Jelaskan apa yang dimaksud ikatan peptida?

Jawab :

Peptida merupakan molekul yang terbentuk dari dua atau lebih asam amino. Jika jumlah asam amino masih di bawah 50 molekul disebut peptida, namun jika lebih dari 50 molekul disebut dengan protein. Asam amino saling berikatan dengan ikatan peptida. Ikatan peptida terjadi jika atom nitrogen pada salah satu asam amino berikatan dengan gugus karboksil dari asam amino lain. Peptida terdapat pada setiap makhluk hidup dan berperan pada beberapa aktivitas biokimia. Peptida dapat berupa enzim, hormon, antibiotik, dan reseptor.

Ikatan peptida adalah jenis ikatan kovalen yang hanya ditemukan dalam molekul protein. Ikatan ini menyatukan asam amino sama untuk menciptakan rantai peptida, yang kemudian bergabung bersama-sama untuk membentuk protein. Membentuk ikatan kovalen ketika satu atom dalam molekul berbagi satu, dua atau tiga elektron dengan sebuah atom dari molekul lain. Jenis ikatan yang kuat dan bisa sulit untuk mematahkan.

Semua protein terbuat dari rantai asam amino ikatan yang bersama-sama dalam cara yang sangat spesifik. Sebagian besar asam amino memiliki gugus karboksil tunggal (-COOH) di satu sisi dan gugus amino (NH2-) di sisi lain. Asam amino yang berdekatan dapat membentuk ikatan peptida ketika satu kelompok asam karboksil yang bergabung dengan gugus amino yang lain.

Ketika ikatan peptida terbentuk antara asam amino, molekul air hilang. Jenis reaksi ini disebut reaksi kondensasi. Molekul air (H2O) yang dibuat oleh hilangnya hidroksil (OH-) dari gugus karboksil dan atom hidrogen (H) dari gugus amino. Fakta bahwa semua asam amino ikatan bersama-sama dengan cara ini adalah salah satu faktor yang menentukan bentuk protein yang dibuat.

Ikatan peptida tunggal terjadi antara masing-masing pasangan asam amino. Protein juga disebut polipeptida seperti yang sering terdiri dari puluhan bahkan ratusan asam amino yang telah bergabung bersama menjadi rantai peptida. Ini berarti bahwa protein mengandung banyak ikatan peptida.

Untuk memecahkan ikatan peptida, reaksi hidrolisis – kebalikan dari reaksi kondensasi – harus terjadi. Reaksi hidrolisis terjadi ketika membelah protein menjadi rantai peptida, atau peptida menjadi asam amino tunggal. Dalam hidrolisis, molekul air ditambahkan ke ikatan peptida, menyebabkan air untuk membagi. Gugus hidroksil (OH-) menempel pada gugus karboksil satu asam amino, dan atom hidrogen (H) menempel pada gugus amino yang lain.

Ikatan peptida sangat stabil, yang berarti mereka sulit untuk pecah. Hal ini penting bagi protein, karena mereka memainkan peran penting dalam sebagian besar makhluk hidup. Sebagai contoh, protein yang disebut enzim mengontrol hampir semua reaksi kimia dalam makhluk hidup. Juga, bentuk protein sangat penting untuk seberapa baik yang berfungsi protein. Urutan asam amino yang membentuk protein, serta kekuatan ikatan peptida, merupakan faktor dalam menentukan dan mempertahankan bentuk dari setiap jenis tertentu protein.

Pembentukan ikatan peptida

Sitosin adalah salah satu dari empat basa utama yang ditemukan dalam DNA (asam deoksiribonukleat) dan RNA (ribonucleic acid), bersama dengan adenin, guanin, dan timin. Sitosin adalah salah satu dari 5 basa nitrogen yang melekat pada gula 5 karbon, pentosa dan gugus fosfat untuk membuat nukleotida. Nukleotida adalah molekul kompleks yang merupakan blok bangunan untuk DNA dan RNA. Setiap nukleotida memiliki tiga bagian-gula lima karbon, gugus fosfat dan basa organik. Ada 2 variasi gula, tergantung pada apakah nukleotida dalam molekul DNA atau RNA. Salah satu dari lima basa organik yang berbeda dapat melekat pada setiap nukleotida-adenin, sitosin, guanin, timin atau urasil. Sitosin, guanin dan adenin ditemukan di kedua molekul RNA dan DNA, sedangkan timin hanya pada DNA dan urasil hanya pada RNA. Artikel berikut akan mengulas:

