73561416-laporan-kapang

Matakuliah : Sistematika Mikrobia

KLASIFIKASI KAPANG DENGAN METODE TAKSONOMI NUMERIK FENETIKACARA III

Priyatno Suwardhana06/196899/BI/7857

II/4Asisten : N. Anggiana Nurhayati

Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada

Yogyakarta2008

BORANG No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13Berlaku sejak 03 Maret 2008LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 00

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 1 dari 15

I. Pendahuluan

A. Latar Belakang

Dalam mikrobiologi, terdapat anggota dunia mikrobia yang saat ini tata namanya

dimasukkan dalam tata nama botanica. Anggota tersebut ialah kapang. Kapang

mempunyai ciri-ciri morfologi yang spesifik secara makroskopis dan mikroskopis.

Ciri-ciri tersebut dapat digunakan sebagai identifikasi dan determinasi. Pengamatan

secara mikroskopis dapat berupa bersekat atau tidaknya hifa, bentuk percabangan

hifa, stolon, rizoid, sel kaki badan buah, dasar badan buah, pendukung badan buah,

dan bentuk spora (Sutariningsih dkk, 1997).

Dalam pengklasifikasian suatu mikrobia, ada beberapa macam cara

pengklasifikasian, diantaranya dengan metode numeric fenetik yang dibangun atas

dasar similaritas dari dua strain yang berbeda dengan menggunakan lebih dari 50

karakter.

B. Permasalahan

Permasalahan yang akan timbul ialah, jika beberapa strain diklasifikasikan

dengan metode numeric fenetik, strain manakah yang masuk dalam satu spesies?

Kemudian bagaimanakah tingkat kepercayaan yang didapat antara hasil

perhitungan dengan koefisien Jaccard dengan koefisien Ssm ?

C. Tujuan

Praktikum ini bertujuan untuk mempelajari dan mengklasifikasikan kapang

dengan sebanyak banyaknya karakter dan menggunakan metode klasifikasi

numeric fenetik dan membandingkan tingkat kepercayaan yang didapat dari kedua

macam koefisien

II. DASAR TEORI

Mikrobia merupakan jasad hidup yang terlalu kecil, sulit diamati dengan mata

telanjang atau tanpa bantuan mikroskop. Kapang termasuk dalam golongan

mikrobia. Kapang disebut juga jamur benang atau molds. Mikrobia jenis ini

berbentuk benang atau filament, multiseluler, bercabang-cabang, dan tidak

berklorofil (Sutariningsih dkk, 1997). Selain itu karakteristik kapang antara lain,

tubuh atau talusnya terdiri dari dua bagian, yaitu miselium dan spora (sel resisten,

istirahat atau dorman). Miselium merupakan kumpulan beberapa filamen yang

dinamakan hifa. Setiap hifa lebarnya 5 sampai 10 mikron.. Di sepanjang setiap hifa

terdapat sitoplasma (Pelczar, 1986).



Kapang mempunyai cirri-ciri morfologi yang spesifik secara makroskopis dan

mikroskopis. Ciri-ciri tersebut dapat digunakan sebagai identifikasi dan determinasi.

Pengamatan secara mikroskopis dapat berupa bersekat atau tidaknya hifa, bentuk

percabangan hifa, stolon, rizoid, sel kaki badan buah, dasar badan buah,

pendukung badan buah, dan bentuk spora (Sutariningsih dkk, 1997).

Jenis kapang yang terdapat di alam sangat banyak, oleh karena itu untuk

mempermudah dalam mempelajarinya dipergunakan pendekatan secara taksonomi.

Taksonomi adalah ilmu yang mempelajari tentang penyusunan organisme dalam

satu golongan yang disebut taksa berdasarkan karakter - karakter yang digunakan

dalam penggolongan organisme. Taksonomi kapang dilakukan melalui beberapa

tahap yaitu, klasifikasi, nomenklatur, dan identifikasi. Klasifikasi adalah proses

penataan organisme ke dalam suatu kelompok (taksa) berdasarkan hubungan

kekerabatan (evolusioner) atau hubungan kemiripan (similaritas). Nomenklatur

merupakan cara pemberian nama ilmiah terhadap organisme menurut kode

tatanama, sedangkan identifikasi berarti proses dan hasil penentuan apakah suatu

organisme yang belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah diketahui

sebelumnya atau bukan (Nicklin et.al,1999).

