laporan praktikum genetika molekuler rapd final

12
 LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA MOLEKULER PROGRAM STUDI BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014 SITI MARIYAH P051140151 ISOLASI GENOM DENGAN METODE  RANDOM AMPLIFIED POLY MORPHIC DNA (RAPD)

Upload: gandi-sogandi

Post on 06-Jul-2018

303 views

Category:

Documents


6 download

TRANSCRIPT

8/17/2019 Laporan Praktikum Genetika Molekuler Rapd Final

http://slidepdf.com/reader/full/laporan-praktikum-genetika-molekuler-rapd-final 1/12

 

LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA MOLEKULER 

PROGRAM STUDI BIOTEKNOLOGI

SEKOLAH PASCASARJANA

INSTITUT PERTANIAN BOGOR 

BOGOR 

2014

SITI MARIYAH

P051140151

ISOLASI GENOM DENGAN METODE RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD)

8/17/2019 Laporan Praktikum Genetika Molekuler Rapd Final

http://slidepdf.com/reader/full/laporan-praktikum-genetika-molekuler-rapd-final 2/12

1 PENDAHULUAN

Gen adalah satuan biologis yang membawa sifat keturunan. Gen terletak secaraspesifik dalam lokus-lokus kromosom dan mempunyai tiga sifat dasar: (1) gen

mempunyai fungsi spesifik dalam sel dan organisme seutuhnya, (2) gen harus mampu

menggandakan dirinya secara tepat sehingga spesifikasi fungsinya selalu dapat

dipertahankan dari satu generasi ke generasi selanutnya, dan (!) dalam keadaan

normal, gen merupakan molekul yang stabil, namun dalam menghadapi perubahan

lingkungan, gen dapat bersifat sensitif atau rentan sehingga dapat menimbulkan mutasi

 pada urutan basa nukleotidanya. Gen adalah unit hereditas suatu organisme hidup.

("atchiyah et al, 2#11)

$sam nukleat adalah makromolekul pertama yang berhasil diisolasi dari dalam

inti sel. %akromolekul adalah molekul besar dengan umlah molekul lebih dari 1###

yang disusun oleh molekul-molekul dasar atau subunit yang lebih kecil. %olekul ini

menyimpan informasi pertumbuhan sel dan reproduksi. &idrolisis asam nukleat

menghasilkan nukleotida yang merupakan monomer pembangun asam nukleat.

 'ukleotida disusun oleh tiga komponen utama, yaitu gula, basa, dan fosfat (&art 2##!).

$sam nukleat dalam sel terdiri atas  Deoxyribo Nucleic Acid   ('$) dan Ribo

 Nucleic Acid   ('$). *erbedaan '$ dengan '$ terletak pada satu gugus hidroksil

tambahan pada cincin gula ribosa (sehingga dinamakan ribosa). +asa nitrogen pada

'$ sama dengan '$, kecuali basa timin pada '$ diganti dengan urasil pada

'$. adi tetap ada empat basa nitrogen yakni adenin, guanin, sitosin, atau urasil untuk 

suatu nukleotida. elain itu, bentuk konformasi '$ tidak berupa pilin ganda

sebagaimana '$, tetapi berariasi sesuai dengan tipe dan fungsinya (*oediadi /upriyanti 2##0).

solasi '$ merupakan tahap pertama dari berbagai teknologi analisis '$.

ntuk mengekstrak '$ diperlukan langkah-langkah laboratorium untuk memecahkan

dinding sel dan membran inti sel, yang dilanutkan dengan pemisahan '$ dari berbgai

komponen sel yang lain. *ada saat melakukannya, '$ harus diaga agar tidak rusak 

dan didapatkan '$ dalam bentuk rantai yang panang. ("atchiyah et al, 2#11).

