laporan praktikum bioteknologi ligasi, digesti.docx

Upload: chavellaavatara

Post on 07-Jul-2018

232 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    1/23

    LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI FARMASI

    MINGGU - 2

    ISOLASI PLASMID, PURIFIKASI HASIL PCR, LIGASI, DIGESTI DAN ISOLASI

    FRAGMEN DNA

    Kelompok 8

    BIOTEKNOLOGI KELAS A1

    Agnes Rebecca Novalia 1306480862

    Chavella Avatara 1306402545

    Gerardo Laudus 130641134

    !ilda Nur A"i"a 13063620Lid#a $arti%a 13063601

    &etah 'utri &utia 13063646

    &err# (lora 13063)631Rah*a +uci 13063))120

    UNIERSITAS INDONESIA

    FAKULTAS FARMASI

    DEPOK 

    2!1"

    ISOLASI PLASMID

    I# PENDAHULUAN

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    2/23

    +etia, organis*e *e*ili%i -NA #ang terleta% dala* inti sel atau nucleus #ang

    disebut sebagai -NA %ro*oso*al. begitu ,ula ba%teri/ +elain dna %ro*oso*al ba%teri

     uga *e*ili%i -NA e%stra%ro*oso*al/ 'las*id *eru,a%an -NA e%stra%ro*oso*al

    #ang berbeda %ara%tern#a dengan -NA %ro*oso*al/ entu% ,las*id beru,a *ole%ul

    -NA utas ganda sir%uler #ang beru%uran %ecil dan berat se%itar 1300 %b +nustad dan

    +i**ons 2003. terda,at didala* sito,las*a dan da,at *elalu%an re,li%asi secara

    autono* %arena adan#a suatu urutan -NA sebagai asal re,li%asi dan ,las*id uga

    *eru,a%an salah satu vector dala* ,roses ,eng%lonan gen/

    -ala* bidang biote%nologi. te%ni% %loning *i%roba *eru,a%an salah satu te%ni% 

    #ang u*u* dila%u%an untu% *enghasil%an ,rodu% hasil *ere%a#asa geneti%a/ 'ada

    te%ni% ini. se%uens -NA #ang diingin%an disisi,%an %e dala* ve%tor sebelu* nantin#a

    di,er%enal%an %e,ada sel/ e%tor #ang biasa diguna%an adalah ,las*id ba%teri/

    'las*id ba%teri #ang biasan#a diguna%an dala* te%nologi -NA re%o*binan

    *engguna%an E. coli  sebagai host . sehingga dala* re%a#asa geneti%a ,las*id sering

    diguna%an sebagai ve%tor untu% *e*baa *ole%ul -NA #ang diingin%an %e dala*

    suatu sel inang/ 'enggunaan ,las*id dala* -NA re%o*binan dila%u%an %arena ,las*id

    *e*ili%i tiga region #ang ber,eran ,enting untu% -NA %loning. #aitu. re,lication origin.

    *ar%er #ang *e*ung%in%an adan#a sele%si biasan#a gen resisten antibioti% dan

    region #ang *a*,u disisi,i oleh 7rag*en -NA dari luar/ +alah satu %ara%teristi% 

     ,las*id. #aitu *e*ili%i R9 Origin of replication/ 9nti dari isolasi ,las*id ba%teri

    adalah *enghancur%an *e*bran sel sehingga se*ua organel sel da,at %eluar :usu7 

    2001/

    9solasi ,las*id adalah a%tivitas #ang *ela%u%an ,eng%lonan gen/ salah satu *etode

    #ang ban#a% diguna%an dala* isolasi ,las*id saat ini adalah *etode alkaline lysis/

    &etode ini ,erta*a %ali di,ubli%asi%an oleh irnboi* dan -oll# tahun 1)  Nucleic

    Acids Res/ ). 15131523/  &etode al%aline l#sis secara garis besar terbagi %e dala*

    ena* taha,. #a%ni taha, k$l%&'()& *(k%e+& ( pem(e( )el,  %(.(p +e)$)pe)& )el.

    %(.(p l&)&) )el ( e(%$+()& DNA. %(.(p e%+(l&)()&,  %(.(p p$+&/&k()&. dan  %(.(p

    pemek(%( DNA/ +ecara u*u*. isolasi ,las*id bertuuan *enge%stra% ,las*id dan

    *e*isah%ann#a dari berbagai %o*,onen selular ba%teri lainn#a. se,erti ,rotein. le*a%.

    http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/7/6/1513http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/7/6/1513http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/7/6/1513http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/7/6/1513

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    3/23

    RNA. dan -NA %ro*oso*al/ $eberhasilan taha, isolasi bergantung ,ada su*ber bahan.

