troubleshooting pemeriksaan lab...

51
TROUBLESHOOTING PEMERIKSAAN LAB PCR Prof. Dr. Aryati, dr., MS, SpPK(K) Ketua Umum Pengurus Pusat Perhimpunan Dokter Spesialis Patologi Klinik (PDS PatKLIn) Minggu, 10 Mei 2020

Upload: others

Post on 18-Jun-2020

28 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

TROUBLESHOOTING PEMERIKSAAN LAB PCR

Prof. Dr. Aryati, dr., MS, SpPK(K) Ketua Umum Pengurus Pusat

Perhimpunan Dokter Spesialis Patologi Klinik (PDS PatKLIn) Minggu, 10 Mei 2020

2

STRUKTUR CORONAVIRUS

3

STRUKTUR CORONAVIRUS

4

1Kannan et al, 2020. COVID-19 (Novel Coronavirus 2019) – recent trends. European Review for Medical and Pharmacological Sciences. 2020; 24: 2006-2011 2Guan et al. doi: 10.1056/NEJMoa2002032

Ordo : Nidovirales

Family : Coronaviridae

Genus : Beta coronavirus

Subgenus: Sarbecovirus

Coronavirus yang menginfeksi

manusia:

HKU1 (Beta Coronavirus)

OC43 (Beta Coronavirus)

229E (Alpha Coronavirus)

NL63 (Alpha Coronavirus)

SARS-CoV

MERS-CoV

SARS-CoV-2

TARGET GEN RT-PCR SARS-COV-2

5

VIRUS SARS-CoV-2:

• Single-stranded positive sense RNA

• Genome length ∼30,000

nucleotides

• Genom mengkode 27 protein

termasuk RNA-dependent RNA

polymerase (RdRP) dan 4 protein

struktural.

Similaritas dengan:

SARS-CoV : ~80%

MERS-CoV : ~50%

Bat Coronavirus RaTG13 : ~90%

Udugama et al, 2020. doi: 10.1021/acsnano.0c02624

Nama Alat Target Gene

CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV)

Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel 1 N1, N2

Xpert® Xpress SARS-CoV-22 E dan N2

Abbott RealTime SARS-CoV-23 RdRP dan N

STANDARD M nCoV Real-Time Detection kit4 Orf1ab (RdRp) dan E

QIAstat-Dx® Respiratory SARS-CoV25 Orf1b poly gen (RdRp) dan E

Cobas SARS-CoV-26 Orf1a/b dan E

Real-time RT PCR SARS-CoV-2

6

7 Wiendra W, 2020. Strategi Percepatan Diagnosis COVID-19 di Indonesia

8 Wiendra W., 2020. Strategi Percepatan Diagnosis COVID-19 di Indonesia

9 Wiendra W, 2020. Strategi Percepatan Diagnosis COVID-19 di Indonesia

FAKTOR YANG PERLU DIPERHATIKAN PADA PCR COVID-19

1. Waktu pengambilan sampel

2. Jenis spesimen (nasofaring /orofaring swab, sputum, BAL) tingkat positivitas berbeda

3. Persyaratan laboratorium yang dapat mengerjakan PCR (sesuai SE HK.02.01/MENKES/234/2020)

4. Ketersediaan APD, Swab & VTM, Reagen Ekstraksi dan PCR

5. Kompetensi SDM dalam (1). Pengambilan sampel; (2) Ekstraksi; (3) PCR

6. Perbedaan proses ekstraksi: manual/otomatis

7. Perbedaan alat PCR: open/closed system

8. Perbedaan target gen Interpretasi dan keseragaman pelaporan hasil

10

LANGKAH PENGERJAAN

1. Persyaratan Sarana Prasana

• BSL-2

2. APD

• APD Level 3

3. Pre Analitik

• Pengisian formulir

• Pemilihan spesimen

• Swab/VTM

• Penyimpanan spesimen

• Pengepakan & transportasi spesimen

11

4. Analitik

• Open / closed system

5. Pasca Analitik

• Pelaporan hasil

• Interpretasi hasil

BIOSAFETY LEVEL 2 UNTUK PCR OPEN SYSTEM

12

WHO 2004. Laboratory Biosafety Manual 3rd Edition SE No. HK.02.01/MENKES/234/2020

