ringkasan thesis dewi purnama -...

Achmad Farajallah | RINGKASAN THESIS DEWI PURNAMACopyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/ringkasan-thesis-dewi-purnama/

RINGKASAN THESIS DEWI PURNAMA

Dewi Purnama, Neviaty P. Zamani, Achmad Farajallah. 2010. Polyandry Study OnGreen Sea Turtle (Chelonia mydas) Through Microsatellite DNA. Thesis of MagisterScience, Postgraduate Program Bogor Agricultural University.

ABSTRACT

Sea turtle are included in the group of animals who generally breeds with manymales or called polyandry, including green turtle (Chelonia mydas). DNApolymorphism method generally considered to have a high degree of accuracy,compared to other methods. In this research, 3 microsatellite loci were used toidentify the number and frequency of genotypes per locus, the number andfrequency alleles per locus, genotypes each turtle in the nest, and the number ofalelles in the nest. The purpose of this research was to study the reproductivepattern of Chelonia mydas parent and compensatition eggs (males) fromhatchlings/turtle population generated in turtle conservation area of pangumbahanCoastal Park, Sukabumi Regency, West Java Province. The result of the researchshowed that, of the number that existed in each nest was found that 3 nest on locusD108, and 1 nest on locus C102 had ≥ 5 alleles. It can be assumed that there wereat least 2 fathers in the nest. Thus proved that Green Sea Turtle parents breed withmany males (polyandry).

Keywords: Chelonia mydas, Polyandry, Microsatellite Loci, Genotipe, Allele

RINGKASAN

page 1 / 9


Penyu adalah nama umum untuk anggota ordo Testudines (Reptilia) yang hidup dilaut. Penyu mempunyai kemampuan untuk menyimpan sperma, bahkan spermamusim kawin sebelumnya masih bisa membuahi telur yang baru. Dengan kata lain,proses mounting atau deposisi sperma oleh penyu jantan tidak segera diikutidengan fertilisasi. Untuk mencapai daerah perkawinan dan peneluran, penyuseringkali harus menempuh perjalanan sejauh 3000 km. Ada peluang penyumelakukan perkawinan dengan lebih dari 1 jantan.

Untuk mempelajari pola perkawinan pada induk, dapat dilakukan denganmenganalisis DNA mikrosatelit atau ruas DNA pendek berulang. Alel-alel dalamsetiap lokus mikrosatelit bersifat polimorfik dan kodominan. Pola pewarisan alelDNA mikrosatelit mengikuti hukum pewarisan Mendel. Dengan begitu analisisterhadap jenis-jenis alel DNA mikrosatelit bisa digunakan untuk mempelajariberbagai fenomena perkawinan penyu.

Tujuan penelitian ini adalah mempelajari pola reproduksi pada induk Cheloniamydas dan kompensasi telur (pejantan) dari tukik/populasi penyu yang menetas diKawasan Konservasi Penyu Taman Pesisir Pangumbahan Kabupaten SukabumiProvinsi Jawa Barat. Hasil penelitian ini diharapkan bisa menjadi salah satu sumberinformasi tentang poliandri dan genetik mikrosatelit pada penyu.

Bahan yang digunakan adalah 48 sampel jaringan tukik yang baru keluar darisarang sebanyak 4 sarang dan masing-masing diambil 12 sampel per sarang.Pengambilan sampel dilakukan di kawasan Konservasi Penyu Taman PesisirPangumbahan Kabupaten Sukabumi Provinsi Jawa Barat. Ekstraksi dan isolasi DNAdari sampel jaringan tukik menggunakan metode fenol mengikuti metode standarSambrook et al. (1989). Amplifikasi dilakukan menggunakan metode PCR.Visualisasi produk PCR DNA Mikrosatelit dilakukan menggunakan metode polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE) 8% yang dilanjutkan dengan pewarnaansensitif perak. Pita-pita DNA yang muncul di atas gel poliakrilamida kemudiandiskors sebagai alel. Pita DNA yang bermigrasi paling cepat pada suatu lokusdisebut alel a, kemudian berturut-turut alel b, c, dan seterusnya.