*enanda molekuler banyak digunakan dalam analisis keragaman genetik 

tumbuhan, salah satunya adalah Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). 3eknik 

ini digunakan untuk mengidentifikasi genotipe tumbuhan, karena memiliki kelebihan

dalam pelaksanaan dan analisisnya. ibandingkan dengan penanda '$ yang lain,

seperti  Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLP)  dan Simple Seuence Repeats (SSR), teknik $* lebih murah, mudah dilakukan, cepat memberikan hasil,

menghasilkan polimorfisme pita '$ dalam umlah banyak, tidak memerlukan

 pengetahuan tentang latar belakang genom yang dianalisis dan mudah memperoleh

 primer acak yang diperlukan untuk menganalisis genom semua enis organisme (3ingey

et al., 1445).

TUJUAN

2

8/17/2019 Laporan Praktikum Genetika Molekuler Rapd Final

http://slidepdf.com/reader/full/laporan-praktikum-genetika-molekuler-rapd-final 3/12

3uuan dilakukannya praktikum ini adalah untuk mengetahui dan mengenal

analisa kekerabatan filogenetik dengan menggunakan marka molekuler $*.

2 METODOLOGI

Temp! "# $%!&

*raktikum ini dilakukan pada tanggal 10, 2!, !# eptember, dan 6 7ktober 

2#15, bertempat di laboratorium +iorin, gedung *usat $ntar niersitas lantai 5, *+

+ogor.

B'#

+ahan yang digunakan dalam praktikum dengan menggunakan sampel

tumbuhan adalah sample nanas dari 8 pohon yang berbeda, nitrogen cair ,  poli!inil 

 pirrolidon (*9*) 2, #.2 ;-%erkaptoetanol, 0##<l =3$+, kloroform:isoamilalkohol

(=:) 25:1, *= (fenol kloroform, isoamilalkohol) 28:25:1, 'a7$= 2% p& 8.2, >t7&

1##, >t7& 6#, dd&27, '$se, agarosa, bufer "ris Acid   >3$ (3+>) #.8?,

>tidium bromida (>t+r) 1 (w@), loading buffer  ( #romfenol biru 2.8:sukrosa 5#),

marker 1 kb plus '$ ladder , complete buffer , d'3*s, dan "a '$ *olimerase, !

 primer yaitu 7*$#2 dengan urutan sekuensnya 8A =$GG===33= !A, 7*$#! denganurutan sekuensnya 8A 3G==G$G=3G !A, dan 7*$#5 dengan urutan sekuensnya 8A

$G3=$G==$= !A.

+ahan-bahan yang digunakan untuk praktikum dengan menggunakan sampel

hewan dalam praktikum ini adalah ! ekor ikan mas, potongan daging ayam, nitrogen

cair, buffer lisis yang mengandung proteinase B, es, 'a=l 8', '$se, isopropanol,

>t7& 6#, dd&27, agarose 1, buffer 3$>, loading dye, marker C, ethidium bromide

(>t+r), dd&27, 3aD '$ polymerase, buffer taD 1#E, d'3*s, primer untuk daging

(7*$8 dan 7*$6), primer untuk ikan (7*$11 dan 7*$ 16)

A!

$lat-alat yang digunakan adalah dalam teknik isolasi genom dan *= adalah

micropipet   ukuran 1#, 2##, dan 1### <lF tipF mortarF sudipF tube ukuran 1,8 mlF

inkubatorF sentrifuseeF !acuum dryF timbanganF penangas airF spektrofotometer 9-9F

cetakan gelF sisir gelF >rlenmeyerF gelas pialaF gelas ukurF micro$a!eF parafilmF po$er 

 supplyF perangkat elektroforesis%  9 "ransilluminator   dan kamera, serta mesin

thermocycler  @*=.

Me!"e Pe%*##

I**+ DNA N#*

!