BIOLOGICAL SAFETY CABINET II UNTUK PCR CLOSED SYSTEM

13

Minimal untuk PCR

closed system

BSC IIA

WHO 2004. Laboratory Biosafety Manual 3rd Edition

APD LEVEL 3 LANGKAH PEMASANGAN APD:

1. Mengganti baju dengan baju kerja

2. Menggunakan pelindung sepatu (shoe cover)

3. Memakai sarung tangan dalam

4. Mengenakan jubah (gown) lengan panjang dan sekali pakai yang terbuat dari kain yang telah teruji ketahanannya.

5. Memakai respirator partikulat seperti N95 sertifikasi NIOSH, EU FFP2 atau setara. Ketika mengenakan respirator partikulat disposable, periksa selalu kerapatannya (fit test)

6. Memakai pelindung mata (yaitu kacamata google)

7. Menggunakan headcap (pelindung kepala), bila diperlukan menggunakan face shield

8. Memakai sarung tangan luar, diusahakan menutupi lengan gaun

14 Gugus Tugas Percepatan Penanganan Covid-19. Standar

APD untuk Penanganan Covid-19 di Indonesia

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan

PCR SARS-CoV-2.

15

16

PREANALITIK

17

VIRUS TRANSPOR MEDIA (VTM) ATAU UNIVERSAL TRANSPOR MEDIA (UTM)

18

1. Dapat digunakan dengan beberapa merk komersil yang sudah siap pakai atau dengan mencampur beberapa bahan (Hanks BBS; antifungal dan antibiotik dengan komposisi tertentu) untuk disatukan dalam 1 wadah steril

2. Simpan dalam suhu -20o C. Dalam kondisi beku, VTM berwarna kuning

3. Jika akan digunakan, dicairkan terlebih dahulu

4. Hindari beku cair berulang (freeze-thaw), yang menyebabkan VTM rusak

Catatan:

Perhatikan suhu penyimpanan VTM yang benar (sesuai jenis VTM yang digunakan)

Beberapa VTM harus disimpan pada suhu 2 - 30ºC, jg ada yg pada suhu kamar. Baca insert kit. Swab yang digunakan:

Dakron atau flocked swab, viscous, rayon

TIDAK BOLEH:

Calcium alginat, swab kapas dengan tangkai kayu PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2.

PEMILIHAN JENIS SPESIMEN

19 https://jamanetwork.com/on 04/01/2020

TATA CARA PENGAMBILAN SPESIMEN

20

1. Pastikan tidak ada obstruksi (hambatan

pada lubang hidung).

2. Masukkan secara perlahan swab ke dalam

hidung, pastikan posisi swab pada septum

bawah hidung, secara perlahan-lahan ke

bagian nasofaring.

3. Swab kemudian dilakukan gerak memutar

secara perlahan. Dengan swab yg sama,

lakukan tindakan yang sama pada lubang

hidung yang lain, sehingga diperoleh

spesimen swab nasopharyng dari ke dua

lubang hidung

Lakukan swab pada

lokasi yang diduga

terdapat koplik

spot/bercak koplik

(biasanya belakang

faring) dan hindarkan

menyentuh bagian

lidah

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2.

a) Pasien berkumur terlebih dahulu

dengan air, kemudian pasien

diminta mengeluarkan dahaknya

dengan cara batuk yang dalam.

b) Sputum ditampung pada wadah

steril yang anti bocor.