Semua sampel yang berhasil diamplifikasi bersifat polimorfik. Lokus D108 memilikikeragaman genotip dan alel tertinggi, yaitu 18 genotip dan 11 alel, kemudian diikutilokus B103 dan C102 masing-masing 13 dan 14 genotip, dan masing-masing 9 alel.

page 2 / 9


Hasil analisis keragaman menunjukkan bahwa lokus mikrosatelit D108 memilikikeragaman yang tinggi pada sarang 1, 3, dan 4 sedangkan pada sarang 2 tidak.Pada lokus B103 hanya sarang 3 yang memiliki keragaman tinggi dan pada lokus C102 hanya sarang 2 yang memiliki keragaman tinggi, diketiga sarang lainkeragaman rendah hal ini dikarenakan adanya dominasi genotip homozigot. Analisiskesetimbangan populasi menunjukkan alel mikrosatelit D108 pada sarang 1, 3, dan4 dalam keadaan setimbang, sedangkan sarang 2 tidak dalam keadaan setimbang.Alel mikrosatelit B103 hanya sarang 3 dalam keadaan setimbang sedangkan tigasarang lainnya tidak. Sedangkan alel mikrosatelit C102 sarang 1 dan 2 yang beradadalam keadaan setimbang.

Komposisi alel antar sarang menunjukkan adanya alel sharing. Untuk lokus D108sebanyak 36.36% merupakan alel sharing diantara keempat sarang, alel bmerupakan alel sharing antar sarang 1 dan 2, alel f antar sarang 2, 3, dan 4,sedangkan alel e, f, dan g antar sarang 3 dan 4. Selanjutnya untuk lokus B103sebanyak 33.33%, alel d merupakan alel sharing antar sarang 1 dan 2, sedangkanalel f antar sarang 1, 2, dan 3. Sedangkan untuk lokus C102 sebanyak 66.67%, aleld, e, f, dan g merupakan alel sharing antar sarang 1 dan 2, sedangkan alel b dan cantar sarang 3 dan 4.

Sebagian sarang pada tiga lokus yang diamati mempunyai ≥ 5 alel, dan sebagiansarang yang lain mempunyai ≤ 4 alel. Dengan demikian apabila dalam satu sarangditemukan ≤ 4 alel maka diasumsikan dalam sarang tersebut mempunyai satubapak. Apabila dalam satu sarang terdapat ≥ 5 alel maka diasumsikan minimalmempunyai dua bapak. Berdasarkan genotip atau kombinasi alel tiap lokusmenunjukkan bahwa sistem perkawinan penyu betina adalah poliandri atau kawindengan banyak jantan.


ABSTRACT

Sea turtle are included in the group of animals who generally breeds with manymales or called polyandry, including green turtle (Chelonia mydas). DNApolymorphism method generally considered to have a high degree of accuracy,compared to other methods. In this research, 3 microsatellite loci were used to

page 3 / 9


identify the number and frequency of genotypes per locus, the number andfrequency alleles per locus, genotypes each turtle in the nest, and the number ofalelles in the nest. The purpose of this research was to study the reproductivepattern of Chelonia mydas parent and compensatition eggs (males) fromhatchlings/turtle population generated in turtle conservation area of pangumbahanCoastal Park, Sukabumi Regency, West Java Province. The result of the researchshowed that, of the number that existed in each nest was found that 3 nest on locusD108, and 1 nest on locus C102 had ≥ 5 alleles. It can be assumed that there wereat least 2 fathers in the nest. Thus proved that Green Sea Turtle parents breed withmany males (polyandry).


RINGKASAN



Tujuan penelitian ini adalah mempelajari pola reproduksi pada induk Chelonia

page 4 / 9


mydas dan kompensasi telur (pejantan) dari tukik/populasi penyu yang menetas diKawasan Konservasi Penyu Taman Pesisir Pangumbahan Kabupaten SukabumiProvinsi Jawa Barat. Hasil penelitian ini diharapkan bisa menjadi salah satu sumberinformasi tentang poliandri dan genetik mikrosatelit pada penyu.

Bahan yang digunakan adalah 48 sampel jaringan tukik yang baru keluar darisarang sebanyak 4 sarang dan masing-masing diambil 12 sampel per sarang.Pengambilan sampel dilakukan di kawasan Konservasi Penyu Taman PesisirPangumbahan Kabupaten Sukabumi Provinsi Jawa Barat. Ekstraksi dan isolasi DNAdari sampel jaringan tukik menggunakan metode fenol mengikuti metode standarSambrook et al. (1989). Amplifikasi dilakukan menggunakan metode PCR.Visualisasi produk PCR DNA Mikrosatelit dilakukan menggunakan metode polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE) 8% yang dilanjutkan dengan pewarnaansensitif perak. Pita-pita DNA yang muncul di atas gel poliakrilamida kemudiandiskors sebagai alel. Pita DNA yang bermigrasi paling cepat pada suatu lokusdisebut alel a, kemudian berturut-turut alel b, c, dan seterusnya.