8/17/2019 Laporan Praktikum Genetika Molekuler Rapd Final

http://slidepdf.com/reader/full/laporan-praktikum-genetika-molekuler-rapd-final 4/12

angkah awal yang dilakukan untuk memperoleh sampel '$ dari daun nanas

dengan menggerus #.#8 gram potongan daun nanas. *enggerusan dengan menggunakan

mortar dengan dibantu oleh nitrogen cair agar sel tidak rusak. ampel dimasukkan kedalam tube yang berisi =3$+ sebanyak 0## <l #.2 mercapto etanol 2 *9*

(polyinylpyrrolidone) dan diinkubasi pada suhu 08#= selama 2# sampai !# menit.

ampel ditambahkan dengan =loroform soamilalkohol (=:F25:1) sebanyak 0## <l,

kemudian dibolak-balik sebanyak 0 sampai H kali. ampel dimasukkan kedalam unit

sentrifugasi selama 1# menit dengan kecepatan 1#.### rpm. upernatan hasil

sentrifugasi diukur olumenya dan dipindahkan ke tube baru. 9olume supernatant yang

diambil selanutnya dinotasikan dengan . ampel pada tube baru ditambahkan dengan

*= (*henol =loroform soamilalkohol (*:=:F28:25:1) sebanyak , kemudian dibolak-

 balik sebanyak 0 sampai H kali. ampel dimasukkan kedalam unit sentrifugasi selama

1# sampai 18 menit dengan kecepatan putara 1#.### rpm, kemudian supernatant hasil

sentrifugasi di ambil dan dimasukkan kedalam tube baru. ampel ditambahkan dengan>t7& 1## sebanyak 2 kali dan 'a7& 2% p& 8,2 sebanyak #,1 kali . ampel

dimasukkan kedalam freeIer selama minimal 2 am. ampel dimasukkan kedalam unit

sentrifugasi yang didukung dengan pengaturan untuk suhu rendah selama 18 menit pada

suhu 5#=. upernatant hasil sentrifugasi dibuang, sedangkan tube yang mengandung

 pellet ditambahkan dengan >t7& 6#. ampel disentrifugasi selama 8 menit selama

1#.### rpm. upernatant hasil sentrifugasi dibuang, sedangkan tube yang mengandung

 pellet dikeringkan dengan !acuum drying sampai kering, biasanya selama 1# menit.

ampel ditambahkan dengan 2# <l dd&27 dan 5 <l '$se, kemudian diinkubasi

selama 1# menit pada suhu !6#=. *ekeraan dilanutkan dengan menghilangkan aktiitas

'$se dengan cara menginkubasi sampel pada suhu 6##= selama 1# menit.

I**+ Ge#m ",+ I%# "# A-m

*raktikum isolasi genom dari ayam dan ikan menggunakan sampel yang berasa

dari potongan daging segar. *otongan daging ini lalu digerus dengan dibantu oleh

nitrogen cair agarsel dalam daging tidak ikut rusak. ampel dimasukkan kedalam tube

yang berisi buffer lisis yang mengandung proteinase B sebanyak !8# <l. ampel

kemudian diinkubasi selama 18 menit pada suhu 88#= dan dibolak-balik (inert) setiap

8 menit. etelah itu, sampel didinginkan di dalam es selama 1# menit, kemudian

ditambahkan 'a=l sebanyak 18# <l dan dibolak-balik. ampel dimasukkan kembali ke

dalam es selama 8 menit. ampel kemudian dimasukkan kedalam unit sentrifugasiselama 1# menit dengan kecepatan putaran 1#.### rpm. upernatant dari hasil

sentrifugasi diambil dan ditambahkan 5 <l '$se. ampel diinkubasi selama 18 menit

 pada suhu !6#=. ampel kemudian ditambahkam dengan isopropanol sebanyak !8# <l

dan dibolak-balik sebanyak 0 sampai H kali. ampel dimasukkan kedalam sentrifugasi

selama 2# menit dengan kecepatan 1#.### rpm. upernatant hasil sentrifugasi dibuang,

kemudian dimasukkan 8## <l >t7& 6# kedalam tube. ampel dimasukkan kedalam

unit sentrifugasi selama 8 menit dengan kecepatan 1#.### rpm. upernatant hasil

sentrifugasi dibuang, sedangkan tube yang berisi endapan dikeringkan dengan unit

!acuum drying  selama 18 sampai 2# menit. 3ube kemudian ditambahkan dengan 2# <l

dd&27.