    %onsentrasi bahan. stabilitas dan %adar %e*urnian ,rodu% a%hir/

    II# PRINSIP

    'rinsi, dala* *ela%u%an isolasi ,las*id adalah ,enghancuran dinding sel. lisis sel.

     ,e*bersihan debris sel. dan ,resi,itasi -NA/ 'rinsi,,rinsi, tersebut a%an dibahas lebih

    lanut dala* bagian ,e*bahasan

    III# TU0UAN

    9solasi;e%stra%si -NA ,las*id bertuuan untu% *e*,eroleh -NA ,las*id dengan

    %ualitas %e*urnian #ang bai% *engguna%an *etode *odi7i%asi Al%alin Lisis atau

    *engguna%an %olo*%it

    I# ALAT DAN BAHAN

    1# Al(%

    • +entri7uge *i%ro

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    4/23

      P+o%okol Me%oe Alk(l& L&)&)

    1/ +el >/coli -!5? ,DC1 ditu*buh%an dala* *ediu* LBA*, 100 =g;*l ,ada

    3)EC secara aerobi% sela*a se*ala*/

    2/ +eban#a% 8 tabung *i%ro dia*bil dan diberi label ,DC1 ,ada 4 buah tabung/

    &asu%%an 1.5 *l %ultur ba%teri %e dala* tabung *i%ro/

    3/ +el ba%teri di%u*,ul%an *elalui sentri7usi ,ada sentri7uge *i%ro ,ada 10000r,*

    sela*a 2 *enit/ +u,ernatan dibuang sa*,ai tinggal ,eletn#a saa/

    4/ 'ellet diresus,ensi%an dala* 110 =L larutan A dan dia*%an ,ada suhu ruang sela*a

    510 *enit/5/ Larutan #ang telah disia,%an terdiri dari ca*,uran 4.25 *l d!2 sterilF 0.5 *l 10

    +-+ F 0.25 *l 4N Na!

    6/ +eban#a% 200 =L larutan dita*bah%an ,ada *asing*asing tabung *i%ro.

    %e*udian tabung dibola%bali%%an dan secara ,erlahan terca*,ur%an sa*,ai teradilisis larutan *enadi bening dan %ental

    )/ $e*udian diin%ubasi ,ada 0EC diatas ,ecahan es sela*a 510 *enit/

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    5/23

    $ultur disia,%an dengan *engino%ulasi%an ba%teri %e *edia L/ Lalu. diin%ubasi

    sela*a 24 a* sa*bil disha%ing/ $ultur ba%teri di*asu%%an %e tabung *i%ro dan

    disentri7ugasi%an sela*a 30 deti% dengan %ece,atan 11/000 r,*/ +u,ernatan dibuang dan

     ,ellet diresus,ensi%an dengan bu77er A1/ Ca*,uran divorte/ u77er A2 dita*bah%an %e

    dala* sus,ensi dan di%oco% ,erlahan tida% *engguna%an vorte/ $e*udian. bu77er A3

    dita*bah%an dan di%oco% ,erlahan sa*,ai sus,ensi berarna %e,utihan/ Ca*,uran

    disentri7ugasi sela*a 5 H 10 *enit dengan %ece,atan 11/000 r,*/ Lisat *urni

    di*asu%%an %e minispin column-centrifuge/ Lalu. lisat dicuci dengan bu77er A4 atau

    wash bu77er/ $e*udian ca*,uran disentri7ugasi/ Ca*,uran %e*udian di%ering%an dan

    disentri7ugasi %e*bali/ u77er elusi dita*bah%an dan diin%ubasi sela*a 1 *enit/

    Ca*,uran disentri7ugasi

    I# ALUR KER0A

    /coli -!5? ,DC1 di dala*

    *ediu* LBA*, ,ada suhu 3)0c sela*a se*ala*

     TAHAP

    PEMANENAN

    SEL

    A*bil 8 tabung *i%ro dan diberi label 'uc1.

