Download - 73561416-laporan-kapang
-
Matakuliah : Sistematika Mikrobia
KLASIFIKASI KAPANG DENGAN METODE TAKSONOMI NUMERIK FENETIKACARA III
Priyatno Suwardhana06/196899/BI/7857
II/4Asisten : N. Anggiana Nurhayati
Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada
Yogyakarta2008
BORANG No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13Berlaku sejak 03 Maret 2008LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 1 dari 15
-
I. Pendahuluan
A. Latar Belakang
Dalam mikrobiologi, terdapat anggota dunia mikrobia yang saat ini tata namanya
dimasukkan dalam tata nama botanica. Anggota tersebut ialah kapang. Kapang
mempunyai ciri-ciri morfologi yang spesifik secara makroskopis dan mikroskopis.
Ciri-ciri tersebut dapat digunakan sebagai identifikasi dan determinasi. Pengamatan
secara mikroskopis dapat berupa bersekat atau tidaknya hifa, bentuk percabangan
hifa, stolon, rizoid, sel kaki badan buah, dasar badan buah, pendukung badan buah,
dan bentuk spora (Sutariningsih dkk, 1997).
Dalam pengklasifikasian suatu mikrobia, ada beberapa macam cara
pengklasifikasian, diantaranya dengan metode numeric fenetik yang dibangun atas
dasar similaritas dari dua strain yang berbeda dengan menggunakan lebih dari 50
karakter.
B. Permasalahan
Permasalahan yang akan timbul ialah, jika beberapa strain diklasifikasikan
dengan metode numeric fenetik, strain manakah yang masuk dalam satu spesies?
Kemudian bagaimanakah tingkat kepercayaan yang didapat antara hasil
perhitungan dengan koefisien Jaccard dengan koefisien Ssm ?
C. Tujuan
Praktikum ini bertujuan untuk mempelajari dan mengklasifikasikan kapang
dengan sebanyak banyaknya karakter dan menggunakan metode klasifikasi
numeric fenetik dan membandingkan tingkat kepercayaan yang didapat dari kedua
macam koefisien
II. DASAR TEORI
Mikrobia merupakan jasad hidup yang terlalu kecil, sulit diamati dengan mata
telanjang atau tanpa bantuan mikroskop. Kapang termasuk dalam golongan
mikrobia. Kapang disebut juga jamur benang atau molds. Mikrobia jenis ini
berbentuk benang atau filament, multiseluler, bercabang-cabang, dan tidak
berklorofil (Sutariningsih dkk, 1997). Selain itu karakteristik kapang antara lain,
tubuh atau talusnya terdiri dari dua bagian, yaitu miselium dan spora (sel resisten,
istirahat atau dorman). Miselium merupakan kumpulan beberapa filamen yang
dinamakan hifa. Setiap hifa lebarnya 5 sampai 10 mikron.. Di sepanjang setiap hifa
terdapat sitoplasma (Pelczar, 1986).
BORANG No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13Berlaku sejak 03 Maret 2008LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 2 dari 15
-
Kapang mempunyai cirri-ciri morfologi yang spesifik secara makroskopis dan
mikroskopis. Ciri-ciri tersebut dapat digunakan sebagai identifikasi dan determinasi.
Pengamatan secara mikroskopis dapat berupa bersekat atau tidaknya hifa, bentuk
percabangan hifa, stolon, rizoid, sel kaki badan buah, dasar badan buah,
pendukung badan buah, dan bentuk spora (Sutariningsih dkk, 1997).
Jenis kapang yang terdapat di alam sangat banyak, oleh karena itu untuk
mempermudah dalam mempelajarinya dipergunakan pendekatan secara taksonomi.
Taksonomi adalah ilmu yang mempelajari tentang penyusunan organisme dalam
satu golongan yang disebut taksa berdasarkan karakter - karakter yang digunakan
dalam penggolongan organisme. Taksonomi kapang dilakukan melalui beberapa
tahap yaitu, klasifikasi, nomenklatur, dan identifikasi. Klasifikasi adalah proses
penataan organisme ke dalam suatu kelompok (taksa) berdasarkan hubungan
kekerabatan (evolusioner) atau hubungan kemiripan (similaritas). Nomenklatur
merupakan cara pemberian nama ilmiah terhadap organisme menurut kode
tatanama, sedangkan identifikasi berarti proses dan hasil penentuan apakah suatu
organisme yang belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah diketahui
sebelumnya atau bukan (Nicklin et.al,1999).