1. Bagaimana Sejarah Sitosin?2. Bagaimana pembagian basa?3. Apa itu pasangan basa?4. Apa arti penting dari pasangan basa spesifik?5. Bagaimana struktur mempengaruhi ikatan basa?6. Apa urutan basa bertanggung jawab?

Bagaimana Sejarah Sitosin?

Sitosin ditemukan oleh Albrecht Kossel pada tahun 1894 ketika dihidrolisis dari jaringan betis timus (organ khusus dari sistem kekebalan tubuh). Hidrolisis adalah reaksi kimia di mana molekul-molekul air terpecah menjadi ion hidrogen (H +) dan ion hidroksida (OH-). Sebuah Struktur diusulkan pada tahun 1903, dan disintesis dan dengan demikian dikonfirmasi di laboratorium pada tahun yang sama.

Bagaimana Basa dibagi?

Basa dibagi menjadi dua kelompok yang berbeda. Kedua kelompok berbeda dalam struktur dasar mereka. Kedua basa disebut basa nitrogen sebagai cincin mengandung atom nitrogen dan karbon. Mereka adalah:

Basa Purin: Adenin dan guanin adalah basa purin. Basa purin terdiri dari dua cincin atom. Purin adalah senyawa organik heterosiklik. Senyawa heterosiklik adalah

senyawa yang memiliki atom setidaknya dua elemen yang berbeda sebagai anggota cincin nya.

Basa Pirimidin: Timin dan urasil adalah basa pirimidin. Basa pirimidin terdiri dari hanya satu cincin. Pirimidin juga merupakan senyawa organik heterosiklik yang mengandung atom nitrogen 2 di posisi 1 dan 3 cincin dengan enam anggota.

Apa itu Pasangan basa?

Basa selalu berpasangan dengan satu basa lainnya. Basa Purin  berikatan dengan hanya basa pirimidin. Basa purin tidak pernah ikatan dengan basa purin lain dan basa pirimidin tidak pernah berikatan dengan basa pirimidin lainnya. Secara khusus, sitosin selalu berpasangan dengan guanin dan adenin berpasangan dengan timin atau urasil, tergantung pada apakah dalam molekul DNA atau RNA. Pasangan ini dikenal sebagai “pasangan basa spesifik”.

Apa arti penting dari pasangan basa spesifik?

Pasangan basa tertentu membuat molekul lebih banyak dan bahkan stabil. Dengan memiliki basa purin hanya berikatan dengan basa pirimidin, jarak antara 2 untai molekul DNA akan seragam, seperti cincin ganda dan cincin tunggal. Jika basa purin adalah untuk ikatan dengan basa purin lain, hasilnya akan menjadi cincin ganda terikat pada cincin ganda. Jika basa pirimidin adalah untuk ikatan dengan basis pirimidin lain, cincin tunggal akan terikat pada cincin tunggal. Jika hal ini terjadi, struktur molekul DNA tidak akan bahkan, itu akan menekuk dan keluar tergantung pada apa basa yang dipasangkan.

Bagaimana struktur mempengaruhi ikatan basa?

Pasangan yang spesifik ditentukan oleh struktur masing-masing basa. Struktur mempengaruhi seberapa baik ikatan basa bersama-sama dan jumlah ikatan hidrogen yang terbentuk. Ketika sitosin berikatan dengan guanin, tiga ikatan hidrogen terbentuk antara dua basa tersebut. Di sisi lain, ketika ikatan adenin dengan timin atau urasil, hanya dua ikatan hidrogen terbentuk.

Hanya ini pasangan basa yang mampu membentuk ikatan hidrogen yang dibutuhkan dalam molekul DNA.

Apa urutan basa bertanggung jawab?