Ada 2 macam cara untuk mengklasifikasikan kapang, yaitu pengklasifikasian

dengan taksonomi fenetik dan pengklasifikasian dengan taksonomi numerik-fenetik.

Taksonomi fenetik adalah sistem klasifikasi mikrobia tanpa mempertimbangkan sifat

evolusioner. Pengukuran kekerabatan berdasarkan sifat fenotif dan genotif,

misalnya penentuan sifat biokimia, morfologi, fisiologi, kimiawi dan pembedaan

DNA. Sedangkan taksonomi numerik-fenetik adalah sistem klasifikasi mikrobia

berdasarkan persamaan dan perbedaan dengan metode matematik dengan

menggunakan komputer. Tujuan utama taksonomi numerik-fenetik adalah untuk

menghasilkan suatu klasifikasi yang bersifat teliti, reproducible, dan padat informasi.

Aplikasinya dalam kontruksi klasifikasi biologis memungkinkan terwujudnya

sirkumskripsi takson berdasarkan prinsip yang mantap dan objektif, bukan

klasifikasi yang bersifat subjektif belaka (Stanier et al, 1982)

Langkah awal yang dilakukan dalam taksonomi numerik adalah analisis

karakter yang diuji dengan berbagai uji, dari morfologi, fisiologi dan sifat biokimiawi

yang menghasilkan data yang beragam. Lalu nantinya dari data yang beragam

menghasilkan koefisien similaritas, yaitu sebuah fungsi yang mengukur kemiripan

antara karakter yang diperoleh dari dua strain, yang mana dihitung pada tiap

pasang bakteri pada strain bakteri yang diteliti. Koefisien ini terbagi atas Simple

Matching Coeficient (Ssm) dan Jaccard Coeficient (SJ). Ssm merupakan koefisien

similaritas yang umum digunakan pada ilmu bakteriologi untuk mengukur proporsi

karakter yang sesuai, baik hubungannya bersifat ada (positif) maupun tidak ada

(negatif). Sedangkan SJ dihitung tanpa memperhitungkan karakter yang tidak

dimiliki oleh kedua organisme tersebut (Stackebranat et al, 1999).



III. METODE

A. Alat dan Bahan

Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini antara lain tabung reaksi, cawan

petri, rak tabung reaksi, erlenmeyer, mikro pipet, pipet tetes, pipet ukur, pro pipet,

gelas benda, gelas penutup, dan mikroskop. Sedangkan bahan-bahan yang

digunakan dalam praktikum ini adalah medium PDA (Potato Dextrose Agarose),

medium pati agar, dan larutan jodium (JKJ). Selain itu digunakan pula 6 strain

khamir, yaitu : A, B, C, D, E dan F

B. Cara Kerja

1. Karakteristik Pertumbuhan Kapang:

Strain kapang diinokulasikan kedalam media PDA, MEA dan Czapeck Dox Agar

dan diamati karakteristik pertumbuan lebat, sedang, jarang, warna koloni bagian

atas, warna koloni bagian bawah, pigmen terlarut dalam mdium.

2. Morfologi Hifa kapang

Kapang ditumbuhkan pada media PDA diamati hifanya secara mikroskopis, diamati

hifa bersekat atau tidak.

3. Karakteristik Miselium

Kapang ditumbuhkan pada mdium PDA diamati miseliumnya secara mikroskopis,

jernih atau gelap. Berwarna atau tidak berwarna.

4. Tipe Spora Seksual

Kapang ditumbuhkan pada medium PDA diamati ada tidak spora seksualnya yaitu

oospora, zygospora, dan askospora.