Ada 2 macam cara untuk mengklasifikasikan kapang, yaitu pengklasifikasian
dengan taksonomi fenetik dan pengklasifikasian dengan taksonomi numerik-fenetik.
Taksonomi fenetik adalah sistem klasifikasi mikrobia tanpa mempertimbangkan sifat
evolusioner. Pengukuran kekerabatan berdasarkan sifat fenotif dan genotif,
misalnya penentuan sifat biokimia, morfologi, fisiologi, kimiawi dan pembedaan
DNA. Sedangkan taksonomi numerik-fenetik adalah sistem klasifikasi mikrobia
berdasarkan persamaan dan perbedaan dengan metode matematik dengan
menggunakan komputer. Tujuan utama taksonomi numerik-fenetik adalah untuk
menghasilkan suatu klasifikasi yang bersifat teliti, reproducible, dan padat informasi.
Aplikasinya dalam kontruksi klasifikasi biologis memungkinkan terwujudnya
sirkumskripsi takson berdasarkan prinsip yang mantap dan objektif, bukan
klasifikasi yang bersifat subjektif belaka (Stanier et al, 1982)
Langkah awal yang dilakukan dalam taksonomi numerik adalah analisis
karakter yang diuji dengan berbagai uji, dari morfologi, fisiologi dan sifat biokimiawi
yang menghasilkan data yang beragam. Lalu nantinya dari data yang beragam
menghasilkan koefisien similaritas, yaitu sebuah fungsi yang mengukur kemiripan
antara karakter yang diperoleh dari dua strain, yang mana dihitung pada tiap
pasang bakteri pada strain bakteri yang diteliti. Koefisien ini terbagi atas Simple
Matching Coeficient (Ssm) dan Jaccard Coeficient (SJ). Ssm merupakan koefisien
similaritas yang umum digunakan pada ilmu bakteriologi untuk mengukur proporsi
karakter yang sesuai, baik hubungannya bersifat ada (positif) maupun tidak ada
(negatif). Sedangkan SJ dihitung tanpa memperhitungkan karakter yang tidak
dimiliki oleh kedua organisme tersebut (Stackebranat et al, 1999).
BORANG No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13Berlaku sejak 03 Maret 2008LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 3 dari 15
-
BORANG No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13Berlaku sejak 03 Maret 2008LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 4 dari 15
-
III. METODE
A. Alat dan Bahan
Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini antara lain tabung reaksi, cawan
petri, rak tabung reaksi, erlenmeyer, mikro pipet, pipet tetes, pipet ukur, pro pipet,
gelas benda, gelas penutup, dan mikroskop. Sedangkan bahan-bahan yang
digunakan dalam praktikum ini adalah medium PDA (Potato Dextrose Agarose),
medium pati agar, dan larutan jodium (JKJ). Selain itu digunakan pula 6 strain
khamir, yaitu : A, B, C, D, E dan F
B. Cara Kerja
1. Karakteristik Pertumbuhan Kapang:
Strain kapang diinokulasikan kedalam media PDA, MEA dan Czapeck Dox Agar
dan diamati karakteristik pertumbuan lebat, sedang, jarang, warna koloni bagian
atas, warna koloni bagian bawah, pigmen terlarut dalam mdium.
2. Morfologi Hifa kapang
Kapang ditumbuhkan pada media PDA diamati hifanya secara mikroskopis, diamati
hifa bersekat atau tidak.
3. Karakteristik Miselium
Kapang ditumbuhkan pada mdium PDA diamati miseliumnya secara mikroskopis,
jernih atau gelap. Berwarna atau tidak berwarna.
4. Tipe Spora Seksual
Kapang ditumbuhkan pada medium PDA diamati ada tidak spora seksualnya yaitu
oospora, zygospora, dan askospora.
5. Tipe Spora Aseksual
Kapang ditumbuhkan pada media PDA diamati ada atau tdaknya spora
aseksualnya yaitu sporangiospora, konidiospora, dan artrospora.