5

8/17/2019 Laporan Praktikum Genetika Molekuler Rapd Final

http://slidepdf.com/reader/full/laporan-praktikum-genetika-molekuler-rapd-final 5/12

Pe#.&%&,# K&+!* "# K&#!+!* DNA

etelah '$ stock diperoleh, langkah selanutnya adalah melakukan uikuantitatif dengan menggunakan spektrofotometer dan ui kualitatif dengan

menggunakan elektroforesis.

ampel nanas dan daging sebanyak 8 <l diencerkan dengan dd& 27 048 <l,

olume ini disesuaikan dengan olume cuette yaitu sebesar 6## <l. Bemurnian isolat

kemudian dibaca menggunakan spektrofotometer pada panang gelombang 20# nm

untuk mengetahui kemurnian dan konsentrasi '$ dan 2H# nm untuk mengetahui

kemurnian dan konsentrasi untuk protein.

Amp+/+%*+ DNA Ge#m T&m&'# "# He#

ampel hasil isolasi genom dilanutkan dengan analisis $*. $nalisis $*dilakukan dengan membuat olume 1# <l reaksi *= yang mengandung J 1## <g '$

dari setiap enis nanas, ikan dan ayam, #.2 <l primer '$, 1 <l 2m% d'3*, 8 nit (#.2

<l) 3aD polimerase 1#? buffer *=, 0.! <l dd&27. ampel nanas menggunakan primer 

7*$ 2, 7*$ ! dan 7*$ 5 dari 7peron 3echnologies ($lameda, =$). ampel ikan

menggunakan primer 7*$ 11 dan 7*$ 16. ampel ayam menggunakan primer 7*$ 8

dan 7*$ 6. eaksi amplifikasi '$ dilakukan menggunakan *erkin 3hermocycler 

$+-+iosystem. *rogram *= terdiri dari 1 siklus pada 45K= selama 8 menit

(*reenaturasi)F 5# siklus pada: 45K= selama 1 menit (enaturasi), !2K= selama !

menit ($nnealing), 62K= selama 2 menit (>kstension)F 1 siklus pada 62K= selama 6

menit (*ostekstension)F diakhiri dengan inkubasi pada 28K=. *roduk *= kemudian

dielektoforesis dengan agarose 1 (*romega) dan diisualisasikan di atas 9

transilumimator kemudian didokumetasikan dengan alat Geldoc.

$mplifikasi isolate '$ manusia dilakukan dengan menambahkan *rimer 

1H#L" dan 1H#L pada sampel. ebanyal 1 <l sampel '$ ditambahkan 8 <l

master mi? yang berisi 2 <l *= buffer yag mengandung %g M, 1,0 < d'3*-%i?, 2 <

1H# *rimer-%i?, o,8 < enIim 3aD *olymerase, dan aDuadest. =ampuran lalu

dimasukkan ke dalam sumur-sumur gel agarosa yang direndam dalam running buffer 

3$> 1?, sebelumnya telah dimasukkan 1 k+ '$ ladder sebagai mar&er uga kontrol

 positif dan kontrol negatif '

$mplifikasi dilakukan dalam ! tahap. yaitu tahap denaturasi pada suhu 45 o=

selama 0 detik , annealing  pada suhu 88o

= selama 0# detik, sintesis '$ pada suhu62o= selama 0 detik. $mplifikasi dilakukan sebanyak !# siklus menggunakan mesin

thermocycler'  *utaran terakhir berlangsung selama 8 menit pada suhu 62o=. seluruh

 proses berlangsung selama 2 am.

solat hasil *= lalu dianalisis menggunakan elektroforesis dengan cetakan gel

agarosa 1 dalam buffer 3$> 1?. sebanyak 1# <l larutan '$ hasil amplifikasi

dimasukkan ke dalam sumuran gel agrosa kemudian dialiri arus listrik 1## olt selama

!# menit. Gel agarose kemudian direndam dalam larutan >t+r, sehingga pita dapat

dilihat dengan bantuan mesin 9 3ransiluminator.