5. Tipe Spora Aseksual

Kapang ditumbuhkan pada media PDA diamati ada atau tdaknya spora

aseksualnya yaitu sporangiospora, konidiospora, dan artrospora.

6.Karakteristik Sporangia

Kapang ditumbuhkan pada media PDA diamati usuran, warna, bentuk, dan lokasi

sporangia.

7.Karakteristik Spore Head Baring Conidia,

Kapang ditumbuhkan pada media PDAdiamati jumlah konidianya, rantai, tunas atau

massa, bentuk dan susunan sterigma atau phialide.

8.Karakteristik Sporangiofor/Konidiofor

Kapang yang ditumbuhkan pada media PDA diamati sporangiofor/ konidioforya

bercabang atau tidak, ukuran dan bentuk kolumela pada ujung sporangiofor,

konidiofornya tunggal atau dalam berkas.

9.Karakteristik Spora Aseksual, terutama konidia

Kapang yang ditumbuhkan dalam media PDA diamati bentuk, ukuran, warna, dan

tekstur permukaan dan jumlah sel penyusun konidia.



10. Struktur Tambahan

Kapang ditumbuhkan pada media PDA diamati adanya struktur tambahan yaitu

stolon, rhizoid, sel kakai, apophysis, klamidospora, dan sklerotina.

11. Karakteristik Fisiologis

Hidrolisis amilum : Strain khamir ditumuhkan dalam medium pati agar. Setelah

diinkubasikan selama 1-2 minggu ditetesi dengan larutan jodium

ANALISIS DATA

1. Koleksi data : Dari masing-masing strain yang ada, berdasarkan taksonomi

Adansonjan, namun karakter yang digunakanadalah kurang dari 50 karakter.

Semua data berupa unit karatkter yang ada dimasukkan ke dalam matriks n x t

untuk dianalisa selanjutnya.

2. Penghitungan nilai Similaritas : Setiap strain khamir (Operational Taxonomical

Unit) akan dibandingkan dengan masing-masing strain yang lain. Tingkat kemiripan

akan ditentukan dengan menggunakan dua cara yaitu : Simple Matching Coeficient

( Ssm ) dan Jaccard Coeficient ( SJ ). Rumus yang digunakan yaitu :

Perhitungan Ssm : %100x

dcbada

+++

+

Perhitungan SJ : %100xcbaa

++

Keterangan :

a = Jumlah karakter yang (+) untuk kedua strain

b = Jumlah karakter yang (+) untuk strain pertama dan (-) untuk strain kedua

c = Jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama dan (+) untuk strain kedua

d = Jumlah karakter yang (-) untuk kedua strain

Selanjutnya nilai similaritas antara masing-masing strain yang dipasangkan (Ssm dan SJ ) dimasukkan ke dalam suatu matriks similaritas.

3. Konstruksi dendrogram berdasarkan nilai dalam matriks similaritas: Untuk

mengklasifikasikan strain atau Operational Taxonomical Unit (OTU) berdasarkan

nilai indeks similaritas maka dilakukan pengklasteran dalam tabel analisis klaster

dengan menggunakan alogaritme pengklasteran Average Lingkage ( UPGMA :

Unweighted Pair Group Method With Aritmatic Average ). Berdasarkan hasil analisis

klaster yang diperoleh selanjutnya dikrontruksi menjadi dendrogram untuk

mengkasifikasikan strain khamir dengan gambar yang mudah diamati.

4. Penentuan struktur taksonomis (deteksiphene) : Penentuan struktur

taksonomis didefinisikan dengan tingkat similaritas yang lebih dari 70%. Hasil



klasifikasi selanjutnya dapat digunakan untuk mengontruksi kunci identifikasi yang

belum diketahui.



IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil

Berikut adalah hasil pengamatan yang berupa table n x t, matriks similaritas,

konstruksi dendrogram dan analisis korelasi kofenetik.