6.Karakteristik Sporangia
Kapang ditumbuhkan pada media PDA diamati usuran, warna, bentuk, dan lokasi
sporangia.
7.Karakteristik Spore Head Baring Conidia,
Kapang ditumbuhkan pada media PDAdiamati jumlah konidianya, rantai, tunas atau
massa, bentuk dan susunan sterigma atau phialide.
8.Karakteristik Sporangiofor/Konidiofor
Kapang yang ditumbuhkan pada media PDA diamati sporangiofor/ konidioforya
bercabang atau tidak, ukuran dan bentuk kolumela pada ujung sporangiofor,
konidiofornya tunggal atau dalam berkas.
9.Karakteristik Spora Aseksual, terutama konidia
Kapang yang ditumbuhkan dalam media PDA diamati bentuk, ukuran, warna, dan
tekstur permukaan dan jumlah sel penyusun konidia.
BORANG No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13Berlaku sejak 03 Maret 2008LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 5 dari 15
-
10. Struktur Tambahan
Kapang ditumbuhkan pada media PDA diamati adanya struktur tambahan yaitu
stolon, rhizoid, sel kakai, apophysis, klamidospora, dan sklerotina.
11. Karakteristik Fisiologis
Hidrolisis amilum : Strain khamir ditumuhkan dalam medium pati agar. Setelah
diinkubasikan selama 1-2 minggu ditetesi dengan larutan jodium
ANALISIS DATA
1. Koleksi data : Dari masing-masing strain yang ada, berdasarkan taksonomi
Adansonjan, namun karakter yang digunakanadalah kurang dari 50 karakter.
Semua data berupa unit karatkter yang ada dimasukkan ke dalam matriks n x t
untuk dianalisa selanjutnya.
2. Penghitungan nilai Similaritas : Setiap strain khamir (Operational Taxonomical
Unit) akan dibandingkan dengan masing-masing strain yang lain. Tingkat kemiripan
akan ditentukan dengan menggunakan dua cara yaitu : Simple Matching Coeficient
( Ssm ) dan Jaccard Coeficient ( SJ ). Rumus yang digunakan yaitu :
Perhitungan Ssm : %100x
dcbada
+++
+
Perhitungan SJ : %100xcbaa
++
Keterangan :
a = Jumlah karakter yang (+) untuk kedua strain
b = Jumlah karakter yang (+) untuk strain pertama dan (-) untuk strain kedua
c = Jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama dan (+) untuk strain kedua
d = Jumlah karakter yang (-) untuk kedua strain
Selanjutnya nilai similaritas antara masing-masing strain yang dipasangkan (Ssm dan SJ ) dimasukkan ke dalam suatu matriks similaritas.
3. Konstruksi dendrogram berdasarkan nilai dalam matriks similaritas: Untuk
mengklasifikasikan strain atau Operational Taxonomical Unit (OTU) berdasarkan
nilai indeks similaritas maka dilakukan pengklasteran dalam tabel analisis klaster
dengan menggunakan alogaritme pengklasteran Average Lingkage ( UPGMA :
Unweighted Pair Group Method With Aritmatic Average ). Berdasarkan hasil analisis
klaster yang diperoleh selanjutnya dikrontruksi menjadi dendrogram untuk
mengkasifikasikan strain khamir dengan gambar yang mudah diamati.
4. Penentuan struktur taksonomis (deteksiphene) : Penentuan struktur
taksonomis didefinisikan dengan tingkat similaritas yang lebih dari 70%. Hasil
BORANG No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13Berlaku sejak 03 Maret 2008LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 6 dari 15
-
klasifikasi selanjutnya dapat digunakan untuk mengontruksi kunci identifikasi yang
belum diketahui.
BORANG No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13Berlaku sejak 03 Maret 2008LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 7 dari 15
-
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Hasil
Berikut adalah hasil pengamatan yang berupa table n x t, matriks similaritas,
konstruksi dendrogram dan analisis korelasi kofenetik.