Urutan basa sepanjang molekul DNA membentuk kode untuk menginstruksikan sel untuk membuat protein tertentu, atau gen. Tiga kode basa untuk asam amino tertentu, sebagai bahan penyusun bangunan protein. Urutan menemukan apakah asam amino yang akan bergabung dalam kerangka. Sebuah protein dalam sel memutuskan struktur sel dan fungsi, sehingga basa nitrogen membawa kode genetik untuk Anda.

STRUKTUR ASAM NUKLEAT awalnya, banyak sekali pertanyaan-pertanyaan yang mau saya tenyakan pada pembahasan asam nukleat. krn materi ini dulu saya anggap agak ribet...apalagi tentang DNA, bgmna bisa jadi dobel helix lah,,knp namanya ada kata asam,,apa prbdan antara DNA dan RNA,,dan msh bnyak yang saya bingungkan... Tapi, setelah konsul sama dosen plus om gugel,,baru tau deh...ternyata gampang gan!..:) pertama, dinamakan asam nukleat, kata "asam" karena gugus fosfat pada struktur asam nukleat menyumbangkan sifat asam yang pada keadaan netral akan mudah melepaskan proton (H+)nya sehingga sering disebut anion asam kuat (pada keadaan tertentu, fosfat akan bermuatan 4-). sedangkan kata Nukleatnya, karena kebanyakan asam nukleat berada pada inti sel (nukleus)... Komponen asam nukleat adalah 1. Gula ribosa

Gula dalam asam nukleat adalah jenis gula aldopentosa yakni Ribosa,,bisa dilihat struktur pada gambar. struktur Hawort (siklik)nya menunjukkan posisi beta-Furanosa (beta untuk posisi OH yang diatas, Furanosa untuk siklik dari 5 atom karbon)...PERHATIKAN untuk C2 nya, disitulah letak perbedaan dari tiap jenis asam nukleat (DNA & RNA). untuk RNA sama seperti gambar tadi, namun untuk DNA agak sedikit berbeda, dimana pada atom C2 nya kehilangan atom O nya sehingga yang ada hanya subtituen H nya saja, itulah dinamakan gula DEOKSIribosa.

2. Basa Nitrogen Nah, ini yang agak ribet dikit... Basa nitrogen seperti yang kita tau adalah Purin dan Pirimidin.

basa Purin misalnya. berasan dari senyawa heterosiklik yang terdiri dari 2 gabungan siklik (namanya bisiklik). sedangkan Pirimidin juga termasuk dalam snyawa heterosiklik, namun pirimidin ini berasal dari turunan Piridin yang ditambahkan 1 atom N (kalo piridin hanya 1 atom N nya). Purin punya turunan lagi, yakni Adenin dan guanin yang berbeda dari strukurnya, begitu juga pirimidin yang terdiri dari timin, uracil, dan sitosi.

masing2 basa purin dan pirimidin akan saling berpasangan, seperti adenin akan selalu berpasangan dengan timin pada DNA dan dengan Uracil pada RNA. sedangkan guanin "setia"dengan sitosin baik di DNA maupun RNA. Nah, kenpa hal itu terjadi?? kenapa adenin tidak brpsangan dengan timin atau hanya uracil saja, kenapa harus berbeda2 pasangan di tiap jenis asam nukleat? hehehe, hal ini karena mereka sudah berjodoh satu sama lain, dalam hal ini masing2 pasangan akan saling membentuk kestabilan oleh adanya ikatan hidrogen yang menghubungkan keduanya. dan juga sdh ada enzim2 tertentu yang bekerja pada masing2 jenis asam nukleat, sehingga bila pasangannya "tertukar" enzim yang bekerja secara otomatis akan berhenti. 3. Gugus fosfat Inilah yang menentukan sifat asam pada asam nukleat....

yang dikotak ungu itulah fosfatnya... pada keadaan netral, ia akan sangat mudah melepaskan protonnya. makin mudah melepaskan protonnya, semakin asam. sehingga disebut juga sebagai anion asam kuat. Nah,,, sudah tau komponennya....Sekarang, gimana sih caranya mereka berikatan? lihat gambarnya cin...