Tabel.1 Tabel n x t

No. KarakterStrain

A B C D E FPermukaan koloni

1 Velvety - + + - - -2 Berserbuk - - - - + +3 Wooly + - - + - -4 Exudate drops - - + - - -5 Radial furrow - - - + - -6 Zonasi - - + - - -

Warna permukaan 7 Hitam - - - - + -8 Hijau - + + - - +9 Kuning - - - + - -

10 Ungu - - - - - -11 Merah - - - - - -12 Putih + - - - - -

Elevasi 13 Flat - + + + + -14 Raised + - - - - +

Warna koloni bagian bawah 15 HItam - - - - - -16 Hijau - + - - - -17 Kuning - - + + - -18 Ungu + - - - - -19 Merah - - - - - -20 Putih - - - - + +

Lain-lain 21 Pigmen terlarut - - - - - -

Karakter hifa 22 Bersekat + + + + + +23 Jernih - - + - + +24 Berduri - - - - - -25 Berwarna + + - + - -Karakter sporangiofor/konidiofor

26 Bercabang - + + - - -27 Tunggal - - - + + +28 Bersekat - - + + - +29 Jernih - - - - - +30 Berduri - - - - - -31 Berwarna - - - + + -

Spore bearing body 32 Kolumela - - - - - -33 Penisel (seperti kuas) - - + - - -34 Vesikel - - - - - -35 Hifa + + + + + +

Struktur tambahan 36 Stolon - - - - - -37 Rhizoid - - - - - -38 Sel kaki - - - - - -39 Apofisis - - - - - -



40 Klamidospora - + - - - -41

Sklerotia - - - - - -Spora aseksual

42 Sel tunggal + + + - + +43 Sel banyak - - - + - -44 Bentuk bulat - - + - + +45 Bentuk batang/memanjang + + - - - -46 Bentuk kurva/bulan sabit - - - + - -47 Bentuk spiral - - - - - -48 Dinding halus + + + + + +49 Dinding berduri - - - - - -

50Tidak berkumpul/sendiri-sendiri + + - + - -

51 Membentuk untaian/rangkaian - - + - + +Spora seksual

52 Spora seksual terlihat - - - + - - 53 Hidrolisis amilum - - + + + +

Berikut ialah hasil perhitungan nilai Ssm dalam bentuk matriks similaritas.

Tabel.2 Matriks simlaritas SsmSsm A B C D E F

A 100B 81,13 100C 62,26 73,59 100D 69,81 66,04 62,26 100E 67,93 67,93 75,47 67,93 100F 69,81 66,04 77,36 62,26 86,79 100

Selanjutnya, dari matriks similaritas dibentu clustering yang tercantum seperti di

bawah ini.

Tabel.3 Clustering Ssm Sim (%) A B C E F D

100 A B C E F D90 A B C E F D

86,79 A B C (E,F) D81,13 (A,B) C (E,F) D

80 (A,B) C (E,F) D76,42 (A,B) {(C) (E,F)} D67,93 {(A,B) ((C) (E,F))} D

60 {(A,B) ((C) (E,F))} D54,72 {((A,B) ((C) (E,F))) (D)}

Dari data tabel diatas dapat dibuat dendrogram seperti di bawah ini.

Gambar. 1 Konstruksi dendrogram Ssm a



b

c e f d 54,72 60,00 67,93 76,42 80,00 81,13 86,79 90,00 100,00

Selanjutnya untuk menganalisis nilai korelasi kofenetik yang ada dimulai dengan membentuk matriks turunan dari dendrogram seperti di bawah ini.

Tabel. 4 Matriks turunan dendrogram ssmA B C D E F

A 100B 81,13 100C 67,93 67,93 100D 54,72 57,72 54,72 100E 67,93 67,93 76,42 54,72 100F 67,93 67,93 76,42 54,72 86,79 100

Dari matriks turunan diatas, nilai korelasi kofenetik bisa dicari melalui tabel di

bawah ini.