Tabel.1 Tabel n x t
No. KarakterStrain
A B C D E FPermukaan koloni
1 Velvety - + + - - -2 Berserbuk - - - - + +3 Wooly + - - + - -4 Exudate drops - - + - - -5 Radial furrow - - - + - -6 Zonasi - - + - - -
Warna permukaan 7 Hitam - - - - + -8 Hijau - + + - - +9 Kuning - - - + - -
10 Ungu - - - - - -11 Merah - - - - - -12 Putih + - - - - -
Elevasi 13 Flat - + + + + -14 Raised + - - - - +
Warna koloni bagian bawah 15 HItam - - - - - -16 Hijau - + - - - -17 Kuning - - + + - -18 Ungu + - - - - -19 Merah - - - - - -20 Putih - - - - + +
Lain-lain 21 Pigmen terlarut - - - - - -
Karakter hifa 22 Bersekat + + + + + +23 Jernih - - + - + +24 Berduri - - - - - -25 Berwarna + + - + - -Karakter sporangiofor/konidiofor
26 Bercabang - + + - - -27 Tunggal - - - + + +28 Bersekat - - + + - +29 Jernih - - - - - +30 Berduri - - - - - -31 Berwarna - - - + + -
Spore bearing body 32 Kolumela - - - - - -33 Penisel (seperti kuas) - - + - - -34 Vesikel - - - - - -35 Hifa + + + + + +
Struktur tambahan 36 Stolon - - - - - -37 Rhizoid - - - - - -38 Sel kaki - - - - - -39 Apofisis - - - - - -
BORANG No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13Berlaku sejak 03 Maret 2008LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 8 dari 15
-
40 Klamidospora - + - - - -41
Sklerotia - - - - - -Spora aseksual
42 Sel tunggal + + + - + +43 Sel banyak - - - + - -44 Bentuk bulat - - + - + +45 Bentuk batang/memanjang + + - - - -46 Bentuk kurva/bulan sabit - - - + - -47 Bentuk spiral - - - - - -48 Dinding halus + + + + + +49 Dinding berduri - - - - - -
50Tidak berkumpul/sendiri-sendiri + + - + - -
51 Membentuk untaian/rangkaian - - + - + +Spora seksual
52 Spora seksual terlihat - - - + - - 53 Hidrolisis amilum - - + + + +
Berikut ialah hasil perhitungan nilai Ssm dalam bentuk matriks similaritas.
Tabel.2 Matriks simlaritas SsmSsm A B C D E F
A 100B 81,13 100C 62,26 73,59 100D 69,81 66,04 62,26 100E 67,93 67,93 75,47 67,93 100F 69,81 66,04 77,36 62,26 86,79 100
Selanjutnya, dari matriks similaritas dibentu clustering yang tercantum seperti di
bawah ini.
Tabel.3 Clustering Ssm Sim (%) A B C E F D
100 A B C E F D90 A B C E F D
86,79 A B C (E,F) D81,13 (A,B) C (E,F) D
80 (A,B) C (E,F) D76,42 (A,B) {(C) (E,F)} D67,93 {(A,B) ((C) (E,F))} D
60 {(A,B) ((C) (E,F))} D54,72 {((A,B) ((C) (E,F))) (D)}
Dari data tabel diatas dapat dibuat dendrogram seperti di bawah ini.
Gambar. 1 Konstruksi dendrogram Ssm a
BORANG No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13Berlaku sejak 03 Maret 2008LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 9 dari 15
-
b
c e f d 54,72 60,00 67,93 76,42 80,00 81,13 86,79 90,00 100,00
Selanjutnya untuk menganalisis nilai korelasi kofenetik yang ada dimulai dengan membentuk matriks turunan dari dendrogram seperti di bawah ini.
Tabel. 4 Matriks turunan dendrogram ssmA B C D E F
A 100B 81,13 100C 67,93 67,93 100D 54,72 57,72 54,72 100E 67,93 67,93 76,42 54,72 100F 67,93 67,93 76,42 54,72 86,79 100
Dari matriks turunan diatas, nilai korelasi kofenetik bisa dicari melalui tabel di
bawah ini.