    ta*bah%an 1.5 *l %ultur ba%teri %e dala* 4

     buah tabun *i%ro

    $u*,ul%an a%teri *elalui sentri7usi ,ada sentri7uge

    *i%ro ,ada 10000r,* sela*a 2 *enit/ +u,ernatan dibuang

    sa* ai tin al eletn a sa a/

     TAHAP

    RESUSPENSI

    'ellet diresus,ensi%an dala* 110 =L larutan A

    dan dia*%an ,ada suhu ruang sela*a 510

    *enit/

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    6/23

    II# Pem*(.()(

    in%ubasi%an ,ada 0EC diatas ,ecahan es sela*a

    510 *enit/

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    7/23

    'las*id dari ba%teri  E. coli -!5? #ang a%an di,eroleh sebagai hasil isolasi

    adalah ,DC1/ Dntu% *enda,at%an ,las*id tersebut *a%a sel ba%teri harus dihancur%an

    terlebih dahulu %e*udian dila%u%an ,uri7i%asi untu% *e*bersih%an ,las*id dari

    %o*,onen sel lainn#a/ Dntu% *ela%u%an isolasi ini *a%a *etode #ang a%an diguna%an

    adalah al%alin lisis/

    -

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    8/23

     E.coli.,e*anenan >/coli. dan ,e*urnian dari %onta*inan lain *elalui *etode lisis al%ali/

    'las*id dari ba%teri  E. coli -!5? #ang a%an di,eroleh sebagai hasil isolasi adalah

     ,DC1/

    I3# DAFTAR PUSTAKA

    $ar,. Gerald/ 2010/ Cell and Molecular Biology/ -enver. A+ @ :ohns Iile# J +ons Co/

    &ali%. A/ 2016/ 'enuntun $era @ 9solasi 'las*id dan $loning -NA/ -e,o% @ (a%ultas

    (ar*asi Dniversitas 9ndonesia

    ron 77ect o7 !eat +hoc%

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    9/23

    PURIFIKASI HASIL PCR 

    I# PENDAHULUAN

    'uri7i%asi hasil 'CR *eru,a%an *etoda untu% *enga*,li7i%asi 7rag*en -NA

    s,esi7i% dala* u*lah besar secara in vitro dari seu*lah %ecil te*,late aal/ 'erta*a

    %ali dite*u%an oleh $ar# &ullis ,ada tahun 183/ 'ercobaan ini *engguna%an 'CR 

    %arena 'CR *e*ili%i %euta*aan sebagai beri%ut @

    -a,at *enga*,li7i%asi 7rag*en -NA dala* a%turelati7 sing%at 2 a* -NA te*,late tida% ,erlu dala* %eadaan *urni

    'rodu% 'CR da,at di digesti dengan en"i* restri%si.se%uen atau di %lon

    &a*,u *enga*,li7i%asi single -NA *ole%ul e/g/single s,er*

    'uri7i%asi hasil 'CR dila%u%an dengan *engguna%an Gel;'CR -NA

    (rag*ents >%straction $it dari Geneaid 2008/ 'rosesn#a adalah ,enguraian

    gel. ,engi%atan -NA. ,encucian -NA. dan elusi -NA/

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    10/23

    III# TU0UAN

    • 'uri7i%asi hasil 'CR adalah te%ni% #ang bertuuan untu% *e*,eroleh -NA hasil 'CR 

    -NA a*,li%on #ang *urni/

    • &e*aha*i 'uri7i%asi !asil 'CR 

    I# ALAT DAN BAHAN

    I#1# Al(%

     +entri7us *i%ro 

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    11/23

    *engguna%an ,isau silet atau cutter  #ang baru dan steril/ 9risan gel di,indah%an %e dala*

    tabung *i%ro 1/5 *L baru dan steril/ 300 L da,ar -( dita*bah%an lalu di,uri7i%asi

    dengan vorte dan diinbu%asi ,ada 55600C sela*a 1015 *enit hingga irisan gel terlarut

    se*,urna/ +ela*a in%ubasi tabung *i%ro dibola%bali% setia, 23 *enit/ $e*udian

    ca*,uran tersebut didia*%an dingin ,ada suhu %a*ar/ Ca*,uran tersebut di,i,et dan

    di*asu%%an %e dala* %olo* -( #ang ter,asang ,ada tabung ,ena*,ang/ 'ada %ece,atan

    *a%si*u* 13/000 r,* disentri7usi%an sela*a 30 deti%/ Cairan #ang terta*,ung

    dibuang dan %olo* -( dite*,at%an %e*bali ,ada tabung ,ena*,ung/ 600 L da,ar 

     ,encuci ash 'uffer  #ang telah dita*bah etanol dita*bah%an dan disentri7usi %e*bali