Tabel. 5 analisis korelasi kofenetik ssmSSM X Y X Y XYA - B 81,13 81,13 6582,077 6582,077 6582,077A - C 62,26 67,93 3876,308 4614,485 4229,322A - D 69,81 54,72 4873,436 2994,278 3820,003A - E 67,93 67,93 4614,485 4614,485 4614,485A - F 69,81 67,93 4873,436 4614,485 4742,193B - C 73,59 67,93 5415,488 4614,485 4998,969B - D 66,04 57,72 4361,282 3331,598 3811,829B - E 67,93 67,93 4614,485 4614,485 4614,485B - F 66,04 67,93 4361,282 4614,485 4486,097C - D 62,26 54,72 3876,308 2994,278 3406,867C - E 75,47 76,42 5695,721 5840,016 5767,417C - F 77,36 76,42 5984,57 5840,016 5911,851D - E 67,93 54,72 4614,485 2994,278 3717,13D - F 62,26 54,72 3876,308 2994,278 3406,867E - F 86,79 86,79 7532,504 7532,504 7532,504

1056,61 1004,94 75152,17 68790,24 71642,1

Kemudian nilai r dicari melalui rumus :

82,92574

100])96.100(24.6879015][)61.1056(17.7515215[

94.100461.10561.7164215

100])(][)([

22

2222

=

=

=

r

xxxxxr

xyynxxn

yxxynr

Nilai r didapatkan sebesar 82.92%, ini melebihi batas kepercayaan sebesar 60%

sehingga bisa dikatakan bahwa nilai perhitungan Ssm dapat dipercaya.



Kemudian dari perhitungan dengan koefisien Sj, didapatkan matriks similaritas

seperti berikut,

Tabel. 6 Matriks similaritas SjA B C D E F

A 100B 41,18 100C 16,67 36,36 100D 27,27 25 25,93 100E 19,05 22,73 40,91 29,17 100F 23,81 21,74 45,46 23,08 61,11 100

Kemudian dibentuk clustering sperti dalam Tabel. 7 di bawah ini

Tabel. 7 Clustering analysis SJSIM (%) A B C E F D

100 A B C E F D90 A B C E F D80 A B C E F D70 A B C E F D

61,11 A B C (E,F) D60 A B C (E,F) D50 A B C (E,F) D

43.19 A B ((C) (E,F)) D41,18 (A,B) ((C) (E,F)) D

40 (A,B) ((C) (E,F)) D30 (A,B) ((C) (E,F)) D

26,14 (A,B) (D) ((C) (E,F))21,72 (A,B) (D) ((C) (E,F))

Selanjutnya dibentuk dendrogram dengan data dari tabel. 7

Gambar.2 Konstruksi dendrogram Sj

a b

c e f d 26,14 30 40 41,18 43,19 50 60 61,11 70 80 90 100

Lalu dibuat matriks turunan dari dendrogram diatas.

Tabel. 8 Matriks turunan dendrogram SjA B C D E F

A 100B 41,18 100C 41,18 41,18 100D 26,14 26,14 26,14 100E 41,18 41,18 43,19 26,14 100F 41,18 41,18 43,19 26,14 61,11 100



Dan terakhir dibuat tabel analisis korelasi kofenetik beserta nilai r, seperti

tercantum dalam tabel dan rumus di bawah ini

Tabel. 9 Analisis Korelasi Kofenetik SjSj X Y X Y XY

A - B 41,18 41,18 1695,792 1695,792 1695,792A - C 16,67 41,18 277,8889 1695,792 686,4706A - D 27,27 26,14 743,6529 683,2996 712,8378A - E 19,05 41,18 362,9025 1695,792 784,479A - F 23,81 41,18 566,9161 1695,792 980,4958B - C 36,36 41,18 1322,05 1695,792 1497,305B - D 25 26,14 625 683,2996 653,5B - E 22,73 41,18 516,6529 1695,792 936,0214B - F 21,74 41,18 472,6276 1695,792 895,2532C - D 25,93 26,14 672,3649 683,2996 677,8102C - E 40,91 43,19 1673,628 1865,376 1766,903C - F 45,46 43,19 2066,612 1865,376 1963,417D - E 29,17 26,14 850,8889 683,2996 762,5038D - F 23,08 26,14 532,6864 683,2996 603,3112E - F 61,11 61,11 3734,432 3734,432 3734,432