A#+*+* Ke,.m#

8

8/17/2019 Laporan Praktikum Genetika Molekuler Rapd Final

http://slidepdf.com/reader/full/laporan-praktikum-genetika-molekuler-rapd-final 6/12

$nalisi keragaman dilakukan dengan melihat hasil isualisasi elektroforesis. ata

dihitung dengan melihat ada tidaknya pita yang terbentuk. *rogram yang digunakan

untuk membuat pohon filogenetik adalah program '3N (Numerical "axonomySystem)

 

HASIL DAN PEMBAHASAN

*roses isolasi '$ dimulai dengan menghancurkan aringan sehingga sel dapat

diperoleh. *roses ini dilakukan dengan menyiram aringan dengan nitrogen cair sebelum

digerus dan ditambahkan lysis buffer' &al ini sesuai dengan pendapat "atchiyah, et al 

(2#11). +erbagai teknik analisis dalam pemuliaan tanaman dan biologi molekuler yang

 berdasarkan pada hibridisasi molekuler atau *olymerase =hain eaction (*=)

membutuhkan '$ dalam umlah yang cukup dan kualitas yang baik. 7leh karena

kandungan senyawa sekunder dalam sel tanaman berbeda-beda, maka setiap tanaman

membutuhkan prosedur isolasi yang optimum agar diperoleh '$ genom yang dapat

digunakan sebagai bahan dalam analisis molekuler. 7ptimasi prosedur tersebut dapat

dilakukan terhadap komposisi larutan buffer lisisnya ataupun teknik penanganan fisik 

dalam pemisahan '$ genom dari senyawa lain. *ada prinsipnya optimasi prosedur ini

 bertuuan melindungi '$ genom dari degradasi akibat senyawa sekunder yang

dilepaskan ketika sel dihancurkan atau kerusakan akibat penanganan fisik (%illigan

1442 dalam estu, 2#12).*roses pengeluaran '$ dari nucleus, mitokondria maupun organel lain O 

dengan ara diekstraksi atau dilisiskan O biasanya dilakukan dengan homogenasi dengan

menambahkan bufer ekstraksi atau bufer lisis untuk mencegah '$ rusak. *ada kondisi

sampel tertentu, untuk membantu lisis dari membran sel@nuleus@organel atau uga

dinding sel, maka sampel daun dimasukkan dulu ke nitrogen cair dan langsung digerus

sebelum ditambahkan bufer ekstraksi.

ntuk membersihkan isolat, '$ lalu diendapkan. elain oleh etanol,

 pengendapat '$ dapat dilakukan oleh isopropanol. Beuntungan penggunaan

isopropanol adalah olume yang diperlukan untuk mengendapkan lebih kecil. 'amun

demikian, isopropanol lebih sulit menguap diandingkan dengang etanol, sehingga lebih

sulit pula memisahkannya dari isolate '$. Berugian lainnya adalah : di dalammedium isopropanol garam sodium klorida dan sukrosa lebih mudah mengendap

 bersama-sama dengan '$ (uhartono, 144#)

+erikut adalah hasil analisis kuantitas genom.

ampel kan 'ila 'ilai

$bsorbans

i pada C 20#

 'ilai

$bsorbans

i pada C 2H#

 'ilai

Bemurnia

n

 'ilai

Bonsentras

i

Belompok no. 8 #,5H8 #,262 1,H !.!48

Belompok no. 4 #,186 #,1#H 1,8 1.#44

Belompok no. 1# #,162 #,1#! 1,6 1.2#5

3abel 1. &asil spektrofotometer sampel ikan 'ila pada C 20# dan C 2H#

0

8/17/2019 Laporan Praktikum Genetika Molekuler Rapd Final

http://slidepdf.com/reader/full/laporan-praktikum-genetika-molekuler-rapd-final 7/12

3abel 1 menunukkan bahwa nilai konsentrasi '$ tertinggi diperoleh dari

sampel ikan nila dengan nilai !.!48 ng@Pl sedangkan nilai terendah adalah 1.#44 ng@Pl.