Fosfatnya, berikatan dengan atom C5 nya, dan atom C3 dari nukleotida sebelumnya atau sesudahnya. ini disebut sebagai ikatan fosfodiester, dimana ikatan ini menghubungkan nukleotida 1 dengan lainnya. Nukleotida adalah unit molekul dari asam nukleat yang terdiri dari fosfat, basa N, dan gula. nukleosida adalah unit molekul as. nukleat yang terdiri dari gula dan basa N saja. untuk Basa N, pada Purin akan berikatan pada atom N9 nya dengan atom C1 dari gula. sedangkan Pirimidin berikana pada N1 nya dengan atom C1 pada gula dengan membentuk ikatan N-glikosida (nukleosida). trus, kalo udah berikatan, struktur primernya kayak gini nih...

pada ujung atas, berakhir pada C5 dan ujung bawah berakhir pada C3. ini berguna dalam penulisn sekuensing asam nukleat. itulah disebut sebagai ujung 5'-3'... nah,,kalo RNA kayak gitu aje struktrnya...cz RNA hanya trdiri dari 1 rantai aja...tapi klo yang rantai ganda kayak DNA, berarti 2 rantai yang dihubungkan dengan ikatan hidrogen...

now...bisa dilihat, pasangan adenin timin hanya 2 rangkap ikatan hidrogen, krn pada strukturnya tdk memungkinkan untuk membentuk 3 rangkap seperti pasangan guanin sitosin. dilihat dari jaraknya antara O dan H apada pasangan adenin timin, sangat jauh. sehingga tidak memungkinkan adanya interaksi. so,,, dobel heliksnya...

nah, untaian yang saling melilit ini, menyumbangkan kestabilan dan memperdekat jarak (rise) antara pasang2 basanya, sehingga bisa menjadi utuh... untaian ganda ini juga disusun secara anti paralel, pada rantai 1 dari 5'-3' dan rantai 2 dari 3'-5'. kenapa?? hal ini dimaksudkan untuk memasangkan basa2 N nya. kalo dipasang secara paralel tidak akan bertemu dengan pasangan2nya masing2. huuufft....akhirnya....secara g langsung, kita udah bisa bedain antara DNA & RNA nih cin..

Mengenal Empat Jenis Basa Nitrogen. Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal sebagai DNA, adalah materi genetik yang menentukan bentuk dan keragaman kehidupan. DNA merupakan polimer yang terikat dengan nukleotida yang berbasis nitrogen yang terikat pada gula lima karbon yang disebut deoksiribosa. Variasi menghasilkan polimer secara kimiawi berbeda hanya dalam basa nitrogen. Basa “purin” adalah adenin dan guanin, basa pirimidin adalah sitosin dan timin, dan diwakili secara kimiawi dengan inisial mereka, A, G, C dan T.

Basa Nitrogen

Adenin

Adenin adalah molekul organik yang ditemukan dalam DNA, asam ribonukleat (dikenal sebagai RNA) dan adenosine trifosfat, lebih umum dikenal sebagai ATP. Ini adalah purin, cincin 6-anggota yang berikatan dengan 5 anggota cincin pirimidin. Dalam DNA, ikatan ini dengan timin, membuat struktur yang akrab disebut double-helix. Penempatan dalam struktur yang menentukan keanekaragaman hayati. Di ATP, memungkinkan gugus fosfat untuk melampirkan molekul, untuk melepaskan energi yang digunakan oleh sel-sel organik.

Guanin

Guanin adalah basa purin ditemukan di kedua DNA dan RNA yang berikatan eksklusif dengan sitosin membentuk ribonukleosida disebut guanosin atau deoksiribosa membentuk deoxyguanosine. Senyawa ini dapat ditemukan sebagai bagian dari struktur membran sitoplasma. Hal ini juga dapat ditemukan dalam guanosin trifosfat, GTP, di mana ia membantu dalam proses seluler seperti regulasi pertumbuhan, transduksi sinyal, dan transportasi protein.