459,47 566,45 16114,09 22752,23 18350,53

59,97634

100])45.566(09.1611415][)47.459(09.1611415[

45.56647.45953.1835015

100])(][)([

22

2222

=

=

=

r

xxx

xxr

xyynxxn

yxxynr

Didapatkan nilai r sejmlah 59.97634 yang jika dibulat akan mencapai batas

kepercayaan yang bernilai 60%, sehingga bisa dikatakan bahwa perhitungan ini

tidak bisa dipercaya

B. Pembahasan

Pada praktikum ini dilakukan klasifikasi terhadap 6 strain khamir berdasarkan unit

karakter dari strain yang digunakan dengan analisis taksonomi numerik-fenetik.

Strain diberi kode dengan abjad A, B, C, D, E dan F dengan menggunakan 53

karakter total

Berdasarkan unit karakter yang telah diteliti, diperoleh konstruksi dendogram dari

perhitungan Ssm dan dendogram dari perhitungan SJ. Hasil dari perhitungan Ssm

menunjukkan angka similaritas yang lebih besar dibandingkan dengan SJ. Pada

Ssm, kekerabatan paling dekat terjadi antara strain E dan F dengan nilai similaritas

86.79 %. Selanjutnya terjadi clustering antara A dan B dengan nilai similaritas

81.13 %. Setelah itu strain C bergabung pada kelompok strain (E,F) dengan nilai

similaritas 76.42 %, sedangkan pada nilai similaritas tersebut strain (A,B) tetap

menjadi satu kelompok. Namun pada nilai similaritas 67.93% tersebut strain D

belum membentuk kelompok dengan kelompok strain yang lain yang telah terbentuk

sebelumnya dan strain (A,B) telah bergabung dengan starin (C,E,F). Kemudian



Pada nilai similaritas 54.72 % strain D baru membentuk kelompok satu kelompok

menjadi (A, B, C, D, E. F)

Dari hasil dendogram SJ, memperlihatkan pembentukan kelompok yang

cenderung berbeda dengan perhitungan Ssm. Strain E bergabung dengan strain F

pada nilai 61.11 %. Selanjutnya strain C dan (E,F) bergabung dengan menjadi satu

kelompok pada nilai similaritas sebesar 43.19 %. Strain B dan strain A bergabung

dengan kelompok strain (C,E,F) pada nilai similaritas 41.18 %. Kemudian strain D

bergadung dengan kelompok sebelumnya pada nilai similaritas paling kecil yaitu

26.14 % membentuk kelompok (A, B, C, D, E, F). Berdasarkan hasil uji taksonomi

numerik fenetik diperoleh dua taksospesies, yang merupakan kelompok strain yang

menpunyai indeks similaritas > 70 % yaitu kelompok strain (A,B) dan (E,F) pada

perhitungan Ssm. Hal ini berarti strain A dan strain B tergolong dalam satu spesies,

dan strain E dengan strain F juga tergolong dalam satu spesies, sedangkan pada

perhitungan dengan menggnakan koefisien Sj, strain E dan F bisa dikatakan satu

taxospecies, walaupun nilai similaritasnya kurang dari 70 %

Persamaan hubungan kekerabatan yang terbentuk berdasarkan Ssm dan SJ

dapat disebabkan karena hubungan kekerabatan antar strain-strain khamir tersebut

sama. Nilai similaritas SJ lebih kecil daripada Ssm karena karakter yang digunakan

pada analisis SJ lebih sedikit. Karakter yang digunakan pada analisis SJ sedikit

karena tidak memperhitungkan karakter strain yang sama-sama negatif, sedangkan

pada analisis Ssm karakter yang sama-sama negatif juga diperhitungkan. Pada

analisis SJ yang tidak memperhitungkan karakter yang sama-sama negatif dapat

mengurangi tingkat kesalahan ( error ). Semakin banyak unit karakter yang diuji

maka hasilnya semakin valid. Semakin banyak sifat yang sama, semakin dekat

hubungan kekerabatannya, begitu juga sebaliknya. Hasil yang dapat terbentuk

merupakan suatu gambaran dari sifat-sifat yang telah diketahui. Hasil dari klasifikasi

dapat memberikan gambaran kemungkinan hubungan kekerabatan antara strain

yang satu dengan strain yang lain dari nilai similaritas karakternya.