     ,ada %ece,atan *a%si*u* sela*a 30 deti%/ Cairan #ang ter%u*,ul dibuang %e*bali dan

    %olo* -( dite*,at%an %e*bali %e dala* tabung ,ena*,ung. ,ada %ece,atan *a%si*u*

    sela*a 3 *enit disentri7us sa*,ai *e*bran %olo* *engering/ $olo* -( #ang telah

    %ering di,indah%an %e dala* tabung *i%ro 1/5 *L #ang baru dan steril/ $e*udian 25 L

    a%uabides steril dita*bah%an %e dala* bagian tengah dari *e*bran %olo* -( agar 

     ,engenda,an ,ada dinding %olo* da,at dihindari/ iar%an a%uabides tersera,sela*a 2

    *enit %e*udian ,ada %ece,atan *a%si*u* disentri7us sela*a 1 *enit untu% 

    *enda,at%an -NA *urni/ -NA disi*,an ,ada suhu 20oC/ -NA hasil ,uri7i%asi dia*ati

    secara visual. lalu -NA dianalisa %e*bali dengan ele%tro7oresis agaros gel *ini/ :i%a

    in7or*asi se%uens -NA a*,li%on di,erlu%an. *a%a da,at dila%u%an se%uensing -NA/

    I# ALUR KER0A

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    12/23

    Hasil PCR +loading buferdielektroforesiskan di gel

    agarosa

    Pita angdiinginkandi!otong"

    di!inda#kanke ta$%ng

    &ikro

    Da!ar D'dita&$a#kan lal%

    di!%ri(kasi)orte*"

    ke&%diandiink%$asi

    Didinginkan"di!i!et" di&as%kkan

    ke kolo& D'

    Sentrif%gasidi

    kee!atan&aksi&%&

    ,-./000r!&1 " .0

    detik

    Cairanterta&!%ng

    di$%ang"ta&$a#kan

    da!ar !en%idan etanol"

    sentrif%sike&$ali

    Cairan terk%&!%ldi$%ang" te&!atkan

    di ta$%ng!ena&!%ng"

    sentrif%gasi sa&!ai&e&$ran&engering

    Kolo& D' di!inda#kan"ta&$a#kan ak%a$idessteril ke $agian tenga#

    &e&$ran kolo&" $iarkan 2&enit" sentrif%gasi

    kee!atan &aksi&%&

    Dida!atkanDNA" disi&!andi s%#% 20oC"

    dia&ati"dianalisisdengan

    elektroforesisagaros gel &ini

    *&oee+#4om, 2!1"

    II# PEMBAHASAN

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    13/23

     ila hasil ,uri7i%asi *enunu%an ,ita tunggal #ang u%urann#a sesuai #aitu tida% 

    teradi ,erubahan u%uran setelah dila%u%an ,uri7i%asi *enunu%an baha ,uri7i%asi

     berhasil dila%u%an %arena sa*,el tida% *engala*i degradasi/ 'ita hasil ,uri7i%asi terlihat

    lebih tebal dan lebih terang #ang *engindi%asi%an baha ,engotor telah berhasil

    dibersih%an atau dihilang%an/

    T(*el 2# M()(l(. 5(6 )e+&6 %e+7(& ( pe5ele)(&(5(

    &asalah 'en#elesaian

    !asil rendah +el tida% lisis secara se*,urna. terlalu ban#a% sel ba%teri

    #ang diguna%an

    'roses ,uri7i%asi -NA tida% 

     beralan dengan bai% 

    1/ Adan#a %onta*inasi RNA sebelu* *engguna%an

     bu7er '&1. ,eri%sa %e*bali RNase A #ang

    dita*bah%an a,a%ah *asih la#a% atau sudah

    %edaluarsa. dan uga terlalu ban#a% sel ba%teri #ang

    dguna%an

    2/ Adan#a %onta*inasi -NA geno* angan

    *engguna%an sa*,el %ultur #ang sebelu*n#a sudah

    ditu*buhi ba%teri

    $olo* tersu*bat

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    14/23

    10440305. htt,@;;d/doi/org;10/1016;+104403050000122)/

    htt,@;;/sciencedirect/co*;science;article;,ii;+104403050000122)