Tabel. 5 analisis korelasi kofenetik ssmSSM X Y X Y XYA - B 81,13 81,13 6582,077 6582,077 6582,077A - C 62,26 67,93 3876,308 4614,485 4229,322A - D 69,81 54,72 4873,436 2994,278 3820,003A - E 67,93 67,93 4614,485 4614,485 4614,485A - F 69,81 67,93 4873,436 4614,485 4742,193B - C 73,59 67,93 5415,488 4614,485 4998,969B - D 66,04 57,72 4361,282 3331,598 3811,829B - E 67,93 67,93 4614,485 4614,485 4614,485B - F 66,04 67,93 4361,282 4614,485 4486,097C - D 62,26 54,72 3876,308 2994,278 3406,867C - E 75,47 76,42 5695,721 5840,016 5767,417C - F 77,36 76,42 5984,57 5840,016 5911,851D - E 67,93 54,72 4614,485 2994,278 3717,13D - F 62,26 54,72 3876,308 2994,278 3406,867E - F 86,79 86,79 7532,504 7532,504 7532,504
1056,61 1004,94 75152,17 68790,24 71642,1
Kemudian nilai r dicari melalui rumus :
82,92574
100])96.100(24.6879015][)61.1056(17.7515215[
94.100461.10561.7164215
100])(][)([
22
2222
=
=
=
r
xxxxxr
xyynxxn
yxxynr
Nilai r didapatkan sebesar 82.92%, ini melebihi batas kepercayaan sebesar 60%
sehingga bisa dikatakan bahwa nilai perhitungan Ssm dapat dipercaya.
BORANG No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13Berlaku sejak 03 Maret 2008LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 10 dari 15
-
Kemudian dari perhitungan dengan koefisien Sj, didapatkan matriks similaritas
seperti berikut,
Tabel. 6 Matriks similaritas SjA B C D E F
A 100B 41,18 100C 16,67 36,36 100D 27,27 25 25,93 100E 19,05 22,73 40,91 29,17 100F 23,81 21,74 45,46 23,08 61,11 100
Kemudian dibentuk clustering sperti dalam Tabel. 7 di bawah ini
Tabel. 7 Clustering analysis SJSIM (%) A B C E F D
100 A B C E F D90 A B C E F D80 A B C E F D70 A B C E F D
61,11 A B C (E,F) D60 A B C (E,F) D50 A B C (E,F) D
43.19 A B ((C) (E,F)) D41,18 (A,B) ((C) (E,F)) D
40 (A,B) ((C) (E,F)) D30 (A,B) ((C) (E,F)) D
26,14 (A,B) (D) ((C) (E,F))21,72 (A,B) (D) ((C) (E,F))
Selanjutnya dibentuk dendrogram dengan data dari tabel. 7
Gambar.2 Konstruksi dendrogram Sj
a b
c e f d 26,14 30 40 41,18 43,19 50 60 61,11 70 80 90 100
Lalu dibuat matriks turunan dari dendrogram diatas.
Tabel. 8 Matriks turunan dendrogram SjA B C D E F
A 100B 41,18 100C 41,18 41,18 100D 26,14 26,14 26,14 100E 41,18 41,18 43,19 26,14 100F 41,18 41,18 43,19 26,14 61,11 100
BORANG No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13Berlaku sejak 03 Maret 2008LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 11 dari 15
-
Dan terakhir dibuat tabel analisis korelasi kofenetik beserta nilai r, seperti
tercantum dalam tabel dan rumus di bawah ini
Tabel. 9 Analisis Korelasi Kofenetik SjSj X Y X Y XY
A - B 41,18 41,18 1695,792 1695,792 1695,792A - C 16,67 41,18 277,8889 1695,792 686,4706A - D 27,27 26,14 743,6529 683,2996 712,8378A - E 19,05 41,18 362,9025 1695,792 784,479A - F 23,81 41,18 566,9161 1695,792 980,4958B - C 36,36 41,18 1322,05 1695,792 1497,305B - D 25 26,14 625 683,2996 653,5B - E 22,73 41,18 516,6529 1695,792 936,0214B - F 21,74 41,18 472,6276 1695,792 895,2532C - D 25,93 26,14 672,3649 683,2996 677,8102C - E 40,91 43,19 1673,628 1865,376 1766,903C - F 45,46 43,19 2066,612 1865,376 1963,417D - E 29,17 26,14 850,8889 683,2996 762,5038D - F 23,08 26,14 532,6864 683,2996 603,3112E - F 61,11 61,11 3734,432 3734,432 3734,432
459,47 566,45 16114,09 22752,23 18350,53
59,97634
100])45.566(09.1611415][)47.459(09.1611415[
45.56647.45953.1835015
100])(][)([
22
2222
=
=
=
r
xxx
xxr
xyynxxn
yxxynr
Didapatkan nilai r sejmlah 59.97634 yang jika dibulat akan mencapai batas
kepercayaan yang bernilai 60%, sehingga bisa dikatakan bahwa perhitungan ini
tidak bisa dipercaya
B. Pembahasan
Pada praktikum ini dilakukan klasifikasi terhadap 6 strain khamir berdasarkan unit
karakter dari strain yang digunakan dengan analisis taksonomi numerik-fenetik.