Catatan: Tidak disarankan

pengambilan sampel sputum dengan

cara induksi karena dapat

menimbulkan risiko infeksi tambahan

bagi petugas kesehatan

Swab Orofaring Sputum Swab Nasofaring

TATA CARA PENGAMBILAN SPESIMEN

21

1. Kemudian masukkan sesegera mungkin ke

dalam cryotube yang berisi VTM

2. Putuskan tangkai plastik di daerah mulut

cryotube agar cryotube dapat ditutup

dengan rapat.

1. Pastikan label kode spesimen sesuai dengan

kode yang ada di formulir/Kuesioner.

2. Cryotube kemudian dililit parafilm dan

masukkan ke dalam Plastik Klip. Jika ada lebih

dari 1 pasien, maka Plastik Klip

dibedakan/terpisah. Untuk menghindari

kontaminasi silang.

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2.

PENYIMPANAN SPESIMEN

1. Untuk pemeriksaan metode TCM:

Disimpan pada suhu ruang (15-30⁰C) spesimen stabil hingga 8 jam

Disimpan pada lemari es (2-8⁰C) spesimen stabil hingga 7 hari

2. Untuk pemeriksaan metode PCR:

Disimpan dalam suhu 2-8oC dan segera dikirimkan ke laboratorium rujukan (dengan menggunakan ice pack).

Disimpan pada freezer ≤ -70⁰C, maka spesimen harus dikirimkan menggunakan dry ice.

22 PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2.

PENGEPAKAN SPESIMEN

23

a) Dilakukan tatalaksana sebagai UN3373,

"Substansi Biologis, Kategori B", ketika akan

diangkut/ditransportasikan dengan tujuan

diagnostik atau investigasi.

b) Semua spesimen harus dikemas untuk mencegah

kerusakan dan tumpahan, dengan menggunakan

tiga lapis (Three Layer Pacakging) sesuai dengan

pedoman dari WHO dan International Air

Transport Association (IATA).

CARA PENGEPAKAN SPESIMEN:

a) Masukkan cryotube berisi

spesimen ke dalam plastik klip

per spesimen. Jika menggunakan

pot maka setiap pot dapat diisi

beberapa cryotube

b) Demikian juga untuk swab, harus

dikirim dalam plastik klip secara

terpisah (per pasien/spesimen)

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2.

PENGEPAKAN SPESIMEN

24

c) Seluruh spesimen dimasukkan ke dalam cool box

berisi ice pack yang terlebih dahulu dibekukan.

Suhu pengiriman dijaga 2-8° C

d) Ice packs sebaiknya ditempatkan pada sisi kiri

kanan (ditambahkan juga bagian atas bawah jika

memungkinkan).

e) Harus dapat dipastikan bahwa spesimen terjaga

kondisi suhunya tetap dingin saat diterima di

laboratorium pemeriksa

f) Jangan lupa masukkan juga formulir kuisioner yang

telah diisi dan diberi label kedalam cool box

dengan terlebih dahulu dimasukkan dalam wadah

plastik

g) Ke dalam cool box juga bisa dimasukkan kertas

pengganjal (bisa berupa kertas koran yang

diremas remas), kemudian ditutup

h) Tutup cool box dengan selotip dan beri label pada

sisi kanan dan atau kiri cool box, yang ditujukan ke

laboratorium pemeriksa PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2.

WAKTU PENGAMBILAN SPESIMEN

25

Kasus Waktu pengambilan Laboratorium pemeriksa

PDP Hari ke-1 dan hari ke-2 serta bila

ada perburukan Sesuai Lampiran 19

Pedoman Pencegahan dan

Pengendalian Coronavirus

Disease (COVID-19)

Kemenkes revisi 04

ODP Hari ke-1 dan hari ke-2 serta bila

ada perburukan

OTG Hari ke-1 dan hari ke-14 serta bila

ada perburukan

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2.

ANALITIK

26

GENERAL MOLECULAR BIOLOGY ADVICE 1. Use powder-free gloves to avoid assay inhibition

2. Correct pipetting technique is paramount to reducing contamination. Incorrect pipetting can result in splashing when dispensing liquids and the creation of aerosols.