    >ng/bioneer/co*/ 2016/ *ccuBead+ ,ilica Coated Magnetic Bead / PonlineQ Available

    at@ htt,@;;eng/bioneer/co*;,roducts;'rotein;&agneticeadstechnical/as,

    PAccessed A,r/ 2016Q/

    &ali%. A*arila/ 2015/ Penuntun era PC/$ Purifikasi PC/$ dan ,0,-P*!E / -e,o%@

    Laboratoriu* &i%robiologi dan iote%nologi (a%ultas (ar*asi D9/

    iagin. +/ n/d// !enomic 0&* Purification/ 1st ed/ Peboo%Q Available at@

    htt,@;;science/*arshall/edu;*urra#e;lin%s207or20students;sa*antha

    20Miagin20*ethod/,d7 PAccessed A,r/ 2016Q/

    !ida#atulloh. +#ari7/ PC/ and Primer 0esign/

    htt,s@;;/acade*ia/edu;))22484;'CRSandS'ri*erS-esign dia%ses ,ada

    +abtu. 0 A,ril 2016 ,u%ul 22/01

    AM*arina. Arie/. d%%/ loning 1ragmen 0&* Mikrosatelit *2uilaria malaccensis/

    htt,s@;;/acade*ia/edu;162085;$loningS(rag*enS-NAS&i%rosatelitSAMuil

    ariaS*alaccensis dia%ses ,ada +abtu. 0 A,ril 2016 ,u%ul 22/35

    PEMOTONGANDIGESTI DNA PLASMID DENGAN EN9IM

    RESTRIKSI

    I# PENDAHULUAN

    http://dx.doi.org/10.1016/S1044-0305(00)00122-7http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1044030500001227https://www.academia.edu/7722484/PCR_and_Primer_Designhttps://www.academia.edu/9162085/Kloning_Fragmen_DNA_Mikrosatelit_Aquilaria_malaccensishttps://www.academia.edu/9162085/Kloning_Fragmen_DNA_Mikrosatelit_Aquilaria_malaccensishttp://dx.doi.org/10.1016/S1044-0305(00)00122-7http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1044030500001227https://www.academia.edu/7722484/PCR_and_Primer_Designhttps://www.academia.edu/9162085/Kloning_Fragmen_DNA_Mikrosatelit_Aquilaria_malaccensishttps://www.academia.edu/9162085/Kloning_Fragmen_DNA_Mikrosatelit_Aquilaria_malaccensis

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    15/23

    -NA hasil isolasi *asih beru,a se%uens #ang ,anang dengan 7rag*en7rag*en

    #ang saling beri%atan/ 'e*otongan dengan suatu en"i* ,ada -NA tersebut dila%u%an

    untu% *enghasil%an se%uens -NA tertentu #ang s,esi7i%/ >n"i* retri%si da,at *engenali

    situs ,engenalan ,ada -NA secara s,esi7i% dan *e*otongn#a secara s,esi7i%/-igesti *eru,a%an ,roses ,e*otongan 7rag*en -NA dengan *engguna%an suatu

    en"i* %husus #aitu en"i* restri%si/ >n"i* restri%si #ang diguna%an #aitu en"i* restri%si

    endonu%lease #ang a%an *engenali dan *e*otong 7rag*en -NA ,ada se%uens #ang

    s,esi7i%/ (rag*en #ang di,otong a%an digabung%an dengan suatu 7rag*en -NA lain

    #ang ber,eran sebagai ve%tor/ e%tor *eru,a%an *ole%ul -NA #ang da,at bere,li%asi

    secara autono* #ang a%an *e*7asilitasi ,roses *ani,ulasi dan identi7i%asi *ole%ul

    -NA re%o*binan #ang terbentu% $lug J Cu**ings. 14/

    n"i* restri%si ti,e 9 *engenali suatu -NA ,ada suatu

    lo%asi secara aca% ,ada bebera,a ara% dari situs ,engenalann#a/ >n"i* restri%si ti,e 99

    *engenali suatu se%uens s,esi7i% dan *e*otong dengan te,at %edua untai di dala*

    se%uens/ >n"i* ti,e ini. situs ,engenalann#a beru,a ,alindro*i% #ang *e*baca secara

    sa*a arah 5T %e 3T ,ada untai %o*,le*enter/ >n"i* restri%si ti,e 999 *engenali urutan

    -NA #ang s,e7isi% dan *e*otong di de%at situs ,engenalann#a. biasan#a se%itar 25 b,/

    -ari 3 enis. en"i* ti,e 99 #ang sering diguna%an ,ada te%ni% geneti%a/ +atu diantaran#a

    en"i* #ang dite*u%an berasal dari >/coli dan telah diberi na*a >coR9 'ierce. 2002/