 'ilai kemurnian '$ sampel yang diperoleh berkisar antara 1,8-1,H. ampel dengan

nilai tertinggi diperoleh dari sampel ikan milik kelompok 8 termasuk pada kategori

murni, sebab sesuai dengan nilai harapan untuk tingkat kemurnian yaitu 1,H-2. ua

sampel lainnya masuk ke dalam kategori tingkat kemurnian rendah sebab memiliki nilai

kurang dari 1,H.

ampel aging

$yam

 'ilai

$bsorbans

i pada C 20#

 'ilai

$bsorbansi

 pada C 2H#

 'ilai

Bemurnian

 'ilai

Bonsentras

i

Belompok no. 0 #,525 #,056 #,088 2.40H

Belompok no. 6 #,#H2 #,#84 1,!4# 865

3abel 2. &asil spektrofotometer sampel daging ayam pada C 20# dan C 2H#

3abel 2 menunukkan hasil spektrofotometer sampel daging ayam dari kelompok 0 dan

6. 'ilai konsentrasi tertinggi diperoleh dari sampel milik kelompok 0, yaitu 2.40H.ng@Pl

sedangkan nilai konsentrasi sampel daging ayam milik kelompok 6 sangat rendah yaitu

865 ng@Pl. 'ilai kemurnian '$ dari kedua kelompok sangant rendah yaitu #,088 dan

1,!4#. 'ilai yang rendah menunukkan terdapat pengotor protein dalam sampel.

ampel nanas 'ilai

$bsorbansi pada C 20#

 'ilai

$bsorbansi pada C 2H#

 'ilai

Bemurnian

 'ilai

Bonsentrasi

Belompok no. 1 #,1H8 #,15H 1,28 1.248

Belompok no. 2 #,#H! #,#04 1,2#! 8H1

Belompok no. ! #,1!! #,112 1,1HH 4!1

Belompok no. 5 #,#4# #,#6! 1,2!! 0!#

Belompok no. H 1,854 #,4!0 1,088 1#.H5!

3abel !. &asil spektrofotometer sampel nanas pada C 20# dan C 2H#

ari lima buah sampel yang diisolasi, nilai konsentrasi tertingi diperoleh dari

sampel milik kelompok H. edangkan nilai konsentrasi terendah diperoleh dari sampel

milik kelompok 2, yaitu 8H1. 'ilai kemurnian yang diperoleh kelima buah sampel

 berariasi dengan rentang nilai 1,28-1,088. eluruh nilai kemurnian '$ sampel

 berada pada taraf rendah karena kurang dari nilai standar kemurnian, yaitu 1,H.

&asil ui kualitas sampel dapat dilihat dari isualisasi hasil elektroforesis sampel

 berikut ini.

6

  1 2 ! 5 H C1 C! C8 8 4 6 0 1#

8/17/2019 Laporan Praktikum Genetika Molekuler Rapd Final

http://slidepdf.com/reader/full/laporan-praktikum-genetika-molekuler-rapd-final 8/12

OPA 3OPA 2

Gambar 1. &asil elektroforesis genom sampel nanas, daging ayam, dan

ikan. 1,2,!,5,H, sampel kelompok 1, 2, !, 5, dan H (nanas). C1, C!, C8,

marker lamda dengan ukuran 2!.### bp dengan konsentrasi 1# ng, !# ng,

dan 8# ng.

*engamatan kualitas '$ dengan elektroforesis gel agarosa 1 bertuuan untuk 

mengetahui ada tidaknya '$, keutuhan '$ hasil isolasi dan tingkat kemurnian'$ dari kontaminan '$ (+rown, 2##2). ari gambar 1 dapat dilihat bahwa tidak 

semua sampel menunukkan adanya pita '$. *ada kelompok 1, 2, !, dan 5 tidak 

terbentuk pita. &al ini diduga karena tidak adanya '$ yang terkadung dalam sampel

atau konsentrasi '$ terlalu rendah. %unculnya usapan (smear) pada hasil milik 

kelompok H, 8, 4, 6, 0, dan 1# menunukkan bahwa '$ yang terpotong-potong

menadi ukuran yang lebih kecil.