3. Centrifuge tubes before opening, and open them carefully to avoid splashing.

4. Close tubes immediately after use to avoid the introduction of contaminants.

5. When performing multiple reactions, prepare one mastermix containing common reagents (e.g. water, dNTPs, buffer, primers and enzyme) to minimize the number of reagent transfers and reduce the threat of contamination

6. Use of a Hot Start enzyme may help to reduce the production of non-specific products

7. Protect reagents containing fluorescent probes from light in order to avoid degradation

27

https://www.who.int/malaria/areas/diagnosis/molecular-testing-dos-

donts/en/#General%20molecular%20biology%20advice

FAKTOR PENTING KEBERHASILAN PURIFIKASI ASAM NUKLEAT

1. Pengrusakan sel atau jaringan yang efektif

2. Denaturasi kompleks nucleoprotein

3. Inaktivasi nuklease (RNase atau DNase)

4. Bebas dari kontaminasi (target asam nukleat harus bebas dari kontaminasi protein, karbohidrat, lipid atau asam nukleat lain)

CATATAN:

• RNA merupakan molekul yang tidak stabil

dengan waktu paruh sangat pendek ketika

sudah diekstraksi

• Ketidakstabilan RNA disebabkan oleh RNase

yang banyak terdapat di darah, jaringan,

bakteri, fungi, maupun lingkungan

• Ekstraksi RNA memerlukan teknik

laboratorium yang baik dan bebas RNase

(RNase tahan terhadap panas)

Tan & Yiap, 2009. doi:10.1155/2009/574398

OPEN SYSTEM CLOSED SYSTEM

Ekstraksi manual hati-hati

aerosol perlu BSL-2

Pengerjaan menggunakan BSC 2A

dalam ruangan bertekanan negatif

/ Biological Safety Level 2

Pemilihan alat PCR harus

menyesuaikan reagen yang

digunakan

Ekstraksi otomatis atau ekstraksi di

dalam cartridge (contoh: TCM

GeneXpert) tetap memerlukan

BSC2A dalam menuangkan sampel

Sesuaikan dengan jumlah

pemeriksaan, misal: Abbot M2000

kemampuan efektif sekali running:

22; 46; 72; 94

29

OPEN SYSTEM 1. Ekstraksi manual butuh waktu dan ketrampilan analis/ teknisi

laboratorium/ dokter laboratorium

2. Harus “matching” antara reagen PCR dengan alat PCR

3. Perhatikan target gen → pewarna DNA → panjang gelombang → Optimasi butuh waktu harian -2 minggu

4. Membutuhkan ketrampilan tangan analis/petugas dengan CV yang teliti karena banyak melakukan pengerjaan mikropipeting (1-10µL)

5. Membutuhkan ketelitian, kehati-hatian dan ketrampilan baik

30

PENTING: BACA KIT INSERT DENGAN SEKSAMA

CONTOH FLUORESCENCE CHANNEL SETIAP TARGET GEN

FLUORESCENCE CHANNEL TARGET GEN

FAM ORF1ab

HEX/VIC/JOE Gen N

Cal Red 610 / ROX / TEXAS RED Gen E

Cy5 IC

31 Liferiver Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real Time Multiplex RT-PCR Kit

KEMUNGKINAN PENYEBAB FALSE RESULT FALSE POSITIVE FALSE NEGATIVE INCONCLUSIVE /

PRESUMPTIVE

INVALID

1. Kontaminasi oleh

positive control saat

pembuatan master

mix

2. Cross-contamination

/carry over

3. Kontaminasi dari

lingkungan

(peralatan,

permukaan,

aeorosol)

1. Teknik pengambilan

sampel swab

2. Degradasi RNA virus

selama

penyimpanan/

transportasi

3. Ektraksi RNA yang

tidak sempurna

4. Kadar RNA di

bawah deteksi alat

(LoD)

5. Mutasi pada target

gen

1. Terinfeksi human

coronavirus lain (?)