    II# PRINSIP

    'e*otongan 7rag*en -NA *engguna%an en"i* restri%si #aitu en"i* restri%si

    endonu%lease #ang a%an *engenali dan *e*otong 7rag*en -NA ,ada se%uens #ang

    s,esi7i%/ +itus ,engenalann#a beru,a ,alindro*i% #ang *e*baca secara sa*a arah 5T %e

    3T ,ada untai %o*,le*enter dan *enghasil%an ,otongan uung %ohesi7  sticky end  dan

    uung rata 'lunt end /

    III# TU0UAN

    'e*otongan -NA 'las*id dengan en"i* restri%si bertuuan untu% *e*,eroleh

    7rag*en -NA ,las*id #ang tergolong *enadi linier agar sia, untu% disisi,i dengan

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    16/23

    7rag*en -NA sisi,an/ n"i* endonu%lease restri%si >R@ a*!9. >coR9

    c/ u77er *asing*asing >R 

    d/ d!2 steril atau 1 ,! 8e/ +tandar u%uran *ole%ul -NA

    Al(%

    a/ 'i,et *i%ro 020 =l b/ 'i,et *i%ro 20200 =l

    c/

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    17/23

    A$il DNA !UC-3 2 4l" as%kkan ke ta$%ng ikro

    Mas%kkan en5i restriksi

     Ta$a#kan 2 4l -0* $%6er

     Ta$a#kan dH27 steril 8 4l

    Ink%$asikan !ada .9oC: ini% 2 ;a

    2/ 9n%ubasi%an ,ada 3)oCF *ini*u* 2 a*/ 9ngat tida% se*ua en"i* restri%si o,ti*u*

     ,ada suhu 3)oC/ sela*a *enunggu in%ubasi. sia,%an gel/3/

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    18/23

    II# PEMBAHASAN

    >n"i* restri%si #ang diguna%an ,ada ,ra%ti%u* ini adalah >coR9 dan a*!9/

    >n"i* >coR9 *e*otong -NA ,ada bagian #ang urutan basan#a adalah GAA

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    19/23

    'e*otongan 7rag*en -NA *engguna%an en"i* restri%si #aitu en"i* restri%si

    endonu%lease #ang a%an *engenali dan *e*otong 7rag*en -NA ,ada se%uens #ang

    s,esi7i%/ >n"i* >coR9 *e*otong -NA ,ada bagian #ang urutan basan#a adalah

    GAA

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    20/23

    dengan uung tu*,ul 'lunt end /

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    21/23

    DNA =ektor

     Ta$a#kan DNA Sisi!an

     T8 DNA Ligase - 4l

     Ta$a#kan 8 4l -0?-

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    22/23

    II# PEMBAHASAN

    'ada ,ra%ti%u* ligasi. en"i* #ang diguna%an untu% ligasi adalah n"i* ini *eng%atalisasi ,e*bentu%an

    i%atan %ovalen antara gula dengan 7os7at dari nu%leotida #ang berde%atan. sehingga

    terbentu% i%atan ,hos,odiester di*ana satu nu%leotida *e*ili%i uung 5T ,hos,hate

     bebas dan nu%leotida lain *e*ili%i uung 3T gugus hidro%sil/ Ligasi berhasil bila %eduauung 7rag*en -NA #ang a%an disa*bung%an ber%o*,le*en/

    &e%anis*e

  • 8/18/2019 Laporan Praktikum Bioteknologi Ligasi, Digesti.docx

    23/23

    se%itar 8/ :i%a dilarut%an dala* d!2 ada ,eluang untu% berubahn#a ,!/ 9ni da,at teradi

    %arena -NA dan RNA *e*ili%i si7at asa* le*ah. #ang dala* a%tu la*a da,at

    *en#ebab%an degradasi -NA;RNA/

    III# KESIMPULAN

    Ligasi *eru,a%an ,en#a*bungan dua uung -NA #ang se*ulan#a ter,otong oleh

    en"i* ligase/ >n"i* ligase #ang diguna%an adalah ngleood cli77s/

    &ali%. A/ 2016/ Protokol era Bioteknologi/ -e,o%@ Laboratoriu* &i%robiologi dan

    iote%nologi (a%ultas (ar*asi Dniversitas 9ndonesia/

    'ierce. A/ 2002/ !E&E4"C, * Conceptual *pproach$ 5th Ed / 'a,erbac%/