Pada zaman pemerintahan Jepun pula, penindasan terhadap etnik Cina berlaku. Permusuhan ini adalah kesan daripada perang Jepun-China pada tahun 1937. Pihak Jepun menjaga hubungan baik dengan masyarakat Melayu dan orang-orang Melayu diberi peluang untuk bekerja dalam pentadbiran. Pihak Jepun juga menjaga hubungan baik dengan orang-orang India. Sistem pemerintahan Jepun yang berat sebelah telah mengundang permusuhan di kalangan etnik Cina dan Melayu. Etnik Cina aktif berpolitik dan menyertai Parti Komunis Malaya (PKM) untuk menentang Jepun. PKM berfungsi menjaga dan membela nasib orang Cina yang tertindas.

Parti politik Cina telah menyeksa orang-orang Melayu sebagai tanda membalas dendam setelah pihak Jepun berundur dari Tanah Melayu. Jurang di antara etnik pada zaman penjajahan adalah amat besar dan menimbulkan ketidakpuasan di kalangan pelbagai etnik di negara ini. Etnik Cina dan India berusaha ke arah mendapatkan taraf sama rata seperti etnik dominan Melayu. Secara tidak langsung, tindakan etnik Cina dan India telah mengundang rasa tidak puas hati di kalangan etnik Melayu sehingga tertubuhnya Malayan Union pada 1 April 1946 dan Isu Persekutuan Tanah Melayu pada 1 Februari 1948.