&asil analisis elektroforesis $* menunukkan hasil negatif. &al ini diduga

teradi karena adanya kesalahan pada proses isolasi. +eberapa hambatan yang dapat

menyebabkan kegagalan analisis elektroforesis antara lain adanya kontaminan dalam

sampel. Bontaminan ini dapat berupa protein atau '$. elain kontaminan yang

menadi hambatan adalah rendahnya konsentrasi '$ dalam sampel dan kesalaha

teknis yang menyebabkan '$ terdegradasi.

3eknik $* ( Random Amplification of Polymorphic DNA) merupakan salah

satu cara untuk menganalisis keragaman genetik melalui amplifikasi genom dengan

menggunkan primer acak tunggal. 3eknik analisis ini berbasis *= ( Polymeration

hain Reaction). Beragaman genetik dilihat berdasarkan polimorfisme pita '$ pada

elektroforesis yang berhasil diamplifikasi. *rinsip dasar $* adalah komplementasi

atau kecocokan urutan basa primer dengan urutan basa cetakan. ika terdapat adanya

komplementasi urutan basa antara primer dan '$ cetakan, maka akan teradi

 penempelan pada uung !A7& utas '$ cetakan. $pabila kedua situs penempelan

 primer berada dalam arak yang dapat diamplifikasi, maka produk *= akan diperoleh berupa fragmen atau pita '$ (3ingey dan 3ufo, 144!).

*rimer yang digunakan pada praktikum ini adalah 7*$ 2 (8A-=$G G== =33 =-

!A), 7*$ ! (8A-3G= =G$ G=3 G-!A), dan 7*$ 5 (8A-$G3 =$G ==$ =-!A).

ntuk melatih analisis menggunakan program '3N, maka digunakan hasil

 penelitian tahun lalu berupa hasil isualisasi $* dari sampel nanas.

H

  a b c d e f g h i % k l m n o p D r s t

 

8/17/2019 Laporan Praktikum Genetika Molekuler Rapd Final

http://slidepdf.com/reader/full/laporan-praktikum-genetika-molekuler-rapd-final 9/12

OPA 4

Gambar 2. &asil elektroforesis sampel nanas dengan menggunakan primer 

7*$ 2 dan 7*$ !. a, b, c, d, e, f, g, h, i, , sampel nanas dengan primer 7*$2.

%, 1 k+ '$ adder, k, l, m, n, o, p, D, r, s, t, sampel nanas dengan primer 7*$ !.

4

  $a ab ac ad ae af ag ah ai a %

8/17/2019 Laporan Praktikum Genetika Molekuler Rapd Final

http://slidepdf.com/reader/full/laporan-praktikum-genetika-molekuler-rapd-final 10/12

Gambar !. &asil elektroforesis sampel nanas dengan menggunakan primer 

7*$ 5. $a, ab, ac, ad, ae, af, ag, ah, ai, a, sampel nanas dengan primer 7*$ 5, %, marker 1 k+ '$ adder.

ari seluruh sampel nanas yang dianalisis, terlihat dari banyaknya pita yang

terbentuk, menunukkan hasil amplifikasi yang baik. +eberapa sampel masih ada yang

tidak membentuk pita, diduga karena tidak adanya '$ yang terkandung dalam sampel

atau akibat konsentrasi '$ yang terlalu rendah.

ntuk menganalisis data hasil elektroforesis dengan menggunakan program

 '3N, hal pertama yang dilakukan adalah mengubah hasil isualisasi menadi  #inary

matrix. imbol 1 menandakan adanya pita pada lokus, sedangkan simbol # menandakan

tidak ada pita pada lokus.