Strain diberi kode dengan abjad A, B, C, D, E dan F dengan menggunakan 53
karakter total
Berdasarkan unit karakter yang telah diteliti, diperoleh konstruksi dendogram dari
perhitungan Ssm dan dendogram dari perhitungan SJ. Hasil dari perhitungan Ssm
menunjukkan angka similaritas yang lebih besar dibandingkan dengan SJ. Pada
Ssm, kekerabatan paling dekat terjadi antara strain E dan F dengan nilai similaritas
86.79 %. Selanjutnya terjadi clustering antara A dan B dengan nilai similaritas
81.13 %. Setelah itu strain C bergabung pada kelompok strain (E,F) dengan nilai
similaritas 76.42 %, sedangkan pada nilai similaritas tersebut strain (A,B) tetap
menjadi satu kelompok. Namun pada nilai similaritas 67.93% tersebut strain D
belum membentuk kelompok dengan kelompok strain yang lain yang telah terbentuk
sebelumnya dan strain (A,B) telah bergabung dengan starin (C,E,F). Kemudian
BORANG No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13Berlaku sejak 03 Maret 2008LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 12 dari 15
-
Pada nilai similaritas 54.72 % strain D baru membentuk kelompok satu kelompok
menjadi (A, B, C, D, E. F)
Dari hasil dendogram SJ, memperlihatkan pembentukan kelompok yang
cenderung berbeda dengan perhitungan Ssm. Strain E bergabung dengan strain F
pada nilai 61.11 %. Selanjutnya strain C dan (E,F) bergabung dengan menjadi satu
kelompok pada nilai similaritas sebesar 43.19 %. Strain B dan strain A bergabung
dengan kelompok strain (C,E,F) pada nilai similaritas 41.18 %. Kemudian strain D
bergadung dengan kelompok sebelumnya pada nilai similaritas paling kecil yaitu
26.14 % membentuk kelompok (A, B, C, D, E, F). Berdasarkan hasil uji taksonomi
numerik fenetik diperoleh dua taksospesies, yang merupakan kelompok strain yang
menpunyai indeks similaritas > 70 % yaitu kelompok strain (A,B) dan (E,F) pada
perhitungan Ssm. Hal ini berarti strain A dan strain B tergolong dalam satu spesies,
dan strain E dengan strain F juga tergolong dalam satu spesies, sedangkan pada
perhitungan dengan menggnakan koefisien Sj, strain E dan F bisa dikatakan satu
taxospecies, walaupun nilai similaritasnya kurang dari 70 %
Persamaan hubungan kekerabatan yang terbentuk berdasarkan Ssm dan SJ
dapat disebabkan karena hubungan kekerabatan antar strain-strain khamir tersebut
sama. Nilai similaritas SJ lebih kecil daripada Ssm karena karakter yang digunakan
pada analisis SJ lebih sedikit. Karakter yang digunakan pada analisis SJ sedikit
karena tidak memperhitungkan karakter strain yang sama-sama negatif, sedangkan
pada analisis Ssm karakter yang sama-sama negatif juga diperhitungkan. Pada
analisis SJ yang tidak memperhitungkan karakter yang sama-sama negatif dapat
mengurangi tingkat kesalahan ( error ). Semakin banyak unit karakter yang diuji
maka hasilnya semakin valid. Semakin banyak sifat yang sama, semakin dekat
hubungan kekerabatannya, begitu juga sebaliknya. Hasil yang dapat terbentuk
merupakan suatu gambaran dari sifat-sifat yang telah diketahui. Hasil dari klasifikasi
dapat memberikan gambaran kemungkinan hubungan kekerabatan antara strain
yang satu dengan strain yang lain dari nilai similaritas karakternya.