2. Mutasi pada salah

satu target gen

1. Adanya inhibitor

PCR

32

KONTAMINASI

Merupakan penyebab false-positive PCR

Dapat berasal dari1:

Penanganan spesimen yang kurang tepat, bahan kontrol, amplikon

Aerosol (aerosol dari pipet dapat menghasil 106 produk amplifikasi; sebagai perbandingan, reaksi PCR secara umum dapat menghasilkan 109 target sequence2)

Berbagai permukaan di laboratorium, saluran, dan peralatan

Suplai dan reagen

Petugas laboratorium

Kecelakaan laboratorium

33

1Principles of Good Molecular Biology Testing Practice aphl.org 2Rachel Lee, 2015. Molecular Laboratory Design

Setting laboratorium molekular yang benar dapat meminimalkan risiko kontaminasi:

34 Rachel Lee, 2015. Molecular Laboratory Design

Alternatif menggunakan 2 area:

1. Area preparasi reagen, spesimen dan target loading – menggunakan laminar-flow hoods

2. Area amplifikasi dan deteksi produk

TINDAKAN PENCEGAHAN KONTAMINASI LINGKUNGAN 1. Penggunaan dan pelepasan APD yang tepat

2. Gunakan sarung tangan disposabel, harus sering diganti

3. Ganti gaun/jas lab setiap berpindah area kerja (set APD lengkap harus didedikasikan untuk setiap area kerja dan tidak boleh dipindah-pindah)

4. Gunakan positive displacement pipette dan aeorosol barrier tips disposable

5. Dekontaminasi area kerja setiap mulai dan selesai kerja, atau setiap sebelum pengerjaan baru menggunakan sodium hypochlorite 10% diikuti dengan alkohol 70%. Dekontaminasi BSC dapat ditambah dengan sinar UV ketika sedang tidak digunakan. Inaktivasi enzimatik (mis. Uracil-N-glycosylase dapat digunakan untuk mendegradasi amplikon yang tidak diinginkan)

6. Dekontaminasi pipet, peralatan, gagang pintu setiap selesai digunakan

7. Lakukan swab tes permukaan laboratorium rutin setiap bulan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi sumber kontaminasi

35 Principles of Good Molecular Biology Testing Practice aphl.org

TINDAKAN PENCEGAHAN KONTAMINASI ANALITIK

1. Gunakan nuclease-free atau autoclaved water

2. Pengerjaan dilakukan di BSL2 (minimal)

3. Simpan semua reagen dalam aliquot untuk meminimalisir resiko terpapar kontaminasi

4. Gunakan pre-packaged master-mix

5. Tempatkan negative control (water) di setiap 5-8 sampel untuk mendeteksi carryover/ cross contamination apabila positif menandakan adanya carryover, kemungkinan karena masalah pemipetan

6. Tempatkan no template control (NTC) yang tidak mengandung target asam nukleat apabil POSITIF menandakan adanya kontaminasi pada area preparasi reagen

36 Principles of Good Molecular Biology Testing Practice aphl.org

APA SAJA PENYEBAB HASIL POSITIF NTC?