Timin

Timin adalah basa pirimidin ditemukan dalam DNA yang berikatan dengan adenin. Ketika dikombinasikan dengan deoksiribosa, ia menciptakan thymadine nukleosida, yang terlibat dalam transfer dan preservasi dan informasi genetik. Hal ini juga terlibat dalam biosintesis. Timin juga dapat terikat dengan fosfat untuk membuat monofosfat, difosfat atau trifosfat.

Sitosin

Sitosin adalah basa nitrogen berbentuk piramida yang  berikatan dengan guanin di RNA dan DNA sebagai nukleotida dan fungsi sebagai bagian dari kode genetik. Namun, tidak stabil dan dapat berubah menjadi urasil. Hal ini juga dapat ditemukan dalam senyawa fosfat. sitosin Trifosfat dapat berfungsi sebagai co-enzim. Sitosin dapat mengubah adenosin difosfat, atau ADP, menjadi adenosin trifosfat, ATP dengan mentransfer fosfat.

Mengapa sekuen Basa Nitrogen Penting?

Seluruh kode genetik Anda terkandung pada DNA dan RNA dalam sel Anda. Kode ini mendefinisikan siapa Anda dan apa yang membuat Anda unik, seperti sifat-sifat pribadi Anda. Kode juga berisi petunjuk untuk pembuatan segala tubuh Anda butuhkan. Kode genetik yang luas dilakukan dengan urutan unik hanya lima basa nitrogen.

Basa nitrogen

Semua informasi genetik dikodekan menggunakan guanin, sitosin, adenin, timin dan urasil. Guanin dan adenin disebut purin, memiliki struktur cincin atom ganda  yang lebih besar. Sitosin, timin dan urasil disebut pirimidin, menampilkan struktur atom tunggal cincin kecil. Timin ditemukan dalam asam deoksiribonukleat (DNA), sementara urasil terjadi dalam asam ribonukleat (RNA). Ini basa nitrogen menggabungkan dengan pentosa, gula lima karbon, dan fosfat untuk membentuk nukleotida.

Struktur DNA dan RNA

DNA dan RNA merupakan rantai nukleotida. Dasar tersebut dikelompokkan menjadi tiga, yang disebut kodon, dan merupakan dasar untuk asam amino atau fungsi kontrol. Sebanyak 64 kemungkinan kombinasi (4 x 4 x 4) dari kodon yang mungkin, yang mewakili 61 kodon asam amino dan 3 kodon terminasi. 61 kodon asam amino menentukan 20 asam amino, bahan bangunan kehidupan. Urutan berfungsi sebagai cetak biru untuk pembuatan protein tertentu. Misalnya, protein insulin terdiri dari rantai 51 kodon asam amino yang mewakili 17 asam amino yang berbeda. Kodon terminasi menandakan akhir dari kode protein.

Sintesis protein

Organisme hidup harus memproduksi protein untuk bertahan hidup. Proses ini dimulai dengan penciptaan salinan bagian dari DNA, disebut RNA. MRNA ini merupakan cetak biru untuk membangun satu atau lebih protein. Ketika sel perlu untuk mensintesis protein, mRNA yang mengandung protein yang sesuai kode keluar nukleus dan link dengan ribosom. Ribosom RNA membentuk lokasi konstruksi, atau struktur pabrik. RNA transfer membaca mRNA dan memberikan asam amino yang tepat, seperti yang didefinisikan oleh urutan kodon. Ini rRNA kemudian ikatan ini asam amino bersama-sama, memproduksi rantai protein.

Angka Genetik

Sel manusia mengandung 23 pasang kromosom, masing-masing mewakili sebuah untai DNA. Setiap untai DNA mengandung miliaran basa nukleotida. Ini nukleotida merupakan kode genetik untuk memproduksi sekitar 30.000 sampai 75.000 protein yang berbeda. Setiap kode protein individu merupakan gen, dan dapat terdiri dari lebih dari 38.000 kodon, atau 114.000

basa nukleotida. Misalnya, protein terpanjang dikenal dalam tubuh manusia, yang disebut titin atau connectin, mengandung rantai asam amino 38.138 – masing terdiri dari tiga basa nukleotida. Fungsi dari sistem genetik manusia sangat besar dan kompleks sepenuhnya tergantung pada urutan yang tepat dari awal lima basa nitrogen.