Komposisi alel antar sarang menunjukkan adanya alel sharing. Untuk lokus D108sebanyak 36.36% merupakan alel sharing diantara keempat sarang, alel bmerupakan alel sharing antar sarang 1 dan 2, alel f antar sarang 2, 3, dan 4,sedangkan alel e, f, dan g antar sarang 3 dan 4. Selanjutnya untuk lokus B103sebanyak 33.33%, alel d merupakan alel sharing antar sarang 1 dan 2, sedangkanalel f antar sarang 1, 2, dan 3. Sedangkan untuk lokus C102 sebanyak 66.67%, alel

page 5 / 9


d, e, f, dan g merupakan alel sharing antar sarang 1 dan 2, sedangkan alel b dan cantar sarang 3 dan 4.



ABSTRACT

Sea turtle are included in the group of animals who generally breeds with manymales or called polyandry, including green turtle (Chelonia mydas). DNApolymorphism method generally considered to have a high degree of accuracy,compared to other methods. In this research, 3 microsatellite loci were used toidentify the number and frequency of genotypes per locus, the number andfrequency alleles per locus, genotypes each turtle in the nest, and the number ofalelles in the nest. The purpose of this research was to study the reproductivepattern of Chelonia mydas parent and compensatition eggs (males) fromhatchlings/turtle population generated in turtle conservation area of pangumbahanCoastal Park, Sukabumi Regency, West Java Province. The result of the researchshowed that, of the number that existed in each nest was found that 3 nest on locusD108, and 1 nest on locus C102 had ≥ 5 alleles. It can be assumed that there wereat least 2 fathers in the nest. Thus proved that Green Sea Turtle parents breed withmany males (polyandry).

page 6 / 9



RINGKASAN



Tujuan penelitian ini adalah mempelajari pola reproduksi pada induk Cheloniamydas dan kompensasi telur (pejantan) dari tukik/populasi penyu yang menetas diKawasan Konservasi Penyu Taman Pesisir Pangumbahan Kabupaten SukabumiProvinsi Jawa Barat. Hasil penelitian ini diharapkan bisa menjadi salah satu sumberinformasi tentang poliandri dan genetik mikrosatelit pada penyu.

Bahan yang digunakan adalah 48 sampel jaringan tukik yang baru keluar darisarang sebanyak 4 sarang dan masing-masing diambil 12 sampel per sarang.Pengambilan sampel dilakukan di kawasan Konservasi Penyu Taman PesisirPangumbahan Kabupaten Sukabumi Provinsi Jawa Barat. Ekstraksi dan isolasi DNAdari sampel jaringan tukik menggunakan metode fenol mengikuti metode standarSambrook et al. (1989). Amplifikasi dilakukan menggunakan metode PCR.

page 7 / 9


Visualisasi produk PCR DNA Mikrosatelit dilakukan menggunakan metode polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE) 8% yang dilanjutkan dengan pewarnaansensitif perak. Pita-pita DNA yang muncul di atas gel poliakrilamida kemudiandiskors sebagai alel. Pita DNA yang bermigrasi paling cepat pada suatu lokusdisebut alel a, kemudian berturut-turut alel b, c, dan seterusnya.



Komposisi alel antar sarang menunjukkan adanya alel sharing. Untuk lokus D108sebanyak 36.36% merupakan alel sharing diantara keempat sarang, alel bmerupakan alel sharing antar sarang 1 dan 2, alel f antar sarang 2, 3, dan 4,sedangkan alel e, f, dan g antar sarang 3 dan 4. Selanjutnya untuk lokus B103sebanyak 33.33%, alel d merupakan alel sharing antar sarang 1 dan 2, sedangkanalel f antar sarang 1, 2, dan 3. Sedangkan untuk lokus C102 sebanyak 66.67%, aleld, e, f, dan g merupakan alel sharing antar sarang 1 dan 2, sedangkan alel b dan cantar sarang 3 dan 4.


page 8 / 9


page 9 / 9

ringkasan thesis dewi purnama -...

Documents