1. Kontaminasi pipet atau reagen saat preparasi atau assay set-up

2. Carry over / cross contamination dari tabung lain

3. Kontaminasi permukaan laboratorium oleh template atau amplikon

4. Produksi aerosol ketika pemipetan, tabung pecah atau bocor

5. Prosedur pembersihan yang tidak adekuat

6. Ketidakpatuhan petugas terhadap uni-directional workflow

7. Perpindahan reagen, jas lab, pulpen, kertas, dll dari area kotor ke area bersih

37 Principles of Good Molecular Biology Testing Practice aphl.org

38

INHIBITOR PCR

Hedman & Radstrom, 2013.DOI 10.1007/978-1-60327-353-4_2

39 Hedman & Radstrom, 2013.DOI 10.1007/978-1-60327-353-4_2

PASCA ANALITIK

40

INTERPRETASI DAN PELAPORAN

41

N2 E SPC Interpretasi hasil

Pelaporan Tindak lanjut

+ + ± SARS-CoV-2

terdeteksi

SARS-CoV-2

positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes

+ - ± SARS-CoV-2

terdeteksi

SARS-CoV-2

positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes

- + ± Presumptive positive

SARS-CoV-2

Hasil belum dapat

disimpulkan

Spesimen perlu diperiksa ulang di

Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang

telah ditetapkan oleh Kementerian

Kesehatan RI dengan menggunakan metode

RTPCR dengan target gen spesifik (N1, N2,

ORF 1 ab, RdRp)

- - + SARS-CoV-2 tidak

terdeteksi

SARS-CoV-2

negatif Bukan SARS-CoV-2

- - - Hasil invalid Invalid Diulang menggunakan spesimen baru

Interpretasi dan pelaporan TCM

2019

nCoV-

N1

2019

nCoV-N2 RnP Interpretasi hasil Pelaporan Tindak lanjut

+ + ± SARS-CoV-2

terdeteksi

SARS-CoV-2

positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes

Hanya 1 yang

positif ±

Hasil belum dapat

disimpulkan

Hasil belum

dapat

disimpulkan

Spesimen perlu diperiksa ulang di

Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang

telah ditetapkan oleh Kementerian

Kesehatan RI dengan menggunakan

metode RTPCR dengan target gen

spesifik (N1, N2, ORF 1 ab, RdRp)

- - + SARS-CoV-2

tidak terdeteksi

SARS-CoV-2

negatif Bukan SARS-CoV-2

- - - Hasil invalid Invalid

Ulangi ekstraksi RNA dan RTPCR, bila

hasil masih invalid, disarankan untuk

meminta spesimen yang baru dari pasien

42

Interpretasi dan pelaporan PCR 1

43

Interpretasi dan pelaporan PCR 2

RdRp ORF 1

a/b/ab E Interpretasi hasil Pelaporan Tindak lanjut

+ + + SARS-CoV-2

terdeteksi SARS-CoV-2 positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes

+ + SARS-CoV-2

terdeteksi SARS-CoV-2 positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes

+ + SARS-CoV-2

terdeteksi SARS-CoV-2 positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes

- + Presumptive

(inconclusive)

Hasil belum dapat

disimpulkan

Spesimen perlu diperiksa ulang di

Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang telah

ditetapkan oleh Kementerian Kesehatan RI

dengan menggunakan metode RTPCR dengan

target gen spesifik (N1, N2, ORF 1 ab, RdRp)

- + Presumptive

(inconclusive)

Hasil belum dapat

disimpulkan

Spesimen perlu diperiksa ulang di

Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang telah

ditetapkan oleh Kementerian Kesehatan RI

dengan menggunakan metode RTPCR dengan

target gen spesifik (N1, N2, ORF 1 ab, RdRp)

- - - SARS-CoV-2 tidak

terdeteksi

SARS-CoV-2

negatif Bukan SARS-CoV-2

CONTOH PELAPORAN PCR COVID-19

Nama pasien : Umur :

Alamat pasien : Telepon :

Dokter pengirim : No. registrasi :

Instansi pengirim : Waktu registrasi:

JENIS PEMERIKSAAN HASIL NILAI NORMAL

PCR SARS-CoV-2 Negatif

*CN (Cycle Number) atau CT (Cycle Threshold) value dapat digunakan untuk pemantauan

penderita di ruangan yang dilakukan PCR serial

44

BEBERAPA PUBLIKASI TENTANG SENSITIVITAS TARGET GEN SARS-CoV-2

45

Lim et al, 2020:

Titer virus yang rendah tidak dapat terdeteksi oleh gen confirmatory RdRP

Gen N 7 – 43 kali lipat lebih sensitif dibandingkan RdRP (berdasarkan CT Value)

CT value N gene lebih rendah dibandingkan RdRP dan lebih reprodusibel

Chu et al: Gen N 10X lipat lebih sensitif dibandingkan gen RdRP

Chu et al, 2020. https://doi.org/10.1093/clinchem/hvaa029

Lim et al, 2020. https://doi.org/10.20944/preprints202002.0424.v1

REKOMENDASI FDA UNTUK UJI VALIDASI PEMERIKSAAN MOLEKULAR

1. Limit of Detection

• FDA defines LoD as the lowest concentration at which 19/20 replicates are positive

• FDA recommends that developers test a dilution series of three replicates per concentration with inactivated virus on actual patient specimen, and then confirm the final concentration with 20 replicates

2.Clinical Evaluation

• FDA recommends that developers use positive clinical samples for clinical validation

• And confirm performance of their assay by testing a minimum of 30 positive specimens and 30 negative

3. Inclusivity

• Developers should document the results of an in silico analysis indicating the percent identity matches against publicly available SARS-CoV-2 sequences

4. Cross Reactivity

• FDA recommends cross-reactivity wet testing on common respiratory flora and other viral pathogens at concentrations of 106 CFU/ml or higher for bacteria and 105 pfu/ml or higher for viruses

• FDA defines in silico cross-reactivity as greater than 80% homology between one of the primers/probes and any sequence present in the targeted microorganism

46 FDA, 4 Mei 2020.Policy for Coronavirus Disease-2019 Tests During the Public Health Emergency (Revised)

47

Estimated Variation Over Time in Diagnostic Tests for Detection of

SARS-CoV-2 Infection Relative to Symptom Onset

aDetection only occurs if patients are

followed up proactively from the time of

exposure

bMore likely to register a negative than a

positive result by PCR of a nasopharyngeal

swab

Sethuraman et al, 2020. doi:10.1001/jama.2020.8259

TAKE HOME MESSAGE

1. Perlu mencermati dan hati-hati dalam semua proses pre-analitik

2. Dalam proses analitik (terutama open system), perhatikan ekstraksi, optimasi (matching) reagen PCR dan perhatikan target gen

3. Interpretasi tergantung target gen dan internal control

4. Waspada kontaminasi

5. Baca kit insert dengan teliti dan seksama

48

TANGGAL PANDUAN

7 Maret 2020 Manajemen Spesimen Dan Diagnosis Laboratorium Kasus

Suspek 2019-nCoV

7 Maret 2020 Pencegahan Dan Pengendalian Infeksi Pada Suspek Infeksi

2019-nCoV

19 Maret 2020 Press Release Kewaspadaan Tes Cepat (Rapid Test)

COVID-19 Igm/Igg Berbasis Serologi

21 Maret 2020 Alur Pemeriksaan Rapid Test Sars-Cov-2 (COVID-19)

Usulan PDS Patklin

25 Maret 2020 Panduan Tatalaksana Pemeriksaan Rapid Test Antibody

Sars-cov-2 Metode Imunokromatografi

20 April 2020 Daftar Rapid Test Serologi COVID-19 Yang Sudah

Terdaftar di FDA Negara

21 April 2020 Revisi Panduan Pemeriksaan Rapid Test Antibodi Metode

Imunokromatografi

22 April 2020 Panduan Tatalaksana Pemeriksaan Tes Cepat Molekuler

(TCM) dan Polymerase Chain Reaction (PCR) SARS-CoV-2 49

Berbagai Panduan COVID-19 oleh PDS PatKLIn

50

1. Email : [email protected]

2. Facebook : [email protected]

3. Website : www.pdspatklin.or.id

4. Youtube : PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

5. Instagram : DOKTER PATOLOGI KLINIK

6. Twitter : www.twitter.com/patologi_klinik

51

TERIMA KASIH