Pada praktikum ini digunakan algoritma average linkage, yang diambil adalah

nilai rerata dari indeks similaritas. Selanjutnya akan diperoleh clustering untuk

konstruksi dendogram. Dengan cara ini dapat terjadi perubahan indeks similaritas

yang menyebabkan data tidak valid. Untuk mengetahui tingkat kebenaran atau

kevalidan hasil konstruksi dendogram, dilakukan suatu uji yaitu analisis korelasi

kofenetik. Dari hasil analisis ini akan diproleh nilai r. Hasil dikatakan valid apabila

nilai r ini lebih besar daripada 60 %. Dari hasil analisis korelasi kofenetik Ssm

diperoleh nilai r sebesar 82.93 %. Sedangkan untuk SJ diperoleh nilai r hanya

sebesar 59.97 %. Karena hanya koefisien Ssm yang memiliki nilai diatas 60 %

tetapi tidak dengan perhitungan Sj, maka hanya koefisien Ssm yang memiliki hasil

yang valid dan dapat dipercaya.



V. SIMPULAN

Setelah dilakukan uji taksonomi numerik dari 6 strain khamir yang digunakan

dalam percobaan ini, dapat disimpulkan bahwa dari perhitungan Ssm diperoleh 2

taksospesies. Taksospesies yang pertama dibentuk oleh kelompok strain A dan

strain B dengan nilai similaritas 81.13 %. Sedangkan taksospesies yang kedua

dibentuk oleh kelompok strain E dan strain F dengan indeks similaritas sebesar

86.79 %. Pada perhitungan SJ terbentuk satu taksospesies yaitu kelompok strain

E dan strain F dengan nilai similaritas 61.11 %. Hasil analisis korelasi kofenetik

pada Ssm diperoleh nilai r = 0,82927 atau 82,93 %, sedangkan pada SJ diperoleh

nilai r = 0,5997 atau 59.97 %. Hanya koefisien Ssm yang valid dan dapat dipercaya.

Konstruksi dendogram antara Ssm dan SJ memiliki bentuk yang berbeda. Pada

Ssm memperhitungkan unit karekter yang sama-sama negatif sedangkan pada SJ

tidak memperhitungkan sifat yang sama-sama negatif



VI. LAMPIRAN

Berikut adalah hasil perhitungan nilai Ssm dan Sj untuk tiap dua strain yang

berbeda dan data sementara dari karakteristik tiap strain.

%100xdcba

daSsm+++

+=

dan

%100xcba

aSj++

=

A (++) B (+-) C (-+) D (--) SSM SJA-B 7 4 6 36 81,13208 41,17647A-C 4 7 13 29 62,26415 16,66667A-D 6 5 11 31 69,81132 27,27273A-E 4 7 10 32 67,92453 19,04762A-F 5 6 10 32 69,81132 23,80952B-C 8 5 9 31 73,58491 36,36364B-D 6 7 11 29 66,03774 25B-E 5 8 9 31 67,92453 22,72727B-F 5 8 10 30 66,03774 21,73913C-D 7 10 10 26 62,26415 25,92593C-E 9 8 5 31 75,4717 40,90909C-F 10 7 5 31 77,35849 45,45455D-E 7 10 7 29 67,92453 29,16667D-F 6 11 9 27 62,26415 23,07692E-F 11 3 4 35 86,79245 61,11111



Strain kapang diinokulasikan kedalam media PDA, MEA dan Czapeck Dox Agar dan diamati karakteristik pertumbuan lebat, sedang, jarang, warna koloni bagian atas, warna koloni bagian bawah, pigmen terlarut dalam mdium.2. Morfologi Hifa kapang

73561416-laporan-kapang

Documents