Pada praktikum ini digunakan algoritma average linkage, yang diambil adalah
nilai rerata dari indeks similaritas. Selanjutnya akan diperoleh clustering untuk
konstruksi dendogram. Dengan cara ini dapat terjadi perubahan indeks similaritas
yang menyebabkan data tidak valid. Untuk mengetahui tingkat kebenaran atau
kevalidan hasil konstruksi dendogram, dilakukan suatu uji yaitu analisis korelasi
kofenetik. Dari hasil analisis ini akan diproleh nilai r. Hasil dikatakan valid apabila
nilai r ini lebih besar daripada 60 %. Dari hasil analisis korelasi kofenetik Ssm
diperoleh nilai r sebesar 82.93 %. Sedangkan untuk SJ diperoleh nilai r hanya
sebesar 59.97 %. Karena hanya koefisien Ssm yang memiliki nilai diatas 60 %
tetapi tidak dengan perhitungan Sj, maka hanya koefisien Ssm yang memiliki hasil
yang valid dan dapat dipercaya.
BORANG No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13Berlaku sejak 03 Maret 2008LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 13 dari 15
-
V. SIMPULAN
Setelah dilakukan uji taksonomi numerik dari 6 strain khamir yang digunakan
dalam percobaan ini, dapat disimpulkan bahwa dari perhitungan Ssm diperoleh 2
taksospesies. Taksospesies yang pertama dibentuk oleh kelompok strain A dan
strain B dengan nilai similaritas 81.13 %. Sedangkan taksospesies yang kedua
dibentuk oleh kelompok strain E dan strain F dengan indeks similaritas sebesar
86.79 %. Pada perhitungan SJ terbentuk satu taksospesies yaitu kelompok strain
E dan strain F dengan nilai similaritas 61.11 %. Hasil analisis korelasi kofenetik
pada Ssm diperoleh nilai r = 0,82927 atau 82,93 %, sedangkan pada SJ diperoleh
nilai r = 0,5997 atau 59.97 %. Hanya koefisien Ssm yang valid dan dapat dipercaya.
Konstruksi dendogram antara Ssm dan SJ memiliki bentuk yang berbeda. Pada
Ssm memperhitungkan unit karekter yang sama-sama negatif sedangkan pada SJ
tidak memperhitungkan sifat yang sama-sama negatif
BORANG No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13Berlaku sejak 03 Maret 2008LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 14 dari 15
-
VI. LAMPIRAN
Berikut adalah hasil perhitungan nilai Ssm dan Sj untuk tiap dua strain yang
berbeda dan data sementara dari karakteristik tiap strain.
%100xdcba
daSsm+++
+=
dan
%100xcba
aSj++
=
A (++) B (+-) C (-+) D (--) SSM SJA-B 7 4 6 36 81,13208 41,17647A-C 4 7 13 29 62,26415 16,66667A-D 6 5 11 31 69,81132 27,27273A-E 4 7 10 32 67,92453 19,04762A-F 5 6 10 32 69,81132 23,80952B-C 8 5 9 31 73,58491 36,36364B-D 6 7 11 29 66,03774 25B-E 5 8 9 31 67,92453 22,72727B-F 5 8 10 30 66,03774 21,73913C-D 7 10 10 26 62,26415 25,92593C-E 9 8 5 31 75,4717 40,90909C-F 10 7 5 31 77,35849 45,45455D-E 7 10 7 29 67,92453 29,16667D-F 6 11 9 27 62,26415 23,07692E-F 11 3 4 35 86,79245 61,11111
BORANG No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13Berlaku sejak 03 Maret 2008LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 15 dari 15
Strain kapang diinokulasikan kedalam media PDA, MEA dan Czapeck Dox Agar dan diamati karakteristik pertumbuan lebat, sedang, jarang, warna koloni bagian atas, warna koloni bagian bawah, pigmen terlarut dalam mdium.2. Morfologi Hifa kapang