mix 2x= 20 μL; Primer
Forward matK-3F= 1,5 μL; Primer Reverse matK-1R= 1,5
μL; dan ddH2O= 15 μL
Hasil PCR
Hasil elektroforesis
Dielektroforesis
Elektroforegram
Divisualisasi dengan UV-Transiluminator
Lampiran 3. Dokumentasi proses isolasi DNA total Tumbuhan Gedi
37
Preparasi Sampel Pegerusan dengan alat penggerus
Ditambahkan Lysis Solution Diinkubasi dengan termoblok
Lampiran 4. Dokumentasi amplifikasi gen matK dengan PCR dan
Elektroforesis
DitaHasil Isolasi DNA TotalDitambahkan Binding Solution
Proses amplifikasi PCR Elektroforesis
Hasil elektroforesis
top related