Lokus OPA 2Sampel 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14

a   0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0

b   0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0

c   0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

d   0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0

e   1 0 0 1 0 1 0 1 1 0 0 1 0 0

f    0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

g   0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1

h   0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0   0 1 1 0 1 0 1 0 1 0 0 0 1 1

 !   0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

3abel 5. ata biner untuk sampel dengan lokus 7*$ 2

Lokus OPA 3Sampel 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26

a   1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1

b   0 0 0 1 0 1 1 1 0 1 1 1

c  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

d   0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 1 1

e   0 1 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0

f    0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

g   0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

h   0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

  0 0 1 0 0 1 0 1 1 0 1 1

 !   0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

3abel 8. ata biner untuk sampel dengan lokus 7*$ !

Lokus OPA 4

Sampe 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40

1#

8/17/2019 Laporan Praktikum Genetika Molekuler Rapd Final

http://slidepdf.com/reader/full/laporan-praktikum-genetika-molekuler-rapd-final 11/12

la   0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 1 0 0 1

b   0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 1 0 0 1c   0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 1

d   1 1 1 1 0 1 0 1 0 1 1 0 0 1

e   1 1 1 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0

f    0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

g   0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0

h   0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

  1 1 1 0 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0

 !   0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

3abel 0. ata biner untuk sampel dengan lokus 7*$ 5

Gambar 5. *ohon filogenetik analisis pengelompokkan berbagai enis nanas

dengan koefisien Similarity (%) berdasarkan polimorfisme 7*$ 2, 7*$ ! dan

7*$ 5.

Gambar 5 menunukkan bahwa terdapat dua kelmpok kecil yang memiliki

kemiripan yang cukup dekat. Belompok pertama berisi sampel nanas a, b, dan d.

kelompok kedua berisi sampel nanas c,f, h, , dan g. sampel nanas e dan i memiliki

hanya sedikit kemiripan disbanding dengan nanas lain. Bemiripan dengan koefisien

imilarity (%) ini didasarkan pada dominasi ketidakmunculan pita pada hasil

elektroforesis.

4 SIMPULAN

*roses isolasi '$ untuk analisis dengan menggunakan marka $* tidak 

 berhasil dilakukan. &asil isualisasi yang negatie diduga karena adanya kesalahan

dalam proses isolasi yang menyebabkan tidak adanya kandungan '$ dalam sampel

atau konsentrasi '$ yang terlalu rendah.

11

8/17/2019 Laporan Praktikum Genetika Molekuler Rapd Final

http://slidepdf.com/reader/full/laporan-praktikum-genetika-molekuler-rapd-final 12/12

DA3TAR PUSTAKA

+rown, 3$. 2##2. enomes *nd  +d . +7 cientific *ublishers td: 'ew Nork.

"atchiyah. $rumingtyas >. Qidyarti . ahayu . 2#11.  #iologi ,ole&ular-Prinsip

 Dasar Analitis' *enerbit >rlangga. akarta

*oediadi, $, upriyanti., 2##0. Dasar-dasar #io&imia, *ress, akarta

estu, %, %ukrimin , Gusmiaty. 2#12. .ptimalisasi "e&ni& +&stra&si dan /solasi DNA

"anaman Suren ("oona Sureni,err') untu& Analisis 0eragaman eneti& 

berdasar&an Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)'  urnal 'atur 

ndonesia RnternetS. Rdiunduh pada 2#18 es 18S. 15(2):1!H-152. 3ersedia pada

http:@@[email protected]!105H/alU2261

uhartono, %3. 144#.  ,etode di dalam #iologi ,ole&ular'  aboratorium 3eknologi

%ikrobe dan +iokimia. *$, *+. +ogor 

3ingey, 9., 3ufo, *. 144!. enetic analysis $ith RAPD ,ar&ers' *lant *hysiology'

RnternetS. Riunduh pada 2#15 es 2HS. 1#1: !54-!82. 3ersedia pada

www.plantphysiol.org@content@1#1@2@!54.full.pdf 

12